세법저장소

주 문

○○세무서장이 2007.6.15 청구법인에게 한 경정청구(2007.5.28자) 거부처분은 이를 취소합니다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 폐기물을 매립하는 사업을 주업으로 하는 법인으로, ○○남도 ○○시 ○○동 ○○ 매립지 80,300㎡(제1단계 20,300㎡, 제2단계 30,000㎡, 제3단계 30,000㎡) 위에 건립된 폐기물매립시설 (이하 “쟁점시설”이라 한다)에 대한 내용연수를 법인세법시행규칙 [별표5]상의 내용연수인 15년으로 하여 ‘정액법’으로 산정한 감가상각범위액과 ‘생산량비례법’으로 산정한 감가상각비와의 차이(한도초과액) 2004사업연도분 268,299,860원, 2005 사업연도분 3,502,876,750원, 2006사업연도분 2,753,027,490원 합계 6,524,204,100원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입하여 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

그 후 청구법인은 쟁점시설에 대한 감가상각범위액을 산정함에 있어 ‘정액법’이 아닌 ‘생산량비례법’을 적용하여 한도초과액을 재계산하고, 쟁점금액을 손금에 산입하여 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 재계산함으로 인하여 발생된 법인세 2004사업연도분 72,440,960원, 2005사업연도분 875,719,190원, 2006사업연도분 688,256,870원 합계 1,636,417,020원을 환급하라고 2007.5.28 처분청에 경정청구서를 제출하였다.

처분청은 쟁점시설이 구축물에 해당되므로 법인세법의 규정에 따라 ‘정액법’을 적용하여 감가상각범위액을 산정하여야 한다 하여, 2007.6.15 청구법인에게 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.7.3 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점시설이 비록 구축물에 해당되기는 하나 폐기물 매립사업은 2～3년이면 종료되어 구축물은 결국 나대지화되므로 사실상 구축물로서의 의미가 없게 되는 바, 법인세법의 규정대로 ‘정액법’으로 감가 상각비를 산정할 경우 수익은 전무함에도 향후 13년간 비용만 발생하게 되어 회계의 가장 큰 기본원칙인 ‘수익비용대응원칙’에 위배 되는 문제가 있으므로 ‘생산량비례법’으로 감가상각비를 산정하여 적정한 기간비용을 배분하는 것이 합리적이다.

나. 처분청 의견

쟁점시설은 ‘구축물’에 해당되므로 법인세법의 규정에 따라 정액법으로 감가상각비를 산정하여야 하는 바, 청구법인의 당초 신고내용은 적정하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점시설에 대한 감가상각비를 정액법이 아닌 생산량비례법으로 산정하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련법령

○ 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을

제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의

금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을

제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로

서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】

내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의

귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다

고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용 하여 온 경

우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당

해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

○ 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계

상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에

한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서󰡒상각범위액

󰡓이라 한다)의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손

금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이

를 손금에 산입하지 아니한다.

○ 법인세법시행령 제26조【상각범위액의 계산】

① 법 제23조 제1항에서󰡒대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액󰡓이라 함은

개별 감가상각자산별로 다음 각호의 구분에 의한 상각방법 중 법인이 납세지 관

할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하󰡒상각범위액󰡓이라 한

다)을 말한다.

1. 건축물과 무형고정자산(제3호 및 제6호 내지 제8호의 자산을 제외한다) : 정

액법

2. 건축물 외의 유형고정자산(제4호의 광업용 유형고정자산을 제외한다) : 정

률법 또는 정액법

3. 광업권(「해저광물자원개발법」에 의한 채취권을 포함한다) : 생산량비례법

또는 정액법

4. 광업용 유형고정자산 : 생산량비례법·정률법 또는 정액법

② 제1항 각호의 규정에 의한 상각방법은 다음과 같다.

