세법저장소

【주문】

1. △△세무서장이 2017. 11. 21. 청구인에 대하여 한 2012년부터 2014년까지 3개년 귀속 종합부동산세 계 320,228,060원, 농어촌특별세 계 64,045,620원, 합계 384,273,680원의 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다.

2. ▲▲세무서장이 2017. 11. 22. 청구인에 대하여 한 2012년 및 2013년 2개년 귀속 종합부동산세 계 102,600,350원, 농어촌특별세 계 20,520,070원, 합계 123,120,420원의 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다.

【이유】

1. 원 처분의 요지

가. △△세무서장(이하 “제1처분청”이라 한다)은 청구인이 보유하고 있는 종합부동산세(이하 “종부세”라 한다) 과세대상 주택 및 토지에 대해 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 종부세법 시행규칙”이라 한다) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2)]의 ‘작성방법 7’1)에 따라 종부세에서 공제되는 재산세액을 산정하여 2012. 11. 16. 청구인의 2012년 귀속 종부세 1,283,304,410원, 농어촌특별세 256,660,870원을 결정ㆍ고지하는 등 같은 방법으로 2012년부터 2014년까지 귀속 종부세 및 농어촌특별세 합계 4,906,999,790원을 결정ㆍ고지(이하 “이 사건 제1부과처분”이라 한다)하였다.

나. 그리고 ▲▲세무서장(이하 “제2처분청”이라 한다)도 제1처분청과 같은 방법으로 종부세에서 공제되는 재산세액을 산정하여 청구인의 2012년 귀속 종부세 654,594,370원, 농어촌특별세 130,918,860원을 결정ㆍ고지하는 등 2012년 및 2013년 귀속 종부세, 농어촌특별세 합계 1,613,590,120원을 결정ㆍ고지(이하 “이 사건 제2부과처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 제1처분청이 2012년부터 2014년까지 법령의 위임 없는 구 종부세법 시행규칙의 산식을 적용하여 종부세에서 공제되는 재산세액을 과소 산정함에 따라 과다 부과된 종부세 320,228,060원 및 농어촌특별세 64,045,620원을 감액 경정하여야 한다는 취지로 2017. 10. 10. 이 사건 제1부과처분에 대한 경정청구를 하였고, 201 7. 9. 2 9. 제2처분청에도 같은 취지로 이 사건 제2부과처분의 종부세 102,600,350원 및 농어촌특별세 20,520,070원의 감액 경정청구를 하였다.

1) 종합부동산세에서 공제되는 재산세 계산 산식: 해당연도 재산세액×[(감면 후 공시가격-과세기준금액)× 종부세 공정시장가액비율(80%)×재산세 공정시장가액비율(70%)×재산세율]÷[(감면 후 공시가격×재산세공정시장가액비율)×세율-누진공제액]

라. 이에 대해 제1처분청과 제2처분청은 2017. 11. 21. 및 2017. 11. 22. 청구인이 종부세 및 농어촌특별세 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하지 않아 청구기한이 경과하였다는 사유로 청구인의 경정청구를 거부(이하 “이 사건 제1ㆍ2거부처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 제1ㆍ2거부처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

청구인이 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니하였으나 합산배제신고서를 제출하여 협력의무를 이행하였으므로 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 경우와 동일하게 경정청구기한을 적용하여야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 ① 합산배제신고서를 법정신고기한까지 제출한 경우 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 경우와 동일하게 볼 수 있는지 여부, ② 최초로 합산배제신고서를 제출한 이후 변동사항이 없어 법령에 따라 합산배제신고서를 제출하지 아니한 경우에도 합산배제신고서를 제출한 것과 동일하게 볼 수 있는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 1970. 1. 20. 설립되어 2014. 7. 1. 케미칼 및 전자재료의 제조 및 판매 등을 주 사업목적으로 하는 ◇◇주식회사를 흡수합병하였고 현재 에너지 사업 및 전자재료 사업을 주요사업으로 영위하고 있다.

