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[사건번호] : 조심2019서2832, 2019.10.18 

 

[제목] :  

평가기준일이 12.31.로서 당해 사업연도 종료일인 경우 ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’를 평가기준일이 속하는 사업연도로 보아 순손익가치를 산정하는 것이 타당함 

 

【주문】 

심판청구를 기각한다. 

 

 

【이유】 

1. 처분개요 

 

가. 청구인 OOO는 2002년 취득하여 보유하던 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 비상장주식 OOO(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2015.12.31. 특수관계(동서관계)에 있는 청구인 OOO(청구인 OOO와 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)에게 OOO에 양도한 후 양도소득세 OOO 및 증권거래세 OOO 합계 OOO을 각 신고하였다. 

 

 

나. 처분청은 「소득세법」제101조 및 같은 법 시행령 제167조 제3항 제1호에 따라 청구인 OOO가 특수관계인인 청구인 OOO에게 쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제54조에 따른 보충적 평가방법으로 산출한 시가OOO보다 낮은 가액으로 양도한 것으로 보아 OOO은 2018.4.5. 청구인 OOO에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO 및 2015년 12월분 증권거래세 OOO을 경정ㆍ고지하는 한편, 상증법 제35조 제1항 및 같은 법 시행령 제26조에 따라 청구인 OOO가 특수관계인인 청구인 OOO로부터 쟁점주식을 저가 양수한 것으로 보아 OOO은 2018.4.5. 청구인 OOO에게 2015.12.31. 증여분 증여세 OOO을 결정ㆍ고지하였다. 

 

 

다. 청구인들은 이에 불복하여 2018.6.19. 심판청구를 제기한 결과 우리 원은 OOO. 재조사결정OOO하였고, 처분청OOO은 이에 따라 2019.6.10.～2019.6.29. 기간 동안 ‘청구인 OOO 명의의 쟁점주식을 청구인 OOO로부터 명의신탁 받은 것인지 여부’에 대한 재조사를 실시하여 2019.7.2. 청구인들에게 당초 처분을 유지하는 재조사결과를 통지하자 청구인들이 2019.7.10. 심판청구를 다시 제기하였다. 

 

 

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 

 

가. 청구인들 주장 

 

(1) 처분청은 조세심판원 (재조사)결정에 따라 쟁점주식의 명의신탁 여부를 다시 조사하고 그 결과에 따라 후속처분을 하여야 할 의무가 있으나, 처분청은 재조사 기간 동안 별다른 조사를 하지 아니하였는바, 청구인의 대리인은 1차 심판청구시의 자료검토 및 명의신탁 당사자인 청구인들 또는 관련자에 대한 대면조사 등을 요청하였으나 이를 거부한 채 조사를 종료하고 당초 처분을 유지하는 결정을 하였다. 

 

 

쟁점주식이 명의신탁된 것인지 여부에 대한 객관적 증거와 진술이 충분히 존재하는 상황이므로 조금만 조사하였다면 쟁점주식이 명의신탁된 것임을 충분히 확인할 수 있었음에도, 처분청은 새로운 자료를 조사하지 않은 채 과거 조사내용을 그대로 유지하여 쟁점주식이 명의신탁된 것이 아니라 청구인 OOO의 소유라고 판단하였는바, 이는 조세심판원 재조사결정의 기속력에 명백히 위반된 것으로서 이에 따라 이루어진 이 건 처분은 위법하다. 

 

 

(2) 쟁점주식의 명의이전은 명의신탁해지로 인한 소유권 환원에 따른 것이므로 양도소득세 과세대상에 해당하지 않는다. 

 

 

청구인 OOO는 주식회사 OOO을 운영하다가 1984년 부도로 인하여 「부정수표단속법」위반으로 처벌받게 되었고 그로 인하여 본인 명의로 주식을 취득할 수 없었으며, OOO를 설립한 1985년 당시 「상법」상 주식회사를 설립하기 위해서는 7인 이상의 발기인이 필요하였는데, 당시 OOO의 대표이사였던 OOO을 제외한 나머지 발기인 명의를 동서관계였던 청구인 OOO를 비롯한 6인에게 신탁할 수밖에 없었다. 

 

 

청구인 OOO가 2015.3.31. OOO의 대표이사직을 그만둠에 따라 쟁점주식에 대한 명의신탁을 해지하게 되면서, 청구인들 간에 2018.4.3. 쟁점주식이 명의신탁주식임을 확인하고 청구인 OOO는 명의신탁해지로 인한 쟁점주식의 소유권 회복에 관하여 일체의 권리를 주장하지 않는다는 내용의 ‘명의신탁확인서’를 작성하여 이를 공증하였다. 

 

 

처분청은 2013년 청구인 OOO의 쟁점주식 취득자금에 대하여 조사하여 청구인 OOO가 쟁점주식 취득자금 OOO을 OOO로부터 증여받은 것으로 보아, 청구인 OOO에게 증여세 OOO을 경정ㆍ고지한 바 있다. 즉, 처분청은 쟁점주식 취득자금의 출처가 OOO임을 인정하고 있다. 

 

 

또한, 청구인 OOO는 쟁점주식에 관하여 청구인 OOO에게 부과된 증여세를 납부하기 위하여 부산에 소재하고 있는 공장을 매각한 후 매각대금 중 OOO을 청구인 OOO에게 지급하였고, 쟁점주식 명의 환원 후 신고ㆍ납부한 양도소득세ㆍ증권거래세 및 이 건 부과처분에 따른 양도소득세ㆍ증권거래세 등을 모두 대신 납부하였다. 

 

 

쟁점주식을 양도하는 형식을 취하였으나, 그 실질은 명의신탁된 주식명의 환원이었기 때문에 청구인 OOO는 청구인 OOO에게 주식양도대금을 전혀 지급하지 아니하였고, 청구인 OOO 또한 주식양도대금의 지급을 청구한 사실이 없다. 

 

 

한편, 처분청은 2013년 당시 세무조사를 통해 OOO 주식의 또 다른 명의수탁자인 OOO과 OOO에 대해서는 주식명의신탁 사실을 인정하여 상증법상 명의신탁 증여의제 규정에 따라 증여세를 과세한 바 있으므로, 청구인들에 대한 명의신탁 사실도 인정하여야 한다. 

 

 

(3) 설령, 쟁점주식 명의신탁사실이 인정되지 아니한다 하더라도 처분청의 주식평가방법에는 하자가 존재한다. 

 

 

처분청은 쟁점주식에 관한 주식평가시 2013, 2014, 2015사업연도를 평가대상 사업연도로 하여 쟁점주식 1주당 OOO으로 평가하였는데, 상증법 시행령 제56조 제1항에 따르면 평가대상 사업연도는 평가기준일 ‘이전’ 3년으로 규정하고 있으므로, 평가기준일인 2015.12.31.이 포함되지 않는 2012, 2013, 2014사업연도가 되어야 하는바, 그에 따라 쟁점주식 가치를 평가할 경우 1주당 OOO이므로, 당초 쟁점주식 매매가액인 1주당 OOO은 적정한 가액에 해당한다. 

 

 

(4) 쟁점주식 평가시「조세특례제한법」제9조에서 규정하는 연구ㆍ인력개발준비금 환입액을 순손익액에 반영한 것은 위법하다. 

 

 

OOO는 2012년 기술 진전 및 개발을 목적으로 「조세특례제한법」 제9조에 따라 연구ㆍ인력개발준비금 OOO(이하 “쟁점준비금”이라 한다)을 적립하였으며, 해당 사업연도에 이를 전액 손금에 산입하였으나, 이를 해당 목적에 사용하지 아니하여 적립 후 3년이 되는 날이 속한 2015사업연도에 쟁점준비금 전부를 익금에 산입하였다. 처분청은 쟁점주식을 평가하기 위한 목적으로 OOO의 2015사업연도 1주당 순손익액을 산정함에 있어 쟁점준비금을 1/3로 안분한 금액인 OOO을 가산하여 2015사업연도 사업소득을 OOO으로 보아 주식의 순손익가치를 평가하였다. 

 

 

그러나, 「조세특례제한법」상 연구ㆍ인력개발준비금은 연구개발을 촉진하기 위하여 소요되는 재원을 확보하였을 때 세무조정에 의한 손금산입을 인정하였다가 일정기간 경과 후 익금에 산입하는 방식으로 그 기간 동안 조세부과를 유예하는데 목적이 있으므로, 연구ㆍ인력개발준비금의 적립 및 환입은 손익거래에 해당하지 않고, 그 설정과 환입에 따른 손금이나 익금은 당해 법인의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미치지 아니한다. 따라서 이처럼 가공의 익금에 불과한 쟁점준비금 환입액을 해당 사업연도 소득에 가산하여 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 순손익액을 산정하는 것은 허용되지 아니한다OOO. 

 

 

나. 처분청 의견 

 

(1) 청구인들은 처분청이 심판결정에 반해 실질적인 재조사를 실시하지 아니하였고 이는 심판원결정의 기속력에 반하여 위법이라 주장하나, 

 

 

처분청은 조세심판원의 결정에 따라 즉시 조사계획을 수립하여 실지조사를 실시하였고, 조사기간 중 조사자를 대신하여 조사 수임 대리인과 수시로 면담하고 소명자료를 제출받았으며, 원한다면 대리인이 아닌 조사대상자 본인이 세무서 등 장소에 내방할 것을 안내하였고 그러한 요청을 거절한 사실이 없다. 

 

 

조세심판원 결정문에 따르면, OOO의 OOO 조사 당시 청구인 OOO와 OOO, OOO에 대하여 명의신탁사실을 다르게 판단한 사유에 대해 확인하는 것이 당해 재조사의 핵심내용이었던바, OOO의 당시 조사자와 의견을 나누고 조사복명서 등을 공문요청하여 확보하는 등 성실히 조사를 진행하였으며, 또한 세무조사에 있어 조사방법은 내부지침 및 조사자의 선택과 판단에 따라 진행되는 것으로 대면조사 또는 추가적인 자료제출 요청이 실지조사의 필수불가결한 요소일 수는 없으므로 조세심판원의 결정에 반해 실질조사를 실시하지 않았다는 청구인들의 주장은 이유 없다. 

 

 

(2) 청구인은 2013년 실시한 OOO의 OOO 조사 당시 OOO과 OOO에 대하여는 상증법상 명의신탁재산 증여의제 규정에 따라 명의신탁으로 과세한 사실을 들어 청구인 OOO도 동일한 사실관계로 명의신탁 받은 것이라고 주장하나, 조사 당시 OOO과 OOO은 총 5회에 걸쳐 각 OOO의 주식을 명의신탁 받은데 대해 명의신탁계약서(2003.12.2., 2003.12.8. 작성)와 공증서(2003.12.9. 작성)를 제출한데 반해, 청구인 OOO는 최초 OOO의 주식을 스톡옵션 명목으로 취득하였고 증자대금 OOO에 대해 그간의 근무에 대한 보답, 근무를 열심히 하라는 취지로 현금증여 받았음을 진술하였는바 이는 청구인 OOO가 2002년부터 약 11여년간 OOO의 전무, 대표이사, 사외이사를 역임한 사실을 보아 진실로 받아들이기에 무리가 없고, 따라서 OOO, OOO과 청구인 OOO는 별개의 다른 사실관계로 인해 쟁점주식을 취득한 것으로 볼 수 있다. 

 

 

또한, 청구인 OOO와 청구인 OOO가 명의신탁사실을 확인하고 명의신탁확인서를 작성하였다고 주장하나, 동 명의신탁확인서는 처분청이 양도소득세 세무조사 결과통지서를 송달한 2018.3.28. 이후인 2018.4.3. 작성 및 2018.4.4. 공증된 것으로, 만약 명의신탁사실에 따라 계약서를 작성하였다면 위 OOO과 OOO 등과 같이 2002년 주식 취득시 또는 2007년, 2008년 증자 당시 명의신탁계약서를 작성하였을 것이나 심판청구에 와서야 새로이 작성한 명의신탁확인서를 명의신탁의 근거로 제시한 것은 신빙성이 없다. 