1. 정액법 : 당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을

말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여

계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법

2. 정률법 : 당해 감가상각대상자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에

산입한 금액을 공제한 잔액에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계

산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법

3. 생산량비례법 : 당해 감가상각자산의 취득가액을 그 자산이 속하는 광구의

총채굴예정량으로 나누어 계산한 금액에 당해 사업연도의 기간 중 그 광구에서

채굴한 양을 곱하여 계산한 금액을 각 사업연도의 상각범위액으로 하는 방법

○ 법인세법시행령 제28조【내용연수와 상각률】

① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규

정에 의한다.

1. 재정경제부령이 정하는 시험연구용 자산과 제24조 제1항 제2호 가목 내지 라

목의 규정에 의한 무형고정자산 : 재정경제부령이 정하는 내용연수와 그에 따른

재정경제부령이 정하는 상각방법별 상각률(이하󰡒상각률󰡓이라 한다)

2. 제1호 외의 감가상각자산(제24조 제1항 제2호 바목 내지 아목의 규정에 의한

무형고정자산을 제외한다) : 구조 또는 자산별·업종별로 재정경제부령이 정하는

기준내용연수(이하󰡒기준내용연수󰡓라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 25를

가감하여 재정경제부령이 정하는 내용연수범위(이하󰡒내용연수범위󰡓라 한다)

안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하󰡒신고

내용연수󰡓라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각호의 신고기한내에 신고

를 하지 아니한 경우 에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다.

○ 법인세법시행규칙 제15조 【내용연수와 상각률】

② 영 제28조 제1항 제1호에서󰡒재정경제부령이 정하는 내용연수󰡓라 함은 [별

표2] 및 [별표3]에 규정된 내용연수를 말하고, 동호 에서󰡒재정경제부령이 정

하는 상각방법별 상각률󰡓이라 함은 [별표4]에 규정된 상각률을 말한다.

③ 영 제28조 제1항 제2호에서󰡒재정경제부령이 정하는 기준내용 연수󰡓및󰡒

재정경제부령이 정하는 내용연수범위󰡓라 함은 각각 [별표5] 및 [별표6]에 규정

된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다.

[별표5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수 범위표

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점시설에 대한 감가상각비를 계상함에 있어 감가상각범위액은 ‘정액법’으로 산정하고, 당해 사업연도분 감가상각비는 ‘생산량비례법’으로 산정한 다음 감가상각범위액을 초과하는 감가상각비인 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다가,

나중에 감가상각범위액을 ‘정액법’이 아닌 ‘생산량비례법’으로 산정하고, 감가상각비 한도초과액을 재계산하여 쟁점금액을 손금에 산입한 후 법인세를 재계산한 결과 발생한 환급세액의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 법인세신고서, 경정청구서(2007.5.28자)등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점시설이 구축물에 해당되므로 법인세법의 규정에 의한 감가상각방법중 ‘정액법’을 적용하여야 한다 하여, 청구법인의 경정청구를 거부한 사실이 경정청구거부통지서(2007.6.15자)에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은, 청구법인의 폐기물매립시설은 2～3년이 경과되면 매립이 종료되어 매립수수료수익이 발생되지 않아 일반적인 구축물과는 확연히 구분되는 특성이 있고, 단기 소모성 자산의 성격이 강하여 산림, 유전, 광산과 같은 천연자원과 같이 생산 또는 채굴량에 비례하여 가치가 소멸하는 자산으로 보아야 할 것이므로, 실질과세의 원칙을 적용하여 쟁점시설에 대한 감가상각비를 생산량(매립량)비례법으로 산정하여 2004～2006사업연도분 법인세를 경정청구 내용과 같이 경정 하여야 한다고 주장하고, 위 청구주장에 대하여 처분청은, 청구법인이 쟁점시설을 ‘구축물’로 분류하여 대차대조표에 계상한 사실이 나타나고, 법인세법령상 쟁점 시설이 구축물에 해당되어 정액법으로 감가상각을 하여야 한다 하여 이 건 경정청구를 거부한 사실을 알 수 있는 바, 아래에서 그 청구 주장의 당부에 대하여 살펴보기로 한다.

(4) 먼저, 쟁점시설의 개요 및 제원에 대하여 살펴본다.

