국세청훈령 제2308(2019. 5. 20.)

부가가치세사무처리규정

 

전부개정 2010.3.30. 국세청 훈령 제1837

()일부개정 2010.7.23. 국세청 훈령 제1868

()일부개정 2010.12.27. 국세청 훈령 제1875

전부개정 2013.3.29. 국세청 훈령 제1986

일부개정 2013.6.21. 국세청 훈령 제2000

일부개정 2016.6.21. 국세청 훈령 제2154

일부개정 2018.7.5. 국세청 훈령 제2266

일부개정 2019.2.1. 국세청 훈령 제2289

일부개정 2019.4.1. 국세청 훈령 제2299

일부개정 2019.5.20. 국세청 훈령 제2308

 

1장 총칙

 

1(목적) 이 규정은 부가가치세 사무처리에 관한 기본적인 사항을 정하여 사무처리의 통일성을 기하고 업무를 효율적으로 처리하는데 그 목적이 있다.

 

2(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. ""이란 부가가치세법을 말한다.

2. "시행령"이란 부가가치세법 시행령을 말한다.

3. "시행규칙"이란 부가가치세법 시행규칙을 말한다.

4.사후관리란 사업자등록 후 실제 사업여부, 부가가치세 신고 후 공제감면요건 충족 여부 등을 서면 또는 현장확인에 따라 확인하는 것을 말한다.

5."세적관리"란 사업자등록 신청 및 사업자등록증 발급에 관한 사항과 사업자등록의 변동사항(정정, 휴ㆍ폐업 및 유형전환 등)에 대한 관리업무를 말한다.

6. "내부업무 처리자"란 세적관리ㆍ신고관리 및 자료관리 등의 업무 중 계속적ㆍ반복적인 업무를 처리하기 위하여 지정한 종사직원을 말한다.

7. "업무별 처리자"란 내부업무 처리자가 처리하는 업무 이외에 수시로 발생하는 업무를 처리하기 위하여 지정한 종사직원을 말한다.

8."자료상"이란조세범처벌법10조제3항을 위반하여 지방국세청장 또는 세무서장이 자료상으로 확정한 자를 말한다.

9. "전산입력"이란 부가가치세신고서ㆍ세금계산서합계표 등 각종 신고자료와 과세자료 및 그 밖의 세무관련자료를 단말기를 통하여 직접 입력 등의 방법을 통하여 전산시스템에 저장하는 것을 말한다.

10. "일괄환급대상자"란 즉시 환급결정이 가능하도록 전산시스템으로 일괄선정한 자를 말한다.

11. "개별환급대상자"란 현장확인 등이 필요하여 일괄환급대상자에서 제외된 자를 말한다.

12. "부가가치세 담당과장"이란 부가가치세 업무를 담당하는 세무서의 과장으로 개인납세과장, 법인납세과장, 세원관리과장 및 지서장 등을 말한다. 다만, 2장 세적관리에서 부가가치세 담당과장은 법인납세과장을 제외한다.

13. “간접확인이란 전화서면에 따른 사실확인 요구 및 전산 등에 구축된 정보내용 분석 등 납세자 비대면 방식의 업무처리를 말한다.

14. “현장확인이란 간접확인 방식의 업무처리로는 이 규정에 따른 업무수행이 부적합한 경우에 사실관계 확인을 위해 종사직원이 해당 납세자 또는 사업장 등에 직접 출장하여 당초 출장목적 범위에서 특정사항이나 사업실상 등을 확인하는 것을 말한다.

15. “신고내용 확인이란 부가가치세 신고내용 중 신고 전 안내자료 반영여부 및 특정 항목의 오류나 누락 여부에 대해 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하여 신고내용의 적정 여부를 확인하는 것을 말한다.

 

3(내부업무처리자 및 업무별 처리자 지정) 부가가치세 담당과장은 세적관리ㆍ신고관리 및 자료관리 등의 부가가치세 업무를 수행하기 위하여 내부업무 처리자 및 업무별 처리자를 지정하여야 한다.

내부업무 처리자는 동별ㆍ지번별로 처리구역을 정하여 지정(사업자의 사업장이 2개 이상인 경우 통합 지정)하며, 업무별 처리자는 업무별로 처리책임자를 수시로 지정한다.

내부업무 처리자 및 업무별 처리자의 지정은 반드시 문서로 기록ㆍ유지하여야 한다.

내부업무 처리자의 동별ㆍ지번별 처리구역은 인사이동 등 특별한 경우를 제외하고는 1년을 초과하여 운영할 수 없다.

 

4(출장 계획) 부가가치세 담당과장은 이 규정에 따른 업무를 처리하기 위하여 현장확인이 필요한 경우 구체적 사유를 포함한 출장계획을 수립하여 세무서장의 결재를 받아 현장확인을 실시하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 업무를 처리할 때 내부자료를 최대한 활용하거나 납세자에게 전화 또는 서면으로 해명안내를 하여 현장확인을 최소화하여야 한다.

지방국세청장(개인납세1과장)은 현장확인이 필요한 경우 제1, 2항 및 제5조를 준용하여 현장확인을 실시할 수 있다. 이 경우 부가가치세 담당과개인납세1과장으로,“세무서장성실납세지원국장으로 본다.

 

5(출장관리) 부가가치세 담당과장은 현장확인을 실시하는 경우 출장자, 출장 사업장, 출장목적, 출장기간 등이 기재된 현장확인출장증(별지 제1호 서식)을 발급하여야 하며, 출장자는 납세자에게 이를 반드시 제시하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 제3(신고관리) 및 제4(자료관리)에 따른 현장확인을 실시하는 경우현장확인 안내(별지 제2(2)호 서식)권리보호 요청제도에 대한 안내(별지 제2(3)호 서식)를 교부하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 현장확인업무를 수행하는 출장자에 대해 정해진 확인범위를 준수하고 현장확인과 직접 관련 없는 자료제출 등을 요구하지 않도록 사전에 교육하여야 한다.

출장자는 현장확인이 끝난 후 즉시 복귀하여 업무수행사항을 관리자에게 보고하여야 한다. 다만, 출장지가 원거리 등의 사유로 출장일에 복귀가 어려운 경우에는 전화로 보고하고 다음 근무일에 업무 수행사항을 구체적으로 보고할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 현장확인 기간이 끝난 후 20일 이내에 현장확인 결과를현장확인 결과통지(별지 제3호 서식)과세예고 통지서(과세전적부심사사무처리규정별지 제2호 서식)등에 따라 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 아래의 사유에 해당하는 경우에는 그 통지를 생략할 수 있다.

1. 2장에 따른 세적관리를 위해 사업시설 또는 사업현황을 확인하는 경우

2. 사업자의 주소 및 거소가 불분명한 경우

3. 신고내용 확인을 위한 현장확인을 실시하는 경우

4. 그 밖에 사실관계 확인을 위한 현장확인으로 세무서장이 별도 통지가 필요 없는 것으로 판단하는 경우

부가가치세 담당과장은 출장증 발급 및 현장확인 결과 등을 기록하여 관리하여야 한다.

 

6(다른 훈령과의 관계) 부가가치세 업무처리는 다른 훈령 등에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규정에서 정하는 바에 따른다.

 

2장 세적관리

 

1절 사업자등록관리

 

1관 일반사항

 

7(사업자등록번호 부여) 사업자등록번호는 전산시스템에 따라 순서대로 자동 부여한다.

 

8(사업자등록신청서의 접수 및 보관)

사업자등록 신청(정정)서류는국세청 민원사무처리규정에 따라 세무서 납세자보호담당관(이하 납세자보호담당관이라 한다)이 접수한다.

납세자보호담당관은 사업자등록 신청(정정)서류를 스캔하여 부가가치세 담당과장에게 전산 통보하고 해당 서류를 운영지원과장에게 인계하며, 운영지원과장은 이를 접수순으로 편철하여 보관한다.

 

9(그 밖의 사업자등록 관리) 미등록사업자 및 사업자등록 직권정정 사유가 확인된 경우에는 부가가치세 담당과장이 확인결과를 전산 입력하고, 납세자보호담당관은 그 결과에 따라 사업자등록증을 발급하여야 한다.

사업자등록번호가 부여된 사업자의 세적자료 누락사항이 발견된 경우에는 부가가치세 담당과장이 전산 입력한다.

부가가치세 담당과장은 사업자로부터 하치장설치신고서(시행규칙 별지 제1호 서식)를 접수하거나, 주세법에 따른 주류하치장 설치승인 자료를 통보받은 경우 하치장 설치사항을 전산에 입력하여 관리하여야 하며, 사업장관할 세무서에서는 입력된 하치장설치 내용을 조회하여 활용한다.

 

2관 사업자등록 사전확인

 

10(사업자등록 사전확인) 납세자보호담당관은 사업자등록 신청자 중 사업장확인 등이 필요한 경우 사전확인 대상자로 분류하여 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.

납세자보호담당관은 세무대리인이 사업자를 대리하여 사업자등록을 신청하면서 사업자등록 신청내용 확인서(별지 제4호 서식)를 작성하여 제출한 경우에는 사업자등록증을 즉시 발급할 수 있다.

 

11(사전확인 실시) 부가가치세 담당과장은 사전확인 대상자를 내부업무 처리자에게 배부하여 사전확인을 실시한다. 다만, 유흥업소·금지금 및 자료상 다발지역 등의 경우에는 사전확인 전담반을 편성하여 실시할 수 있다.

내부업무 처리자는 현장확인을 실시하기 전에 인ㆍ허가사항 검토, 임대차계약내용 확인 및 전산조회 등 간접확인으로 정상사업이 확인되는 경우에는 현장확인을 생략하고 사업자등록증을 즉시 발급하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 제2항의 간접확인으로 정상사업 확인이 불가능한 경우에는 현장확인을 실시하여야 하며, 현장확인을 할 경우에는 현장확인반을 편성할 수 있다.

현장확인 담당자는 현장확인출장증(별지 제1호 서식)을 사업자등록 신청자에게 제시하고 그 취지를 충분히 설명하여야 한다.

현장확인 담당자는 현장확인을 할 때 사업자 본인과 면담하여 사업자금 출처, 구체적인 사업내용 또는 사업계획, 전 사업자와의 관계 및 전 사업자와의 양도ㆍ양수내용 등을 면밀히 검토하여 실사업자 여부를 확인하여야 하며 시행령 제11조제3항에 따른 자금출처명세서 제출대상 업종으로 사업자등록을 신청한 경우에는 반드시 자금출처명세서의 내용을 확인하여 정상사업 여부를 검토하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 사전확인 결과 사업장시설이나 사업현황 등의 사실내용 확인에 많은 시일이 필요한 경우 발급기한을 5일 이내에서 연장하고 확인된 사실에 따라 사업자등록증을 발급할 수 있다.

신청내용에 보완이 필요한 경우에는 서면으로 10일 이내의 기간을 정하여 사업자등록 보정요구(별지 제5호 서식)로 보완을 요구하고 지정된 기간까지 보완을 하지 않는 경우에는 사업자등록 거부통지(별지 제6호 서식)에 따라 사업자등록을 거부하여야 한다.

 

12(사전확인 결과 처리) 사전확인 담당자는 간접확인 또는 현장확인 결과에 대해 관리자의 결재를 받고 전산에 입력하여야 하며, 등록을 거부하는 경우에는 사업자등록 신청자에게 거부내용을 서면으로 통지하여야 한다.

현장확인 결과 나타난 사항은 다음 각 호에 따라 처리하여야 한다.

1. 정상사업자인 경우에는 즉시 전산 입력

2. 신용카드 위장가맹점ㆍ자료상 등으로 확인되는 경우에는 사업자등록 거부

3. 명의위장 사실이 확인된 경우 실제 사업 내용에 따라 실사업자 명의로 사업자등록증을 발급하거나 사업자등록을 거부

4. 인ㆍ허가 사항, 현장확인 결과 및 보완 요구에 따른 답변내용 등을 종합적으로 검토하여 사실상 사업을 시작하지 아니할 것으로 인정될 때에는 사업자등록을 거부

 

3관 사업자등록 사후관리

 

13(사후관리 실시) 부가가치세 담당과장은 사업자등록증을 발급한 사업자 중 사후관리대상자로 선정된 사업자에 대하여 사후관리를 하여야 한다.

사후관리대상자는 납세자보호담당관과 부가가치세 담당과장이 지정할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 사후관리대상자의 사업자등록 후 3월 이내에 자체계획을 수립하여 반드시 1회 이상 사업장 현장확인을 실시하여야 한다.

 

14(사후관리 담당자) 부가가치세 담당과장은 사전 현장확인을 실시한 담당자가 사후관리를 하도록 하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 인사이동이나 직원변동이 있을 경우 사후관리 담당자를 다시 지정하여야 한다.

 

15(사후관리 결과 처리) 사후관리 담당자는 사업장 현장확인 결과 정상사업자인 경우 필요한 사항을 전산에 입력하고 종결 처리한다.

사후관리 담당자는 사후관리가 계속 필요하다고 판단되는 사업자에 대해서는 명단을 출력하여 관리하여야 한다. 이 경우 사업자등록 후 2회 이상 정상 신고ㆍ납부한 자는 정상사업자로 분류하여 사후관리를 종결한다.

부가가치세 담당과장은 신고ㆍ납부내용 분석 및 사업장 현장확인 결과 사업자등록증이 사실과 다르게 발급되었거나, 정상사업자가 아닌 것으로 판명된 경우에는 즉시 사업자등록 정정ㆍ말소, 사업자등록증 회수 등 필요한 조치를 하여야 하고 사업자에게 그 사실을 서면으로 통보하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 사업장 현장확인 결과 자료상 혐의 등 긴급조사가 필요한 경우에는 조사과장에게 조사를 의뢰하여야 한다

 

16(사업자등록 말소) 부가가치세 담당과장은 사업자가 시행령 제15조제2항에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자등록을 말소하고 사업자등록증을 회수하여야 하며, 회수한 사업자등록증은 재사용이 불가능하도록 조치하여야 한다. 다만, 회수할 수 없는 경우에는 등록말소 사실(상호ㆍ성명ㆍ사업자등록번호 및 폐업일)을 관할세무서 인터넷 홈페이지 또는 게시판에 공시하여야 한다.

내부업무 처리자는 제1항에 따라 직권으로 사업자등록을 말소하는 경우에는 관리자의 결재를 받은 후 전산 입력하고, 사업자에게 그 사실을 사업자등록 말소(폐업)통지(별지 제7호 서식)로 통지하여야 한다.

