쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부 등 [법인, 심사-법인-2020-0011, 2020.06.10]

[ 전 심 번 호 ]

[ 제 목 ]

쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부 등

[ 요 지 ]

쟁점거래는 실거래 정황이 높으나 제출된 증빙만으로는 구체적인 실거래 금액과 매입처를 특정하기 어려워 구체적인 실거래 금액과 매입처를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 매출원가로 인정함이 타당함

[ 결정내용 ]

결정 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

법인세법 제19조 【손금의 범위】

 

주 문

처분청세무서장이 2020.3.3. 청구법인에게 한 2014 사업연도 법인세 2,185,281,367원의 부과처분과 대표자 인정상여 6,679,480,000원의 소득금액 변동통지는 홍길동 관련 폐유 매입액 6,679,480,000원의 구체적인 실거래 금액과 매입처를 재조사하여 그 결과에 따라 매출원가로 인정하여 해당 과세연도 과세표준과 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.11.22. 설립된 석유류 정제 제조업 영위 법인으로, ** **군 **읍 **로 394에서 유창업체(선박청소)로부터 수집한 폐유를 정제하여 상장법인인 매출처(주) 등에 판매하고 있으며, 2014년 중 미등록사업자 홍길동 등으로부터 폐유 원재료 총 9,669백만원(공급대가)을 매입하여 손금산입하는 등 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 2016.8.22.부터 2016.12.21.까지 청구법인의 2014 사업연도에 대하여 법인세 통합조사(이하 “당초 조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인에게 법인세 등 총 479백만원(인정상여 포함)을 고지하고, 위 폐유 매입분 중 홍길동으로부터 무자료 매입한 폐유 6,679백만원(공급대가, 이하 “쟁점금액”, 해당 거래를 “쟁점거래”라 한다)을 청구법인의 해명 내용대로 매출원가로 인정한 후, 홍길동의 매출누락 과세자료를 홍길동의 관할세무서인 거래처세무서에 통보하였다.

다. 거래처세무서는 2017.9.13.부터 2017.11.27.까지 홍길동의 2014 과세연도에 대하여 개인통합조사(이하 “홍길동에 대한 조사”라 한다)를 실시한 결과, 홍길동이 청구법인과 쟁점거래를 한 사실이 없다고 조사하고, 2017.12.4. 위 조사내용을 처분청에 다시 통보하였다.

라. 처분청은 위 파생 과세자료에 따라 쟁점금액을 손금불산입하여 2019.12.19. 청구법인에게 2014 사업연도 법인세 2,185백만원과 대표자 상여 6,679백만원을 소득처분할 예정으로 과세예고 통지하였고, 청구법인은 2020.1.14. 국세청에 과세전적부심사청구를 제기한 결과, 2020.2.19. 불채택 결정되었다.

마. 처분청은 2020.3.3. 청구법인에게 2014 사업연도 법인세 2,185,281,367원을 경정․고지하였고, 대표자 인정상여 6,679,480,000원을 소득금액 변동통지하였다(이하 “본 건 처분”이라 한다).

바. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.14.이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

<쟁점① 관련>

가. 쟁점금액은 원재료비로 실제 지출되었음에도 원가를 부인한 본 건 처분은 위법․부당하다.

1) 쟁점금액은 원재료비로 실제 투입됨

가) 청구법인은 166억원 매출을 위하여 쟁점금액(6,679백만원)을 포함한 원재료비 134억원을 투입하였다.

나) 청구주장의 핵심요지는, 그럼에도 처분청이 쟁점금액을 원가부인한다면 ① 원재료 투입 없이 매출액을 실현할 수 있다는 점에 대하여 처분청이 입증할 책임이 있으며, ② 홍길동이 아닌 제3자로부터 쟁점금액을 매입했다거나, ③ 타인으로부터 공짜로 얻은 원재료를 투입했다는 점이라도 처분청이 입증 후 과세했어야 함에도, 이에 대한 입증 없이 과세한 본 건 처분은 국세기본법 제16조【근거과세】원칙에 비추어 위법․부당하므로 취소하라는 것이다.

2) 적부심 후 본 건 청구 시 추가 제출한 입증자료 등

가) 청구법인은 청구주장 입증증거로 과세전적부심 때 제출하지 않았던 ‘청구법인 직원(배우자, 대표자의 배우자)과 홍길동 간 대화 녹취록’ 및 ‘43억원의 어음을 받아 은행에 지급제시한 어음배서사본’, ‘은행거래 일자별 명세서’를 추가로 제출하였다.