 

 

(3) 한편, 쟁점주식 양수도계약서상 주권인도일이 2015.12.31.로 주식평가기준일은 평가기준일이 해당 사업연도의 말일인 경우 상증법 시행령 제56조 제1항 및 OOO과 같이 해당 사업연도를 포함한 직전 3개년도에 대하여 가중평균을 하여 평가하여야 하므로 2015, 2014, 2013사업연도에 대한 가중평균으로 하여 평가한 1주당 가액은 적법ㆍ타당하다. 

 

 

(4) 비상장주식 평가시 순손익가치를 평가할 때 적용할 ‘최근 3년간의 순손익액’은 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도소득에 상증법 시행령 제56조 제4항 제1호의 금액을 더한 금액에서 같은 항 제2호의 금액을 뺀 금액으로 하는 것으로 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도소득에 해당 연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입액과 균등환입액을 제외하지 않는 것이며, 일시환입되는 경우 해당금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도에 가산하는 것으로 하여 쟁점주식의 평가시 일시환입된 연구ㆍ인력개발준비금을 3년간 균등환입으로 하여 평가하여 상증법 시행령 제56조 제4항 및 「법인세법」제14조에 따라 평가한 것이므로 적법ㆍ타당하다. 

 

 

3. 심리 및 판단 

 

가. 쟁점 

 

① 처분청이 심판결정의 기속력을 위반하여 실질적인 재조사를 실시하지 아니하였으므로 위법하다는 청구주장의 당부 

 

 

② 쟁점주식 명의이전이 명의신탁해지로 인한 소유권 환원에 따른 것이므로 양도소득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부 

 

 

③ 쟁점주식 평가와 관련하여, 평가기준일이 해당 사업연도 종료일인 경우 주식가치 평가시 반영되는 사업연도에 해당 사업연도가 포함되는지 여부 

 

 

④ 쟁점주식 평가와 관련하여, 1주당 순손익액 산정시 「조세특례제한법」제9조의 연구ㆍ인력개발준비금 환입액을 각 사업연도소득에 가산하는 것이 타당한지 여부 

 

 

나. 관련 법령 

 

(1) 국세기본법 

 

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 

 

21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 

 

 

제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다. 

 

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다. 

 

 

제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항제1호가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다. 

 

 

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다. 

 

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다. 

 

 

(2) 상속세 및 증여세법 

 

제35조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여) ① 특수관계인 간에 재산(전환사채 등 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 시가보다 낮은 가액으로 양수하거나 시가보다 높은 가액으로 양도한 경우로서 그 대가와 시가의 차액이 대통령령으로 정하는 기준금액(이하 이 항에서 "기준금액"이라 한다) 이상인 경우에는 해당 재산의 양수일 또는 양도일을 증여일로 하여 그 대가와 시가의 차액에서 기준금액을 뺀 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. 

 

 

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 

 

1. 주식등의 평가 

 

나. 가목 외의 주식 등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. 

 

 

(3) 상속세 및 증여세법 시행령 

 

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다. 

 

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 

 

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다) 

 

 

제56조(1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법) ① 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 다음 계산식에 따라 계산한 가액으로 한다. 이 경우 그 가액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다. 

 

 

1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ＝ {(평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 3) ＋ (평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 2) ＋ (평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 1)} ÷ 6 

 

 

 

 

④ 제1항에 따른 순손익액은 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도소득에 제1호의 금액을 더한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 각 사업연도소득을 계산할 때 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 해당 금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도소득에 가산한다. 

 

1. 「법인세법」제18조 제4호에 따른 금액, 같은 법 제18조의2ㆍ제18조의3에 따른 수입배당금액 중 익금불산입액, 같은 법 제24조 제4항, 「조세특례제한법」(법률 제10406호 조세특례제한법 일부개정 법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제73조 제4항에 따라 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 및 그 밖에 기획재정부령이 정하는 금액 

 

2. 다음 각 목에 따른 금액 

 

가. 당해 사업연도의 법인세액(「법인세법」제57조에 따른 외국법인세액으로서 손금에 산입되지 아니하는 세액을 포함한다), 법인세액의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 지방소득세액 

 

나. 「법인세법」제21조 제3호 및 제4호 및 동법 제27조에 규정하는 금액과 각 세법에서 규정하는 징수불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액 

 

다. 「법인세법」제24조부터 제26조까지, 같은 법 제28조의 금액 및 「조세특례제한법」(법률 제10406호 조세특례제한법 일부개정 법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제73조 제3항에 따라 기부금 손금산입 한도를 넘어 손금에 산입하지 아니한 금액, 같은 법 제136조의 금액, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 금액 

 

라. 「법인세법 시행령」제32조 제1항에 따른 시인부족액에서 같은 조에 따른 상각부인액을 손금으로 추인한 금액을 뺀 금액 

 

 

(4) 소득세법 

 

제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. 

 

 

(5) 소득세법 시행령 

 

제167조(양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다. 

 

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 

 

2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때 

 

 

(6) 조세특례제한법 

 

제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. 

 

 

다. 사실관계 및 판단 

 

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 

 

 

(가) 「국세기본법」제80조 제2항에 의하면 “심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다”고 규정하고 있고, 심판청구에 관한 준용 규정인 제65조 제1항 제3호에서는 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있도록 규정하고 있다. 

 

 

(나) 청구인들은 처분청이 조세심판원의 결정 취지에 따라 적극적으로 사실관계를 파악하는 등 재조사 의무를 성실히 이행하여야 함에도, 단지 기존의 조사내용을 한 번 더 확인하기만 하고 원처분을 유지하는 결정을 하였는바, 이는 조세심판원의 재조사 결정의 기속력에 반하는 것이라고 주장하는 반면, 처분청은 조세심판원의 재조사결정에 따라 내부지침 및 조사자의 선택과 판단에 따라 적정하게 재조사를 실시하였다는 의견이다. 

 

 

(다) 살피건대, 조세심판원 결정에 따른 재조사 방법은 과세관청의 재량행위에 해당하는바, 반드시 청구인들에 대한 대면조사나 실지조사에 의할 필요는 없고, 기존의 조사자료 및 새로운 제출서면 확인조사 등 다양한 방법으로 적법절차에 따라 처분청이 구체적인 사실관계를 확인하고 당초처분 유지를 결정한 것으로 나타나므로, 처분청이 심판결정의 기속력을 위반하여 실질적인 재조사를 실시하지 아니하였으므로 위법하다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 

 

 

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 

 

 

(가) 청구인들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. 

 

 

1) OOO는 OOO 섬유류 제조ㆍ판매업을 목적으로 설립된 비상장법인으로, 청구인 OOO는 OOO의 설립자이자 대주주이고, 청구인 OOO는 2002.1.2.부터 2006.2.8.까지 OOO의 전무, 2009.1.1.부터 2015.3.31.까지 OOO의 대표이사, 2015.4.1.부터 2016.3.31.까지 OOO의 사외이사를 역임하였다. 

 

 

2) 청구인 OOO는 OOO의 전신인 주식회사 OOO이 1984년경 부도로 인하여 「부정수표단속법」위반으로 처벌받았으며, 이에 청구인 OOO는 본인 명의로 주식을 취득할 수 없게 되었고, 1985.1.16. OOO를 설립하는 과정에서 청구인 OOO 등 6인에게 주식을 명의신탁하게 되었다. 

 

 

3) 청구인 OOO는 청구인 OOO와 명의신탁약정을 체결하였고, 청구인 OOO는 2002.11.25. OOO으로부터 OOO 주식 OOO를 OOO에 양수하는 내용의 계약을 체결하고 명의개서를 한 후 2007.12.15., 2008.4.2. 유상증자로 주식 OOO를 OOO에 인수하여 총 OOO(쟁점주식)를 보유하게 되었다. 

 

 

가) 청구인 OOO와 OOO는 2018.4.3. 쟁점주식이 명의신탁 주식임을 확인하고, 청구인 OOO는 명의신탁해지로 인한 쟁점주식의 소유권 회복에 관하여 일체의 권리를 주장하지 아니한다는 내용의 ‘명의신탁확인서’를 작성하여 2018.4.4. 공증하였다. 

 

 

나) 이 건 과세처분에 따른 양도소득세ㆍ증권거래세를 청구인 OOO를 대신하여 청구인 OOO가 모두 대납하였다고 주장하면서, 그 증빙으로 청구인 OOO의 농협거래내역 확인증(청구인 OOO가 2018.4.26. OOO을 인출하였음), 청구인 OOO의 세입금 확인서(2018.4.26. 이 건 양도소득세 OOO과 증권거래세 OOO을 농협은행이 수납하였음), OOO이 발행한 OOO 수표(교환일 2018.4.27., 배서자 : 청구인 OOO)를 제출하였다. 

 

 

다) 청구인 OOO는 청구인 OOO에게 쟁점주식 양도로 인한 양도대금OOO을 전혀 지급하지 아니하였으며, 이에 대하여 청구인 OOO 또한 양도대금의 지급을 청구한 바 없다. 

 

 

라) OOO은 2013.8.19.～2013.8.30. 기간 동안 청구인 OOO가 1998.6.20.부터 2008.4.3.까지 5회에 걸쳐 OOO 및 OOO에게 OOO 주식을 명의신탁하였다는 이유로 증여세 조사를 실시한 결과, 과세관청은 OOO 및 OOO 명의주식에 대하여 청구인 OOO로부터 명의신탁 받은 것으로 보아 상증법상 명의신탁재산 증여의제 규정에 따른 증여세를 부과하였으나, 청구인 OOO의 경우 청구인 OOO가 쟁점주식 명의신탁이 아닌 주식취득자금(총 OOO)을 현금증여한 것으로 보아 증여세OOO를 부과하였다. 

 

 

(나) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. 

 

 

1) 2018.6.19. 청구인들이 제기한 양도소득세(OOO) 및 증여세(OOO) 부과처분에 대한 조세심판원 재조사결정OOO에 따라, 처분청은 2019.6.10.～2019.6.29. 기간 동안 재조사를 실시하여 2019.7.2. 청구인들에게 당초처분을 유지하는 재조사결과를 통지하였는바, 처분청의 재조사종결보고서(2019년 6월)의 주요내용은 다음과 같다. 

 

 

2) 주식양도증서(2002.11.25.) 및 주식양수도계약서(2015.12.31.)에 의하면, 청구인 OOO는 2002.11.25. OOO으로부터 OOO의 주식 OOO를 OOO에 양수한 후, 2015.12.31. 청구인 OOO에게 OOO에 쟁점주식을 양도하였다. 

 

 

(다) 과세관청이 OOOㆍOOO에게 한 증여세 부과처분에 따른 심판청구에 대하여 우리 원은 2014.4.17. 기각결정OOO하였는바, 당시 OOOㆍOOO은 납세고지서 송달의 적법여부에 대하여 다투었을 뿐, OOO 주식의 명의신탁여부에 대해서는 다투지 아니하였다. 

 

 

(라) 살피건대, 2013년 OOO의 세무조사시 청구인 OOO는 2002년 주식취득자금을 청구인 OOO로부터 스톡옵션 명목으로 현금증여 받았고, 2007ㆍ2008년 증자자금은 공로보상 차원으로 현금증여 받았다고 스스로 인정하는 진술을 한 점, 당시 주식명의신탁으로 판단한 OOOㆍOOO과는 달리 명의신탁계약서 등 주식명의신탁에 관한 주장이나 이를 뒷받침할 만한 객관적인 증빙제시도 없었던 점, 청구인 OOO가 제출한 청구인 OOO와의 명의신탁확인서는 위 OOO과 OOO과는 달리 사후 작성된 것이어서 1차 심판청구 심리과정에 새로이 제시된 것으로 그 신빙성이 부족해 보이는 점 등에 비추어 쟁점주식 명의신탁을 전제로 소유권 환원이라는 청구인들의 주장을 그대로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 

 

 

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 

 

 

(가) 「상속세 및 증여세법 시행령」제56조 제1항에서 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 다음 계산식에 따라 계산한 가액으로 한다. 이 경우 그 가액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 하도록 규정하고 있다. 