(가) ○○강유역 환경청장이 2006.1.18 허가한 ‘폐기물최종처리업허가증’에는 다음과 같은 내용들이 나타난다.

1) 쟁점시설의 소재지는 ‘○○도 ○○시 ○○동 ○○’로 하고, 전문처리분야는 ‘지정폐기물 최종처리업’으로 한다.

2) 영업대상폐기물, 시설장비, 기술능력은 ‘지정폐기물 최종처리업 허가내용’에 다음과 같이 기재되어 있다.

가) 영업대상폐기물은 폐산, 폐알칼리, 폐유(타르핏치류), 오니류(폐수처리오니, 공정오니), 폐합성고분자화합물(열경화성), 분진, 광재, 폐주물사, 폐촉매, 폐흡착재, 폐흡수제, 샌드블라스트폐사, 폐내화물, 소각재, 안정화 또는 고형화처리물, 도자기편류, 기타(폐기물관리법시행규칙 [별표1]에서 규정한 기준치 이상을 함유한 폐기물, 폐전지)로 기재되어 있다.

나) 실험실은 면적 320㎡, 실험기기 및 기구는 폐기물관리법의 침출수 배출허용기준 항목 측정․분석기기, 측정분석대행계약은 ○○대학 ○○환경종합센타로 기재되어 있다.

다) 매립시설 현황은 관리형 매립시설로, 제1단계 매립시설(2003.1.18)은 면적 20,300㎡, 용량은 106,321㎥(매립가능용량은 70,881㎥), 매립고는 10.5m, 환경영향평가협의내용 변경승인(2004.7.29)은 매립고 변경(10.5m→11.5m)에 따른 용량증가(112,885㎥)로 기재되어 있고, 제2단계 매립시설(2004.5.27)은 면적 30,000㎡, 용량은 220,544㎥(매립가능용량은 166,338㎥), 매립고는 10.5m로 기재되어 있으며, 제3단계 매립시설은 면적 30,000㎡, 용량은 220,557㎥(매립가능 용량은 166,351㎥), 매립고는 10.5m로 기재되어 있다.

라) 주차장은 50㎡ 이상, 세차시설은 87㎡, 계량시설은 1식, 수집운반차량은 ○○00○0000(15톤), 00○0000(17.5톤), 00○0000(17.5톤), 굴삭기는 1대(바스켓용량 0.8㎥), 매립고측정기는 레벨표척기 1식으로 기재되어 있다.

마) 기술능력은 수질환경기사 우○○, 폐기물처리기사 김○○으로 기재되어 있으며, 비고란에 침출수처리시설은 용량이 120㎥/일, 처리 방법은 물리화학적, 생물학적, 여과흡착, 고도처리 등으로 기재되어 있다.

(나) 폐기물 최종처리업 변경허가(2007.2.7)에는 제4단계 매립시설에 대한 증설내용이 기재되어 있는 바, 면적은 30,000㎡, 용량은 220,557㎥, 평균 매립고는 10.5m로 기재되어 있다.

(5) 쟁점시설의 사용내역에 대하여 살펴본다.

(가) ○○강유역 환경청장의 ‘폐기물매립시설 사용종료 신고수리 및 사후관리 이행보증금 납부 통보’공문(2005.6.21자)에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

1) 청구법인이 제출한 폐기물처리시설 사용종료 신고서를 검토한 결과 폐기물관리법 제47조 제2항 및 같은법시행규칙 제51조의 규정에 적합하여 아래 <표1>과 같이 수리하니 같은법시행규칙 [별표14]의 규정에 의한 사후관리기준 및 방법의 규정을 준수하기 바란다.

<표1> 신고수리내역

2) 청구법인이 제출한 폐기물매립시설 사후관리소요비용 명세서를 검토한 결과 폐기물매립시설 사후관리이행보증금의 비용산출기준 등에 관한 규정(환경부고시 제2002-24호, 2002.2.19)에 부합되므로 같은법 시행령 제29조 제3항의 규정에 따라 사후관리 이행보증금을 결정하고 납부통지한다.