 

17(사업자등록 일제점검) 부가가치세 담당과장은 부가가치세 무신고자 등에 대한 세적확인ㆍ경정 또는 세적관리가 취약하다고 판단되는 지역ㆍ업종 및 분야에 대해 실사업자 여부 등을 점검하기 위해 사업자등록 일제점검을 실시할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 내부업무 처리자를 일제점검 담당자로 하여 2명 이상으로 구성된 점검반을 편성하여 실시할 수 있다. 다만, 부가가치세 담당과의 인원만으로 원활한 점검이 어렵다고 판단되는 경우 세무서장의 결재를 받아 다른 과의 직원과 합동점검반을 편성하여 실시할 수 있다.

 

4관 세적변동사항 처리

 

18(과세유형 전환자 업무 처리) 국세청장(부가가치세과장 및 전산운영담당관)은 법 제62조에 따라 과세유형이 전환되는 사업자를 전산으로 일괄 선정하고 과세유형 전환대상자 명단을 생성한다.

부가가치세 담당과장은 생성된 과세유형 전환대상자 명단을 검토하여 오류자 또는 누락자를 확인하고 71일 전환대상자는 531일까지, 다음해 11일 전환대상자는 1130일까지 삭제하거나 추가입력 하여야 하며, 과세유형 전환대상자 명단 출력일 이후에 세적변동 등으로 과세유형 전환사유가 발생한 경우(일반과세 해당업종 겸업, 간이과세 포기 및 경정 등에 의한 기준금액 초과 등)에는 다른 사업장의 과세유형 전환대상자 여부를 확인하여 해당 사업장 관할 부가가치세 담당과장에게 통보하여야 한다.

국세청장(전산운영담당관)은 제2항에 따른 업무처리가 완료되면 간이과세 전환 통지서(별지 제8호 서식)또는 일반과세 전환 통지서(별지 제9호 서식)71일 전환대상자는 63일까지, 다음해 11일 전환대상자는 123일까지 전산으로 출력한다.

부가가치세 담당과장은 과세유형 전환통지서를 71일 전환대상자에게는 610일까지, 다음해 11일 전환대상자에게는 1211일까지 송달하여야 한다. 이때 부가가치세 담당과장은 전산정보관리관(정보보호팀장)에게 의뢰하여 과세유형 전환통지서를 일괄발송할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 과세유형 전환대상자 및 간이과세포기자에게 사업자등록증을 정정하여 발급하여야 한다.

국세청장(부가가치세과장)은 과세유형이 일반과세자에서 간이과세자로 전환된 사업자 중 시행령 제112조제1항에 따라 신고한 사업자 명단을 11일 전환자에게는 310일 이전까지, 71일 전환자에게는 910일 이전까지 전산출력한다.

부가가치세 담당과장은 시행령 제86조와 제112조에 따라 신고된 재고품 및 감가상각자산에 대해 이미 신고된 과세표준, 세금계산서합계표 및 누적부가가치율 등에 따라 신고내용의 적정 여부를 서면검토하고 실지확인이 필요하다고 판단되는 경우에는 현장확인을 실시한다.

부가가치세 담당과장은 제7항의 처리결과에 따라 그 승인 여부를 일반과세자에서 간이과세자로 전환된 사업자의 경우에는 간이과세자로 변경된 날로부터 90일 이내에, 간이과세자에서 일반과세자로 전환된 사업자의 경우에는 일반과세자로 변경된 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고기한 경과 후 1월 이내에 재고품 및 감가상각자산 승인(결정)통지서(별지 제10(1),(2)호 서식, 이하 같다)에 따라 통지하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 시행령 제112조제1항에 따른 신고를 이행하지 않은 과세유형 전환자에 대해서 현장확인 등을 통하여 실지재고를 확인할 수 있으며, 8항에 준하여 재고품 및 감가상각자산 승인(결정)통지서를 통지하여야 한다.

 

19(휴ㆍ폐업자 처리) 폐업자의 휴폐업 사실은 다음 각 호에 따라 전산입력한다.

1.사업자가 ·폐업신고서를 제출한 경우에는 납세자보호담당관이 휴ㆍ폐업사실을 전산 입력하고, 해당 서류는 운영지원과장에게 인계한다.

2.세무서 조사과장(이하 조사과장이라 한다)이 업무처리 과정에서 사업자의 휴·폐업사실을 확인한 때에는 관련서류를 첨부하여 부가가치세 담당과장에게 통보하고 부가가치세 담당과장은 통보받은 내용에 따라 휴ㆍ폐업일을 전산 입력한다.

3. 사업자가 부가가치세 신고서에 휴ㆍ폐업사실을 기재하여 신고한 경우에는 지방국세청 전산관리팀장(정보화센터운영요원)이 휴ㆍ폐업사실을 전산입력한다. 정보화센터에 이송하여 처리하기 곤란한 경우에는 부가가치세 담당과장이 직접 입력할 수 있다.

4. 그 밖에 부가가치세(소득세) 담당과의 업무처리 과정에서 사업자의 휴ㆍ폐업사실을 확인한 때에는 부가가치세 담당과장이 전산 입력한다.

내부업무 처리자는 폐업자에 대해 사업장 폐쇄, 사업의 실제 폐지 및 잔존재화의 과세 여부를 검토하여 경정 등 필요한 조치를 취하고 관련서류를 편철하여 보관하여야 한다.

국세청장(전산운영담당관)은 휴업 후 재개업 신고를 하지 아니한 사업자에 대해서는 휴업기간이 종료할 때 전산으로 일괄 재개업 처리한다.

내부업무 처리자는 제1항에 따라 처리한 사업자의 휴ㆍ폐업 취소 및 정정에 대해 사전에 관리자의 결재를 받은 후 그 내용을 전산 입력하여야 한다.

 

20(사업장 이전자 처리) 사업장 이전자의 세적자료 인수ㆍ인계는 전입지 관할세무서에서 전입사실을 등록할 때 전출지 관할 세무서로부터 전산에 의해 자동 인계된다. 다만, 전출지 관할세무서장은 다음의 서류를 수동 통보하여야 한다.

1. 과세자료(수동 작성분)

2. 그 밖의 세적관리에 필요한 서류

납세지 변경 또는 지정 등으로 납세지가 달라지는 경우 세적인계ㆍ인수가 확정되기 전까지는 변경 또는 지정 전 납세지 관할세무서장의 관할로 한다. 다만, 납세지 변경사실이 확인된 경우로서 세적을 인계ㆍ인수하기 전에 변경 후 납세지 관할세무서장이 사업자등록증을 발급한 때에는 그 발급한 날부터 변경 후 납세지 관할세무서장의 관할로 한다.

 

2절 임시사업장 처리

 

21(임시사업장 개설 확인 및 통지) 시행령 제10조제2항의 임시사업장 개설신고서(시행규칙 별지 제2호 서식)를 접수한 관할세무서장은 다음 각 호의 사항을 확인하여 신고서를 접수한 날부터 7일 이내에 신청인과 시행령 제8조의 사업장(이하 이 절에서 기존사업장이라 한다) 관할세무서장에게 서면으로 통지하여야 한다.

1.임시사업장 개설신고를 한 사업자가 기존사업장이 있는 사업자인지 여부

2.임시사업장이 각종 행사가 개최되는 장소에 개설되는지 여부

3.임시사업장 개설기간의 적정 여부

4.임시사업장 개설신고서가 시행령 제10조제2항에 따른 기한까지 제출되었는지 여부

 

22(임시사업장 폐쇄 확인 및 과세표준 등 통보) 임시사업장 개설 신고를 한 사업자가 임시사업장 폐쇄신고서(시행규칙 별지 제3호 서식, 이하 같다)를 제출한 경우 이를 접수한 임시사업장 관할세무서장은 동 신고서상 공급가액을 확인한 후 임시사업장 폐쇄일부터 20일 이내에 기존사업장 관할세무서장에게 통보하여야 한다.

임시사업장 개설 사업자가 임시사업장 개설기간 경과 후 임시사업장 폐쇄신고서를 제출하지 아니하는 경우에는 임시사업장 관할세무서장은 임시사업장 폐쇄 여부와 임시사업장 공급실적을 확인하여 제1항의 절차에 따라 기존사업장 관할세무서장에게 통보하여야 한다.

임시사업장 관할세무서장은 임시사업장의 공급가액을 불성실하게 신고한 사업자에 대해서는 각종 행사의 주최자가 보관하고 있는 공급가액에 관한 관계기록 및 증빙자료 등과 비교하여 그 공급가액을 확인할 수 있다.

 

23(임시사업장 개설 및 폐쇄 확인) 임시사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 임시사업장 개설 및 폐쇄 확인을 위하여 현장확인을 실시할 수 있다.

 

24(구분 기장 안내) 임시사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 임시사업장 개설자가 기존 사업장에서 공급하는 재화ㆍ용역과 임시사업장에서 공급하는 재화ㆍ용역의 내용을 구분하여 기록하도록 안내하여야 한다.

 

3절 주사업장 총괄납부 사업자 처리

 

25(총괄납부 신청서의 접수 및 처리) 부가가치세를 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 사업자의 주된 사업장 관할세무서 납세자보호담당관은 시행령 제92조에 따라 주사업장총괄납부신청서(시행규칙 별지 제35호 서식)를 접수하여 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 제11조부터 제12조까지의 규정을 준용하여 사업자등록증 발급 및 총괄납부 관리번호를 부여하여야 한다.

 

26(총괄납부의 변경 신청 및 처리) ① 『주사업장총괄납부 변경신청서(시행규칙 별지 제36호 서식, 이하 같다)를 접수한 납세자보호담당관은 이를 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.

종된 사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 주사업장총괄납부 변경신청서를 처리한 경우에는 주된 사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장에게 변경사실을 즉시 통보하여야 한다.

2항에 따라 주사업장총괄납부 변경사실을 통보 받은 주된 사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 총괄납부 변경사항을 즉시 전산 입력하여야한다.

 

27(총괄납부의 직권취소 및 포기) 주된 사업장에서 총괄납부하는 사업자가 시행령 제94조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 주된 사업장 관할세무서장은 그 총괄납부를 직권으로 취소할 수 있다.

1항의 규정에 따라 직권으로 취소한 때에는 주된 사업장 관할세무서장은 지체 없이 그 내용을 해당 사업자와 주된 사업장 이외의 사업장 관할세무서장에게 서면으로 통지하여야 한다.

주된 사업장 관할세무서장은 과세기간 개시 20일 전에 주사업장총괄납부포기신고서(시행규칙 별지 제35호 서식)를 제출받은 경우에는 지체 없이 해당 사업자와 주된 사업장 이외의 사업장 관할세무서장에게 통지하여야 한다.

 

28(총괄납부 사업자의 신고 및 경정) 주사업장 총괄납부 사업자의 수정신고ㆍ경정 등의 청구 및 경정사유가 발생한 경우 그 처리는 사유가 발생한 각 사업장 관할세무서장이 하고 그 결과를 주된 사업장 관할세무서장에게 통지하여야 한다.

 

4절 사업자단위과세 사업자 처리

 

29(사업자단위과세 등록신청서 등 접수) 신규(본점 및 주사무소 신규)사업자가 사업자단위과세를 적용받기 위해 사업자등록을 신청하는 경우 본점 또는 주사무소 관할세무서 납세자보호담당관은 사업자등록신청서와 사업자단위과세 적용 신고자의 종된 사업장 명세서를 접수하여야 한다.

기존사업자가 사업자단위과세를 적용받기 위해 사업자단위과세 등록신청서(시행규칙 별지 제5호 서식, 이하 같다)를 제출하는 경우 본점 또는 주사무소 관할세무서 납세자보호담당관은 사업자단위과세 등록신청서를 접수(입력)하여야 한다.

납세자보호담당관은 사업자단위과세 등록신청서등을 접수할 때 주세법개별소비세법등에 따른 사업장별 신고ㆍ납부 규정이 있는 경우에는 이에 따르도록 안내하여야 한다.

납세자보호담당관은 제1항 및 제2항에 따라 사업자단위과세 등록신청서등을 접수하는 경우 종된 사업장 누락 여부 등을 검토하여 접수하여야 한다.

납세자보호담당관은 사업자단위과세 적용 종된 사업장 증명(별지 제11호 서식 또는 별지 제12호 서식)의 발급을 본인이 신청하거나 대리인이국세청 민원사무처리규정에 따른 민원서류 위임장에 따라 신청한 경우에는 전산접수 및 확인 후 증명을 발급하여야 한다.

 

30(신청서 처리) 납세자보호담당관은 사업자단위과세를 적용 받기 위해 사업자등록신청서(시행규칙 별지 제4호 서식, 이하 같다)또는 사업자단위과세 등록신청서(시행규칙 별지 제5호 서식, 이하 같다)를 제출한 사업자에 대해서는 사전확인 대상으로 분류하여 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.

② 『사업자등록신청서또는 사업자단위과세 등록신청서를 인계받은 부가가치세 담당과장은 다음 각 호에 따라 처리한다.

1.사업자등록 확인에 관한 사항은 제10조부터 제12조까지의 규정을 준용한다.

2.사업자단위과세를 적용받고자 하는 사업장이 세무서 관할을 달리하는 때에는 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장은 종된 사업장에 대한 현장확인이 필요한 경우에 종된 사업장 관할세무서장에게 확인을 의뢰하여야 하며, 종된 사업장 관할세무서장은 즉시 현장확인 후 그 결과를 회보하여야 한다.

 

31(사업자단위과세 정정신고 접수 및 처리) 사업자단위과세 사업자가 시행령 제14조에 따라 사업자등록정정신고를 하는 때에는 본점 또는 주사무소 관할세무서 납세자보호담당관이 접수하여 처리하여야 한다.

 

32(사업자단위과세 사업자의 적용 전 정정사항 처리) 사업자단위과세로 등록한 사업자가 적용시기도래 전에 사업자등록 정정사유가 발생하여 사업자등록 정정신고서(시행규칙 별지 11 서식)를 접수한 종된 사업장 관할 세무서장은 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 사업자등록 정정사실을 즉시 통보하여야 한다.

1항에 따라 종된 사업장의 사업자등록정정사실을 수보한 본점 또는 주사무소 관할세무서장은 사업자단위과세 등록사항을 직권정정한 후 사업자등록증을 즉시 발급하여야 한다.

 

33(사업자단위과세 포기) 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장은 해당 사업자로부터 사업자단위과세 포기신고서(시행규칙 별지 제12호 서식)를 제출받은 경우 사업자단위과세 포기신고 내용을 전산 입력하고 그 결과를 종된 사업장 관할세무서장에게 통보하여야 한다.

사업자단위 과세사업자가 사업자단위과세를 포기한 경우 종된 사업장 관할세무서장은 다음과 같이 사업자등록번호를 부여하여야 한다.