 

 

(나) 청구인들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. 

 

 

1) 「민법」상 기간을 일, 주, 월 또는 년으로 정한 때에는 기간의 초일을 산입하지 아니하는 것이 원칙(「민법」제157조)이고, 기간은 기간말일의 종료로 만료하는 것(「민법」제159조)이며, 상증법 시행령 제56조 제1항은 1주당 순손익가치 산정시 ‘평가기준일 이전 1년 내지 3년’이 되는 사업연도를 기준으로 결정하도록 규정하고 있는바, 이는 기간을 년으로 정한 때에 해당하여 초일인 평가기준일은 산입하지 아니하고 기간을 계산하여야 하므로, 이 건의 경우 평가기준일이 2015.12.31.이고, 초일불산입할 경우 이전 1년 내지 3년이 되는 사업연도는 2014, 2013, 2012사업연도이다. 

 

 

2) 상증법 시행령 제56조 제1항은 1주당 순손익가치 산정시 ‘평가기준일 이전 1년 내지 3년’이 되는 사업연도를 기준으로 결정하도록 규정하고 있는바, ‘이전’에 관한 사전적 의미는 ‘이제보다 전’으로 이는 어떤 기준일보다 앞을 말하는 것이므로 평가기준일이 속하는 2015사업연도를 포함시켜 해석할 수 없다. 

 

 

(다) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. 

 

 

1) OOO에 의하면 ‘상증법 시행령 제56조 제1항의 규정에 의하여 비상장법인의 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 계산할 때, 귀 질의와 같이 평가기준일이 2005.12.31.인 경우 최근 3년간의 순손익 사업연도는 2005, 2004, 2003사업연도를 말하는 것’이라고 규정하고 있다. 

 

 

2) 법원은 평가기준일이 12.31.로서 당해 사업연도 종료일인 경우 ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’를 평가기준일이 속하는 사업연도로 보아 순손익가치를 산정하는 것이 타당하다OOO고 판시하였다. 

 

 

(라) 살피건대, 사업연도 중에 상속ㆍ증여분에 대한 비상장주식을 평가하는 경우에는 중도 결산하여야 하는 어려움을 감안하여 상속개시일 또는 증여일이 속하는 사업연도 직전 3개년간의 순손익액을 기준으로 순손익가치를 산정하고 있으나, 사업연도 종료일이 평가기준일(상속개시일 또는 증여일)인 경우 중도 결산할 필요 없이 순손익가치를 산정할 수 있으므로 당해 사업연도 순손익액을 반영하여 평가하는 것으로 상증법 시행령을 개정(2001.12.31. 대통령령 제17459호)하여 2002.1.1. 이후 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용하고 있으므로, 이에 대한 청구인들의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 

 

 

(4) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살펴본다. 

 

 

(가) 상증법 시행령 제56조 제4항에 의하면, 제1항에 따른 순손익액은 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도소득에 제1호의 금액을 더한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 하고, 이 경우 각 사업연도소득을 계산할 때 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 해당 금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도소득에 가산하도록 규정하고 있다. 

 

 

(나) 청구인들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. 

 

 

1) OOO는 2012년 쟁점준비금OOO을 적립하였고, 해당 사업연도에 이를 전액 손금에 산입하였으나, 쟁점준비금을 해당 목적에 사용하지 아니하여 적립 후 3년이 되는 날이 속한 2015사업연도에 쟁점준비금 전부를 익금에 산입하였으며, 처분청은 쟁점주식을 평가하기 위한 목적으로 OOO의 2015사업연도 1주당 순손익액을 산정함에 있어 쟁점준비금을 1/3으로 안분한 금액인 OOO을 가산하여 2015사업연도 사업소득을 OOO으로 보아 주식의 순손익가치를 평가하였다. 

 

 

2) 그러나 「조세특례제한법」제9조 제1항에서 규정하는 연구ㆍ인력개발준비금은 연구개발을 촉진하기 위하여 소요되는 재원을 확보하였을 때 세무조정에 의한 손금산입을 인정하였다가 일정 기간 경과 후 익금에 산입하는 방식으로 그 기간 동안 조세부과를 유예하는데 목적이 있는 것이므로, 연구ㆍ인력개발준비금의 적립 및 환입은 손익거래에 해당하지 않고, 그 설정과 환입에 따른 손금이나 익금은 당해 법인의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미치지 아니하므로, 가공의 익금에 불과한 쟁점준비금 환입액을 해당 사업연도 소득에 가산하여 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 순손익액을 산정하는 것은 허용되지 아니한다OOO. 

 

 

(다) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. 

 

 

1) OOO 등에 의하면, ‘비상장법인의 순손익가치를 평가할 때 적용할 최근 3년간의 순손익액은 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도소득에 상증법 시행령 제56조 제4항 제1호의 금액을 더한 금액에서 같은 항 제2호의 금액을 뺀 금액으로 하는 것임. 이 경우 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 「조세특례제한법」제9조에 따른 연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입액과 균등 환입(익금산입)액은 제외하지 않는 것이며, 일시 환입되는 경우에는 해당금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도소득에 가산하는 것임’이라고 명시하고 있다. 

 

 

2) OOO는 연구ㆍ인력개발준비금을 2012사업연도에 OOO을 설정하여 법인세 신고시 손금산입하였다가 미사용으로 인해 2015사업연도에 동 OOO을 법인세 신고시 익금산입하였다. 

 

 

3) 비상장주식 평가조서에 의하면, OOO 주식의 1주당 평가액(할증평가)은 1주당 OOO으로 나타나고, 순손익액 계산내역상 평가대상인 2013～2015사업연도소득에 위 OOO의 연구ㆍ인력개발준비금 균등 환입액이 각 포함되어 있다. 

 

 

(라) 살피건대, 상증법 시행령 제56조 제4항에서 「조세특례제한법」제9조에 의한 연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입액과 균등환입액은 각 사업연도소득에서 제외하지 않는 것이며, 일시환입되는 경우에는 해당금액이 환입될 사업연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도소득에 가산하도록 규정하고 있으므로, 쟁점주식 평가와 관련하여 1주당 순손익액 산정시 연구ㆍ인력개발준비금 환입액을 각 사업연도소득에 제외하여야 한다는 청구인들의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 

 

 

4. 결론 

 

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 

 

 

국세청 훈령 제2309호(2019. 5. 10.)

법인세 사무처리규정

제 정 1980.12.31 국세청훈령 제 812호

개 정 1984.12.24 국세청훈령 제 940호

개 정 1991. 8.28 국세청훈령 제1099호

개 정 1997. 3. 3 국세청훈령 제1270호

개 정 1999. 1.18 국세청훈령 제1337호

전문개정 1999. 8.20 국세청훈령 제1369호

전문개정 2000.12.11 국세청훈령 제1450호

개 정 2003.12. 4 국세청훈령 제1541호

개 정 2004.12.24 국세청훈령 제1579호

전문개정 2007.12.14 국세청훈령 제1679호

개　 정 2009. 9.30 국세청훈령 제1786호

전부개정 2010. 3. 2 국세청훈령 제1816호

개 정 2010.12.27 국세청훈령 제1875호

개 정 2012. 3.12 국세청훈령 제1929호

개 정 2013.12.27 국세청훈령 제2026호

개 정 2016.12.27 국세청훈령 제2173호

개 정 2018. 7. 2 국세청훈령 제2264호

개 정 2019. 2. 1 국세청훈령 제2285호

개 정 2019. 5.10 국세청훈령 제2309호

 

제1장 총칙

 

제1조(목적) 이 규정은 법인의 납세관리에 필요한 기본적이고 공통적인 사항과 사무처리 절차를 규정함으로써 체계적이고 효율적인 납세관리 및 사무처리에 기여함을 목적으로 한다.

 

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. 다만, 이 규정에서 특별히 정하지 않는 것은「국세기본법」 및 관련 세법이 정하는 바에 따른다.

 

1. ‘총괄담당자’란 내부업무 처리자가 처리하는 업무 외에 수시로 발생하는 업무를 총괄 관리하도록 세무서 법인납세과장('재산법인납세과장' 또는 '세원관리과장'을 포함하며, 이하 '법인납세과장'으로 기재한다)이 지정한 자를 말한다.

 

2. '내부업무 처리자'란 세적관리, 신고관리, 자료관리 등의 세원관리업무를 효율적으로 집행하기 위하여 법인납세과장이 종사직원 수를 감안하여 관할 지역을 나누고 그 나눈 지역의 업무 중 계속적・반복적으로 수행하여야 하는 업무 처리자를 지정한 경우 그 지정된 자를 말한다.

 

3. '서면분석'이란 각종 전산 입력자료・수집된 과세자료・세원정보자료 및 세원관리과정에서 법인세 과세표준 및 세액계산의 탈루혐의가 있다고 인정되는 법인과 동일한 업종・항목 또는 동일한 신고유형의 법인, 자영업법인 등에 대하여 다음 각 목과 같이 기획분석・전산분석하거나 탈루혐의가 있는 개별 법인에 대한 신고내용 전반에 걸쳐 서면에 따른 방법으로 법인세 등 과세표준 신고내용의 적정여부를 분석・확인하는 것을 총칭한다.

 

가. 기획분석 : 동일한 업종・항목 또는 동일한 신고유형의 법인에 대하여 공통적・반복적인 탈루혐의가 있거나 제도개선 및 사후관리 차원에서 신고 내용의 적정 여부를 검증하기 위하여 특정 계정항목, 특정 신고행위를 대상으로 분석하는 것을 말한다.

 

나. 전산분석 : 각종 전산입력 자료를 활용하여 일정 유형의 탈루혐의가 있는 법인을 전산으로 검색하는 것을 말한다.

 

4. '긴급조사'란 각 세법에서 규정하는 수시부과 사유가 발생하였거나, ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 의한 회생절차개시 신청 등으로 조세채권의 조기 확보가 필요한 납세자에 대하여 그 사유가 발생하여 즉시 실시하는 세무조사를 말한다.

 

5. '감면법인'이란 「조세특례제한법」에 따라 조세를 감면 또는 공제받은 법인을 말한다.

 

6. '사후관리'란 이 규정에서 특별히 정한 것을 제외하고는 법령에 정한 사후관리요건의 이행 여부 또는 세원관리상 필요에 따라 서면 또는 현장확인 방법 등으로 관리하는 것을 말한다.

 

7. '자산총액'이란 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표상의 자산총액을 말한다.

 

8. '소득금액'이란 법인세 과세표준을 말한다.

 

9. '파일전송'이란 세무자료 등에 대한 전산수록 내용이나 전산처리 결과를 세무서의 워크스테이션과 국세청의 주전산기에 파일로 전송하는 것을 말한다.

 

10. '간접확인'이란 전화・서면에 따른 사실확인 요구 및 전산 등에 구축된 정보내용 분석 등 납세자 비대면 방식으로 사실관계를 확인하는 것을 말한다.

 

11. '현장확인'이란 간접확인 방식의 업무처리로는 이 규정에 따른 업무수행이 부적합한 경우에 사실관계 확인을 위해 종사직원이 해당 납세자 또는 사업장 등에 직접 출장하여 당초 출장목적 범위에서 특정사항이나 사업실상 등을 확인하는 행위를 말한다.

 

12. '자영업법인'이란 1인 주주가 사실상 경영을 지배하는 개인유사법인・가족기업, 현금수입업종 등 최종소비자 상대 업종 영위 법인을 말한다.