(나) 또한, ○○강유역 환경청장의 ‘폐기물매립시설 사용종료 신고수리 및 사후관리 이행보증금 납부 통보’공문(2006.9.11자)에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

1) 청구법인이 제출한 폐기물처리시설 사용종료 신고서를 검토한 결과 폐기물관리법 제47조 제2항 및 같은법시행규칙 제51조의 규정에 적합하여 아래 <표2>와 같이 수리하니 같은법시행규칙 [별표14]의 규정에 의한 사후관리기준 및 방법의 규정을 준수하기 바란다.

<표2> 신고수리내역

2) 청구법인이 제출한 폐기물매립시설 사후관리소요비용 명세서를 검토한 결과 폐기물매립시설 사후관리이행보증금의 비용산출기준 등에 관한 규정(환경부고시 제2002-24호, 2002.2.19)에 부합되므로 같은법 시행령 제29조 제3항의 규정에 따라 사후관리 이행보증금을 결정하고 납부통지한다.

(다) 한편, 청구법인이 작성하여 보관하고 있는 ‘폐기물 최종처리시설(매립시설) 운영관리대장’에는 <표3>과 같은 내용들이 기재되어 있다(예시).

<표3> 폐기물 최종처리시설(매립시설) 운영관리대장 기재내역

1) 매립시설 운영 2003년 1월 22일 수요일 날씨(눈)

2) 침출수 처리

3) 관리자 : 김○○, 확인자 : 본부장 이○○.

(6) 쟁점시설의 사업연도별 총매립가능량 및 매립진행 현황은 <표4>와 같고, 이러한 사실은 영산강유역환경청장의 사용종료일통보공문 및 폐기물최종처리업허가증, 폐기물최종처리시설(매립시설)운영관리대장 등에 의하여 확인된다.

<표4> 사업연도별 총매립가능량 및 매립진행 현황

(단위 :㎥)

(7) 청구법인은 총매립예정량 중 당기 실제매립량의 비율로 계상한 감가상각비와 당초 신고한 감가상각비와의 차이를 손금으로 인정하여 달라는 요지로 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였는 바, 그 내역은 <표5>와 같다.

<표5> 과세표준 및 세액의 경정청구내역 (단위 : 원)

(8) 법인세법시행령 제26조 제1항 및 제2항 제3호에서 감가상각방법중 생산량비례법에 대하여 ‘당해 감가상각자산의 취득가액을 그 자산이 속하는 광구의 총채굴예정량으로 나누어 계산한 금액에 당해 사업연도의 기간 중 그 광구에서 채굴한 양을 곱하여 계산한 금액을 각 사업연도의 상각범위액으로 하는 상각방법’이라고 규정하고 있고,

또한, 사업연도중 광구의 총채굴가능량을 새로이 산정한 경우 에는 감가상각범위액 계산의 기준이 될 총채굴예정량을 새로이 산정한 총채굴가능량에 당해 사업연도의 개시일로부터 총채굴가능량을 새로이 산정한 날까지의 기채굴량을 가산하여 계산하도록 하여 총채굴예정량을 수정하여 감가상각비를 적정하게 손금산입할 수 있도록 규정하고 있다.

(9) 기업회계기준에 의하면, 비용을 인식함에 있어서 수익이 발생한 시점 또는 당해 비용으로부터 효익이 기대되는 기간에 걸쳐 인식(수익․비용의 직접적 대응)하거나 발생한 회계기간에 인식(기간적 대응)하고 있으며, 감가상각이란 유형자산의 감가상각 대상금액을 그 자산의 내용연수에 걸쳐 합리적이고 체계적인 방법에 의하여 각 회계기간에 배분하는 것이고, 내용연수는 자산의 예상사용기간 또는 자산으로 부터 획득할 수 있는 생산량이나 이와 유사한 단위이며,

감가상각방법으로는 정액법, 체감잔액법(정률법, 이중체감법), 연수합계법, 생산량비례법(자산의 예상조업도 혹은 예상생산량에 근거하여 감가상각비를 계상하는 방법) 등이 있으며, 전시 법인세법에서도 기업회계기준과 같이 수익․비용대응의 원칙에 입각하여 비용에 대해 규정하면서 감가상각을 그 비용배분의 한 방법으로 구체적으로 규정하고 있다.