1.기존사업자로서 사업자단위과세를 적용받은 사업자는 사업자단위과세를 적용받기 전에 사용하던 사업자등록번호

2.신규사업자로서 사업자단위과세를 적용받은 사업자는 신규사업자에 준한 새로운 사업자등록번호

 

34(사업자단위과세 사업자의 신고 및 경정) 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 사업자단위과세 사업자가 부가가치세 신고를 하는 경우 부가가치세신고서에 사업자단위과세의 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서(시행규칙 별지 제28호 서식), 부동산임대사업자의 경우 사업장별 부동산임대공급가액명세서(시행규칙 별지 제25호 서식) 첨부하여 제출하도록 안내하여야 한다.

사업자단위과세 사업자의 수정신고ㆍ경정 등의 청구ㆍ불복청구 및 경정은 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장이 처리하여야 한다.

 

35(사업자단위과세 사업자의 자료관리 등) 사업자단위과세 사업자의 과세자료는 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장이 처리하여야 한다. 다만, 사업자단위과세를 적용받기 전 과세기간에 대한 과세자료는 사업자단위과세를 적용받기 전 사업장관할세무서장이 처리하여야 한다.

사업자단위과세 사업자의 종된 사업장을 관할하는 세무서장은 필요한 경우 해당하는 종된 사업장의 현장확인 등을 할 수 있다.

사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장은 종된 사업장이 관할을 달리하는 경우 종된 사업장의 현장확인 등을 종된 사업장 관할세무서장에게 요청할 수 있다.

3항에 따라 현장확인 등을 요청받은 종된 사업장 관할세무서장은 요청내용을 즉시 확인하여 회보하여야 한다.

 

3장 신고관리

 

1절 일반사항

 

36(신고관리 기본방향 및 신고대상자 파악) 지방국세청장(신고관리과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자가 부가가치세를 신고납부하는데 불편이 없도록 최대한의 납세서비스를 제공하여야 한다.

국세청장(부가가치세과장)은 전산수록된 세적자료와 직전 부가가치세 신고자료에 따라 신고유형별 신고대상자를 파악하여 신고안내 등에 활용할 수 있다.

국세청장(부가가치세과장)은 납세자가 성실신고하는데 도움이 되도록 신고 전에 안내자료를 제공할 수 있다.

 

37(자체계획의 수립) 지방국세청장(신고관리과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 예정신고 또는 확정신고 관리업무를 집행함에 있어 사업자에 대한 신고안내, 세정지원 및 성실신고 유도 등 효율적인 신고관리를 위하여 관서별 실정에 맞는 세부계획을 수립시행하여야 한다.

 

38(신고상담창구 등 설치 운영) 부가가치세 담당과장은 예정신고 또는 확정신고 기간마다 방문사업자의 신고편의를 위하여 부가가치세 (전자)신고상담창구를 설치하여 운영할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 부가가치세 (전자)신고상담창구에 전자신고용 인터넷PC와 유형별업종별 신고서 작성요령 등을 비치하고 종사직원을 순환 배치하여 사업자가 스스로 신고서를 작성할 수 있도록 전자신고 방법 및 신고서 작성방법을 안내할 수 있다.

 

39(신고안내문 발송) 국세청장(부가가치세과장)은 신규 사업자 등 신고안내가 필요한 사업자에게는 신고서 등을 전산기획담당관(우편물자동화센터)에 의뢰하여 일괄 발송할 수 있다.

 

40(우편신고 및 전자신고 권장) 부가가치세 담당과장은 사업자의 신고편의를 위하여국세기본법5조의2에 따른 우편신고 및 전자신고를 적극 권장한다.

 

41(종사직원에 대한 교육) 지방국세청장(신고관리과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 부가가치세 신고관리업무 착수 전에 종사직원에게 다음 사항에 대한 교육을 실시하여 신고관리업무가 차질없이 집행되도록 하여야 한다.

1. 신고관리 기본방향

2. 세법 등 개정내용

3. 우편신고 및 전자신고 요령 등

 

2절 신고서 접수 및 전산입력ㆍ전송ㆍ보관

 

42(신고서 등의 접수) 부가가치세 신고서(전자신고 제외) 등 시행령 제90조제2항과 시행령 제91조제1, 국세기본법45조와 같은 법 제45조의3에 따라 제출하는 서류는 민원봉사실에서 접수함을 원칙으로 한다. 다만, 부가가치세 신고기간 중에 부가가치세 담당과장은 납세자보호담당관과 협의하여 민원봉사실에 신고서접수창구를 설치ㆍ운영할 수 있으며, 원거리 사업자의 신고편의를 위하여 현지접수창구를 설치ㆍ운영할 수 있다.

납세자보호담당관은 부가가치세 신고기간 중에 신고서접수창구나 현지접수창구를 설치ㆍ운영하는 경우 부가가치세 담당과장과 협의하여 접수창구 근무자를 과별 담당업무에도 불구하고 적정 인원을 지정하여 근무하게 할 수 있다

납세자보호담당관(신고서접수창구 근무자)은 신고서, 매출처별ㆍ매입처별세금계산서합계표 등 첨부서류의 기재내용 등을 확인한 후 사업자가 접수증을 요구하는 경우 사업자에게 접수증을 발급하여야 한다.

납세자보호담당관(신고서 접수창구 운영기간에는 부가가치세 담당과장)은 접수된 신고서 등을정보화센터 사무처리규정에 따라 처리하고 타서분 신고서를 접수한 경우에는 즉시 관할세무서장에게 이송하여야 한다.

신고서 등의 접수(국세기본법5조의22항에 따른 전자신고를 포함한다. 이하 같다)에 관하여 이 규정에서 정하지 않은 사항은 국세청 민원사무처리규정에 따른다.

 

43(신고서 등의 전산 입력 등) 42조에 따라 접수된 신고서 등의 전산입력, 오류정정, 전송, 이송은 정보화센터 사무처리규정에 따른다.

부가가치세 담당과장은 제1항에도 불구하고 긴급한 민원처리가 필요한 신고서나 조기환급신고서 등과 같이 정보화센터에 이송하여 처리하기 곤란한 경우에는 직접 입력할 수 있으며, 이 경우 오류정정 등의 업무를 직접 처리한다. 다만, 전산입력대상 첨부서류는 정보화센터에 이송하여 입력을 의뢰할 수 있다.

 

44(신고서 보관) 부가가치세 담당과장은 전산입력이 완료된 신고서와 신고서 첨부서류 등을 운영지원과장에게 인계하여야 한다.

 

45(전자신고서 확인 및 첨부서류 보관) 부가가치세 담당과장은 홈택스에서 전자신고된 신고서의 이중신고 여부를 확인하여 잘못 신고된 신고서를 삭제하여야 한다.

국세청장(정보개발2담당관)은 제1항의 이중신고서 확인 및 삭제가 완료되면 전자신고 내용을 전산 입력하여야 한다.

납세자보호담당관은 부가가치세 전자신고를 한 사업자가 전자신고를 할 수 없는 영세율 첨부서류 등을 수동으로 제출하여 접수한 때에는 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 하며 부가가치세 담당과장은 이를 과세기간별로 편철하여 관리하여야 한다.

 

3절 징수와 환급

 

1관 징수관리

 

46(신고ㆍ납부불일치명세서 출력) 국세청장(부가가치세과장)은 신고서 등의 입력ㆍ오류정정과 사후결의원부 전산수록 및 처리를 완료한 후 신고서와 사후결의원부를 전산으로 비교한 결과에 따라 다음 각 호의 불일치 내용을 기록한 신고ㆍ납부불일치명세서를 생성하여야 한다.

1. 세목코드 오류자료

2. 국세환급금 계좌번호 오류자료

3. 주민등록번호 또는 사업자등록번호 오류자료

4. 무납부ㆍ납부부족자료

5. 과다납부자료

지방국세청 전산관리과장(정보화센터 운영요원)은 제1항에 따라 신고ㆍ납부불일치명세서를 생성하여 정보화센터 사무처리규정에 따라 불일치 사유를 규명하고 무과소납부자에 대해서는 세무서장(부가가치세 담당과장)에게 통보하여 필요한 조치를 취하도록 하여야 한다.

 

47(무납부자 등 확인) 부가가치세 담당과장은 신고납부불일치 사유규명 처리기한 경과 후 신고납부 결정결의서, 일괄 무납부ㆍ납부부족 경정결의서 및 일괄 무납부ㆍ납부부족 경정결의서(제외자) 등을 출력하여 활용한다.

 

48(징수결정결의) 부가가치세 담당과장은 제47조에 따른 무납부ㆍ납부부족 사업자에게는 신고기한이 속하는 달의 다음 달의 다음 달 15일까지 무납부ㆍ납부부족금액을 징수결정하여야 한다.

1항의 경우 부가가치세 담당과장은 부과통보서를 출력하고 부가가치세 일괄무납부ㆍ납부부족 경정결의서와 비교하여 적정 여부를 확인한 후 운영지원과장에게 부과통보하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 조세채권의 조기 확보를 위하여 즉시 경정이 필요한 경우에는 제1항에도 불구하고 결정(경정)결의서와 부과통보서를 즉시 출력하여 개별 징수 결정결의를 하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 신고서 작성에 오류가 있는 신고서, 수정신고서, 기한 후 신고서, 이미 해당 과세기간에 경정한 사실이 있는 신고서 등의 무납부ㆍ납부부족 세액(납부기한 연장, 추가 자진납부 또는 납부기한오류 포함)은 제1항에도 불구하고 신고일로부터 3개월 이내에 개별 결정(경정)하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 무납부ㆍ납부부족으로 경정결정한 사업자에 대하여 부과통보하기 전에 결정취소 또는 경정감 사유가 발생한 때에는 즉시 신고ㆍ납부불일치 사유를 규명하고 결정취소 또는 경정감 처리하여야 한다.

 

49(예정고지 결정) 부가가치세 담당과장은 개인 일반과세자의 각 예정신고기간과 간이과세자의 예정부과기간에 예정고지(부과) 대상자를 전산으로 확인하여 확정 및 부과통보하고, 예정신고기간 또는 예정부과기간이 끝난 후 10일이내에 국세징수사무처리규정에 따라 고지서를 발부한다.

부가가치세 담당과장은 예정고지(부과)된 사업자가 법 제48조제4항 및 법 제66조제2항에 따라 예정신고를 한 때에는 예정고지세액을 결정취소하고, 전산으로 운영지원과장에게 부과통보(결정취소)하여야 한다.

 

2관 환급관리 

 

50(환급대상자 관리) 국세청장(부가가치세과장)은 제46조에 따른 신고납부자료의 비교작업이 끝나면 환급신청자와 과다납부자 등 환급대상자를 전산으로 일괄 선정한다. 다만, 신고서 오류자 등은 일괄 선정에서 제외하고 그 명단을 출력한다.

부가가치세 담당과장은 환급대상자에 대하여 환급신고 내용과 첨부서류 등을 활용하여 서면검토하고 일괄환급대상자와 개별환급대상자로 분류한다.

 

51(일괄환급 결정결의 및 통보) 부가가치세 담당과장은 일괄환급대상자에 대하여 환급대상자의 누락 또는 착오 여부와 환급금액의 적정 여부를 검토한 후 환급결정결의를 하여야 한다. 다만, 일괄환급 결정결의를 취소할 사업자는 제외한다.

일괄환급 결정결의가 끝나면 부가가치세 담당과장은 환급 건수ㆍ금액 및 환급받는 자의 적정 여부를 확인한 후 이를 운영지원과장에게 통보하여야 한다.

운영지원과장은 환급대상이 된 국세 등을 납부한 자와 환급금에 대한 권리의 양도 또는 그 밖의 사유로 인하여 환급금의 지급대상자가 서로 다른 경우에는 정당한 지급대상자를 전산에 수록하여 환급통보서를 작성할 때 착오가 없도록 하여야 한다.

 

52(부당환급신고 혐의자 관리) 부가가치세 담당과장은 부가가치세 부당환급 신고 혐의가 있어 현장확인이 필요한 때에는 현장확인을 실시할 수 있다.

서면분석이나 현장확인을 통하여고액의부당환급혐의자, 자료상혐의자 또는 탈루세액이 크고 여러 과세기간에 걸쳐 부당환급(공제) 등이 이루어져 세무조사가 필요하다고 판단되는 경우에는 세무서장의 결재 후 조사담당과장에게 인계하여 세무조사를 실시할 수 있도록 하여야 한다.

 

53(개별환급 결정결의 및 통보) 세무서장(부가가치세 담당과장 또는 조사과장)은 부당환급 혐의가 발견되어 현장확인대상자 또는 세무조사대상자로 분류된 사업자에 대하여는 다음 각 호에 따라 처리한다.

1. 현장확인 또는 세무조사 결과 환급신청세액의 변동이 있는 경우에는 부가가치세를 경정(재경정)하고, 변동이 없는 경우에는 환급(조기ㆍ일반)세액을 전산으로 개별결의 한다.

2. 법정 환급기한 전에 현장확인이나 세무조사가 실시되지 않거나 종결되지 아니한 경우에는 원칙적으로 법정 환급기한까지 환급(조기ㆍ일반)세액을 개별결의하여 환급조치 하되, 조세일실 등의 우려가 있어 환급을 보류할 필요가 있다고 판단되는 상당한 이유가 있는 경우에는 그 이유를 서면으로 통지하고 현장확인 또는 세무조사종결 후에 그 결과에 따라 개별결의 한다.

부가가치세 담당과장(세무조사의 경우 조사과장)은 부가가치세 경정(재경정) 및 환급(조기ㆍ일반)세액에 대하여 세무서장의 결의가 있는 즉시 환급구분ㆍ환급기산일 등을 확인하여 확정하고, 전산으로 운영지원과장에게 부과통보하여야 한다.

일괄환급 결정결의를 취소하고 개별환급 결정결의하는 사업자에 대해서도 제1항 및 제2항을 준용한다.

 

54(환급 후 부당환급 분석 및 점검) 국세청장(부가가치세과장)은 환급신고 내용을 분석할 수 있도록 세금계산서 등의 자료를 전산으로 구축한다.

부가가치세 담당과장은 과세기간별로 환급신고자에 대한 자료를 분석하여 현장확인대상자 선정 등에 활용하여야 한다.

 

4절 무신고자관리 

 

55(무신고자 파악 및 관리) 국세청장(부가가치세과장)은 예정 또는 확정신고 기간 종료 후 무신고자 명단을 관할 세무서장(부가가치세 담당과장)에게 전산등을 통해 알려주어야 한다.