 

13. '신고내용 확인'이란 납세자의 자발적인 성실신고를 유도할 수 있도록 신고 안내자료의 반영 여부 등 법인세 신고내용을 검토하여 특정 항목이나 유형의 오류 또는 누락 혐의가 있는 법인을 확인 대상자로 선정하고, 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하는 방법으로 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무를 말한다.

 

제3조(개별법인의 과세정보 관리) ① 법인사무에 종사하는 국세공무원은 개별 법인에 대한 신고 및 조사내용과 수집ㆍ관리하고 있는 재무상황 등 과세정보를 과세목적 이외에는 사용할 수 없으며, 「국세기본법」제81조의13에 따라 제공하는 경우 이외에는 이를 외부에 제공하거나 공개하여서는 아니 된다.

 

②「국세기본법」 제81조의13에 따라 외부기관으로부터 개별 법인에 대한 과세정보의 제공요청을 받은 경우에는 서면요청서로 사용목적을 확인하고 이에 필요한 최소한의 범위에서 관서장의 사전결재를 받은 후에 서면으로 제공하여야 한다. 다만, 과세정보의 관리에 관하여 국세청장이 따로 정하는 규정이 있는 경우에는 그 규정에 따른다.

 

제4조(현장확인 및 출장계획의 수립) ① 법인납세과장은 다음 각 호에 해당하는 업무로서 현장확인이 필요한 때에는 그 사유 등을 구체적으로 명시한 출장계획을 수립하여 세무서장의 결재를 받은 후 현장확인을 실시하여야 한다.

 

1. 제8조에 따른 사업자등록 사전 현장확인

 

2. 제23조에 따른 부실법인관리

 

3. 제36조에 따른 연결납세방식 적용요건 등의 확인, 제41조제3항에 따른 동업기업의 과세자료 처리

 

4. 제69조에 따른 무신고법인관리

 

5. 제73조에 따른 수정신고・경정청구・기한 후 신고 처리

 

6. 제79조에 따른 신고내용 확인, 제87조에 따른 세원관리 및 제104조에 따른 서면분석

 

7. 제114조에 따른 감면법인 및 제158조 등에 따른 공익법인에 대한 사후관리

 

8. 제126조에 따른 과세자료 처리

 

9. 과세자료의 수집

 

10. 다른 사무처리규정 등에 따라 현장확인이 필요한 경우

 

11. 기타 위와 유사한 업무처리를 위해 현장확인이 필요한 경우

 

② 지방국세청에서 제3장 제3절에서 규정하는 경정청구, 제4절 신고내용 확인, 제5절 세원관리 및 제4장의 분석관리를 실시하는 과정에서 현장확인이 필요하다고 판단되면 제1항 및 제5조를 준용하여 현장확인을 실시할 수 있다.

 

제5조(현장확인 출장의 통제‧관리) ① 법인납세과장은 종사직원이 이 규정에 따른 업무를 집행할 때에는 전산이나 세무서 보관서류 확인 등 각종 정보자료의 분석에 따라 업무를 처리하도록 관리하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 제1항의 방법에 따른 처리가 곤란하다고 판단되는 경우에는 납세자에게 전화 또는 서면으로 해명안내를 하거나, 현지출장을 통한 사실관계 확인이 필요한 경우 제4조에 따라 최소한의 범위 및 출장기간 내에서 제한적으로 현장확인을 실시할 수 있다.

 

③ 현장확인 출장을 명령받은 직원은 현장확인 출장 시 『현장확인 출장증(별지 제1호 서식)』을 납세자에게 제시하여 세무조사 등으로 잘못 인식되는 일이 없도록 하여야 한다.

 

④ 법인납세과장은 제4조제1항제2호, 제4호, 제5호, 제6호, 제7호, 제8호에 따른 현장확인을 실시하는 경우 『현장확인 안내(별지 제1호의2 서식)』와 『권리보호 요청제도에 대한 안내(부가가치세사무처리규정 별지 제2호의3 서식)』를 교부하여야 한다.

 

⑤ 법인납세과장은 제4항에 따른 현장확인의 경우 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사 등 일회성 확인으로 업무를 종결할 수 있는 경우에 한해 실시할 수 있으며, 포괄적인 장부․서류 제출요구 등 과도한 확인행위가 없도록 사전교육울 실시하는 등 신중하게 운영하여야 한다.

 

제6조(내부업무 처리자 및 총괄담당자 지정) ① 법인납세과장은 신고관리, 세적관리, 자료관리 등 법인세 업무를 수행하기 위하여 내부업무 처리자 및 총괄담당자(반)를 지정하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 내부업무 처리자를 도로명주소별(또는 동별･지번별)로 처리구역을 정하여 지정하되, 지정된 관할 지역은 1년을 초과하여 운영할 수 없다. 다만, 인사이동 등의 특별한 경우에는 예외로 한다.

 

③ 법인납세과장은 내부업무 처리자 및 총괄담당자(반)를 반드시 문서로 지정하여야 한다. 다만, 부득이한 경우에는 우선 구두로 처리자를 지정한 후 지정현황을 문서에 기록하여 관리하여야 한다.

 

제7조(적용범위 및 다른 법령 등과의 관계) ① 법인에 대한 세적관리 및 세원관리에 관하여 세법 등 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규정에서 정하는 바에 따른다.

 

② 이 규정에서 정하지 아니하였거나 이 규정의 시행을 위하여 필요한 세부적인 사항은 국세청장이 따로 정할 수 있다.

 

 

제2장 세적관리

 

제1절 사업자등록 관리

 

제8조(사업자등록 사전 현장확인) ① 법인납세과장은 납세자보호담당관으로부터 『법인설립신고 및 사업자등록신청서(「법인세법 시행규칙」 별지 제73호 서식)』 및 『사업자등록정정신고서(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제11호 서식)』를 인계받아 사업자등록 신청 또는 정정신고내용의 진위 여부를 사전에 철저히 확인하고 그 결과에 따라 납세자보호담당관이 사업자등록증을 교부하도록 하여야 한다. 다만, 사업자등록 사전 현장확인이 불필요한 법인 등은 납세자보호담당관이 사업자등록증을 즉시 교부한다.

 

② 법인납세과장은 법인에 대한 사업자등록 사전 현장확인, 사업자등록사후관리, 일제점검 및 부실법인 관리업무에 관하여는 이 규정에 따라 처리하되 이 규정에서 정하고 있지 아니한 사항으로서 업무에 필요한 사항은 「부가가치세 사무처리규정」 등을 준용하여 처리한다.

 

제9조(세적관리 총괄담당자 지정) 법인납세과장은 법인세적 총괄담당자를 지정하여 제8조에 따른 사업자등록 사전 현장확인, 제12조에 따른 사업자등록 사후관리, 제17조에 따른 일제점검 및 제21조에 따른 부실법인관리에 관한 업무를 총괄하도록 하여야 한다. 이 경우 업무량 등을 감안하여 업무분야별로 총괄담당자를 각각 지정할 수 있다.

 

제10조(사전 현장확인 실시) ① 법인납세과장은 사업자등록신청 또는 정정신고법인에 대해 사전 현장확인을 실시하여야 한다. 다만, 현장확인을 실시하기 전에 인·허가 사항 검토, 임대차계약내용 확인 및 전산조회 등 간접확인으로 정상사업이 확인되는 경우에는 현장확인을 생략하고 사업자등록증을 즉시 발급하도록 한다.

 

② 법인납세과장은 업무효율성 제고 등을 위해 지역별 내부업무 처리자를 현장확인 담당자로 지정할 수 있으며, 현장확인 담당자는 사전 현장확인 후 계속 사후관리 여부를 판단하는 등 사후관리 종결까지 책임지고 관리하여야 한다.

 

③ 현장확인 시『현장확인 출장증(별지 제1호 서식)』을 제시한 후 『사업자등록 현장확인 안내(별지 제2호 서식)』를 교부하여 현장확인 취지를 충분히 설명하여야 한다.

 

④ 사업자등록 신청일부터 3일 내 사업자등록증 교부가 불가한 경우 5일에 한해 교부기한을 연장하고 그 사실을『사업자등록증 발급기한 연장 안내(별지 제3호 서식)』로 납세자에게 알려주어야 한다.

 

제11조(사전 현장확인 결과 조치) ① 현장(간접)확인 담당자는 현장(간접)확인 결과를 전산에 입력하여야 하며, 사업자 등록 또는 정정을 거부하는 경우에는 사업자등록 신청자에게 그 사실을 서면으로 통지하여야 한다.

 

② 현장확인 결과 나타난 사항은 다음 각 호에 따라 처리하여야 한다.

 

1. 정상사업자인 경우에는 즉시 사업자등록증 발급

 

2. 신용카드위장가맹점으로 확인되는 경우 또는 사업장이 없는 등 사실상 사업을 개시하지 아니할 것으로 판단되는 경우에는 사업자등록 거부

 

3. 명의위장 사실이 확인된 경우 실제 사업 내용에 따라 실사업자 명의로 사업자등록증을 발급하거나 사업자등록 거부

 

4. 인・허가 대상 업종임에도 인・허가 없이 사업을 하고 있는 경우에는 현장확인 결과 및 보완 요구에 따른 답변 등을 검토하여 사업자등록증을 발급하고 그 사실을 관할 관청에 통보

 

③ 계속 사후관리가 필요한 법인은 사업자등록증을 교부하되 사후관리대상자로 선정하여 관리하여야 한다.

 

④ 타서에서 사후관리중인 법인이 전입한 경우 현장확인 후 확인 결과에 따라 계속 사후관리하거나 종결처리를 하여야 한다.

 

제12조(사후관리 실시) ① 법인납세과장은 다음 각 호의 업무에서 사업자등록 내용에 관하여 계속 사후관리가 필요하다고 판단되는 법인은 사후관리대상자로 선정하여 현장확인 방법 등으로 사후관리를 실시하여야 한다.

 

1. 사업자등록 사전 현장확인

 

2. 사업자등록 일제점검

 

3. 부실법인 관리

 

4. 기타 세원관리 업무

 

② 법인납세과장은 제1항 각 호에 대하여 사후관리대상 선정 여부를 전산 입력하여 관리하여야 한다.

 

③ 사후관리 담당자는 사후관리대상자 선정 후 3개월 이내에 사업장 현장확인을 실시하여야 한다.

 

제13조(사후관리 담당자) ① 법인납세과장은 사전 현장확인을 실시한 담당자가 사후관리를 담당하도록 하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 기타 세원관리 과정에서 지역별 내부업무 처리자가 직접 사후관리대상으로 선정한 법인은 지역별 내부업무 처리자가 사후관리를 담당하도록 하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 인사이동이나 담당직원 변동 시 후임자가 사후관리사항을 인계받도록 조치하여야 한다.

 

제14조(사후관리결과 조치) ① 사후관리 담당자는 현장확인 결과를 전산에 입력하고 정상법인으로 판단되는 경우에는 정상법인으로 분류하여 종결 처리한다.

 

② 사후관리 담당자는 정상법인으로 판단될 때까지 혐의점을 구체적으로 기재하여 3개월마다 계속 사후관리하고, 제15조에 따른 세적정비와 조세채권확보 필요성 검토 등 필요한 후속조치를 취하여야 한다(이하 세원관리 시 후속조치 업무처리 요령은 같다.).

 

③ 법인납세과장은 사후관리 결과 긴급조사 또는 수시부과 등의 사유에 해당하는 경우로서 세무조사가 필요한 때(해당 법인의 폐업 등으로 「법인세법 시행령」 제104조에 따라 추계결정 하여야 하는 경우는 제외한다. 이하 조사과 인계기준은 같다)에는 관서장의 결재를 받은 후 그 사실을 조사과장에게 통보하여 조사과장이 필요한 후속조치를 취할 수 있도록 하여야 한다. 이 경우 조사과장은 주식변동이 있는 법인은 주식등변동상황명세서를 수집하여 제2차 납세의무 지정 업무 등에 활용할 수 있도록 하여야 한다.