2) 제1처분청은 구 종부세법 시행규칙의 산식에 따라 종부세 공정시장가액 비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 방법으로 종부세에서 공제되는 재산세액을 산정하여 청구인의 피합병법인인 ◇◇주식회사의 합병 전 종부세 과세대상 주택 등에 대해 2012. 11. 16. 종부세 1,283,304,410원, 농어촌특별세 256,660,870원을 결정ㆍ고지하는 등 2012년부터 2014년까지 귀속 종부세 및 농어촌특별세 합계 4,906,999,790원을 결정ㆍ고지하는 이 사건 제1부과처분을 하였고, 제2처분청은 2012. 11. 16. 합병 전 청구인의 2012년 귀속 종부세 654,594,370원, 농어촌특별세 130,918,860원을 결정ㆍ고지하는 등 2012년 및 2013년 귀속 종부세, 농어촌특별세 합계 1,613,590,120원을 결정ㆍ고지하는 이 사건 제2부과처분을 하였으며 청구인의 2012년부터 2014년까지 귀속 종부세 및 농어촌특별세 부과내역은 [표 1]과 같다.

3) 청구인은 2012. 9. 30. 제1처분청에 합병 전 ◇◇주식회사의 2012년 귀속 종부세 합산배제신고서를 제출한 후 2013년에는 합산배제대상 주택에 변동이 없어 합산배제신고서를 제출하지 아니하였다가 2014년에 변동사항이 있어 2014. 9. 30. 합산배제신고서를 제출하였고, 청구인은 2009. 9. 30. 합병 전 □□주식회사의 관할 ◀◀세무서장3)에게 합산배제신고서를 제출한 후 합산배제대상 주택의 변동사항이 없어 합산배제신고서를 제출하지 아니하다가 2014년 변동사항이 발생함에 따라 2014. 12. 9. 제2처분청에 합산배제신고서를 제출하였다.

3) 2010. 3. 19. ◀◀세무서 관할인 경기도 ◀◀시에서 ▲▲세무서 관할인 ▲▲시 본점 이전

4) 한편, 대법원4)은 2015. 6. 13. 종부세에서 공제되는 재산세액 산정과 관련된 판결에서 종부세법 시행령에 따른 종부세에서 공제되는 재산세액은 종부세와 재산세가 중복하여 부과되는 부분의 재산세를 종부세에서 공제하는 것이므로 종부세와 재산세가 중복으로 부과되는 과세표준에 해당하는 부분을 계산할 때 재산세와 종부세 공정시장가액비율 중 적은 비율을 적용하여 계산하여야 하는데, 해당 법령의 위임이 없어 대외적으로 구속력이 없는 종부세 시행규칙의 산식에 따라 종부세와 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 계산하는 것은 법령에 규정된 처분요건에 해당하는 사항을 법령의 위임 없이 시행규칙에서 변경한 것으로서 위법5)하다고 판결하였다.

4) 대법원 2015. 6. 23. 선고, 2012두2986 판결

5) 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항 산식을 구 종부세법 시행규칙의 산식과 같이 종부세와 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종부세에서 공제되는 재산세액을 산정하도록 규정함으로써 시행령 개정 이후에는 시행규칙 적용에 따른 위법성 문제가 해소됨

5) 청구인은 처분청이 종부세에서 공제되는 재산세액을 산정하면서 구 종부세법 시행규칙 제5조 제2항의 산식에 따라 종부세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 이 사건 부과처분을 함에 따라 재산세액 일부가 종부세에서 공제되지 않아 종부세 등이 과다 부과되었다고 주장하며, 종부세 합산배제신고서를 법정신고기한까지 제출한 경우 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 경우와 같이 통상의 경정청구기한이 적용되어야 한다고 하면서, 청구인이 합산배제신고서를 법정기한 내에 제출한 후 다음연도 합산배제대상 주택 등의 변동사항이 없어 합산배제신고서를 제출하지 아니한 과세연도에도 합산배제신고서를 법정신고기한 내에 제출한 경우와 마찬가지로 통상의 경정청구기한을 적용받는 것으로 보아 2017. 10. 10.6) 피합병법인인 ◇◇주식회사의 합병 전 2012년부터 2014년까지 귀속 종부세 및 농어촌특별세에 대해서는 제1처분청을 상대로, 2012년 및 2013년 귀속 청구인의 합병 전 종부세 및 농어촌특별세에 대해서는 제2처분청을 상대로 2017. 9. 29. 경정청구를 하였으며 그 내역은 [표 2] 및 [표 3]과 같다.