나) 또한 과세전적부심에서 2016년 당초 조사 때 조사반장이 녹취록대화 중 “물건대금 전액 지급되었지 않았느냐?”는 부분에 대한 진술 도중 “그 거래사실 세무조사 당시 확인하고 원가로 인정하였다”라는 취지로 진술한 사실이 있는데 이는 매우 중요한 증거이다.

다) 청구법인은 또한 거래처세무서장이 핵심문서로 판단한 확인서는 ‘자유로운 의사로 작성된 것이 아니고, 문답서 작성 때 이점 항변했으나 반영되지 않았다’는 요지의 청구법인 대표이사의 사실확인서를 이 건 청구서에 첨부하였다.

<쟁점② 관련>

나. 본 건 처분은 납세자의 권리를 침해하여 취소되어야 한다.

「국세기본법」제81조의 3은【납세자의 성실성 추정】규정을 두고 있고, 청구법인은 법인세법 및 복식부기원리에 따라 제반거래사실을 기장하고 이에 근거하여 법인세를 성실히 신고하였고 각종 증빙을 보관하고 있다.

이러한 사실은 당초 조사 시 처분청도 쟁점금액을 전액 손금인정하여 조사종결한바, 청구법인은 성실납세자로 추정되고 불이익받지 않을 권리가 있음이 분명하다. 처분청이 이를 번복하려면, 그것이 가능한 정도의 직접증거 없이는 뒤집을 수 없다.

그러나, 처분청은 거래처세무서의 주관적 판단자료만을 근거로 직접적 증거나 합리적인 이유 없이 본 건 처분함으로써 법률에 따라 성실납세자로 추정되는 납세자의 권리를 짓밟은바, 이는「국세기본법」제81조의2에 권리헌장으로 고시한 납세자의 권리를 침해한 것이고,「국세기본법」제19조에 정한 세무공무원의 재량의 한계를 일탈한 경우에 해당하여 본 건 처분은 취소되어야 한다.

<쟁점③ 관련>

다. 본 건 처분은 중복조사금지원칙을 위반하여 취소되어야 한다.

1) ‘다른 목적을 위하여 세무조사권을 남용한 경우’에 해당함

녹취록에 의하면, 홍길동의 세금면탈을 위하여 다른 사람들이 개입한 정황이 명백하게 드러나므로 본 건 처분은 ‘다른 목적을 위하여 세무조사권을 남용한 경우’에 해당하여 취소되어야 한다.

2) 중복조사로서 세무조사권남용에 해당하므로 취소되어야 함

청구법인은「국세기본법」제81조의4【세무조사권 남용 금지】제2항 각 호의 사유 어디에도 해당하지 않으므로 재조사를 할 수 없는바, 이는 명백한 중복조사로서 세무조사권남용에 해당함이 명백하므로 취소되어야 한다.

<쟁점④ 관련>

라. 과세요건사실이 입증되지 않아 근거과세원칙을 위반하였으므로 취소되어야 한다.

‘원재료 투입 없는 매출’에 대하여 처분청이 입증책임 있는바, ① 원재료 없이 제품생산이 가능하다거나, ② 홍길동이 아닌 제3자로부터 쟁점금액을 매입했다거나, ③ 타인으로부터 공짜로 얻은 원재료를 투입했다는 점이라도 증명되어야 할 것이므로, 이에 대한 입증 없이 과세한 본 건 처분은 증거 없는 과세처분이므로 근거과세원칙을 위반하였으므로 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

<쟁점① 관련>

가. 청구법인 대표자 대표자가 쟁점거래를 부인한 거래처세무서 조사내용 등을 근거로 쟁점금액을 원가부인한 본 건 처분은 정당하다.

1) 청구법인 대표자 대표자가 쟁점거래를 부인함

가) 처분청은 당초 조사 시 쟁점금액을 원가를 인정하여 거래처세무서에 통보하였으나, 거래처세무서에서 홍길동에 대한 조사 시 청구법인 대표자 대표자가 2017.9.21.자 확인서에서 “2014.1.1.부터 2014.12.31.까지 홍길동과 쟁점거래를 한 사실이 없으며, 어음과 당좌수표를 **은행 **동지점에서 현금으로 바꿀 때 홍길동의 명의를 빌려 이서하게 하고 현금을 처남인 배처남(당시 청구법인의 부장)이 사용한 것으로 알고 있다”라고 확인하여, 쟁점거래에 대한 처분청의 당초 원가 인정을 청구법인의 대표자가 직접 부인하였다.