 

제15조(사업자등록의 정정교부 및 등록말소) ① 법인납세과장은 사업자등록 사후관리, 사업자등록 일제점검, 부실법인관리 등 세원관리결과 사업자등록 내용이 실제 사업내용과 다른 경우에는 실제사업 내용에 따라 사업자등록증을 교부하거나 권장에 의하여 정정신청서를 제출받아 정정 교부하도록 하고 관련 세적을 정비하여 사업자등록 내용과 전산수록사항이 일치되도록 하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 사업자등록을 한 법인이 사업자등록 사후관리(사업자등록 일제점검, 부실법인관리 포함) 및 그 밖의 세원관리과정에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 때에는 사업자등록을 말소하고 사업자등록증을 회수하여야 한다.

 

1. 폐업신고서를 제출하지 아니하고 폐업한 경우

 

2. 사업자등록 후 정당한 사유 없이 등록일부터 6개월이 경과할 때까지 사업을 개시하지 않거나 사업목적 없이 허위 또는 부정한 방법으로 사업자등록을 한 경우

 

3. 부도발생, 고액체납 등으로 도산하여 소재불명인 경우

 

4. 인ㆍ허가 취소 또는 그 밖의 사유로 사업목적 수행이 불가능하여 사실상 폐업상태에 있는 경우

 

5. 각종 현장확인 시 사업장 방문 결과 임대차 계약 등이 해지되어 무단전출자로 확인되고 연락이 불가능한 경우

 

6. 법인세 무신고 또는 무실적 신고자로서 현장확인 방법으로 사업현황을 파악한 결과 실제 사업을 하지 않는다고 판단되는 경우(매출이 발생하지 못할 구체적 사유가 있는 경우에는 제외한다)

 

7. 각종 우편물을 사업장에 발송한 결과 '이사감' 또는 '수취인불명' 등으로 표시되어 반송되고 사업장 소재지에 전화연락이 불가능한 경우(필요시 현장확인을 실시한다)

 

8. 발송된 우편물을 임대인이 수령한 후 세무서에 연락하여 무단전출자임을 확인하여 주고 세적상 연락처에 전화 연락하여도 통화가 불가능한 경우(임대인에게 무단전출자임을 확인하는 확인서를 수집한다)

 

9. 기타 명의위장으로 판명되거나 정상적으로 사업을 영위하지 아니할 것으로 판단되는 경우

 

③ 세무서장(법인납세과장)은 사업자등록 직권 말소 시 『사업자등록 말소 통지(별지 제4호 서식)』로 사업자등록 말소 사항을 통지하여야 한다.

 

④ 사업자등록증을 회수할 수 없는 경우에는 등록말소(폐업)의 사실을 관할 세무서 인터넷 홈페이지 또는 게시판 공고 등 대외 효력이 있는 방법으로 공시하여야 한다.

 

⑤ 법인납세과장은 휴ㆍ폐업신고 이외에 무단 또는 사실상 휴ㆍ폐업한 법인도 전산에 입력하여 휴ㆍ폐업 법인으로 관리되도록 하고, 사업자등록 말소사실 및 사업자등록증 회수 여부를 전산 입력하여 모든 세무관서의 직원이 업무에 활용할 수 있도록 하여야 한다.

 

제16조(위장전입 및 무단전출 법인에 대한 처리) ① 법인납세과장은 사업자등록 사전 현장확인・사후관리 및 그 밖의 세원관리과정에서 위장전입 또는 무단전출 사실이 확인되는 경우에는 다음 각 호와 같이 처리한다.

 

1. 변경 전 납세지 또는 다른 장소에 사업장이 있는 것으로 확인되는 경우：변경 후 세무서장은 해당 법인에 납세지변경 신고서 제출을 요구하고, 1개월 이내에 납세지를 정상화하지 않는 경우 지방국세청장 또는 국세청장에게 납세지 지정 요청

 

2. 무단 전출하여 다른 장소에 사업장이 있는 것으로 확인되는 경우 : 변경 전 세무서장은 해당 법인에 납세지변경 신고서 제출을 요구하고 1개월 이내에 납세지를 변경신고하지 않는 경우 지방국세청장 또는 국세청장에게 납세지 지정 요청

 

3. 폐업으로 확인되는 경우：제15조에 따라 말소처리

 

 

제2절 사업자등록 일제점검

 

제17조(사업자등록 일제점검) 법인납세과장은 다음 각 호와 같이 사업자등록 전반에 대해 점검이 필요한 법인을 일제점검대상 법인으로 선정하여 현장확인 방법으로 일제점검을 실시할 수 있다.

 

1. 정당한 사유 없이 법인세, 부가가치세, 원천세를 장기간 신고하지 아니하거나 무실적으로 신고하는 법인

 

2. 사업개시 후 계속 결손법인으로 일제 점검할 필요성이 있는 법인

 

3. 사업장이 자가인 법인 중 대표자 주소지와 사업장이 일치하는 법인으로 업종의 특성을 고려하여 일제점검이 필요하다고 인정되는 법인

 

4. 가짜세금계산서 판매상・신용카드 위장가맹점이 상대적으로 많이 발생하는 지역・업종

 

5. 특별한 사정없이 매출이 급증한 법인

 

6. 평소 세원관리과정에서 점검의 필요성이 있는 법인

 

제18조(일제점검 실시시기) ① 일제점검은 법인세 무신고자에 대한 관리와 연계하여 실시하되, 필요한 경우 수시로 실시할 수 있다.

 

② 법인납세과장은 일제점검이 실질적이고 실효성 있게 이루어질 수 있도록 점검실익 있는 법인을 집행 가능한 범위에서 점검대상으로 선정하여야 한다.

 

제19조(일제점검 방법) ① 법인납세과장은 사업자등록 일제점검 시 이에 관한 계획을 수립하여 관서장의 결재를 받아 일제점검을 실시한다.

 

② 법인납세과장은 점검대상 법인 및 담당자를 전산에 입력하고 일제점검 대상으로 선정된 사유에 따라 다음 각 호의 사항을 점검하여야 한다.

 

1. 사업자등록 후 정상적인 사업영위 또는 무단 전출・입 여부

 

2. 휴・폐업 여부(위장 휴・폐업 여부 포함)및 위장사업 여부

 

3. 가짜세금계산서 판매상 행위 여부

 

4. 인・허가 취소 여부

 

5. 미등록사업 여부 및 사업실적 내용

 

6. 수시부과 및 긴급조사 사유발생 여부

 

7. 그 밖에 세원관리상 확인이 필요한 사항

 

제20조(일제점검결과조치) ① 일제점검 결과는 조사서에 기재하여 결재를 받고 점검내용을 전산 입력한 후 전산 상 일제점검을 종결처리하고 제15조의 요령에 따라 세적정비 등 필요한 조치를 취하여야 한다. 이 경우 미등록 법인으로서 사업실적이 발견되는 경우에는 사업자등록 및 법인세 신고권장 또는 수시부과 등 필요한 조치를 취하여야 한다.

 

② 일제점검 결과 사후관리가 필요한 법인은 전산 상 사후관리 대상자로 선정하여야 한다.

 

 

제3절 부실법인 관리

 

제21조(부실법인 관리) 법인납세과장은 부도발생 등 법인의 부실사유가 발생한 때에는 정상가동 여부, 수시부과ㆍ긴급조사 필요성 등의 확인 및 조세채권 일실방지 등에 필요한 조치를 신속히 취해야 한다.

 

제22조(관리대상 부실법인) ① 법인납세과장은 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 관리대상 부실법인으로 선정하고 전산에 입력하여야 한다.

 

1. 정당한 사유 없이 법인세, 부가가치세, 원천세를 신고하지 아니한 법인 중 부실화 소지가 있다고 인정되는 법인

 

2. 수표 또는 어음 부도발생 법인

 

3. 그 밖에 납세지 관할 세무서장이 관리가 필요하다고 판단한 법인

 

② 세무서 조사과장은 조사과정에서 제1항제3호에 해당하는 부실사유가 발생한 경우에는 그 내용을 즉시 법인납세과장에게 통보하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 제1항 각 호의 관리대상 부실법인으로 선정된 법인에 대하여 즉시 전산에 관리대상법인 및 관리담당자를 입력한다.

 

제23조(부실법인 관리방법) ① 부실법인 관리담당자는 현장확인 등의 방법으로 다음과 같이 사업운영실태 등을 확인하여야 한다.

 

1. 법인세 등 무신고자의 신고기한 후 신고이행 또는 신고가능 여부

 

2. 부도발생 법인의 정상적인 사업 영위 여부

 

3. 관리대상 부실법인의 재산소유 및 조세채권확보 가능 여부

 

4. 긴급조사ㆍ수시부과 필요성 여부

 

5. 그 밖에 부실법인에 대한 신고관리 및 조세채권확보 등에 필요하다고 판단되는 사항

 

② 부실법인 관리담당자는 관리담당자 지정일부터 1개월 이내에 현장확인 등을 실시하되, 처리가 불가능한 구체적 사유가 있으면 15일 내에서 연장할 수 있다. 다만, 법인세 무신고자는 국세청장이 별도로 마련한 업무지침이 있는 경우 그 지침에 따라 처리한다.

 

③ 부실법인 관리담당자는 현장확인(간접확인) 실시 결과를 관리자 결재를 받은 후 전산 입력하여 전산 상 부실법인 관리를 종결하고, 세적정비 및 조세채권확보 필요성 검토 등 필요한 조치를 취하여야 한다.

 

④ 부실법인 관리 결과 사후관리 필요성이 있는 법인은 전산에서 사후관리대상자로 선정하여야 한다.

 

⑤ 법인납세과장은 부실법인 관리 결과 긴급조사 또는 수시부과 등의 사유에 해당하는 경우로서 세무조사가 필요한 때에는 관서장의 결재를 받은 후 관련 내용을 조사과장에게 통보하여 조사과장이 지체 없이 필요한 후속조치를 취할 수 있도록 하여야 한다.

 

제24조(휴ㆍ폐업 법인에 대한 사후관리) 법인납세과장은 휴ㆍ폐업신고(무단 또는 사실상 휴ㆍ폐업법인 포함) 법인에 대하여 제23조에 따라 처리하는 것과는 별도로 과세자료ㆍ부동산 소유권이전 등의 자료발생 여부, 사업재개 여부 등을 계속 사후관리하고, 사업재개 또는 과세자료가 발생하는 경우 사업자등록 및 수시부과 등의 필요한 조치를 취해야 한다.

 

 

제4절 납세지 변경신고 법인의 관리

 

제25조(변경 전 납세지 관할 세무서장의 처리) ① 변경 전 납세지 관할 세무서의 법인납세과장은 수시로 전산 조회하여 납세지가 변경된 사실을 확인하고 다음 각 호의 서류를 변경 후 납세지 관할 법인납세과장에게 인계하여야 한다. 이 경우 전산에 의해 자동 인계되는 서류 이외의 서류는 관련 서류를 보관하고 있는 해당과로부터 수집하여 수동 통보한다.

 

1. 법인세 과세표준 및 세액 신고서 원본(수정신고서, 서면분석 관련서류 포함)

 

2. 설립신고일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한 전에 납세지를 변경한 때에는 설립신고서류(사업자등록신청서류) 사본

 

3. 감면법인 사후관리카드 및 감면 통ㆍ수보 관련서류

 

4. 과세자료 및 관련서류

 

5. 그 밖에 법인의 세적 관리에 필요한 서류

 

② 납세지 변경으로 인계하는 서류는 국세부과 제척기간 내에 있는 서류로 한다.

 

제26조(변경 후 납세지 관할 세무서장의 처리) 변경 후 납세지 관할 세무서의 법인납세과장은 변경 전 납세지 관할 세무서장으로부터 인계받은 제25조제1항 각 호의 서류 중 다른 과에서 보관하여야 하는 서류를 업무 소관과로 인계하여야 한다.