6) 2017. 9. 30.(토)부터 2017. 10. 9.(월)까지 토요일 및 공휴일 등 추석 연휴기간으로 연휴기간 마지막 날인 2017. 10. 9. 의 다음 날인 2017. 10. 10.로 경정청구기한 연장[구 「국세기본법」(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항]

6) 이에 대해 제1ㆍ2처분청은 2017. 11. 21. 및 같은 해 11. 22. 청구인은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하지 않아 청구인의 경정청구는 청구기한이 경과하였다는 취지로 경정청구를 거부하는 이 사건 제1ㆍ2거부처분을 하였다.

7) 청구인은 2018. 2. 19. 제1ㆍ2처분청의 이 사건 제1ㆍ2거부처분에 대해 합산배제신고서를 제출한 경우 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 경우와 마찬가지로 5년의 경정청구기한이 적용되어야 하며, 또한 “5)항”의 내용과 같이 청구인이 합산배제신고서를 법정신고기한까지 제출한 후 변동사항이 없어 법령에 따라 다음연도 합산배제신고서를 제출하지 아니한 경우에도 합산배제신고서를 법정신고기한까지 제출한 경우와 마찬가지로 통상의 경정청구가 가능하다는 취지로 감사원에 심사청구를 제기하였다.

다. 관계 법령

□ 구 「국세기본법」(2015. 12. 15. 법률 제135 52호로 개정되기 전의 것)

○ 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다 )이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(이하 생략)

□ 구 「국세기본법」(201 3. 5. 28. 법률 제1184 5호로 개정되기 전의 것)

○ 제5조(기한의 특례) ① 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부 또는 징수에 관한 기한이 공휴일, 토요일이거나 「근로자의 날 제정에 관한 법률」에 따른 근로자의 날일 때에는 공휴일, 토요일 또는 근로자의 날의 다음 날을 기한으로 한다.

(이하 생략)

□ 구 「종합부동산세법」(201 3. 3 . 23 . 법률 제11 69 0호로 개정되기 전의 것)

○ 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억을 공제한 금액］에서 6억 원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「임대주택법」제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령이 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한한다.

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 당해 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

(이하 생략)

○ 제16조(부과ㆍ징수 등) ① 관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 당해연도 12월 1일부터 12월 15일(이하 “납부기간”이라 한다)까지 부과ㆍ징수한다.

② 관할세무서장은 종합부동산세를 징수하고자 하는 때에는 납세고지서에 주택 및 토지로 구분한 과세표준과 세액을 기재하여 납부기간 개시 5일 전까지 발부하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다

(이하 생략)

□ 구 「종합부동산세법 시행령」(2015. 12. 29. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것)

○ 제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(이하 생략)

○ 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

③ 토지분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항과 제2항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다

□ 구 「종합부동산세법 시행령」(2013. 2. 22. 대통령령 제24392호로 개정되기 전의 것)

○ 제3조(합산배제 임대주택) ①~⑦ 생략

⑧ 법 제8조 제2항 제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 임대주택 합산배제신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다

○ 제4조(합산배제 기타주택) ①~③ 생략

④ 법 제8조 제2항 제2호에 따른 주택(제1항 제6호 및 제1 3호에 해당하는 주택은 제외한다)을 보유한 자가 합산배제 기타주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 기타주택 합산배제신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

□ 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것)

○ 제5조(종합부동산세 징수ㆍ부과 관련 서식) ① 생략

② 영 제8조 제2항 제1호에 따른 종합부동산세신고서는 별지 제3호 서식에 의한다.

(이하 생략)

라. 판단

구 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있고 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있도록 되어 있다.