부가가치세 담당과장은 법정신고기한까지 무신고한 사업자에게 기한 후 신고를 권장하여야 하며, 국세청장(부가가치세과장)은 전산기획담당관(우편물자동화센터)을 통하여 무신고자에게 기한 후 신고 안내문을 발송할 수 있다.

 

56(기한 후 신고자 및 무신고자 결정) 부가가치세 담당과장은 기한 후 신고서를 제출하는 무신고자에 대해서는 신고내용에 명백한 탈루혐의가 없는 한 신고내용에 따라 결정하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 기한 후 신고 권장을 하였으나 정당한 사유없이 신고를 하지 않는 사업자에 대해서는 법 제57조에 따라 결정하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 무신고자가 신고대상기간의 사업실적에 대하여 기한 후 신고를 하지 않거나 기한 후 신고내용의 확인을 위하여 현장확인이 필요한 경우 현장확인 담당자를 지정하여 이를 실시할 수 있다.

 

5절 수정신고 및 경정 등의 청구  

 

57(수정신고 안내) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 세원관리 등의 방법으로 부가가치세 과세표준 및 세액신고 내용을 분석한 결과 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 그 구체적인 근거를 제시하여 수정신고 안내를 할 수 있다.

 

58(수정신고 및 경정 등의 청구의 처리) 부가가치세 담당과장은 수정신고서가 접수된 경우 당초 신고한 내용과 수정신고서의 내용을 접수일로부터 2개월 이내에 검토하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 경정청구서가 접수된 경우 경정청구 내용과 증빙서류, 거래상대방 신고내용 등을 검토하여 접수일로부터 2개월 이내에 결정 또는 경정하거나, 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 접수일로부터 2개월 이내에 결정이 곤란한 경우에는 그 이유를 서면으로 통지하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 수정신고 및 경정 등의 청구내용의 확인을 위해서 서면으로 해명요구를 할 수 있으며 현장확인이 필요한 경우에는 현장확인담당자를 지정하여 최소한의 범위에서 이를 실시할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 경정 등의 청구에 대하여 경정을 한 경우 해당 결의서를 전산 입력하고, 부과(환급)통보서를 전산으로 운영지원과장에게 통보하여야 한다.

 

6절 세원관리

 

1관 일반 세원관리

 

59(일반사항) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 관내 세원의 지역특성ㆍ신고성실도 등을 고려하여 세원관리 취약분야 및 문제점이 있는 사업자를 분석하여 불성실 신고내용이 시정되도록 관리하여야 한다.

 

60(세원관리) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 세원관리 취약분야, 호황업종, 유흥업소, 고소득사업자 등 세원관리 필요성이 있는 사업자에 대한 자체 세원관리 추진계획을 수립하여 관리하여야 한다.

지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 제1항에 따른 세원관리 결과를 수정신고안내 및 조사대상 선정 등에 활용한다.

2항에 따른 세원관리 과정에서 현장확인이 필요한 경우에는 지방국세청 성실납세지원국장 및 세무서장의 결재를 받아 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다.

 

 

2관 신고내용 확인

 

61(일반사항) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자가 자발적으로 성실신고할 수 있도록 제36조에 따른 안내자료의 신고내용 반영 여부, 각종 신고 항목의 오류 및 누락 여부 등을 확인하여 수정신고 안내 등을 하여야 한다.

1항에 따른 확인은 신고서 및 전산상 각종 과세정보 등 내부자료를 최대한 활용하여야 하며, 필요한 경우 지방국세청(성실납세지원국장) 및 세무서장의 결재를 받아 외부기관으로부터 자료를 수집하여 실시할 수 있다.

 

62(확인계획 수립) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 종사인력, 업무의 중요도, 대상자 수 등을 고려하여 자체 실정에 맞는 신고내용 확인계획을 수립하여야 한다.

지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 제63조제1항에 따라 선정된 사업자의 신고내용 확인업무를 수행하기 위해 담당자를 지정하여야 한다.

 

63(확인대상자 선정) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 제36조에 따른 안내자료의 신고 반영 여부, 특정 신고 항목의 신고 적정 여부 등을 검토하여 신고내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 혐의가 있는 사업자를 확인대상으로 선정할 수 있다.

1항에 따른 확인 대상자는 지방국세청장(성실납세지원국장)선정함을 원칙으로 한다. 다만, 세무서장은 관내 세원의 특수성 등을 감안하여 신고내용 확인이 필요하다고 판단하는 경우 지방국세청장(성실납세지원국장)의 승인을 받아 선정할 수 있다.

 

64(확인범위) 확인대상 과세기간은 최근 2개 과세기간(간이과세자는 1개 과세기간)으로 한다.

확인대상은 제63조에 따른 대상자의 신고내용 중 오류 또는 누락혐의가 있는 항목으로 하되, 66조제1항에 따른 해명자료 제출 안내에 기재된 내용에 한정하여야 한다.

 

65(처리기한) 확인 담당자는 제63조에 따른 대상자 선정일로부터 2개월 이내에 신속하게 확인업무를 처리하여야 한다. 다만, 사업자가 정해진 기간 내에 해명하지 않는 경우 등의 사유가 있는 경우에는 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(부가가치세 담당과장)의 결재를 받은 후 1(1개월 이내)에 한하여 처리기한을 연장할 수 있다. 처리기한을 연장한 경우신고내용확인 처리기한 연장 통지(별지 제38(2)호 서식)를 대상자에게 즉시 발송하여야 한다.

 

66(해명안내 등) 확인 담당자는 제63조에 따른 대상자의 신고내용 오류 또는 누락 여부를 확인하기 위해부가가치세 신고 관련 해명자료 제출안내(별지 제36(1)호 서식)로 사업자에게 해명자료 제출을 서면으로 안내하여야 한다. 이 경우 해명자료 제출기간은 1주 이상으로 적정하게 부여하고 해명자료는 신고내용 확인 범위에 한정하여 구체적으로 제출을 안내하여야 한다.

1항에 따른 해명자료 제출 안내 시 사업자의 권리 보호를 위해 권리보호 요청제도에 대한 안내(별지 제2(4)호 서식)를 서면으로 함께 안내하여야 한다.

확인 담당자는 해명자료 검토 결과 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되는 경우부가가치세 수정신고 안내(별지 제36(2)호 서식)로 사업자에게 수정신고를 안내하여야 한다.

신고내용 확인 업무는 납세자와의 직접적인 접촉 없이 간접확인의 방법으로 수행함을 원칙으로 한다.

확인 담당자는 해명자료 검토 결과 오류 또는 누락된 내용이 발견되지 않는 경우 처리기한일로부터 7일이내부가가치세 해명자료 검토 결과 안내(별지 제37(1)호 서식)를 사업자에게 발송하여야 한다.

확인 담당자는 신고내용 확인 결과 사업자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 처리기한일로부터 7일이내부가가치세 수정신고 검토 결과 안내(별지 제37(2)호 서식)를 사업자에게 발송하여야 한다.

 

67(경정 등) 확인 담당자는 사업자가 제66조제1항 또는 제3항에 따른 안내를 받고 해명자료를 제출하지 않거나 수정신고를 하지 않은 경우(수정신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 포함)로서 객관적인 자료에 따라 신고내용에 오류 또는 누락된 내용이 확인되는 경우과세전적부심사사무처리규정에 따른 과세예고통지서를 발송하고 과세전적부심사 청구기한 종료 후 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 등 필요한 조치를 취해야 한다.

지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자가 제66조 제1항 또는 제3항에 따른 안내를 받고 해명자료를 제출하지 않거나 수정신고를 하지 않은 경우(수정신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 포함)로서 탈루 혐의가 명백하여 세무조사가 필요하다고 판단되는 경우 조사대상 선정 등에 활용하도록 지방국세청은 조사국장, 세무서는 조사과장에게 통보할 수 있다.

 

68(절차준수 및 진행관리) 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(부가가치세 담당과장)은 신고내용 확인업무 수행과정에서 사업자의 권리가 보호되도록 제62조부터 제67조까지의 규정에 따른 신고내용 확인절차와 범위 등의 준수 여부를 점검관리하여야 한다.

지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(부가가치세 담당과장)은 신고내용 확인 관련 진행상황을 전산에 입력하여 관리하여야 한다.

 

 

3관 기타 세원관리

 

69(대손세액공제 등 관리) 부가가치세 담당과장은 사업자가 대손세액공제신청(변제신고)을 한 경우에는 사업자가 제출한 대손세액공제(변제) 신고서ㆍ대손(변제)사실을 증명하는 서류 및 관련세금계산서 사본에 따라 대손세액공제(변제)의 적정 여부를 검토하여 필요한 조치를 하여야 한다.

 

70(대리납부 관리) 부가가치세 담당과장은 원천징수의무자(소득지급자)국제조세사무처리규정39조부터 제43(비거주자 등의 국내원천소득에 대한 소득세ㆍ법인세 납세사실증명 발급)까지, 44조부터 제50조의2(조세조약상 비과세ㆍ면제 적용 신청, 검토 및 경정청구)까지의 규정에 따라 제출된 계약서 등에 따라 대리납부 여부를 사후관리 하여야 한다.

 

4장 자료관리

 

1절 세금계산서합계표 관리

 

71(국가기관 등에 대한 세금계산서합계표 제출 안내) 국세청장(부가가치세과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 부가가치세 신고의무는 없으나 법 제54조제5항에 따라 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 하는 국가ㆍ지방자치단체ㆍ비영리법인 및 면세사업자 등에게 확정신고 시 제출 안내문을 발송하여 홈택스를 통한 전자제출 또는 전산매체로 제출하도록 안내할 수 있다

 

72(세금계산서합계표 제출 안내) 부가가치세 담당과장은 세금계산서합계표 제출의무가 있는 자에게 세금계산서합계표를 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고서와 함께 제출하도록 안내할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 주류 제조ㆍ도매ㆍ중개업자가 주류판매 세금계산서에 대한 매출처별세금계산서합계표를 작성하는 때에는 일반 매출처별세금계산서합계표와 별지로 구분 작성하고 비고란에주세사무처리규정에 따른 거래쌍방의 유형코드를 기재하도록 안내할 수 있다.

 

73(세금계산서합계표 전산매체 제출 안내) 부가가치세 담당과장은 시행령 제97조에 따라 세금계산서합계표를 전산매체로 제출하는 사업자에게 국세청장(부가가치세과장)이 정하는세금계산서합계표 전산매체 제출요령에 따라 제출하도록 안내하여야 한다.

사업자를 대리하여 제출하는 세무대리인의 전산매체 제출요령은 아래 표의 세무대리인의 세금계산서합계표 전산매체 제출요령에 따른다.

세무대리인의 전산매체에 의한 세금계산서합계표 제출요령

1. 전산매체 제출관련 제출장소ㆍ제출방법

.제출대상자부가가치세 신고 시 납세자를 대리하여 제출하는 세무대리인

.전산매체수록ㆍ제출대상자료매입ㆍ매출처별세금계산서합계표

.제출기한부가가치세 신고기한과 같음(예정, 확정)

.제출장소세무대리인의 사업장관할세무서

.제출방법

-세무대리인의 사업장 관할세무서에 개인ㆍ법인별로 전산매체에 수록하여 부가가치세 담당과에 제출명세서와 함께 일괄 제출

-사업자의 사업장 관할세무서는 신고서와 제출명세서(사업자의 사업장 관할 세무서용)를 함께 제출

-부가가치세 신고서 우측 하단에세무대리인 상호등을 기재한 청색 고무인을 반드시 날인

-환급신고자는 사업자의 사업장 관할세무서에 부가가치세신고서와 서식에 의한 세금계산서합계표를 제출하고 전산매체는 세무대리인 사업장 관할세무서에 제출(환급신고자 세금계산서합계표 서식표지 우측하단에 적색 전산매체필 도장을 날인하여 제출)

2. 전산매체 일괄수록요령

  제출사업자별로 파일을 구성

부가가치세 담당과장은 사업자가 제1항에 따라 작성ㆍ제출하는 경우 전산저장 매체와 전산매체 제출집계표(별지 제13호 서식)를 작성하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고서와 함께 제출하도록 안내하여야 한다.

 

74(전산 입력) 부가가치세 담당과장은 법 제54조 및국세기본법45조의3에 따라 제출받은 세금계산서합계표(전산매체 제출분 포함)에 대해 정보화센터 사무처리규정에 따라 정보화센터에 이송하여 전산 입력되도록 조치하여야 한다.

 

75(수정신고 및 경정 등의 청구의 처리) 부가가치세 담당과장은 사업자가 세금계산서의 거래일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 전에 수정신고ㆍ경정 등의 청구 또는 기한 후 신고를 할 때 제출한 세금계산서합계표(예정신고분을 확정신고 기한까지 수정신고한 경우 포함)에 대해서는 확정신고분에 합산하여 전산 입력되도록 조치하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 사업자가 세금계산서 거래일이 속하는 과세기간의 확정신고기한이 경과한 후 수정신고ㆍ경정 등의 청구 또는 기한 후 신고할 때 제출한 세금계산서합계표에 대해서는 제출한 달의 다음 달 10일까지 전산 입력되도록 조치하여야 한다.

 

76(세금계산서합계표 전산비교자료의 종류) 국세청장(부가가치세과장)은 법인 및 일반과세자의 부가가치세 신고서 및 매출처별ㆍ매입처별ㆍ매입자발행 세금계산서합계표 입력내용을 전산으로 비교하여 다음 각 호의 자료를 구축한다.

1. 세금계산서합계표 불일치자료

2. 매입세액 부당공제 혐의자료

 

77(전산비교자료의 관리 및 처리) 부가가치세 담당과장은 제76조에 따라 구축된 자료를 세원관리 등의 업무에 활용하여야 한다.

부가가치세 담당과장 및 조사과장은 다음 각 호의 사유에 해당되는 경우에는 해당 사업자의 모든 과세자료(전산자료 및 수동자료)를 일괄 처리하여야 한다.

1. 해당 사업자에 대한 세무조사를 실시할 때

2. 수시부과 사유가 발생하여 수시부과 할 때

3. 부도·폐업 및 법원 경매개시 등으로 세수일실의 우려가 있는 자로서 조세채권 확보가 가능한 때

부가가치세 담당과장 및 조사과장은 제2항에 따라 전산비교자료를 처리하고 사업자의 거래부인, 무자격 및 무능력자료 등 거래상대방에게 귀책사유가 있는 경우에는 거래상대방 사업장 관할세무서장에게 알려주어야 한다.

 

2절 과세자료의 관리 및 처리

 

78(통보대상자료) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세자료에 대해 해당 업무처리 담당자는 전산에 입력하여야 한다.