 

제27조(세적 인계ㆍ인수중의 납세지 관할) 납세지 변경신고를 하거나 납세지 지정통지를 받아 납세지를 변경 중에 있는 법인의 납세지는 변경 전 납세지 관할 세무서로 한다. 다만, 변경 후 납세지 관할 세무서 납세자보호담당관이 사업자등록증을 교부한 경우에는 그 교부한 날부터 변경 후 세무서의 관할로 한다.

 

 

제5절 법인으로 보는 단체의 관리

 

제28조(승인여부 검토 등) ① 법인납세과장은 납세자보호담당관으로부터 인계받은 『법인으로 보는 단체의 승인신청(「국세기본법 시행규칙」 별지 제6호 서식)』 및 첨부서류와 전산 입력된 내용에 따라 「국세기본법」 제13조제2항의 법인으로 보는 단체 해당 여부를 검토하여 승인 여부를 전산 입력하고, 이에 따라 법인납세과장이 법인으로 보는 단체의 승인 또는 불승인 사실을 『법인으로 보는 단체의 승인여부 통지(「국세기본법 시행규칙」 별지 제6호의2 서식)』로 통지하고 이 경우 승인법인에 대하여는 납세자보호담당관이 『고유번호증(별지 제5호 서식)』을 발급하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 법인으로 보는 단체가 『법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경)신고서(「국세기본법 시행규칙」 별지 제6호의4)』 및 그 입증자료 등을 제출하지 아니한 경우 기간을 정하여 해명요구하고 그 회신내용에 따라 처리한다.

 

③ 제2항의 경우 회신이 없는 때에는 원칙적으로 법인으로 보는 단체로 승인하지 아니한다. 다만, 세원관리상 승인을 필요로 하는 경우 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 대표자 또는 관리인으로 지정하고 『법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지(「국세기본법 시행규칙」 별지 제7호 서식)』로 그 사실을 통지하고, 이를 전산에 입력한다.

 

④ 법인납세과장은 법인으로 보는 단체로 승인받아 납세자보호담당관으로부터 『고유번호증』을 교부받은 단체가 수익사업(「법인세법」 제3조제3항제1호 및 제7호)을 영위하는 사실이 확인되는 때에는 사업자등록신청을 권장하거나 직접 사업자등록 조치한다.

 

제29조(승인취소 및 법인세신고 권장) ① 법인납세과장은 법인으로 보는 단체로 승인한 단체가 「국세기본법」 제13조제2항의 요건을 갖추지 못하게 된 사실을 발견한 때에는 즉시 승인취소하고, 이 사실을 전산 입력한 후 『법인으로 보는 단체의 승인・취소통지(「국세기본법 시행규칙」 별지 제6호의3 서식)』로 해당 단체에 통지한다.

 

② 법인납세과장은 법인으로 보는 단체로 승인한 단체가 거주자로 변경되었거나 승인이 취소된 경우에는 거주자로 변경된 날 또는 승인취소한 날을 사업연도 종료일로 하여 법인세를 신고ㆍ납부하도록 권장하여야 한다.

 

 

제6절 사업연도 변경신고서 등 각종 신고서의 처리

 

제30조(각종 신고서의 처리) 법인납세과장은 납세자보호담당관이 접수하거나 운영지원과장이 전산에 입력한 다음 각 호의 서류를 인계받은 때에는 관련 법령에 따라 필요한 조치를 취하여야 한다.

 

1.『사업연도변경신고서 (「법인세법 시행규칙」 별지 제61호 서식)』

 

2.『납세지(변경)신고서 (「법인세법 시행규칙」 별지 제62호 서식)』

 

3.『감가상각방법신고서ㆍ내용연수변경신고서ㆍ감가상각방법변경신청서ㆍ중소기업내용연수특례적용신청서ㆍ내용연수신고서ㆍ내용연수승인(변경승인)신청서 (「법인세법 시행규칙」 별지 제63호 서식)』

 

4.『화폐성외화자산등(특별계정) 평가방법신고서』 (「법인세법 시행규칙」 별지 제63호의 4 서식)』

 

5.『재고자산 등 평가방법신고(변경신고)서ㆍ채권 등의 보유기간계산방법신고서 (「법인세법 시행규칙」 별지 제64호 서식)』

 

6.『재해손실세액공제신청서 (「법인세법 시행규칙」 별지 제65호 서식)』

 

7.『법인세 물납신청서 (「법인세법 시행규칙」 별지 제66호 서식)』

 

8.『소급공제법인세액 환급신청서 (「법인세법 시행규칙」 별지 제68호 서식)』

 

9.『법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경)신고서 (「국세기본법 시행규칙」 별지 제6호의4 서식)』

 

 

제7절 연결납세방식

 

제31조(연결납세방식 적용 신청 및 접수) ① 세무서 납세자보호담당관은 법인이 제출한『연결납세방식 적용신청서(「법인세법 시행규칙」 별지 제76호의2 서식)』를 전산에 접수 입력한 후 법인납세과장에게 관련 서류를 즉시 인계하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 『연결납세방식 적용신청서』상의 적용요건, 적용받고자 하는 사업연도 등 신청내용을 검토한 후 전산에 입력하여야 한다.

 

제32조(신청서 검토) ① 세무서장(법인납세과장)은 「연결납세방식 적용 승인 신청서」 접수일부터 1주일 이내에 연결납세방식 적용여부를 검토한 후 검토서와 『연결납세방식 적용 신청서』 원본을 지방국세청장(법인납세과장)에게 제출하여야 한다.

 

② 지방국세청장(법인납세과장)은 신청내용이 사실과 다르거나 불명확하여 확인이 필요한 경우에는 납세자에게 해명을 요구할 수 있다.

 

제33조(승인 및 통지) ① 지방국세청장(법인납세과장)은 세무서장으로부터 연결납세방식 적용 신청서를 제출받은 경우 적용 요건 등을 검토하여 그 승인여부(승인불가 시에는 승인불가사유)를 최초 연결사업연도 개시일부터 2개월이 되는 날까지 연결모법인에게 서면으로 통지하여야 한다.

 

② 지방국세청장(법인납세과장)은 제1항에 따라 승인여부를 연결모법인에게 통지한 이후, 연결자법인 납세지 관할 세무서장(법인납세과장)에게 승인내용을 전산에 의해 통보하여야 한다.

 

제34조(사후관리 및 사실확인 요구) ① 세무서장(법인납세과장)은 연결납세방식 적용을 승인받은 법인(이하 '연결법인'이라 한다)에 대하여 적용요건 해당여부를 사후 관리하여야 한다.

 

② 세무서장(법인납세과장)은 연결법인이 적용 요건을 갖추지 못한 것으로 판단되는 경우에는 해당 법인에게 해명을 요구할 수 있다.

 

제35조(승인취소・변경・포기) ① 세무서장은 사후관리결과 적용요건을 갖추지 못한 것으로 확인되는 때에는 지방국세청장에게 연결납세방식 적용의 승인 취소를 요청하여야 한다.

 

② 지방국세청장(법인납세과장)이 연결납세방식의 적용승인을 취소하는 때에는 그 사유를 서면으로 연결모법인에게 통지하여야 한다.

 

③『연결법인 변경신고서(「법인세법 시행규칙」 별지 제76호의4 서식)』 및 『연결납세방식 포기신고서(「법인세법 시행규칙」 별지 제76호의3 서식)』의 접수 및 처리절차에 관하여는 제1항 및 제2항, 제31조부터 제34조를 준용한다. 다만, 변경 또는 포기신고서 제출법인에 대한 통지는 변경 또는 포기요건에 맞지 않아 거부하는 때에 한한다.

 

제36조(현장확인) 세무서장(법인납세과장)은 연결납세방식 적용요건의 확인 또는 승인취소 사유의 확인을 위해 필요하다고 인정하는 경우 제4조 및 제5조에 따라 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다.

 

 

제8절 동업기업 등 관리

 

제37조(동업기업과세특례 신청서 접수 및 처리) ① 세무서 납세자보호담당관(이하 ‘납세자보호담당관’으로 기재함)은 납세자가 「조세특례제한법 시행령」 제100조의16에 따라 제출한 『동업기업과세특례 적용신청서(「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제104호 서식)』 또는 『동업기업과세특례 포기신청서』를 전산에 접수입력하고 법인납세과장에게 관련서류를 즉시 인계하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 동업기업과세특례 적용신청서상의 적용범위, 적용받고자하는 사업연도 등 기재사항과 포기신청서상의 적용기한 등을 검토한 후 신청내용을 전산에 입력하여야 한다.

 

③ 제2항에 따른 신청내용이 부적합한 경우에는 접수일부터 7일 이내에 신청자에게 적용 또는 포기신청에 대하여 거부통지를 하여야 한다.

 

④ 적용 및 포기신청 내용에 대한 해명이 필요한 경우에는 기간을 정하여 해명을 요구할 수 있으며 회신내용에 따라 처리하여야 한다. 업무총괄담당자는 처리가 완료된 신청서 등 관련서류를 편철ㆍ관리하도록 한다.

 

⑤ 그 밖에 별도로 규정되지 않은 사항에 대해서는 사업자등록 접수 및 처리에 준하여 처리한다.

 

제38조(준청산소득에 대한 법인세 신고안내 및 입력) ① 법인납세과장은 동업기업 전환 법인을 대상으로 과세특례를 적용받는 최초 사업연도의 직전 사업연도 종료일 이후 3개월이 되는 날까지 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 함께 준청산소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 수 있도록 안내하여야 한다.

 

② 납세자보호담당관은 동업기업과세특례 적용신청자의 준청산소득에 대한 법인세 신고서를 접수하여 ｢정보화센터 사무처리규정｣에 따라 처리하고 지방국세청 전산관리팀장(정보화센터 운영요원)은 신고서 접수일 부터 15일 이내에 전산에 입력하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 준청산소득에 대한 법인세 신고서의 전산입력 사항을 확인하고, 오류사항을 정정하여야 한다.

 

④ 법인납세과장은 준청산소득에 대한 신고의 적정여부를 검토하여 과소신고 소득에 대해 즉시 경정하여야 하며, 분납세액의 납부에 대해서도 사후 관리하여야 한다.

 

제39조(동업기업 소득계산 및 배분명세 신고안내) ① 법인납세과장은 동업기업 과세특례의 적용 신고대상자를 사전에 파악하고, 신고기한(각 과세연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3월이 되는 날이 속하는 달의 15일)까지 동업기업의 소득계산ㆍ배분명세 등을 신고하도록 개별 안내하여야 한다.

 

② 납세자보호담당관은 동업기업의 소득계산ㆍ배분명세 등에 대한 신고서를 법인세 신고서에 준하여 접수하고 이를 법인납세과장에게 인계하여야 하며, 법인납세과장은 신고서 접수일로부터 15일 이내에 신고 관련 서류를 전산에 입력하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 동업기업의 소득계산ㆍ배분명세 등에 대한 전산입력 사항을 확인하고 신고기한으로부터 1개월 이내에 오류사항 정정을 완료하여야 한다.

 

제40조(동업기업의 신고내용에 대한 사후관리) ① 법인납세과장은 동업기업의 소득계산ㆍ배분, 자산의 분배 등에 대한 신고내용의 적정성을 사후 관리하여야 하며, 사후관리 과정에서 소득계산 등에 오류가 발견된 경우에는 신고내용을 경정하여야 한다.

 

② 제1항에 따라 신고내용을 경정하는 경우에는 신고오류 사항을 반영한 과세자료를 제119조부터 제121조까지의 규정에 따라 입력하여 동업자의 관할 법인납세과장에게 통보하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 동업기업의 소득계산·분배명세 신고대상과 전산 수록된 신고자료를 비교하여 무신고한 동업기업을 확인하고 기한 후 신고 안내문을 발송하여 기한 후 신고를 권장하여야 한다.

 

④ 법인납세과장은 기한 후 신고한 동업기업의 소득계산·분배명세 등에 대한 신고서를 전산 입력하여야 한다.