구 「종합부동산세법」(20 13. 3. 23 . 법률 제1169 0호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 종부세법”이라 한다) 제8조 제3항 및 구 「종합부동산세법 시행령」(2013. 2. 22. 대통령령 제24392호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 종부세법 시행령”이라 한다) 제3조 제8항 및 제4조 제4항에 따르면 임대주택, 기숙사, 사원용주택 등 종부세 과세표준 합산대상 주택의 범위에 포함되지 않는 주택을 보유한 납세의무자는 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 당해 주택의 보유현황을 신고하여야 한다고 되어 있고, 최초의 합산배제신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다고 되어 있다.

그리고 구 종부세법 제16조 제1항 및 제3항에 따르면 관할세무서장은 납부하여야 할 종부세액을 결정하여 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 부과ㆍ징수하도록 되어 있고, 제1항의 규정에 불구하고 종부세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종부세의 과세표준과 세액을 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다고 되어 있다.

이와 같이 종부세법은 과세관청이 납세의무자가 보유한 주택 중 종부세 과세표준 합산대상에 포함되지 않는 주택을 파악하여 정당한 세액의 종부세를 부과할 수 있도록 합산배제대상 주택을 보유한 납세의무자에게 당해연도 9월 16일부터 9월 30일까지 납세지 관할세무서장에게 당해 주택의 보유현황을 신고할 의무를 부과하고 있고, 납세의무자의 합산배제신고는 과세관청이 정당한 세액의 종부세를 부과하기 위하여 반드시 필요한 것으로서 그 신고서 제출이 이루어지면 과세관청은 국토교통부장관 등으로부터 이미 제공받은 과세자료 등에 그 신고의 내용을 반영하여 비로소 정당한 종부세 과세표준과 세액을 산출할 수 있게 된다.

이에 따라 부과된 종부세에 이의가 없는 경우 납세의무자는 이를 그대로 납부하는 것이고 단지 그 선택에 따라 합산배제신고를 하지 않고 있다가 신고납부방식으로 종부세를 납부할 수도 있는 것이다. 이렇듯 종부세의 경우 납세의무자가 합산배제신고를 하게 되면 과세관청이 특별한 사정이 없는 한 이러한 신고의 내용과 시장 등으로 부터 제공받은 과세자료 등을 토대로 납부하여야 할 세액을 그대로 산정할 수 있게 된다.

그리고 대법원은 구 종부세법 제8조 제3항에서 정한 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출한 납세의무자는 합산배제신고를 하지 않고 종부세가 부과된 이후 합산배제대상 주택을 반영하여 종부세를 신고납부한 납세의무자와 마찬가지로 구 「국세기본법」제45조의2 제1항 본문에 따른 통상의 경정청구를 할 수 있다고 하면서, 2012년 귀속 종부세에 관하여는 그 법정신고기한인 2012. 9. 30.부터 5년 이내인 2017. 9. 30.까지 통상의 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다고 판시7)하였다.

7) 대법원 2018. 6. 15. 선고, 2017두73068 판결

1) 합산배제신고서를 법정기한까지 제출한 경우 이를 과세표준신고서 제출과 동일하게 볼 수 있는지 여부

위 관계법령의 내용 및 법리에 비추어 구 종부세법 시행규칙 제5조 제2항의 산식에 따라 종부세에서 공제되는 재산세액을 산정하는 것이 적법한지 여부를 먼저 살펴보면, 인정사실 “4)항”의 내용과 같이 종부세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것에 대해 대법원8)은 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력이 없다고 판결하였고, 이후 과세관청이 위 시행규칙의 산식을 시행령에 규정하는 방법으로 위 시행규칙의 산식 적용에 따른 대외적 구속력 문제를 해소하고자 한 점 등으로 볼 때 청구인과 과세관청 간에 위 시행규칙 산식 적용에 따른 위법성 여부에 대해서는 이견이 없다고 판단된다.