(10) 살피건대, 처분청은 쟁점시설이 구축물로 분류되어 청구 법인의 장부에 계상되어 있다 하여 정액법으로 감가상각을 하여야 한다는 입장인 바,

내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 일반적으로 공정타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따를 수 있는 것이고, 전시 법령에서 규정한 감가상각도 비용배분을 위한 하나의 방법이고 법령에서 정한 비용배분방법 외에 비용인식의 기본원칙인 수익․비용대응의 원칙에 부합하는 다른 합당한 비용배분방법이 있다면 그 방법으로 비용을 배분하는 것이 합리적이라 할 것인 바, 비록, 쟁점시설이 청구법인의 장부상 구축물로 분류되어 계상 되어 있기는 하나, 위의 <표1> 및 <표2>에서 살펴본 바와 같이 쟁점시설을 이용한 매립사업은 약 2년에 걸쳐 종료되는 것으로 나타나고 매립사업의 종료사실이 영산강유역환경청장이 발행한 공문에 의하여 구체적으로 확인되고 있는 점에 비추어 볼 때, 쟁점시설은 매립이 종료된 이후에는 사실상 구축물로서의 효익이 소멸되는 소모성자산의 성격을 강하게 지니고 있는 것으로 보여진다 할 것이다.

따라서 쟁점시설을 정액법으로 감가상각을 강제하게 된다면, 청구법인이 영위하는 매립사업은 약 2년 정도면 종료되어 향후 수익은 발생하지 아니함에도 잔여 내용연수 기간중 비용만 계속 발생하게 되어 적정한 기간비용의 배분이 왜곡되는 문제점이 있다 할 것이다.

그렇다면, 이 건의 경우 쟁점시설이 장부상 구축물로 분류되어 있다는 이유만으로 정액법으로 감가상각을 강제하기보다는 쟁점 시설이 지닌 실질적인 성격과 수익비용대응원칙을 감안하여 생산량비례법으로 감가상각을 함으로써 적정한 기간비용의 배분이 이루어질 수 있도록 하는 것이 보다 더 합리적인 것으로 판단된다(국심2004구3296, 2005.5.9, 참조).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[사건번호] : 조심2014지24, 2014.06.16 

[제목] :  

쟁점상여처분금액에 대하여 지방소득세를 부과한 시점인 2013.10.12.을 기준으로 부과제척기간(5년)이 경과한 2005년∼2007년 귀속 쟁점상여처분금액에 대해서는 지방소득세의 부과제척기간이 도과한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 지방소득세를 부과한 처분은 잘못임 

【주문】 

OOO이 2013.10.12. 청구법인에게 한 지방소득세 2005년 귀속분 OOO원, 2006년 귀속분 OOO원, 2007년 귀속분 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다. 

【이유】 

1. 처분개요 

가. OOO은 청구법인의 2004사업연도∼2007사업연도에 대한 법인세 등 관련 세무조사를 실시하고, 총 수입금액 OOO원을 각각의 과세연도별로 구분OOO하여 대표자 상여로 소득처분하고 2011.3.9. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다. 

나. 청구법인은 2011.5.2. 이의신청과 2011.7.11. 심판청구를 제기하여 이 건 상여처분금액 중 2004년 귀속분 OOO원에 대하여 부과제척기간 경과 등으로 인하여 경정결정을 받았다. 

다. 처분청은 OOO으로부터 청구법인의 대표자 등에  대한 상여처분금액OOO을 통보받고, 2013.10.12. 청구법인에게 지방소득세 2005년 귀속 OOO원, 2006년 귀속 OOO원, 2007년 귀속 OOO원을 부과고지하였다. 