나) 대표자는 또한 2017.10.27.자 문답서에서도 “법인업무를 총괄 관리·지배 ·운영하는 대표자로서 쟁점거래에 대하여 매입처 홍길동을 알지 못하고, 금융거래에 대한 구체적인 내용을 알지 못하며, 처남인 (고)배처남이 전반적인 업무를 했다”라고 답변하였다.

다) 거래처세무서 조사내용 중 “홍길동이 폐유를 매출한 사실이 없다고 강력 주장하고, 기름저장탱크 및 운송차량 등 폐유 매출관련 부대 장비가 전혀 없고, 매출대금 입금이 확인되지 않으며, 매출을 위한 매입도 확인할 수 없을 뿐만 아니라 금융거래 또한 수수료를 받고 돌려주었다.” 등 거래한 사실이 없다는 구체적인 진술이 있다.

2) 녹취록만으로는 쟁점거래의 근거가 될 수 없음

상기와 같이 쟁점거래 사실이 없다는 구체적인 진술이 있음에도, 청구법인이 정황증거라고 제출한 홍길동과 배우자 간 녹취록 통화내용만으로 쟁점거래가 실제 있었다는 근거가 될 수 없고, 쟁점거래를 하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

<쟁점② 관련>

나. 본 건 처분은 납세자의 권리를 침해한 사실이 없는 정상적인 업무처리로 정당하다

처분청의 당초 조사 시 청구법인이 홍길동으로부터 쟁점금액을 매입했다는 금융거래내역, 입고증 사본 등을 근거로 조사사무처리규정 제7조에 따라 납세자의 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여 매출원가로 손금 인정하였다.

그러나 거래처세무서의 거래처(홍길동) 조사 시 쟁점거래를 부인한 청구법인 대표자 대표자의 확인서, 문답서 및 조사내용 등 청구법인의 진실성에 반하는 입증자료가 제시됨에 따라 본 건 과세하였다.

따라서 세무공무원의 재량의 한계를 일탈한 것이 전혀 없으며 납세자의 권리 또한 침해한 사실이 없는 정상적인 업무처리로, 본 건 처분은 정당하다.

<쟁점③ 관련>

다. 처분청이 다시 세무조사를 실시하지 않고 통보받은 과세자료 내용에 따라 법인세를 재경정한 본 건 처분은 중복조사에 해당하지 않는다.

1) 절차를 거쳐 과세한 것으로 세무조사권을 남용하지 않았음

2016년 당초 조사 시 최소한의 범위 내에서 세무조사를 실시하였고, 2020년 본 건 처분 시 거래처세무서의 홍길동에 대한 조사를 통해 쟁점거래가 없었음이 확인되어 파생된 과세자료를 근거로 절차를 거쳐 과세한 것으로 세무조사권을 남용한 사실이 없다.

2) 통보받은 과세자료에 따라 경정하여 중복조사에 해당하지 않음

처분청이 청구법인의 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 다시 세무조사를 실시한 이력이 없으며, 통보받은 과세자료 내용에 따라 청구법인의 법인세를 재경정한 본 건 처분은 중복세무조사에 해당하지 않는다.

<쟁점④ 관련>

라. 처분청은 청구법인 대표자 대표자의 확인서 및 문답서, 거래처세무서 조사내용 등을 근거로 과세하였으므로 근거과세원칙을 위반하지 않았다.

처분청은 ‘가’항과 같이 홍길동에 대한 조사 시 청구법인 대표자 대표자가 직접 거래를 부인한 확인서, 문답서, 거래한 사실이 없다는 구체적인 진술 등 거래처세무서 조사내용을 근거로「국세기본법」제16조【근거과세】에 의하여 과세한 것으로 본 건 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부

2) (① 기각시) 납세자의 권리를 침해하였다는 청구주장의 당부

3) (① 기각시) 중복조사금지원칙을 위반하였다는 주장의 당부

4) (① 기각시) 근거과세원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

<쟁점① 관련>

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

2) 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

2-1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2-2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

3)법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

<쟁점② 관련>

4)국세기본법 제81조의16【국세청장의 납세자 권리보호】

① 국세청장은 직무를 수행함에 있어 납세자의 권리가 보호되고 실현될 수 있도록 성실하게 노력하여야 한다.

5)국세기본법 제19조【세무공무원의 재량의 한계】

세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다.