1. 각종 세무조사할 때 파생된 과세자료

2. 각종 자료처리할 때 파생된 과세자료

3. 그 밖에 행정기관 등으로부터 국세의 부과에 활용할 수 있는 자료를 수집하거나 제출받은 경우. 다만, 사업자등록 및 휴ㆍ폐업 등 단순한 세적관련 자료는 입력하지 아니하고 즉시 처리한다.

4. 작성 연월일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 경과한 후의 수정신고ㆍ경정 등의 청구 또는 기한 후 신고할 때 제출한 세금계산서합계표 자료 중 거래상대방이 제출하지 아니한 세금계산서합계표 자료

5. 업무처리할 때 또는 각종 감면 및 세액공제 등의 사후관리에 의해 파생된 과세자료(신고기한이 경과하지 않은분 포함)

 

79(전산 입력) 업무처리담당자는 제78조에 따른 과세자료에 대해 과세자료의 종류를 명확하게 구분하여 사업자별, 과세기간별로 자료금액 등을 정확하게 입력하여야 한다.

전산자료를 처리하고 과세자료를 파생할 경우에는 자료종류는 해당 전산자료 종류를 선택하되 파생자료로 입력한다.

자료를 입력할 때 과세자료와는 별도로 참고할 사항 등이 있는 경우 첨부파일을 등록할 수 있다.

조사파생자료를 입력할 때 자료량이 많은 경우에는 전송시스템을 이용하여 일괄 입력할 수 있다.

입력한 수동자료의 우측 하단에 전산에서 자동 부여되는 자료일련번호를 기재한다.

 

80(과세자료의 일련번호 부여) 전산운영담당관은 제79조에 따라 전산입력할 때 수동자료는 일자별·자료종류별로 연번으로 전산 부여한다.

전산자료는 전산운영담당관이 해당 전산자료를 생성할 때 일괄로 부여한다.

 

81(전산 통·수보 절차) 업무처리담당자는 제79조에 따라 입력한 과세자료를 타서 또는 타과로 인계하고자 하는 경우에는 전산으로 인계처리(인계요청)하고, 관리자는 전산결재하여 통보하여야 한다.

1항에 따라 과세자료를 인계인수한 부가가치세 담당과장 및 조사과장은 인계인수현황, 인계요청내역 등을 관리하여야 한다.

 

82(과세자료 처리담당자 지정) 부가가치세 담당과장은 매월 접수(발생)한 과세자료에 대하여 업무처리담당자를 지정하여 전산 입력하고 해당 과세자료를 업무처리담당자에게 배부하여야 한다.

국세청장(전산운영담당관)은 업무처리담당자가 미지정된 과세자료를 전산상 조회가능하도록 하여 자료처리에 도움이 되도록 협조하여야 한다.

 

83(과세자료 처리) 과세자료 처리를 위해 납세자의 해명이 필요한 경우에는 과세자료 해명안내(별지 제14호 서식) 권리보호요청제도에 대한 안내(별지 제2(3)호 서식)를 작성하여 발송하여야 한다. 또한, 해명안내에 대해 납세자가 해명자료를 제출하는 경우 납세자 해명자료(별지 제15호 서식, 이하 같다)에 따라 제출하도록 안내하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 하나에 해당하는 경우 과세자료 해명안내발송을 생략할 수 있다.

1. 국세징수법14조에 규정하는 납기전 징수 사유가 있거나 세법이 정하는 수시부과 사유가 있는 경우

2. 고지예정일로부터 국세부과제척기간의 만료일 또는 국세징수권 소멸시효의 완성일이 3개월 이하인 경우

3. 과세자료의 내용이 명확하여 납세자의 해명이 필요 없다고 인정되는 경우

부가가치세 담당과장은 납세자가 납세자 해명자료를 제출하는 경우 전산 접수하고 관련 서류를 스캔하여 전자서고에 수록하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 납세자(개인)의 소득세 납세지가 관할 세무서에 있는 경우 해당 과세자료에 대한 소득세 신고여부도 함께 검토처리하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 해명자료를 제출하지 않거나 해명자료를 검토한 결과 부득이하게 현장확인이 필요한 경우에는 현장확인을 실시할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 현장확인, 해명자료 및 신고내용 분석결과 조사대상자로 선정할 필요가 있다고 판단되는 경우 세무서장의 결재를 받아 조사과장에게 통보한다.

부가가치세 담당과장 및 조사과장은 제1항에 따른 과세자료 해명안내에 따라 납세자가 해명자료를 제출한 경우에는 이를 성실하게 검토한 후, 해명자료 제출일로부터 30일 이내(기한의 말일이 토요일 또는 공휴일인 경우 그 다음날)해명자료 검토결과 통지(별지 제16호 서식, 이하 같다)를 발송하여야 한다. 다만 현장확인 통지(별지 제2(2)호 서식), 과세예고통지서(과세전적부심사사무처리규정별지 제2호 서식), 세무조사 사전통지(조사사무처리규정 별지 제1호 서식를 발송하는 경우에는 해명자료에 대한 검토결과 안내발송을 생략할 수 있다.

6항에 따른 납세자가 제출한 해명자료 검토 시 해명자료 보정 및 사실관계 추가 확인 등으로 기한연장이 필요한 경우 30일내 기한(기한의 말일이 토요일 또는 공휴일인 경우 그 다음날)을 재지정하여 납세자에게 해명자료 처리기한 연장 통지(별지 제38(1)호 서식)를 발송하여야 한다. 다만, 납세자가 추가 해명자료를 연장된 처리 기한까지 7일 이내로 남은 때에 제출한 경우에는 제출일로부터 7일 이내의 검토 기간을 거쳐해명자료 검토결과 통지할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 과세자료에 대한 진행상황을 확인하여 처리기한이 경과되지 않도록 관리하여야 한다.

 

84(과세자료 인계 등) 조사과장은 세무조사(통합조사, 세목별 조사, 부분조사 등)를 실시하는 조사대상자의 조사대상 과세기간에 해당하는 과세자료가 있는 경우 과세자료 인수화면에 입력하여 인수받아 처리하여야 한다. 다만, 전산으로 관리하고 있는 자료는 조사관서에서 직접 출력하여 처리한다.

사업장 이전 등으로 세적관할의 변경이 있는 경우 세적변경 전 관할세무서장은 모든 자료를 세적변경 후 관할세무서장에게 통보하여야 한다.

 

3과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률에 의한 자료의 수집 및 활용

 

85(과세자료의 수집 및 활용) 부가가치세 담당과장은과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률에 따른 자료를 제출대상 기관으로부터 제출받아 과세자료 등으로 활용할 수 있도록 하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률에 따라 과세자료를 제출하여야 할 기관에게 자료를 제출기간에 제출하도록 안내하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률에 따라 제출받은 과세자료에 대해 정보화센터 사무처리규정에 따라 정보화센터에 이송하여 전산입력되도록 조치하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률에 따른 제출대상 과세자료 이외에도 업무에 필요한 경우에는 해당 기관에 과세자료를 제출하도록 협조요청하거나 출장하여 직접 수집할 수 있다.

 

4절 매입자발행세금계산서 관리

 

86(매입자발행세금계산서 전산관리시스템 활용) 매입자발행세금계산서 업무는 매입자발행세금계산서 전산관리시스템(이하 이 절에서 관리시스템이라 한다)으로 처리하여야 한다.

 

87(총괄담당자 업무) 부가가치세 담당과장은 매입자발행세금계산서 업무를 총괄할 팀장 및 담당자를 지정ㆍ운영하여야 한다.

참 고

<신청인 관할세무서 총괄담당자>

-민원실로부터 인수한 확인신청서 접수 및 처리담당자에게 인계

-처리담당자 지정 또는 변경업무

-종결된 신청 건을 각 담당자로부터 제출받아 일괄 편철, 통계업무 등

<공급자 관할세무서 총괄담당자>

-송부된 신청서 접수 및 처리담당자에게 인계

-현장확인반 편성 등 내부 업무

-처리 담당자 지정 및 변경 업무

-종결된 현장확인 건을 제출받아 일괄 편철, 통계업무

 

88(신청인 관할세무서 업무) 납세자보호담당관(민원봉사실장)은 신청인(매입자)거래사실 확인신청서(부가가치세법 시행규칙별지 제14호의2 서식, 이하 같다)를 제출하는 경우 아래의 주요 검토ㆍ확인할 사항을 확인하여 적법한 신청이 되도록 안내하여야 하며, 접수한 거래사실 확인신청서에 접수번호 및 일자 등을 표기한 후 관련서류를 해당 부가가치세 담당과장에게 즉시 인계하여야 한다.

주요 검토·확인할 사항

-거래건당 공급대가가 10만원 이상 해당 여부

-재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월 이내 신청 여부

-필수 구비서류인 거래내역명세서와 공급자가 발행한 영수증, 거래명세서 또는 무통장입금증 등 대금결제 입증자료 등 첨부 여부

*거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있음

-매출자가 세금계산서 발급의무가 있는 사업자인지 여부

-거래당시 미등록자 및 휴ㆍ폐업자와 거래한 것인지 여부

②『거래사실 확인신청서를 수보한 부가가치세 담당과장은 내부업무 처리자를 처리담당자로 지정하며, 처리담당자는 거래사실 확인신청서를 검토·확인한 후 관리시스템에 전산 입력하여야 한다.

처리담당자는 거래사실 확인신청서의 공급자 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 거래사실 확인신청에 대한 보정요구(별지 제17호 서식)에 따라 신청일로부터 7일 이내에 보완을 요구할 수 있고, 이때 보완요구 기간은 5일 이내로 한다.

처리담당자는 보완요구에 따르지 않거나 신청기한(거래시기부터 3개월)을 넘겨 신청한 경우 또는 미등록자 및 휴ㆍ폐업자와의 거래가 명백한 경우에는 거래사실 확인거부 통지(별지 제18호 서식)에 따라 거래사실을 확인할 수 없음을 안내하여야 한다.

처리담당자는 거부결정하지 아니한 신청서는 관련서류 사본과 함께 거래사실 확인신청서 송부(별지 제19호 서식)서식에 따라 공급자 관할세무서장(부가가치세 담당과장)에게 송부(거래사실 확인의뢰)하여야 한다.

 

89(공급자 관할세무서 업무) 신청인 관할세무서장으로부터 수보한 거래사실 확인자료는 총괄담당자가 접수하며, 관리시스템에서 수보처리 하여야 한다.

공급자 관할세무서장(부가가치세 담당과장)은 거래사실 확인업무를 위해 내부업무 처리자를 처리담당자로 지정한다. 다만, 처리 건수나 효율성 등 업무형편을 감안하여 21조로 현장확인반을 편성할 수 있다.

처리담당자(현지확인반)는 실거래 여부를 확인하여 거래사실 확인신청일의 다음달 말일까지 실거래 여부를 확인하고 공급자에게 그 결과를 통지하여야 한다. 다만,부가가치세법 시행규칙52조의2에 따른 연장사유가 발생하는 경우에는 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있으며, 이 경우 거래사실 확인기간 연장통지(별지 제20호 서식)를 공급자에게 등기우편으로 발송한다.

처리담당자(현지확인반)는 거래사실이 확인되는 경우에는 거래사실 확인통지(별지 제21(1),(2)호 서식, 이하 같다.), 거래사실이 확인되지 아니하는 경우에는 거래사실 확인불가 통지(별지 제22(1),(2)호 서식, 이하 같다)를 공급자에게 등기우편으로 발송하고 신청인 관할세무서장에게는 조사결과보고서 사본을 첨부하여 문서로 회신한다.

 

90(신청인 관할세무서의 확인결과 통지) 처리담당자는 공급자 관할세무서의 처리결과 공문접수 전이라도 거래사실 확인결과를 전산조회하고 거래사실이 확인되는 경우 거래사실 확인통지서, 거래사실이 확인되지 아니하는 경우에는 거래사실 확인불가 통지서를 출력하여 신청인(매입자)에게 등기우편으로 발송하여야 한다.

 

91(매입자발행세금계산서 발급 및 부가가치세 신고방법 안내) 처리담당자는 거래사실 확인통지를 받은 신청인에게 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일로 하여 매입자발행세금계산서(부가가치세법 시행규칙별지 제14호의3 서식, 이하 같다)를 발행하고 공급자에게 발급하도록 안내한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 거래사실 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 발급하지 아니할 수 있음을 안내한다.

처리담당자는 매입자발행세금계산서를 발급한 신청인에게 부가가치세를 신고(예정신고ㆍ확정신고 및 경정 등의 청구)할 때 매입자발행세금계산서합계표(부가가치세법 시행규칙별지 제14호의4 서식, 이하 같다)를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액은 공제대상임을 안내하고, 공급자에게는 신청인으로부터 발급받은 매입자발행세금계산서를 정상적으로 발급한 매출세금계산서와 합하여 매출처별세금계산서합계표(부가가치세법 시행규칙별지 제38호 서식, 이하 같다)에 기재하여 제출하도록 안내한다. 이 경우 제1항 단서에 따라 발급하지 않은 경우라도 신청인은 매입자발행세금계산서합계표, 공급자는 매출처별세금계산서합계표에 기재하여 제출하도록 안내한다.

처리담당자는 신청인(매입자)에게 부가가치세 신고서 매입자발행세금계산서란에 기재하여 신고하도록 안내하며, 공급자(매출자)에게 부가가치세 신고서 매입자발행세금계산서란에 기재하고, 같은 신고서 세금계산서미발급등란에 세금계산서미발급가산세 2%를 적용하여 신고·납부하도록 안내한다.

 

5장 전자세금계산서 관리

 

1절 전자세금계산서 의무발급 개인사업자 관리

 

92(전자세금계산서 의무발급 통지) 가가치세 담당과장은 부가가치세법 시행령68조제1항에서 정한 전자세금계산서 의무발급 개인사업자(이하 이 절에서 의무발급 개인사업자라 한다)에 대하여 같은 법 시행령 제68조제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 하는 과세기간이 시작되기 1개월 전까지 그 사실을 해당 사업자에게 전자세금계산서 의무발급 통지서(별지 제23호 서식, 이하 같다)를 통지하여야 한다.

국세청장(전자세원과장)은 제1항의 전자세금계산서 의무발급 통지서를 해당 사업자에게 등기우편으로 일괄 발송하고, 그 명단을 관할세무서장에게 통보하여야 한다.

 

93(공급가액 증감으로 인한 의무발급 개인사업자 처리) 부가가치세 담당과장은 제92조에 따른 의무발급 개인사업자가 수정신고 또는 경정 등으로 인해 공급가액이 3억원 미만이 된 경우 의무발급 개인사업자에서 제외할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 제92조에 적용되지 아니하는 개인사업자가 수정신고 또는 경정 등으로 인해 공급가액이 3억원 이상이 된 경우에는 전자세금계산서를 발급하여야 하는 과세기간이 시작되기 1개월 전까지 그 사실을 해당 사업자에게 통지하여야 한다.