 

⑤ 법인납세과장은 제3항에 따라 기한 후 신고 권장에도 무신고한 동업기업에 대하여 사업운영실태 등을 파악하기 위한 간접확인을 실시하고 필요한 경우 현장확인을 실시하여야 한다.

 

⑥ 법인납세과장은 제5항에 의해 확인한 결과에 따라 세적 정비 등 필요한 조치를 하여야 한다.

 

제41조(동업자의 과세자료 수보 및 처리) ① 동업자의 관할 세무서 법인납세과장은 전산정보관리관이 생성한 동업자의 소득배분명세 등에 대한 전산자료와 동업기업에 대한 신고내용 사후관리 과정 등에서 발생한 과세자료에 대하여 생성 또는 수보한 달의 다음달 10일까지(별도의 업무지시가 있는 경우에는 그에 따른 날까지) 즉시 처리할 자료로 처리담당자를 지정하여 배부하여야 한다.

 

② 과세자료 처리담당자는 동업자의 신고내역과 과세자료를 비교하여 성실신고 여부를 검증하고, 신고소득 등의 누락이 발견된 경우에는 즉시 관련 법인세 등을 경정하여야 한다.

 

③ 동업기업의 과세자료 처리에 관하여 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 제5장 자료관리 규정에 따라 처리한다.

 

제42조(그 밖에 관리사항) ① 개인사업자인 동업기업의 경우 「조세특례제한법」 제100조의26에서 규정된 사항은 법인납세과장이 처리함을 원칙으로 한다. 다만, 업무의 원활한 처리를 위해 필요한 경우 개인납세과장에게 협조를 요청할 수 있으며, 개인납세과장은 이에 적극 협조하여야 한다.

 

② 개인사업자인 동업기업에 관하여 「조세특례제한법」 제100조의26의 규정이 적용되지 않는 부가가치세 및 원천세 등의 제세신고와 자료처리 등에 대한 업무는 사업장(납세지) 관할 개인납세과장이 처리한다.

 

 

제3장 신고관리

 

제1절 법인세 신고관리

 

제43조(신고관리의 목적) 법인세 신고관리는 법인 스스로 사업실상에 따라 정확한 장부기록을 바탕으로 기업회계기준에 따라 결산을 하고 세법규정에 맞추어 자율적으로 성실히 신고하도록 유도하는데 그 목적이 있다.

 

제44조(신고관리 기본방향) ① 지방국세청장(법인납세과장), 세무서장(법인납세과장)은 납세자가 법인세를 신고ㆍ납부하는데 불편이 없도록 최대한의 납세서비스를 제공하여야 한다.

 

② 지방국세청장(법인납세과장), 세무서장(법인납세과장)은 전산분석 또는 개별수동분석을 실시하여 소득금액 및 세액계산 등에 있어 신고 시 유의할 사항 또는 문제점 등을 구체적으로 제시한 신고안내사항을 전산시스템 또는 신고안내문 등을 통해 개별 통지하는 방법으로 법인이 성실하게 신고할 수 있도록 지원하여야 한다.

 

③ 신고관리는 업무의 효율을 높이기 위하여 지방국세청 또는 관서별로 분담하여 실시하고 세부적인 추진사항은 국세청장이 별도로 정하는 바에 따른다.

 

제45조(신고대상법인의 파악) 세무서장(법인납세과장)은 전산 수록된 세적자료와 직전 법인세 과세표준 및 세액신고서 등 법인세 신고 자료에 의해 정기분 법인세 또는 중간예납 신고대상자를 파악ㆍ확정한다. 이 경우 신고대상이 아닌 법인이 신고대상으로 분류되지 않도록 사전에 세적정비를 실시하여야 한다.

 

제46조(자체계획의 수립) ① 지방국세청장(법인납세과장), 세무서장(법인납세과장)은 법인이 자율적으로 성실신고를 이행할 수 있도록 관서별 특성에 따라 각종 자료수집, 전산분석 또는 개별분석에 의한 문제점 도출, 신고안내, 사후관리 할 사항 등에 관하여 자체 신고관리계획을 수립하여 법인세 신고관리업무를 효율적으로 추진하여야 한다.

 

② 제1항에 따른 신고관리계획 수립 시에는 다음의 내용을 반영하여야 한다.

 

1. 납세자가 스스로 사업실상에 맞게 성실 신고할 수 있도록 자율과 책임이 함께 하는 납세자 중심의 신고분위기 조성

 

2. 신고과정에서 세무간섭 배제. 다만, 본ㆍ지방청의 업무지시 등에 따라 특정 규모나 업종, 자영업법인, 사업자단체 등에 대하여 집단안내ㆍ홍보 또는 성실신고 지원을 위한 사전안내 등을 할 수 있다.

 

3. 관내 세원분포의 특수성 반영

 

4. 직전사업연도 신고상황 등에 대한 전산 또는 개별분석을 실시하여 납세자가 공감할 수 있는 구체적이고 실질적인 문제항목 및 신고 시 유의사항 등을 개발하고 이를 구체적으로 제시한 전산시스템 또는 신고안내문을 통해 통지하여 성실신고를 유도. 이 경우 관서별 형편에 따라 안내대상 법인을 조정할 수 있다.

 

5. 세무대리인, 세무협력단체 등의 효율적 협조체제 유지

 

6. 사전 성실신고 지원에 불응하거나 불성실 신고 혐의 법인에 대해 신고 후 엄정한 사후관리 또는 세무조사 예고

 

7. 기업과 기업주 등의 신고상황 연계 관리

 

제47조(신고안내 및 홍보) 지방국세청장(법인납세과장), 세무서장(법인납세과장)은 지방청별․관서별 세원분포와 특성을 감안하여 세무대리인(단체 포함) 또는 사업자단체 등에 대한 간담회와 홈페이지 등을 통해 다음 사항을 안내ㆍ홍보하고 최대한의 신고편의를 제공하여야 한다.

 

1. 법인세 신고관리 기본방향

 

2. 취약ㆍ호황 업종별 불성실 신고사례

 

3. 주요 세법개정 내용

 

4. 신고 시 유의사항

 

5. 국세청장 또는 지방국세청장의 전산분석 등에 따른 안내문

 

6. 세무대리인에 대한 전자신고 협조 및 입력오류 방지에 관한 사항

 

7. 신고 시 제출대상서류 및 제출제외서류

 

8. 기타 법인세 신고안내 책자 배부 등 납세서비스에 관한 사항

 

제48조(신고안내문 발송관리) ① 국세청장(법인세과장), 지방국세청장(법인납세과장), 세무서장(법인납세과장)은 법인세 신고안내를 위해 필요한 경우 신고안내문을 발송할 수 있다.

 

② 세무서장(법인납세과장)은 신고안내문의 반송내역을 수시로 전산으로 확인하여 당초 송달한 사업장 또는 주소지 등을 정정하고, 새로운 송달장소로 우편물을 재발송하여야 한다.

 

제49조(전자신고 및 우편신고) 법인납세과장은 납세자의 신고편의를 위하여 「국세기본법」 제5조의2에 따른 전자신고 또는 우편신고를 적극 권장하여야 한다.

 

제50조(종사직원에 대한 교육) 지방국세청장(법인납세과장), 세무서장(법인납세과장)은 법인세 신고관리 계획 수립 직후 종사직원을 대상으로 다음 사항에 관한 교육을 실시하여 신고관리업무가 차질 없이 집행되도록 하여야 한다.

 

1. 신고관리 기본방향

 

2. 개정세법, 결산 및 세무조정에 관한 사항

 

3. 성실신고 지원을 위한 사전안내 내용

 

4. 전자신고 또는 우편신고 요령 등

 

 

제2절 신고서 접수관리

 

제51조(신고서 등의 접수관리) ① 납세자보호담당관은 「국세청 민원사무처리규정」에 따라 법인세 과세표준 및 세액신고서(중간예납신고서 및 교육세신고서를 포함한다. 이하 같다)와 기타 「법인세법」 및 「조세특례제한법」 등에 따른 각종 신청서・신고서 등이 접수 누락되지 않도록 유의하여 접수하여야 한다.

 

② 제1항에 따른 법인세 관련 신고서 및 신청서 등에 대한 접수(「국세기본법」 제5조의2제2항에 따른 전자신고를 포함한다. 이하 같다) 및 입력에 관하여 이 규정에서 정하지 아니하는 내용은 「국세청 민원사무처리규정」 및 전산정보관리관실에서 정하는 업무처리 요령 등에 따른다.

 

③ 납세자보호담당관은 신고법인수가 많은 12월 결산 법인의 신고서(중간예납신고서를 포함한다) 등에 대해서는 원활한 전산접수를 위하여 법인세과 직원의 협조를 받을 수 있다.

 

제52조(접수입력 담당자의 지정 및 접수입력) ① 납세자보호담당관은 신고서 등의 전산접수를 위하여 접수입력 담당자를 지정하고 접수입력 누락방지 및 입력요령에 관하여 사전에 충분한 교육을 실시하여야 한다. 다만, 전자신고의 경우에는 별도의 접수입력을 하지 아니한다.

 

② 납세자보호담당관은 법인세 신고서 등을 제출받는 즉시 전산으로 신고서 등을 접수하여야 한다. 이 경우 중복입력 또는 신고서에 첨부하는 서류의 제출 여부 입력이 누락되지 않도록 유의하여야 한다.

 

③ 납세자보호담당관은 신고법인이 접수증을 요구하는 경우 접수증을 출력하여 교부하여야 한다.

 

④ 법인납세과장은 신고서 접수입력과정에서 확인된 타서 관할 신고서를 해당 법인의 납세지 관할 세무서장에게 인계하여야 한다. 이 경우 신고내용은 납세지 관할 세무서장이 입력하여야 한다.

 

제53조(결손금소급공제 법인세액 환급신청서의 전산입력 확인) 법인납세과장은 결손금소급공제 법인세액 환급신청 법인에 대한 환급신청서(「법인세법 시행규칙」 별지 제68호의 서식)의 전산입력 여부를 확인하여 입력되지 않은 환급신청서는 즉시 입력하고 제65조에 따라 환급결의 한다.

 

제54조(감가상각방법신고서 전산입력 등 처리) ① 법인납세과장은 감가상각방법신고서ㆍ감가상각방법변경신청서ㆍ내용연수신고서ㆍ내용연수승인(변경승인)신청서ㆍ내용연수변경신고서, 재고자산 등 평가방법신고(변경신고)서, 채권 등의 보유기간 계산방법 신고서가 접수된 경우 전산에 입력하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 감가상각방법의 변경신청서를 접수한 경우 변경요건을 검토하여 신청서 접수일이 속하는 사업연도 종료일까지 승인 여부를 통지하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 감가상각 내용연수 승인(변경승인) 신청서가 접수된 경우 법정 신청기한 경과 후 10일 이내에 신청서를 지방국세청장(법인납세과장)에게 제출하여야 한다.

 

④ 지방국세청장(법인납세과장)은 내용연수 승인(변경승인) 여부를 결정하여 관할 세무서장(법인납세과장)에게 그 결과를 통보하여야 하며, 관할 세무서장(법인납세과장)은 신청서의 접수일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1개월 이내에 승인여부를 납세자에게 통지하여야 한다.

 

⑤ 법인납세과장은 내용연수 승인(변경승인)한 법인에 대하여 그 내용을 전산에 입력하여야 한다.

 

제55조(신고서 등의 전산입력) 세무서장(납세자보호담당관 또는 법인납세과장)은 다음 각 호에서 열거하는 서면 신고서 등을 스캔하여 전자서고에 등록한 후 정보화센터에 이송 하여야 한다. 다만, 전자신고의 경우에는 국세청장이 별도로 정하는 처리기준에 따른다.