8) 대법원 2015. 6. 23. 선고, 2012두2986 판결

그렇다면 합산배제신고서 제출이 과세표준신고서 제출과 동일한 효력을 갖는 것으로 볼 수 있는지 살펴보면, 비록 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하지 아니하였더라도 종부세법에서 납세의무자에게 합산배제신고 의무를 부과하여 납세의무자가 이를 이행하여야 국토교통부장관 등 관계기관으로부터 제공받은 과세자료 등을 반영하여 비로소 정당한 세액의 종부세를 부과할 수 있으므로 청구인이 합산배제신고서를 제출하는 것은 과세관청이 정당한 종부세 과세표준과 세액을 확정하기 위하여 반드시 필요한 것으로서, 인정사실 “3)항”의 내용과 같이 청구인이 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출한 것은 종부세법에서 부과한 납세협력의무를 이행하는 것이므로 과세관청에 과세표준신고서를 제출한 것과 동일한 법적 효력을 갖는 것으로 보아야 한다.

2) 최초 합산배제신고서 제출 후 변동사항이 없어 이를 제출하지 않았는데도 법정신고기한까지 제출한 경우로 볼 수 있는지 여부

청구인의 경우와 같이 최초의 합산배제신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있도록 단서 규정을 두고 다음 연도에 변동사항이 있는 경우에도 변동사항만 추가 신고하도록 하고 있는데, 이는 변동사항이 없는 경우 이미 제출된 합산배제신고서의 내용을 근거로 처분청이 정당한 종부세 과세표준과 세액을 확정할 수 있으므로 변동사항이 없는 경우 불필요한 납세협력의무의 이행을 면제한 것으로 볼 수 있다.

이와 같이 최초로 합산배제신고서를 제출한 후 변동사항이 없는 경우에도 다음연도 합산배제신고서의 제출의무를 면제하였을 뿐 이전 합산배제신고 내용을 토대로 정당한 종부세액을 계속 산정하게 되므로 변동사항이 있어 매년 변동사항만 추가로 제출한 경우와 변동사항이 없어 제출하지 않은 경우 모두 납세의무자의 합산배제신고 내용을 토대로 정당한 세액을 산정하는 점에서 납세협력의무 이행에 차이가 없으므로 합산배제신고서를 제출한 후 변동사항이 없어 다음연도 합산배제신고서를 제출하지 않은 경우에도 매년 합산배제신고서를 제출한 경우와 다르게 볼 이유가 없다.

따라서 최초로 합산배제신고서를 제출한 후 변동사항이 없어 법령에 따라 다음연도 합산배제신고서를 제출하지 않은 경우에도 매년 합산배제신고서를 제출한 경우와 같은 협력의무를 이행한 것으로 볼 수 있어 당해연도 합산배제신고 법정기한으로부터 5년 이내에 경정청구가 가능하다고 판단된다.

인정사실 “3)항”의 내용과 같이 청구인의 피합병법인인 ◇◇주식회사의 경우 2012년 합산배제신고서를 제출한 후 다음연도 변동사항이 없어 제출하지 않다가 2014년 변동사항이 발생하자 합산배제신고서를 제출한 것으로 확인되고, 합병 전 청구인의 경우에는 2009년 합산배제신고서를 제출한 후 다음연도부터 변동사항이 없어 계속 합산배제신고서를 제출하지 않다가 2014년 변동사항이 발생하자 합산배제신고서를 제출한 것으로 확인되는 등 청구인은 합산배제대상 주택 보유현황에 대해 법령에 규정된 대로 신고의무를 이행하였다.

그렇다면 청구인은 합산배제신고서를 제출한 과세연도와 제출하지 않은 과세연도 모두 법령에 따라 과세관청이 정당한 세액을 확정하는데 필요한 납세협력의무를 이행하였으므로 과세표준확정신고서를 제출한 경우와 마찬가지로 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구가 가능한데, 청구인은 2012~2014년 경정청구 법정기한 5년 이내인 2017. 10. 10. 경정청구를 제기하였으므로 경정청구기한이 경과하였다고 본 처분청의 이 사건 제1ㆍ2거부처분은 부당하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 제1ㆍ2거부처분은 잘못이 있고 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.