 

94(통지서 반송에 따른 업무처리) 부가가치세 담당과장은 제92조 또는 제93조제2항에 따른 전자세금계산서 의무발급 통지서가 반송되는 경우 통지기한까지 재송달을 완료하여야 한다.

 

2절 전자(세금)계산서 발급시스템 운영사업자 등록 및 관리

 

95(전자(세금)계산서 발급시스템 운영사업자 등록) ① 「부가가치세법 시행령68조제5항제1호의 전사적 기업자원 관리설비 또는 제2호의 실거래 사업자를 대신하여 전자(세금)계산서 발급업무를 대행하는 시스템을 운영하는 사업자(이하 이 절에서 시스템사업자라 한다) 등록에 관한 업무는 본점(개인은 주사업장) 관할세무서의 부가가치세 담당과장이 처리한다.

1항의 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 제출한 전자(세금)계산서 시스템사업자 등록 신청서(별지 제24호 서식)를 검토하고 지방국세청 전산관리과장과 협의하여 현장확인을 실시한다.

부가가치세 담당과장과 지방국세청 전산관리과장은 제2항에 따른 현장확인 후 그 결과에 따라 전자(세금)계산서 시스템사업자 등록(거부) 통지서(별지 제25호 서식, 별지 제26호 서식)를 해당 사업자에게 통지한다.

 

96(시스템사업자 관리) 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 전자(세금)계산서 시스템을 구축ㆍ운영하는 사업자가 지켜야 할 사항에 관한 고시를 준수하는지 여부를 관리하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서를 부가가치세법 시행령68조제7항의 기한내 전송하지 않는 시스템사업자에 대하여 지연전송 발생내역과 그에 따른 불이익 등을 지속적으로 안내한다.

부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 지속적으로 전송오류를 발생시키는 경우 한국인터넷진흥원에 표준인증 적합성에 대한 점검을 요청할 수 있다.

국세청장 또는 세무서장은 시스템사업자의 보안성 확보, 오류자료 확인 등과 관련하여 필요한 경우 이행상황 점검을 실시할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 시스템사업자의 폐업 등으로 인하여 이용자에게 손해가 발생하지 않도록 사전에 관리하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 연간 1회 이상 시스템사업자 관리 실태를 자체점검한 후 그 결과를 국세청장(전자세원과장)에게 보고하여야 한다.

 

97(시스템사업자 등록 취소 및 포기) 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 부가가치세법 시행규칙50조제5항과 전자(세금)계산서 시스템을 구축ㆍ운영하는 사업자가 지켜야 할 사항에 관한 고시에 따른 등록취소 요건에 해당하는 경우 등록을 취소할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 폐업 등으로 사업을 하지 않게 되는 경우 전자(세금)계산서 시스템사업자 등록 포기 신고서(별지 제27호 서식)를 제출받아 처리하고 그 결과를 사업자에게 통지하여야 한다.

 

3절 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록 및 관리

 

98(전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록) ① 「부가가치세법 시행령68조제9항에 따른 사업자(이하 이 절에서 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자라 한다) 등록에 관한 업무는 적용대상 사업부문 사업장 관할 세무서 부가가치세 담당과장이 처리한다.

1항의 부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록(정정) 신청서(별지 제28호 서식)를 검토하여 사업운영 여부 확인 등이 필요한 경우에는 현장확인을 실시한 후 처리할 수 있다.

 

99(전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 전산매체 처리) 지방국세청장(전산관리과장)부가가치세법 시행령689항에 따라 전산매체 형식으로 제출된 파일에 오류가 있거나 해석이 불가능한지 여부 등을 확인하여 처리하여야 한다.

 

100(전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록 취소 및 포기) 부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자가 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자의 전산매체 제출 절차에 관한 고시에 따른 등록취소 요건에 해당하는 경우 등록을 취소할 수 있다.

부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자가 폐업 등으로 사업을 하지 않게 되는 경우 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록포기 신고서(별지 제29호 서식)를 제출받아 처리하고 그 결과를 통지하여야 한다.

 

4절 전자(세금)계산서 보안카드 관리

 

101(전자(세금)계산서 보안카드 신청 및 발급) 부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서 보안카드 사용자 신청서(별지 제30호 서식)에 따라 사업자가 전자(세금)계산서 보안카드(이하 이 절에서 보안카드라 한다) 신규ㆍ재발급ㆍ포기 등 신청을 하는 경우 이를 접수한다.

부가가치세 담당과장은 제1항에 따른 신청서를 전산입력한 후 사업자에게 보안카드를 발급하고 해당 신청서에 수령 날인하도록 한다.

 

102(전자(세금)계산서 보안카드 관리) 부가가치세 담당과장은 보안카드가 분실되지 않도록 주의하여야 하며, 보안카드를 분실한 경우 분실 사유서를 작성하고 그 내용을 전산입력한다.

부가가치세 담당과장은 분기 1회 이상 보안카드 관리실태를 자체 점검한 후, 그 결과를 국세청장(전자세원과장)에게 보고하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 보유하고 있는 보안카드의 부족이 예상되는 경우 국세청장(전자세원과장)에게 요청하여야 한다.

 

6장 현금영수증·신용카드 관리

 

1절 현금영수증 관련 업무

 

1관 현금영수증 가맹점 관리

 

103(가입대상업종 사업자 통보) 국세청장(전자세원과장)소득세법162조의31항에 따라 현금영수증 가맹점에 가입하여야 하는 같은 법 시행령[별표 32]에 따른 소비자상대업종(주ㆍ부업종 포함)을 영위하는 사업자로서 다음 제1호에 해당하는 사업자의 명단을 매년 3월초에 사업자등록증 발급일, 현금영수증 가맹점 가입일자 및 가입기한을 표기하여 사업장 관할세무서장에게 통보하여야 한다. 다만, 2호부터 제4호까지 해당하는 사업자 명단은 사업자등록일의 다음날에 통보하여야 한다.

1. 직전 과세기간의 수입금액의 합계액(결정 또는 경정에 의하여 증가된 수입금액을 포함한다)24백만원 이상인 사업자

2. 소득세법 시행령147조의3에 따른 사업자

3. 부가가치세법 시행령109조제2항제7호에 따른 사업자

4.소득세법 시행령[별표33]에 따른 업종을 영위하는 사업자

국세청장(전자세원과장)법인세법117조의21항에 따라 현금수증 가맹점에 가입하여야 하는 소득세법 시행령[별표 32]에 따른 소비자상대업종(주ㆍ부업종 포함)을 영위하는 법인사업자 명단을 사업자등록일의 다음날에 사업자등록증 발급일, 현금영수증가맹점 가입일자 및 가입기한을 표기하여 해당 법인의 사업장 관할 세무서장에게 통보하여야 한다.

 

104(가입안내) 103조제1항에 따라 현금영수증 가맹점에 가입하여야 하는 업종을 영위하는 사업자 명단을 통보받은 부가가치세 담당과장은 현금영수증 미가맹점에 대하여 3월말까지 현금영수증 가맹점에 가입하도록 안내문을 발송하여야 한다. 이 경우 신용카드 가맹점에도 가입하도록 안내할 수 있다. 다만, 103조제1항제2호부터 제4호까지의 사업자 중 가입기한이 경과한 자를 제외한다.

103조제2항에 따라 현금영수증 가맹점에 가입하여야 하는 업종을 영위하는 법인 명단을 통보받은 부가가치세 담당과장은 현금영수증 미가맹점에 대하여 요건에 해당하는 날부터 3개월 이내에 현금영수증 가맹점에 가입하도록 안내문을 발송하여야 한다. 이 경우 신용카드가맹점에도 가입하도록 안내할 수 있다. 다만, 103조제2항에 해당하는 사업자 중 가입기한이 경과한 자는 제외한다.

국세청장(전자세원과장)은 매년 3월초 제1항과 제2항에 따른 현금영수증 가맹점 가입 안내대상자에게 현금영수증가맹점 가입 안내문을 정보보호팀장(우편물자동화센터)에 의뢰하여 일괄 발송할 수 있다.

 

105(가입대상자 확정) 국세청장(전자세원과장)은 제103조에 따라 시달한 사업자 중 제1항제1호에 해당하는 현금영수증 미가맹점의 부가가치세ㆍ소득세 신고(경정)수입금액을 수록하고 연간 수입금액이 24백만원 미만(신규사업자는 만기환산)인 사업자는 가입대상자 명단에서 제외하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 현금영수증 가맹점 가입대상자 중 업종코드 오류자에 대하여 업종코드를 정정하여 현금영수증 가맹점 가입대상자 명단에서 제외하여야 하며, 복수업종 사업자로 제103조제1항제1호에 해당하는 업종의 수입금액이 24백만원 미만으로 확인되는 사업자는 현금영수증 가맹점 가입대상자 명단에서 제외하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 제103조에 따라 통보받은 현금영수증 가맹점 가입대상자 중 제103조제1항 각 호에 포함되지 않는 사업자는 현금영수증 가맹점 가입대상자 명단에서 제외하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 현금영수증 가맹점 가입대상자가 아닌 자가 수정신고 또는 경정 등으로 인하여 현금영수증 가맹점 가입대상자에 해당되는 경우 해당 사업자에게 수정신고일 또는 경정일로부터 3개월 이내에 현금영수증 가맹점에 가입하도록 안내하여야 한다.

 

106(미가맹점 관리) ① 「소득세법162조의31항 또는 법인세법117조의21항에 따른 기한까지 현금영수증 가맹점에 가입하지 않은 사업자(법인 포함)에 대하여 세무서장은 현금영수증 가맹점 가입 기피 사유를 파악하고 현금영수증 가맹점 가입에 따른 혜택과 사업의 거래형태 등을 감안하여 신용카드단말기 설치, 인터넷 발급 사이트 또는 국세상담센터를 이용한 현금영수증 발급방법 등을 설명하고 현금영수증 가맹점에 가입하도록 권장하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 제105조에 따라 확정한 현금영수증 미가맹점 또는 가입기한 경과 후 가맹한 사업자 명단을 납세지(소득세ㆍ법인세) 관할 세무서장에게 통지하고 납세지(소득세ㆍ법인세) 관할 세무서장은 법인세 또는 소득세를 신고할 때 현금영수증 가맹점 가입대상 업종의 수입금액에 대한 현금영수증 미가맹 가산세를 법인세 또는 소득세에 가산하여 납부하도록 안내하여야 한다.

 

107(포상금 지급대상) 국세청장(전자세원과장)국세기본법84조의21항제3호는 각 목의 행위가 있는 날부터 1개월, 44호의2는 각 목의 행위가 있는 날부터 5년 이내에 거래사실을 입증할 증명서류 등을 첨부하여 신고한 자에 대하여 그 내용이 사실로 확인되면 국세기본법에 따른 포상금을 지급한다.

소비자가 거래당시에 현금영수증 발급을 요청하지 않은 것으로 확인되는 경우로서 3년 이내에 신고한 경우 조세특례제한법126조의5에 따라 현금영수증을 발급받은 것으로 보며 포상금 지급대상에서 제외한다. 다만, 소득세법162조의34, 법인세법117조의24항에 따른 거래의 경우에는 현금영수증 발급을 요청하지 아니하였더라도 포상금을 지급한다.

신고자와 실제 재화 또는 용역을 공급받은 자가 서로 다른 것으로 확인되는 경우에는 포상금 지급대상에서 제외한다. 다만, 소득세법162조의34, 법인세법117조의24항에 의한 현금영수증 미발급 신고의 경우에는 거래 상대방이 아니더라도 포상금을 지급한다.

 

108(포상금 지급방법) 국세청장(전자세원과장)은 공급자 관할 세무서장이 포상금 지급대상으로 확정한 신고자가 제출한 현금영수증발급거부 등 신고서(조세특례제한법 시행규칙별지 제77호 서식)또는 현금영수증 미발급 신고서(국세청고시 별지 제1호 서식)에 기재된 은행계좌로 지급대상 확정일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내 지급할 수 있다. 다만, 계좌번호 오류 등의 경우에는 그러하지 아니하다.

신고자의 은행계좌가 없는 경우에는 국세청장(전자세원과장)은 피신고자 관할 세무서장에게 포상금을 개별적으로 지급하게 할 수 있다.

 

109(포상금 지급제외) 국세청장(전자세원과장)은 신고자와 피신고자가 사기 등 부정한 방법에 의하여 실제 거래사실 없이 거래증빙을 조작한 것으로 확인되는 경우에는 포상금을 지급하지 아니한다.

포상금지급 후 제1항에 따라 포상금지급 제외대상으로 확인되는 경우에는 피신고자 관할 세무서장은 이미 지급한 포상금을 환수 조치하여 국고에 귀속하여야 한다.

 

2관 현금영수증 사업자 관리

 

110(현금영수증 사업자 승인번호 부여) 국세청장(전자세원과장)조세특례제한법 시행령121조의31항에 따른 현금영수증 사업자의 승인을 신청한 사업자에게 같은 법 시행령 제121조의32항에 따른 첨부서류를 제출받아 승인 여부를 결정하여 통지하여야 한다.

국세청장(전자세원과장)은 현금영수증 사업자로 승인한 사업자(“이하 이 관에서 현금영수증 사업자라 한다)에게 현금영수증 사업자 승인번호를 부여한 후 현금영수증 사업자 승인서(별지 제31호 서식, 이하 같다)현금영수증 사업자가 지켜야 할 사항 고시(국세청 공시 제2018-06, 2018.4.1)를 발급한다.

국세청장(전자세원과장)은 현금영수증 사업자가 현금영수증 사업자 승인서의 변경신청을 하는 경우 다음 각 호의 내용을 법인등기부등본 등을 통해 변경신청의 적정 여부를 확인하여 현금영수증 사업자 승인서를 다시 발급하여야 한다.

1. 상호 또는 대표자 변경

2. 사업장소재지 변경

국세청장(전자세원과장)은 현금영수증 사업자에게 승인번호는 1개를 부여하되 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 승인번호를 추가 부여한다.

1. 현금영수증 결제건당 공제금액이 달리 적용되는 경우

2. 전산조직에 따라 승인번호를 부득이하게 달리하여야 할 경우

 

111(현금영수증 사업자 조세지원) 국세청장(전자세원과장)은 매 분기별로 현금영수증 결제건수 및 다음 각 호의 금액에 의해 계산된 조세지원 금액을 현금영수증사업자에게 분기말 다음달 10일까지 통보할 수 있다.