6)국세기본법 제81조의3【납세자의 성실성 추정】

세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

7)국세기본법 제81조2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】

① 국세청장은 제81조의3부터 제81조의16까지, 제81조의18 및 제81조의19에 규정된 사항과 그 밖에 납세자의 권리보호에 관한 사항을 포함하는 납세자권리헌장을 제정하여 고시하여야 한다. <개정 2017.12.19>

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부・서류 또는 그 밖의 물건을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 경우(｢조세범 처벌절차법｣에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 장에서 "세무조사"라 한다)

8)조사사무처리규정 제7조 (납세자의 성실성 추정)

조사공무원은 세무조사와 관련하여 「국세기본법」 제81조의3(납세자의 성실성 추정)에 따라 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

8-1)조사사무처리규정 제32조(부실과세의 방지)

① 조사공무원은 세무조사를 수행함에 있어 객관적인 사실에 근거하여 적법ㆍ공정하게 과세하여야 한다.

<쟁점③ 관련>

9)국세기본법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

10)국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조제1항제3호(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

<쟁점④ 관련>

11)국세기본법 제16조【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사・결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

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다. 사실관계

1) 일자별 진행 내역 증빙 요약

본 건 일자별 주요 진행내역 및 증빙을 요약하면 다음 표와 같다.

 

일자	내용	청구인 증빙	비고
’16.12.21.	처분청, 청구법인 당초조사시 쟁점금액 매출원가 인정	금융거래명세, 입고증 사본	당초 조사 (’14사업연도)
’17.11.27.	거래처세무서, 홍길동 조사시 쟁점거래 부인(홍길동의 매출 부인)하여 자료통보	대표자 확인서① (’17.9.21자. 거래사실 없음), 대표자 문답서 (거래사실 있음)	홍길동 조사 (’14사업연도)
’19.12.19.	처분청, 청구법인의 매출원가 부인하여 과세예고통지
’20.02.19.	과세전적부심 불채택 결정됨	대표자 확인서② (’20.2.7자. 거래사실 있음) 위 대표자 문답서 (거래사실 있음)
’20.04.14.	이 건 심사청구 제기	녹취록, 금융거래명세, 어음배서 사본,
(참고)
’19.11.27.	**지방국세청 조사1국, (유)거래처(홍길동이 실사업자) 조사시 청구법인과 ’16～’17년 거래분 거래 인정	’16～’17 연도분 유류매출입장부, 수첩(차량번호기재), 수첩(대금지급내역),   위 증빙의 ’14 연도분 유류매출입장부, 수첩	(유)거래처 조사(’16～’17사업연도)

2) 청구법인 법인세 신고내용

국세청 전산시스템(NTIS)에 따른 청구법인의 법인세 신고내용 중, 연도별 매출액, 재료비, 신고소득률 현황은 다음과 같고, 쟁점금액을 부인하는 경우 2014 사업연도 소득률은 39.2%이다.

* 매출액 16,630백만원 중 15,893백만원(95.5%)이 전기발전사업자인 상장법인 매출처㈜와의 거래임

3) 처분청의 청구법인에 대한 조사 내용(당초 조사, 2016.12.)

가) 처분청의 2016년 청구법인에 대한 조사종결보고서(조세범칙조사)에 따르면, 수입금액 누락 혐의는 없으며, 청구법인은 2014년에 홍길동 및 성명미상인으로부터 원재료(공급대가 9,669백만원)를 매입한 것에 대하여 당좌어음 4,300백만원을 지급하고 잔액 5,369백만원은 현금을 인출하여 매입대금을 지급한 것으로 소명하였고,

- 처분청은 매입대금 현금 인출액이 9,668백만원이며 현금흐름을 확인할 수 없으나, 청구법인의 소명내용대로 원재료 매입대금으로 판단하여 인적사항이 확인된 홍길동에게 6,072백만원 과세자료를 파생한 것으로 확인된다.

4) 거래처세무서의 홍길동 조사 내용(2017.11.)

가) 거래처세무서의 2017년 홍길동에 대한 세무조사 종결보고서에 따르면, 거래처세무서는 홍길동이 청구법인에게 쟁점금액을 매출한 사실이 없음을 확정하고, 2017.12.4. 쟁점거래 부인 자료를 처분청에 다시 파생하였으며,

- 위 조사보고서에는 홍길동은 청구법인(당시 상호명은 **산업주식회사, 2016.11.11. 현재의 상호로 변경됨)의 부장이던 배처남(대표자의 처남, 2015.9.17. 사망)의 부탁으로 약간의 수수료를 받고 청구법인이 발행한 어음(19장 4,300백만원)을 현금으로 교환한 후 현금을 배처남에게 되돌려 주었다는 내용 등이 기재되어 있다.