라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다. 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 

가. 청구법인 주장 

상여로 소득처분을 한 경우 원천징수 소득세의 납부의무자인 법인에 대해서는 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 소득세 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대해서는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 익금이 발생한 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기(수원지법 2011.4.20.선고, 2010구합9069 판결 참조)가 되는 것이며, 

「법인세법」의 규정에 따라 청구법인의 대표자에 대한 인정상여금으로 처분되는 금액은 청구법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나, 이는 그 소득금액을 현실적으로 청구법인의 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 청구법인에게 지방소득세 납세의무가 성립하려면, 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 지방소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하고, 지방소득세 납세의무가 부과제척기간의 도과 등으로 소멸되었다면 지방소득세 납세의무는 성립할 수 없다(대법원 2010.4.29. 선고, 2007두11382 판결 참조) 할 것인바, 

OOO이 2011.3.2. 청구법인에게 이 건 상여처분금액에 대하여 소득금액변동통지한 것은 이때에 청구법인의 대표자에게 인정상여금을 지급한 것으로 의제하는 것에 불과하므로, 쟁점상여처분금액에 대하여 2013.10.12. 지방소득세를 부과한 처분은 그 부과일을 기준으로 부과제척기간 5년이 경과된 2008.10.12. 이전에 지급된 인정상여금에 해당하여 지방소득세 부과제척기간이 경과된 것이라 하겠으므로 처분청에서 이 건 지방소득세를 부과한 처분은 취소되어야 한다. 

나. 처분청 의견 

「지방세법」 제96조 제1항에서 「소득세법, 「법인세법」에 따라 소득세, 법인세를 원천징수하는 경우에는 소득분 지방소득세를 특별징수하여야 하고 이 때 원천징수의무자를 특별징수의무자로 한다는 뜻으로 규정하고 있는바, 소득세, 법인세를 원천징수하는 경우 별도의 행정처분이 있어야 하는 것이 아니고 법률의 규정에 따라 자동으로 소득분 지방소득세의 특별징수의무자가 되는 것이므로, 소득세, 법인세가 비과세ㆍ면제되면 소득분 지방소득세도 징수하지 아니하며, 그 원천징수의무자가 고의 또는 착오로 소득세 등을 원천징수하지 아니한 것은 지방소득세만 별도로 특별징수하지는 않는다는 뜻일 것이다. 

「지방세기본법」 제34조 제2항에서 특별징수하는 지방소득세의 납세의무 성립시기는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때가 아니라 그 과세표준이 되는 소득세ㆍ법인세를 원천징수하는 때라고 명시하고 있어, 즉 원천징수의무자가 소득세를 원천징수하지 않으면 해당 소득분 지방소득세의 납세의무는 성립되지 않아 소득분 지방소득세만 특별징수할 수 없다고 할 것이다. 

청구법인은 상여로 소득처분을 한 경우 원천징수할 소득세의 납부의무자인 법인에 대해서는 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 소득세 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자는 익금이 발생한 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기라고 주장하고 있으나, 이 사건 부과처분은 지방소득세 특별징수분으로 특별징수의무자에게 부과고지된 것이지 그 소득의 귀속자에게 부과된 것이 아니기 때문에 청구주장은 받아들일 수 없으며, 

또한, 청구법인은 대법원 판결(2010.4.29. 선고, 2007두11382) 일부를 인용하고 있으나, 당해 판례의 내용은 국세인 원천징수분에 관련된 내용으로 과세표준이 되는 소득세 또는 법인세를 원천징수하는 때 그 납세의무가 성립하는 지방소득세 특별징수분 부과처분에 그대로 적용될 수 없음이 명백하다. 

결국, 「지방세기본법」 제38조 및 같은 법 시행령 제18조에서 부과제척기간의 기산일은 해당 지방세를 부과할 수 있는 날이라고 명시되어 있고, 특별징수분을 부과할 수 있으려면, 당초 소득금액을 지급하는 때 원천징수신고가 이행되었거나 원천징수신고가 이행되지 않은 경우 관할 세무서장의 결정고지에 의하여 원천징수가 강제되어 그 지방소득세의 납세의무가 성립되어야 비로소 가능할 것으로, 이 사건 부과처분의 부과제척기간 기산일은 OOO이 원천징수분 법인세할을 결정 또는 경정한 후 교부한 납세고지서상의 납부기한일(2011년 5월)부터 1월이 경과한 다음 날로 보아야 하고, 청구법인의 주장대로 당초 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때가 아니므로 이 건 부과처분은 정당하다. 