1. 종이발급 있는 현금영수증: 결제건당 9.4(2019630일 이전 발급분까지는 12.5)

2.종이발급 없는 현금영수증: 결제건당 8.4(2019630일 이전 발급분까지는 11.5)

3.재화 또는 용역을 공급받은 상대방이 현금영수증의 발급을 요청하지 않아 소득세법 시행령210조의310항 및 법인세법 시행령159조의28항에 따라 무기명으로 발급한 현금영수증: 결제건당 8.4(2019630일 이전 발급분까지는 11.5)

 

112(현금영수증 사업자 승인 철회) 국세청장(전자세원과장)은 현금영수증 사업자가 각 호에 해당되는 경우 현금영수증 사업자 승인을 철회 할 수 있다.

1. 현금영수증 사업자가 지켜야 할 사항 고시를 위반하여 국세청장(전자세원과장)으로부터 3회 이상 통보를 받은 경우

2.현금영수증사업자로서 재정 현황 등이 열악하여 정상적인 운영이 어렵다고 판단되는 경우

3. 현금영수증 사업자가 현금영수증 사업자 승인 포기 신고서(현금영수증 사업자가 지켜야 할 사항 고시별지 제3호 서식, 이하 같다)를 제출한 경우

4. 현금영수증가맹점 등에게 재화 또는 용역의 공급없이 금전적 이익을 제공한 사실을 수사기관, 금융위원회, 금융감독원 등으로부터 통보받거나 국세청장(지방국세청장 포함) 또는 관할 세무서장이 확인한 경우

현금영수증 사업자 관할 세무서 부가가치세 담당과장은 매년 3월 현금영수증사업자의 법인세 신고현황 등 재정현황을 확인하여 정상적인 운영이 어렵다고 판단되는 경우 국세청장(전자세원과장)에게 승인철회를 요청하여야 한다.

부가가치세 담당과장은 현금영수증 사업자가 폐업 등으로 사업을 하지 않게 되는 경우 현금영수증사업자 승인 포기 신고서를 제출받아 국세청장(전자세원과장)에게 통보하여야 한다.

 

113(현금영수증 사업자 가맹점 관리) 국세청장(전자세원과장)은 현금영수증 가맹점으로 가입하고자 하는 사업자 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 가입을 제한할 수 있다.

1. 신용카드 등 소득공제 제외대상 업종(다만, 소득공제 제외대상 업종 외의 소비자상대업종을 영위하는 자는 제외한다)

2. 신용카드 위장가맹점 확정자 등 불성실 사업자

현금영수증 사업자는 제1항제2호에 해당하는 사업자로서 사업장 확인 등에 따라 정상사업자로 판단되어 국세청장(전자세원과장)에게 현금영수증 가맹점 가입을 요청한 경우 국세청장(전자세원과장)은 현금영수증 가맹점 가입 여부를 검토하여 결정할 수 있다.

 

3관 현금영수증카드 관리

 

114(현금영수증카드 신청 접수) 국세청장(국세상담센터장)은 홈택스 및 현금영수증 상담센터를 통해 현금영수증카드(소비자용 및 사업자 지출증빙용) 신청을 접수한다. 다만, 세무서에 방문하여 신청하는 경우에는 해당 세무서장이 제119조에 따라 접수하여야 한다.

국세청장(국세상담센터장)은 현금영수증 상담센터를 통해 현금영수증카드 재발급 신청이 접수되는 경우 휴대전화번호, 이메일주소 등을 통해 본인 여부를 확인한 후 다음 각 호의 방법으로 재발급 신청을 접수한다.

1. 소비자의 경우 기존에 등록된 카드번호를 삭제한 후 접수

2. 사업자의 경우 분실 등으로 사용하지 않는 카드번호를 삭제하도록 안내한 후 접수

국세청장(국세상담센터장)은 제1항 및 제2항에 따라 접수받은 현금영수증카드 신청자료를 신청일 다음날 정보보호팀장(우편물자동화센터)에게 그 명세를 전송하여야 한다. 다만, 신청일 다음날이 토요일 또는 공휴일인 경우에는 그 다음날까지 수록 또는 전송할 수 있다.

 

115(현금영수증카드 처리업무소관) 정보보호팀장(우편물자동화센터)114조제3항에 따라 신청자료에 따라 신청자에게 현금영수증 카드를 발송한다. 다만, 전산에 수록된 신청자료 중 사업자용카드 9매 이상 신청자료는 세무서장(사업자 세적 담당과장)이 처리한다.

세무서장은 제114조제1항 단서에 따라 세무서에 직접 접수된 현금영수증카드 발급 대상자에 대해서는 제119조에 따라 처리하고, 1항 단서에 따라 수록된 신청자료는 제117조에 따라 처리한다.

1항에 따라 발송된 현금영수증카드가 반송된 경우 소비자용카드는 주소지 관할세무서장(부가가치세 담당과장), 사업자용카드는 사업장 관할세무서장(사업자 세적 담당과장)이 제118조에 따라 처리한다.

 

116(우편물자동화센터 업무처리) 정보보호팀장(우편물자동화센터)은 제114조제3항에 따라 전송받은 신청자료를 확인하여 다음 각 호에 따라 처리한다.

1. 사업자용 및 소비자용 카드안내문을 먼저 확인한 후 현금영수증카드를 부착하고 카드번호를 안내문에 표기한다.

2. 1호에 따라 안내문에 표기된 카드번호와 부착된 실물카드번호의 일치 여부를 반드시 확인한 후, 창봉투에 안내문과 실물카드를 같이 넣어 우편 발송한다.

3. 정보보호팀장은 신청일부터 7일 이내(, 토요일, 공휴일은 제외)에 신청자가 요청한 배송지로 카드가 배송될 수 있도록 하여야 한다.

정보보호팀장(우편물자동화센터)은 제1항에 따라 처리한 명세를 다음날 엔티스시스템 및 홈택스시스템에 수록한다.

 

117(사업자용카드 9매 이상 신청분 승인처리) 세무서장(사업자 세적 담당과장)은 홈택스 및 현금영수증 상담센터 등을 통해 접수된 사업자용카드 9매 이상 신청자료를 다음 각 호에 따라 전산처리한다.

1. 전산에 미처리자료가 있는 경우 신청자의 사업규모, 종업원 수 등을 감안하여 신청개수의 적정 여부를 검토한 후 카드승인개수(신청개수보다 적게 승인가능)를 입력하여 수록한다.

2. 신청자료를 잘못 입력하여 수록한 경우에는 입력한 그날에 정정해야 한다.

세무서장(사업자 세적 담당과장)은 사업자가 신청일부터 7일 이내에 사업자용카드를 받을 수 있도록 조속히 처리하여야 한다.

 

118(현금영수증카드 반송관리) 세무서 부가가치세 담당과장은 발송한 카드가 반송된 경우 즉시 신청자에게 전화 연락 등을 통해 카드를 발송할 주소지를 다시 확인하여 재발송하여야 한다. 반송관리 소관은 제115조제3항에 따른다.

 

119(세무서 방문 신청한 현금영수증카드 처리) 부가가치세 담당과장은 민원인이 세무서를 방문하여 소비자용 현금영수증카드를 신청하는 경우에는 엔티스 소비자/사업자 현금영수증카드 신청 화면(DE1D)에서 배송주소, 연락처를 입력하여 접수하여야 한다. 이 경우 홈택스에 회원으로 가입하여 배송받은 카드번호를 등록한 후 사용하도록 안내하여야 한다.

세무서장(사업자 세적 담당과장)은 민원인이 세무서를 방문하여 사업자용 현금영수증카드를 신청하는 경우에는 신청수량의 적정성 여부를 검토하여 엔티스 소비자/사업자 현금영수증카드 신청 화면(DE1D)에서 배송주소, 연락처, 카드신청개수를 입력하여 접수하여야 한다.

 

2절 신용카드 등 자료의 수집

 

120(신용카드 등 자료수집 및 입·출력) 신용카드 등 자료란 다음 각 호의 자료를 말한다.

1.신용카드사업자의 신용카드직불카드의 이용대금 결제명세서(과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률 시행규칙별지 제79호의2서식)

2.금융결제원의 직불전자지급수단에 의한 금융회사의 대금결제자료(과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률 시행규칙별지 제109호서식)

3.부가통신사업자, 방송채널사용사업자 등의 판매대행자료(전자상거래 등 자료제출에 관한 고시별지제1호서식)

4.여신전문금융업법에 의한 결제대행업자, 전자금융거래법에 의한 전자지급결제대행업자, 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률에 의한 통신과금서비스제공자 등의 결제대행자료(전자상거래 등 자료제출에 관한 고시별지제2호서식)

5.결제대금예치업자의 결제대금예치자료(전자상거래 등 자료제출에 관한 고시별지제3호서식)

국세청장(전자세원과장)은 법 제75, 부가가치세법 시행령121조에 따라 제1항의 자료를 다음 각 호에서 규정하는 날까지 수집하여야 한다.

1. 1기 예정분4. 30

2. 1기 확정분7. 31

3. 2기 예정분10. 31

4. 2기 확정분다음연도 1. 31

판매대행자료 등 제출 대상자가 제1항제3호부터 제5호까지의 자료를 전산매체로 관할세무서에 제출하는 경우 부가가치세 담당과장은 전산매체를 접수한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 엔티스 수집자료접수관리(DA01)을 이용하여 수록하여야 한다.

국세청장(전자세원과장)은 신용카드 등 자료를 조회하여 활용할 수 있도록 하여야 한다.

 

 

7장 외국인관광객 사후환급 및 축산업주업법인 등 관리

 

1절 외국인관광객 사후환급 관리

 

1관 면세판매장 관리

 

121(면세판매장 지정신청서 접수) 납세자보호담당관은 외국인관광객 등에 대한 부가가치세 및 개별소비세 특례규정(이하 이 절에서 특례규정이라 한다) 4조제2항에 따른 면세판매장(이하 이 절에서 면세판매장이라 한다)의 지정을 받고자 하는 자가 면세판매장 지정신청을 하는 때에는 특례규정 제5조에서 규정한 서류(다른 법령에 의한 허가증ㆍ지정증 또는 등록증 사본)의 구비 및 기재사항의 누락 여부를 검토하여 서류가 미비하거나 기재사항이 누락된 경우에는 이를 보완하도록 한 후 접수하여야 한다.

법 제6조제4항에 따른 사업자단위 과세사업자가 면세판매장 지정을 신청(125조 변경신고 및 제126조 휴폐업신고ㆍ지정취소요구 포함)하는 경우에는 그 사업자의 본점 또는 주사무소를 관할하는 세무서의 납세자보호담당관이 접수하여야 한다.

③ 『외국인 관광객 면세판매장 지정신청서(특례규정 시행규칙별지 제1호 서식), 이하 같다)를 접수한 납세자보호담당관은 외국인 관광객 면세판매장 지정신청서및 구비서류를 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.

 

122(면세판매장 지정신청서 처리) 면세판매장을 지정받기 위해서는 다음 각 호의 요건을 충족하여야 한다.

1.지역·장소 및 업종 등을 감안하여 외국인관광객의 이용도가 높은 장소에서 면세판매장을 경영할 것

2.지정신청일 현재 3회 이상의 국세체납이 없을 것(국세징수법 시행령8조에서 정하는 정당한 사유가 있는 경우에는 제외한다)

3.국세를 50만 원 이상 포탈하여 처벌 또는 처분을 받은 사실이 없을 것

4.판매장이 없거나 주택을 판매장으로 신청하는 등 세무서장이 면세판매장으로 지정하기 곤란한 사유가 없을 것

② 『외국인 관광객 면세판매장 지정신청서를 인계받은 부가가치세 담당과장은 신청내용이 면세판매장 지정요건에 적합한지 여부를 검토하여 다음 각 호와 같이 처리한다.

1.면세판매장으로 지정하는 경우신청일부터 7일 이내에 검토결과를 전산입력한다.

2.면세판매장으로 지정하지 아니하는 경우신청일부터 7일 이내에 검토결과를 전산입력하고 신청자에게 면세판매장으로 지정하지 아니하는 사유를 기재하여 서면으로 통지한다.

사업자단위과세 사업자가 신청한 면세판매장이 세무서 관할을 달리하고 지정요건 검토를 위해 필요한 경우 관할세무서장은 면세판매장 소재지 관할세무서장에게 제1항의 지정요건 검토를 의뢰할 수 있으며, 의뢰받은 세무서장은 지체 없이 검토하여 그 결과를 회보하여야 한다.

사업자단위과세 사업자의 종된 사업장이 면세판매장으로 지정되는 경우, 외국인관광객 면세판매장지정증(특례규정 시행규칙별지 제2호 서식, 이하 같다)은 종된 사업장과 관련된 내용을 기재하되, 사업자등록번호는 본점 또는 주사무소의 사업자등록번호를 기재한다.

 

123(면세판매장 지정증 등 발급) 납세자보호담당관은 신청자에게 전산입력내용에 따라 출력된 해당 지정증과 사업자가 지켜야 할 사항 고시국세청민원사무처리규정에 따라 발급하여야 한다.

 

124(면세판매장 지정내용 기록관리) 부가가치세 담당과장은 면세판매장 지정내용을 기록ㆍ유지하여야 하며 신청서 등을 편철하여 관리하여야 한다.

 

125(면세판매장 지정사항 변경신고서 처리) 납세자보호담당관은 면세판매장의 지정을 받은 자가 면세판매장 지정사항 변경신고를 하는 때에는 구비서류의 미비 또는 기재사항의 누락 여부 등을 검토하여 서류가 미비하거나 기재사항이 누락된 경우에는 이를 보완하도록 한 후 접수하여야 한다.

② 『외국인관광객 면세판매장 지정사항 변경신고서(특례규정 시행규칙별지 제4호 서식), 이하 같다)를 접수한 납세자보호담당관은 면세판매장 지정사항 변경신고서 및 구비서류를 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.

③ 『외국인 관광객 면세판매장 지정사항 변경신고서를 인계받은 부가가치세 담당과장은 제122조부터 제124조까지의 규정을 준용하여 처리한다.

 

126(면세판매장 휴·폐업신고서 및 지정취소요구서 처리) 외국인 면세판매장 휴·폐업신고서(특례규정 시행규칙별지 제4호 서식, 이하 같다)외국인 면세판매장 지정취소요구서(특례규정 시행규칙별지 제3호 서식), 이하 같다)를 접수한 납세자보호담당관은 이를 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 하며 이를 인계받은 부가가치세 담당과장은 제124조를 준용하여 처리한다.