나) 위 조사보고서에는 “청구법인은 홍길동과 쟁점거래를 한 사실이 없다”는 내용의 대표자의 2017.9.21.자 확인서가 첨부되어 있다.

다) 한편 위 거래처세무서 조사 시, 대표자는 “위 2017.9.21.자 대표자 확인서는 잘못 써준 것이고, 쟁점거래가 없었다는 것은 사실이 아니다”는 취지로 문답을 하였다.

<2014년 입고증 사본 >

- 위 문답 내용 중 2014년 입고증 사본은 총 258매이며 아래와 같이, 입고일시, 회사명 홍길동, 입고수량, 인수자는 배처남(청구법인 부장)으로 기재되어 있다.

5) 본 건 처분 경위

가) 처분청이 제출한 법인세 해명자료 제출안내문 및 등기우편물 수령증원부에 따르면, 처분청은 거래처세무서의 홍길동에 대한 조사 내용 자료를 통보받고 2018.12.6. 청구법인에게 2014 사업연도 법인세 2,185,281,367원 과세 관련 해명자료 제출안내문을 등기우편 발송한 것으로 확인되며

- 처분청은 당시 청구법인이 거래사실을 입증하는 증빙자료를 제출하지 않아 과세자료 내용에 따라 본 건 처분하였다는 의견이다.

나) 국세청 전산시스템(NTIS)에 따르면, 처분청 등 과세관청이 청구법인에 대하여 실시한 세무조사의 종결 이력은 다음과 같으며, 본 건 처분과 관련하여 현장확인이나 세무조사가 실시된 이력은 조회되지 않는다. 6) 본 건 청구 시 청구인이 제출한 증빙

가) (녹취록) 청구법인은 직원 배우자와 홍길동 간 전화통화 녹취록(2020.2.14. 오전 10:39., **녹취사무소에서 정리함)을 제출하였으며, “홍길동 측의 요구로 대표자가 확인서를 써주었고, 청구법인이 쟁점금액 관련 당좌수표를 발행하고 홍길동이 가져갔다”는 취지의 내용 등이 기재되어 있다.

나) (대표자의 2020.2.7.자 사실확인서) 청구법인은 대표자의 2020.2.7.자 사실확인서를 제출하였으며, “청구법인은 홍길동과 거래를 하였고, 물품대금 입증으로 어음을 발행하였고, 홍길동 대리인의 조언에 따라 (고)배처남의 지시로 홍길동이 현금을 찾아 주었다는 확인서를 써준바, 사실관계를 재조사하여 달라”는 내용들이 기재되어 있다.

다) (금융거래명세) 청구법인은 2014년 원재료 매입액에 대한 금융거래내역 2매(총 21건 4,500백만원)를 제출하였으며, ‘NB현출’로 기재된 금액은 19건 4,100백만원이다.

라) (어음배서 사본) 청구법인은 관련 당좌수표 사본 19건을 제출하였으며, 뒷면에는 홍길동의 운전면허증 사본 또는 홍길동의 싸인이 기재되어 있다.

7) **지방국세청의 (유)거래처 조사 내용(2019.11.)

가) 청구법인이 제출한 위 2020.2.7.자 사실확인서 중 “6. 홍길동 2014년 이후 행위, 홍길동이 2019년 **지방국세청 세무조사에서 원료를 청구법인에게 납품하고 현금으로 찾아 갔다고 시인하여 현재 조사가 마무리 단계에 있는 것으로 알고 있다” 부분과 관련하여 심리부서에서 **지방국세청 조사1국에 확인한 내용은 다음과 같다.

나) **지방국세청 조사1국은 2019.9.3.부터 2019.11.27.까지 홍길동이 실사업자라고 판단한 (유)거래처(대표자 홍길동의 처, 2012.8.27. 개업, 운수업/화물, 홍길동의 처는 홍길동의 배우자)에 대한 세무조사 결과, (유)거래처가 2016년부터 2017년까지 청구법인에게 페유 등 4,168백만원 무자료매출하고 수입금액 신고누락한 사실을 확인하고,「조세범처벌법」제10조 제1항 세금계산서의 발급의무 위반으로 범칙심의 결과 홍길동과 위 법인을 고발하였고, **지방검찰청 거래처징청이 2020.2.18. 기소유예 처분하였다.
다) 위 조사 시 대표자의 주요 문답 내용에 따르면, 2016～ 2017년 거래분에 대한 증빙으로 유류매출입장부와 대금지급 수첩 사본을 제출하였다고 기재되어 있다.
라) 위 조사 시 청구법인의 생산팀장 ***은 2016년까지는 입고증을 만들었으나 분실되었고 2017년부터는 받지 않은 것으로 기재되어 있다.