3. 심리 및 판단 

가. 쟁 점 

「법인세법」에 따라 2005∼2007사업연도에 대하여 대표자에 대한 인정상여로 소득처분된 금액을 과세표준으로 하여 부과한 지방소득세(특별징수)의 부과제척기간 경과 여부 

나. 관련법령 :  기재 

다. 사실관계 및 판단 

(1) 청구법인은 2011.3.9. OOO으로부터 2004∼2007사업연도 법인세 및 이에 따른 대표자의 소득금액변동통지를 받은 후, 우리 원에 심판청구를 제기하여 2012.2.28. 2004년 귀속 소득금액변동통지액 등에 대한 일부인용(부과제척기간 경과 등) 결정을 받아 법인세 및 원천징수결정세액이 일부 조정되었다. 

(2) 그 후, 처분청은 청구법인의 해당 법인세에 대한 지방소득세 법인세분의 납부내역은 확인되었으나, 2005년 귀속분부터 2007년 귀속분까지의 대표자 상여에 따른 소득처분에 대한 원천징수 결정분OOO의 지방소득세 특별징수분이 납부되지 아니한 사실을 확인하였다. 

(3) 처분청은 국세청 전산통보분에 일부 오류가 있다고 판단하여 2013.6.20. OOO에게 해당 원천징수분의 정확한 결정세액을 회신해 줄 것을 요청하였고, 2013.7.8. OOO으로부터 우리 원의 일부인용 결정으로 조정된 최종부과내역(쟁점소득처분금액)을 통보받았다. 

(4) 처분청은 위 쟁점소득처분금액을 과세표준으로 하여 산정한 2005년 귀속∼2007년 귀속 원천징수세액에 대한 지방소득세(가산세 포함)를 2013.10.12. 청구법인에게 각 부과고지하였다. 

(5) 위 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 법인세 원천징수의무자가 소득처분에 대한 원천징수의무를 이행하지 아니하여 세무서장이 결정고지한 경우 특별징수하는 지방소득세의 납세의무 성립시기는 세무서장의 결정고지일로서 이 건의 경우 부과제척기간(5년)이 경과하지 아니하였다는 주장이나, 

「법인세법」 제67조에서의 소득처분은 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 법인의 내부에 유보된 것인지 또는 사외로 유출된 것인지를 확정하고, 만일 당해 금액이 사외로 유출된 것이라면 누구에게 어떤 소득의 형태로 귀속된 것인지를 특정하여 그 귀속자와 소득의 종류를 확정하는 세법상의 절차로서 이미 특정과세연도에 귀속된 소득을 사후적으로 확인하는 절차이며, 

「법인세법」에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나, 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다고 할 것인바(대법원 1989.3.14. 선고, 85누451 판결 ; 2010.1.28. 선고, 2007두20959 판결 및 2010.4.29. 선고, 2007두11382 판결 등 참조), 

청구법인의 경우, OOO이 청구법인의 소득금액(2005사업연도∼2007사업연도 법인소득금액)을 경정하여 2011.3.9. 이 건 상여처분금액을 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다 하더라도 이때에 청구법인의 대표자에게 인정상여금을 지급한 것으로 의제하는 것에 불과하고, 소득금액변동통지서를 받은 청구법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자(청구법인의 대표자)의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 할 것으로, 

쟁점상여처분금액에 대하여 지방소득세를 부과한 시점인 2013.10.12.을 기준으로 부과제척기간(5년)이 경과한 2005년∼2007년 귀속 쟁점상여처분금액에 대하여는 지방소득세의 부과제척기간이 도과한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 

따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 지방소득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다. 

4. 결 론 

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.