 

127(면세판매장 사후관리) 부가가치세 담당과장은 면세판매자가 폐업하거나 간이과세자로 유형전환되는 경우에는 면세판매장의 지정을 취소하여야 한다. 이 경우 그 사실을 지체 없이 해당 사업자에게 통지하고 외국인 관광객 면세판매장 지정증을 회수하여야 한다

부가가치세 담당과장은 면세판매자에게 특례규정 제5조제4항 각 호의 사유가 발생한 경우에는 그 지정을 취소할 수 있으며, 이 경우 그 사실을 지체 없이 해당 사업자에게 통지하고 외국인 관광객 면세판매장 지정증을 회수하여야 한다

 

128(면세판매장 점검) 면세판매장에 대한 점검은 제17조의 사업자등록을 일제점검할 때에 함께 실시함을 원칙으로 하되, 필요한 경우에는 수시로 그 운영상황 등을 점검할 수 있다.

 

2관 환급창구운영사업자 관리

 

129(환급창구운영사업자 지정) 지방국세청장(성실납세지원국장)은 특례규정 제5조의2환급창구운영사업자 지정신청서(특례규정 시행규칙별지 제42서식)에 대해 특례규정 제5조의23항의 지정요건을 면밀히 검토하여 지정 여부를 결정한다. 이 경우 신청일부터 30일 이내에 환급창구운영사업자로 지정하는 경우에는 환급창구운영사업자 지정증(특례규정 시행규칙별지 제43서식, 이하 같다)을 발급하여야 하며 환급창구운영사업자로 지정하지 아니하는 경우에는 그 내용을 해당 사업자에게 서면으로 통지하여야 한다.

지방국세청장(성실납세지원국장)은 제1항에 따라 환급창구운영사업자 지정증을 발급하는 때에는 사업자가 지켜야 할 사항 고시을 배부하여야 한다.

지방국세청장(성실납세지원국장)은 환급창구운영사업자로 지정된 자에게 환급창구운영사업자 지정증을 발급하는 때에는 신청서, 지정요건 검토내용 등 환급창구운영사업자 지정과 관련한 사항을 환급창구운영사업자 지정증발급과 동시에 국세청장(부가가치세과장)에게 보고하여야 한다.

 

130(환급창구운영사업자 점검) 지방국세청장(성실납세지원국장)은 환급창구운영사업자에 대하여 안내문 및 공제비용의 게시, 환율표의 비치 등 명령사항의 준수 여부 및 특례규정 제5조의25항의 환급창구운영사업자 지정취소 해당 여부 등을 점검할 수 있다.

 

131(송금 등에 관한 외국인관광객의 불만처리) 송금에 관련된 외국인관광객의 불만을 접수한 세무서장은 불만내용에 대하여 즉시 확인처리하고 그 내용을 해당 외국인관광객에게 통보함과 동시에 지방국세청장(성실납세지원국장)에게 보고하여야 한다.

 

2절 축산업주업법인 등 관리

 

132(축산업주업법인 등 확인서 교부신청서 접수) 납세자보호담당관은 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정(이하 이 절에서 특례규정이라 함)에서 농ㆍ어민으로 보는 축산업주업법인ㆍ가축계열화사업법인ㆍ어업주업법인(이하 축산업주업법인 등이라 한다)축산업주업법인 확인서 교부신청서(축산업ㆍ어업 주업법인 확인서 교부절차 및 서식 고시별지 제1호 서식, 이하 같다)를 제출하는 때에는 서류의 구비 및 기재사항의 누락 여부를 검토하여 서류가 미비하거나 기재사항이 누락된 경우에는 이를 보완하도록 한 후 접수하여야 한다.

② 『축산업주업법인 확인서 교부신청서를 접수한 납세자보호담당관은 해당 신청서와 구비서류를 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.

 

133(축산업주업법인 등 확인서 교부신청서 처리) 축산업주업법인 확인서 교부신청서를 인계받은 부가가치세 담당과장은 해당 신청서, 법인세 과세표준 및 세액신고서 등을 검토하여 다음 각 호와 같이 처리한다.

1. 축산업주업법인 등의 요건에 해당하는 경우신청일부터 7일 이내에 확인서의 용도 및 유효기간 등이 기재된 축산업주업법인 확인서(축산업ㆍ어업 주업법인 확인서 교부절차 및 서식 고시별지 제4호 서식, 이하 같다)를 발급하여 납세자보호담당관에게 인계한다.

2. 축산업주업법인 등의 요건에 해당하지 아니하는 경우신청일부터 7일 이내에 신청자에게 축산업주업법인 확인서를 발급하지 아니하는 사유를 기재하여 공문으로 통지한다.

 

134(축산업주업법인 등 확인서 발급현황 관리) 부가가치세 담당과장은 축산업주업법인 등 확인서 교부대장(축산업ㆍ어업 주업법인 확인서 교부절차 및 서식 고시별지 7호 서식)에 따라 축산업주업법인 등 확인서 발급현황을 기록 관리하고, 동 신청서 등을 월별 또는 연별로 편철·보관하여야 한다.

 

8장 사업자단체

 

135(목적) 납세에 관한 홍보ㆍ상담ㆍ신고안내 및 세정에 대한 사업자의 자율적인 참여를 위해 사업자 단체와 협력체제를 유지한다.

 

136(사업자단체의 구분) 소속 회원 사업자의 납세에 관한 성실신고 등을 주목적으로 하여 자율적으로 결성·운영하는 사업자단체로서 지방국세청에 등록된 단체(이하 이 조에서 세무협력단체라 한다)와 그 외의 목적으로 결성하여 운영하고 있으나 소속 회원사업자에 대한 신고안내 등이 필요한 사업자단체(이하 이 조에서 일반사업자단체라 한다)로 구분한다.

1항의 세무협력단체는 성실신고회원조합과 거래질서정상화협의회를 말한다.

1항의 일반사업자단체는 상설시장(통상 시장”)ㆍ집단상가(통상 상가”)ㆍ임대백화점(다수사업자형 백화점) 및 동일 업종의 사업자단체(중앙회·지회·분회 등)를 말한다.

 

137(성실신고회원조합의 결성·등록·변경·취소) 하나의 제조업자와 그에 전속되어 있는 판매업자 또는 동일종목을 취급하는 제조업자 및 도ㆍ소매업자 그리고 동일한 종목의 용역을 제공하는 서비스업자로 구성한 자율적인 사업자단체를 결성할 수 있다.

1항의 사업자단체가 성실신고회원조합(이하 이 조에서 조합이라 한다)으로 등록하고자 하는 경우에는 조합결성에 찬동하는 30명 이상의 사업자로서 조합을 구성하여 규약과 운영방침을 결정하고 조합장을 선임하여 조합을 결성한 후 성실신고회원조합 등록신청서(별지 제32호 서식)에 다음의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 조합소재지 관할 지방국세청장(이하 이 조에서 조합 관할 지방국세청장이라 한다)에게 제출하여야 한다.

1.조합명 및 조합소재지와 조합장 및 임원의 인적사항

2.조합의 규약 및 운영방침

3.회원의 사업장, 상호, 성명 및 사업자등록번호가 기재된 회원명부

조합등록신청서를 접수한 조합 관할지방국세청장은 7일 이내에 제2항의 요건을 구비하였는지 확인한 후 조합결성 요건을 갖추었다고 인정하는 경우에는 성실신고회원조합 등록증(별지 제33(1) 서식)을 발급한다.

조합은 조합명, 조합 소재지 등 등록사항에 대한 변경이 있을 때에는 조합 관할 지방국세청장에게 신고하여야 한다.

조합 관할 지방국세청장은 조합이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 해당 조합의 등록을 취소하여야 한다.

1.조합이 자진하여 해산하는 때

2.조합이 제2항의 요건을 갖추지 못하여 자율적인 세무협력단체로서 그 기능을 발휘하지 못할 것으로 인정되는 때

2개 이상의 동일 유형조합이 성실신고회원조합 중앙회(이하 중앙회라 한다)를 구성한 경우 제2항부터 제5항까지를 준용한다. 이 경우 조합중앙회로 보며 제3항의 성실신고회원조합 등록증(별지 제33(1) 서식)성실신고회원조합중앙회 등록증(별지 제33(2) 서식)으로 발급한다.

 

138(거래질서정상화협의회의 결성ㆍ등록ㆍ변경ㆍ취소) 동일품목을 생산 판매하는 제조업자 또는 도매업자가 연합하여 세금계산서 수수질서 정상화를 위해 결성한 자율적인 사업자단체를 결성할 수 있다.

1항의 사업자단체가 거래질서정상화협의회(이하 이 조에서 협의회이라 한다)로 등록하고자 하는 경우에는 품목별 협의회 회원사의 매출합계액이 동일 품목의 국내 총매출액의 50% 이상이거나 또는 협의회 회원사의 수가 동일 업종의 전국 총사업자수의 50% 이상으로 결성 후 거래질서정상화협의회 등록신청서(별지 제34호 서식, 이하 같다)에 다음의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 중앙회 소재지 관할 지방국세청장(이하 이 조에서 중앙회 관할 지방국세청장이라 한다)에게 제출하여야 한다.

1. 협의회 설립규약 및 운영규정

2. 가입회원 명단 매출액 명세

3. 각 지회 사무소 명세

③ 『거래질서정상화협의회 등록신청서를 접수한 중앙회 관할 지방국세청장은 7일 이내에 제2항의 요건을 구비하였는지 확인한 후 협의회결성 요건을 갖추었다고 인정하는 경우에는 거래질서정상화협의회 등록증(별지 제35호 서식)을 발급한다.

협의회는 협의회명, 협의회 소재지 등 등록사항에 대한 변경이 있을 때에는 중앙회 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

중앙회 관할 지방국세청장은 협의회가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 해당 협의회의 등록을 취소하여야 한다.

1.협의회가 자진하여 해산하는 때

2.협의회가 제2항의 요건을 갖추지 못하여 자율적인 세무협력단체로서 그 기능을 발휘하지 못할 것으로 인정되는 때

 

139(사업자단체 현황파악 및 운영) 지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자단체의 각 회원 사업자에 대한 납세홍보 및 신고안내 등 세무협력 및 효율적인 업무집행을 위해 관할 지역의 다음과 같은 사업자단체 현황을 수집한다.

1. 단체가입회원 규모 및 가입회원의 사업관련 기본사항

2. 그 밖의 필요한 사항 등

지방국세청장(세원분석국장) 또는 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자단체가 다음 각 호의 사항을 자율적으로 실시하도록 권장할 수 있다.

1. 각종 납세홍보

2. 세정에 대한 협의 및 건의

3. 가입회원에 대한 각종 신고·납부안내

4. 그 밖에 업무의 활성화를 위해 필요한 사항

 

140(사업자단체에 대한 지원) 지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자단체가 소속 구성원에 대한 홍보ㆍ상담 및 신고 등을 자율적으로 실시할 수 있도록 다음 각 호의 사항을 지원할 수 있다.

1. 세정자문·협의

  . 주요업무를 집행할 경우 사전 자문

  . 건의사항에 대한 검토 및 조치

  . 신고기간별 세정간담회 실시

2. 신고업무

  . 매 신고기간별 신고업무 집행방향 홍보ㆍ지도

  . 개정세법 적용사항 안내 및 신고요령 등

 

9장 공평과세위원회

 

141(설치) 부가가치세 분야 업무수행과정에서 야기될 수 있는 불공정을 배제하고 사업자의 권익을 보호하기 위하여 세무서에 공평과세위원회(이하 이 장에서 위원회라 한다)를 둔다.

 

142(구성) 위원회는 위원장과 4명 이상의 위원으로 구성한다.

위원장은 세무서장으로 하고 위원은 세무서 과장 및 세무분야에 관한 학식과 경험이 풍부한 자 또는 시민단체 인사 중에서 세무서장이 위촉하는 자로 한다.

세무서장은 위원회의 위원을 위촉함에 있어 특별한 사정이 있는 경우를 제외하고는 세무서 과장이 아닌 외부인사가 위원의 과반수 이상이 되도록 위촉하여야 하며 외부위원에는 시민단체 인사를 1명 이상 포함하여야 한다.

위원회에는 위원회 서무를 담당하는 간사를 둔다. 간사는 부가가치세 담당과의 부가가치세 업무를 담당하는 팀장이 된다.

 

143(기능) 위원회는 다음 각 호의 사항을 심의 결정한다.

1. 간이과세배제기준 제정업무 및 그 적용에 있어 세무서장이 필요하다고 인정하여 토의하는 업무

2. 그 밖에 세무서장이 필요하다고 인정하여 토의하는 부가가치세 업무

 

144(회의소집 및 심의결정) 위원회는 위원장 또는 부가가치세 담당과장의 요구에 의하여 위원장이 소집한다.

위원회는 4명 이상의 출석으로 개의하고 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.

 

10장 보칙

 

145(재검토기한) 이 훈령은훈령예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정(대통령 훈령 제334)에 따라 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 고려하여 202259일까지 재검토한다.

 

 

부칙(국세청 훈령 제1837, 2010.3.30.)

 

1(시행일) 이 규정은 201041일부터 시행한다.

 

2(주된 사업장에서 총괄하여 납부하는 사업자에 대한 특례) 201071일이 속하는 과세기간부터 주된 사업장에서 총괄하여 납부하려는 사업자가 법 제4조제2항의 개정규정에 따라 신청한 분부터 적용한다.

 

부칙(국세징수사무처리규정 등 일괄개정규정)

(2010. 7. 23. 국세청훈령 제1868)

이 규정은 발령한 날부터 시행한다.

 

부칙(국세징수사무처리규정 등 일괄개정규정)

(2010. 12. 27. 국세청 훈령 제1875)

이 규정은 발령한 날부터 시행한다.

 

부칙(국세청 훈령 제1986, 2013.3.29.)

이 규정은 201341일부터 시행한다.

 

부칙(국세청 훈령 제2000, 2013.6.21.)

1(시행일) 이 규정은 2013621일부터 시행한다

2(이전 훈령의 폐지) 이 훈령의 시행과 함께 국세청훈령 제1986(2013.03.29)는 이를 폐지한다.

 

부칙(국세청 훈령 제2154, 2016. 6. 21.)

이 훈령은 2016621일부터 시행한다.

 

부칙(국세청 훈령 제2266, 2018. 7. 5.)

이 훈령은 201875일부터 시행한다.

 

부칙(국세청 훈령 제2289, 2019. 2. 1.)

이 훈령은 201921일부터 시행한다.

 

부칙(국세청 훈령 제2299, 2019. 4. 1.)

이 훈령은 201941일부터 시행한다.

 

부칙(국세청 훈령 제2308, 2019. 5. 20.)

이 훈령은 2019520일부터 시행한다.

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