마) 위 조사 시 홍길동의 문답내용에 따르면, 홍길동은 2014년부터 배처남을 통해 청구법인과 거래를 하였다는 취지로 진술하였다.

바) 위 문답내용에 나오는 2016～ 2017년 거래분에 대한 ‘유류매출입 장부, 대금지급내역 등이 적힌 수첩, 차량번호가 적힌 수첩’ 등에 대하여 청구법인의 요청으로 심리부서에서 **지방국세청에 요청하여 제출받은 증빙들은 다음과 같다.(생략)

8) 사전열람 후 청구법인이 추가 제출한 2014년 수첩 사진

청구법인은 이 건 사전열람(5차) 후 2020.5.26. 청구법인의 ‘2014년, 2015년 폐유 입출입 장부 사본’ 제목으로 ***의 업무수첩 사진 총 34매를 제출하였다.

라. 판단

1) 쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부

가) 관련 규정

(1)「법인세법」제19조 및 같은 법 시행령 제19조에 따르면, 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용은 법인의 손금으로 인정하는 것으로 규정되어 있다.

(2) 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 일차적으로 과세관청에 있다고 할 것(서울고등법원2009누5284, 2009.9.25.)이다.

나) 쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부에 대한 판단

(1) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 쟁점금액 중 원재료비로 실제 지출된 금액은 매출원가로 인정하는 것이 타당하다.

① 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 일차적으로 과세관청에 있다고 할 것(서울고등법원2009누5284, 2009.9.25.)인데, 처분청은 쟁점거래를 부인하면서 청구법인이 쟁점금액의 원재료 투입 없이 매출을 발생시킨 점에 대한 명확한 설명이 부족하다.

② 처분청이 쟁점금액을 전액 부인하는 경우 청구법인의 2014년 신고소득률은 2.7%에서 39.2%로 증가되고 이는 다른 사업연도와 비교할 때 차이가 커, 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서 납세의무자의 입증이 없거나 불충분하다 하여 해당 필요경비를 영으로 보는 것은 경험칙에 반한다고 할 수 있다(대법원91누10909, 1992.7.28. 같은 뜻).

③ 비록 청구법인 대표자 대표자가 홍길동과 쟁점거래를 한 사실이 없다는 취지로 2017.9.21.자 확인서를 써 준 사실은 인정되나, 이후 이는 “홍길동 측의 요구로 써주었을 뿐, 실제 거래가 있었고 어음 등을 발행하였다”는 취지의 내용이 대표자의 2017.10.27.자 문답 내용, 홍길동과의 전화통화 녹취록 및 대표자의 2020.2.7.자 사실확인서에서 나타나고 있고, 과세전적부심사 이후 금융거래명세 및 어음배서 사본 등 증빙이 추가 제출되어 위 확인서만으로 쟁점금액을 부인하기는 어려워 보인다.

④ 한편, **지방국세청의 최근 조사에서 홍길동이 실사업자로 조사된 거래처(주)와 청구법인의 2016, 2017년 거래분에 대하여 실거래로 인정된 사실이 있고 그 근거증빙과 유사한 2014년 해당 유류매출입 관련 업무수첩 등 증빙이 추가로 제출되었다.

⑤ 상기의 점들을 종합하여 볼 때, 쟁점거래는 실거래 정황이 높아 청구법인의 원재료비로 실제 지출된 금액은 청구법인의 매출원가로 인정하는 것이 타당하나 심리부서에 제출된 증빙만으로는 구체적인 실거래 금액과 매입처를 특정하기 어려워 보인다.

(2) 따라서 홍길동 관련 폐유 매입액 6,679,480,000원의 구체적인 실거래 금액과 매입처를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 매출원가로 인정함이 타당하다고 판단된다.

2) 납세자의 권리를 침해하였다는 청구주장의 당부

앞서 쟁점①에서 재조사 결정이 되었으므로 본 쟁점은 심의제외한다.

3) 중복조사금지원칙을 위반하였다는 주장의 당부

앞서 쟁점①에서 재조사 결정이 되었으므로 본 쟁점은 심의제외한다.

4) 근거과세원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부

앞서 쟁점①에서 재조사 결정이 되었으므로 본 쟁점은 심의제외한다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.