 

1. 법인세 정기신고서

 

2. 법인세 중간예납 신고납부계산서(「법인세법 시행규칙」 별지 제58호 서식)

 

3. 청산소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고서(「법인세법 시행규칙」 별지 제59호 서식)

 

4. 법인세 과세표준 수정신고서(경정청구서는 입력 제외)

 

5. 법인세 기한 후 신고(「국세기본법」 제45조의 3)

 

6. 중도폐업자 법인세 신고서

 

제56조(중도폐업자 신고서에 대한 처리) 법인납세과장은 제55조제6호에 따른 중도폐업 신고내용이 「법인세법」 제69조에 따른 수시부과사유에 해당하는 경우 즉시 수시부과 결정하되, 현장확인 등을 실시한 결과 세무조사가 필요한 경우에는 관련내용을 조사과장에게 통보하여 조사대상 선정 등에 활용하도록 하여야 한다.

 

제57조(정보화센터의 반송분 신고서 등 처리) ① 정보화센터에 이송된 신고서 등이 자료보정 대상이거나 기입력된 신고서, 경정청구서, 내부업무처리 담당자가 입력하여야 할 대상으로 반송된 경우에는 반송분 신고서 등을 전산 조회하여 직접 처리하거나, 신고기간 및 민원종류코드 오류, 재스캔이 필요한 경우에는 수정한 자료를 정보화센터에 재이송 처리하여야 한다.

 

② 납세자보호담당관으로부터 신고서 및 첨부서류 등을 인계받은 법인납세과장은 전산접수 입력과 신고내용 입력내역을 상호 비교하여 입력누락 여부 등을 확인하여야 하며, 오류가 발생한 법인의 오류사항을 정정하여야 한다. 또한 전산상 DB 미수록자료(중복입력자료, 세적미등록자료 등)를 확인하여 정정하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 전산처리가 완료된 신고서 등을 사업연도별, 접수번호순으로 보관・관리하여야 한다. 이 경우 정기신고 후 접수되는 수정신고서, 경정청구서, 기한후신고서, 중도폐업자의 신고서 등은 사업연도별 해당 정기신고서와 함께 보관・관리하는 것을 원칙으로 한다.

 

제58조(신고서 오류정정) ① 국세청장(법인세과장)은 각 세무서로부터 입력된 신고 자료의 주요항목을 검증하여 법인세신고서 주요서식 오류법인을 확인할 수 있도록 하여야 한다.

 

② 지방국세청장(전산관리과장)은 전산에서 신고내용의 오류ㆍ누락 여부를 확인하고 정정 처리하여야 한다.

 

제59조(신고ㆍ납부불일치명세서 출력) ① 국세청장(법인세과장)은 신고서 등의 입력 및 오류정정을 완료한 후 신고서와 전산에 수록된 수납 데이터베이스 자료를 비교한 결과에 따라 불일치내용을 기록한 신고ㆍ납부불일치명세서를 파일로 생성하여야 한다.

 

② 지방국세청장(전산관리과장)은 제1항의 신고ㆍ납부불일치명세서를 건별로 신고자료와 수납자료를 확인하여 불일치사유를 규명하여야 한다.

 

제60조(불일치사유 전산검증) ① 국세청장(법인세과장)은 신고서만 있는 불일치자료와 타세목의 납부 자료만 있는 불일치자료를 전산 비교하여 사업자등록번호가 일치하는 경우에는 이를 일치 가능 자료로 분류한다.

 

② 법인납세과장은 제1항의 일치 가능 자료에 대하여 사유를 규명하고 규명된 원인코드를 전산에 입력한다.

 

제61조(불일치사유 수동확인) ① 법인납세과장은 제60조에 따른 전산검증 이외의 불일치자료에 대하여 신고서와 납부한 자료를 비교하여 신고・납부불일치명세서에 의해 불일치사유를 추가 규명하되, 필요한 경우에는 납세자 또는 수납기관 보관용과 직접 비교하여 사유를 규명하고 납부사실이 확인되는 때에는 규명된 원인코드를 전산에 입력하여 일치 처리한다.

 

② 법인납세과장은 신고납부 불일치 처리과정에서 신고서 입력누락 또는 정정할 사항이 있는 경우에는 전산입력 또는 정정처리하며, 납부서 입력누락 및 세목코드가 다른 자료는 즉시 운영지원과장에게 통보하여 납부서 입력 또는 과목 경정할 수 있도록 한다.

 

제62조(일괄 무납부ㆍ납부부족 경정결의) ① 법인납세과장은 신고ㆍ납부자료 비교결과에 따라 무납부ㆍ과소납부 법인에 대해서는 무납부ㆍ과소납부한 세액을 징수 결정하여야 한다.

 

② 제1항의 경우 법인납세과장은 부과통보서를 출력하고 일괄 무납부ㆍ과소납부 경정결의서와 비교하여 일치 여부를 확인한 후 운영지원과장에게 부과 통보하여야 한다.

 

제63조(개별 무납부ㆍ과소납부 경정결의) ① 법인납세과장은 무납부ㆍ과소납부 법인 중 신고 후 일괄 무납부ㆍ과소납부 경정결의 전에 부도발생 등으로 조세채권의 조기 확보를 위하여 즉시 경정이 필요한 경우에는 제62조의 규정에 불구하고 개별 경정결의를 하여야 한다.

 

② 제1항의 경우 법인납세과장은 무납부ㆍ과소납부 세액에 대해서는 해당 세목의 결정(경정)결의서와 부과통보서를 즉시 출력하여 징수 결정하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 신고서 작성에 오류가 있는 신고서, 수정신고서, 기한 후 신고서, 이자소득만 있는 비영리법인 신고서, (준)청산소득에 대한 신고서를 제출한 법인의 무납부ㆍ과소납부 세액(분납ㆍ납부기한 연장 포함)은 제62조의 규정에 불구하고 개별결정(경정) 결의하여야 한다.

 

제64조(경정취소 및 경정감) 법인납세과장은 무납부ㆍ과소납부로 일괄 경정 결정한 법인에 대하여 부과통보하기 전에 결정취소 또는 경정감 사유가 발생한 때에는 그 사유를 기재하여 결재를 받고 전산에서 취소처리를 하여야 한다.

 

제65조(환급대상자 선정) ① 국세청장(법인세과장)은 신고ㆍ납부 자료의 비교 작업이 끝나면 환급대상 법인을 전산으로 일괄 선정한다.

 

② 법인납세과장은 신고환급 대상자 중 신고내용오류 및 기타 현장확인조사 등으로 개별 환급하고자 할 경우 개별 환급자로 선정한다.

 

제66조(소급공제 법인세액 환급) 법인납세과장은 『소급공제 법인세액 환급신청서』(「법인세법 시행규칙」 별지 제68호 서식)를 전산에 입력하여 법인세 일괄 환급결의와 같이 환급결의 한다.

 

제67조(환급자 오류정정) 환급결의서 출력 또는 환급통보서가 출력된 후 오류사항 발생으로 환급을 취소하고자 하는 경우에는 그 사유를 기재하여 결재를 받고 전산에서 취소처리를 하여야 한다.

 

제68조(환급결정 및 통보) ① 법인납세과장은 환급대상법인의 누락이나 착오여부 및 환급금액의 적정여부를 검토한 후 환급결정결의를 하여야 한다.

 

② 제1항에 따른 환급결정결의가 끝나면 법인납세과장은 건수, 금액 및 환급받을 법인의 정확 여부를 확인한 후 환급결정내역을 운영지원과장에게 통보하여야 한다.

 

제69조(무신고 법인의 파악 및 관리) ① 국세청장(법인세과장)은 신고대상법인과 전산 수록된 신고 자료를 비교하여 무신고법인 명단(제22조에 따른 부실법인은 제외) 및 해당 법인의 부가가치세 매출과세표준 등 결정 자료를 관할 세무서장(법인납세과장)에게 통보하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 무신고 법인(「국세기본법」 제45조의3제1항 단서에서 규정하는 경우는 제외)에게 기한 후 신고 안내문을 발송하고 기한 후 신고를 권장하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 제2항에 따라 기한 후 신고를 이행한 법인에 대해서는 명백한 탈루 혐의가 없는 한 신고내용에 의해 결정하여야 한다.

 

④ 법인납세과장은 제2항에 따라 기한 후 신고권장을 하였으나 정당한 사유 없이 기한 후 신고를 하지 않는 법인에 대하여 무신고법인 처리 담당자를 지정하고, 그 담당자는 「법인세법」 제66조에 따라 결정하여야 한다.

 

⑤ 법인납세과장은 제4항의 규정에 의한 무신고법인에 대하여 사업운영실태 등 파악을 위한 간접 확인을 실시하고 필요한 경우 제4조 및 제5조에 따라 현장확인을 실시할 수 있다.

 

⑥ 법인납세과장은 제5항에 의해 확인한 결과에 따라 무신고자 결정과 세적정비 및 조세채권확보 필요성 검토 등 필요한 조치를 취하여야 한다. 이 경우 실지조사에 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 경우 등 세무조사가 필요한 때에는 세무서장의 결재를 받은 후 관련내용을 조사과장에게 통지하여야 한다.

 

제70조(결정내용 등의 통지) 세무서장은 과세표준 및 세액 등의 결정 또는 경정을 한 때에는 「법인세법 시행령」 제109조에 따라 그 결정내용을 통지하여야 하며, 납부할 세액이 없는 경우에는 『법인세 과세표준 등 결정(경정)통지서(별지 제7호 서식)』로 통지하여야 한다.

 

 

제3절 수정신고, 경정청구 등

 

제71조(수정신고 안내) 지방국세청장(법인납세과장) 및 세무서장(법인납세과장)은 신고내용 확인, 과세자료의 처리, 서면분석, 감면법인 사후관리, 공익법인 사후관리 등의 방법으로 법인세 과세표준 및 세액신고 내용을 분석한 결과 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 그 구체적인 근거를 제시하여 수정신고 안내를 할 수 있다.

 

제72조(수정신고서 등의 처리) ① 법인납세과장은 법인세 과세표준 수정신고서가 접수된 경우 접수일로부터 2개월 이내에 당초 신고한 내용과 수정신고서의 내용을 검토 확인하고, 무납부·과소납부하거나, 수정 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 법인세 결의서 시스템에 입력하여 경정하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 경정청구서가 접수된 경우 경정청구내용과 증빙서류 등을 검토하여 경정청구 접수 및 처리결과를 전산 등록하고, 법인세 결의서 시스템에 입력한 후 경정청구일로부터 2개월 이내에 경정하거나 결정 또는 경정 등을 할 이유가 없다는 뜻을 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 접수일로부터 2개월 이내에 결정이 곤란한 경우에는 진행상황을 납세자에게 통지하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 기한 후 신고서가 접수된 경우 신고내용과 증빙서류 등을 검토하여 신고일 부터 3개월 이내에 결정하여 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

 

④ 법인납세과장은 수정신고, 경정청구 또는 기한 후 신고한 내용의 확인을 위해서 서면으로 해명요구를 할 수 있으며, 현장확인이 필요한 경우에는 현장확인 담당자를 지정하여 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다.

 

 

제4절 신고내용 확인

 

제73조(기본원칙) 법인세 신고내용 확인은 신고 안내자료의 반영 여부 등을 검토하여 특정 항목이나 유형의 오류 또는 누락 혐의에 대해 수정신고를 안내하는 방식으로 자기시정 기회를 부여하여 납세자의 자발적인 성실신고를 유도하는데 목적이 있다.

 

제74조(확인계획 수립) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(법인납세과장)은 종사인력, 업무의 중요도, 대상자 수, 확인대상 법인의 오류 또는 누락 혐의 등을 고려하여 자체 실정에 맞는 신고내용 확인계획을 수립ㆍ운영하여야 한다.

 

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(법인납세과장)은 제75조제1항과 제2항에 따라 선정된 법인의 신고내용 확인 업무 수행을 위해 담당자(반)를 지정하여야 한다.

 

제75조(확인대상자 선정) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 제47조에 따른 사전 안내자료의 신고 반영 여부, 특정 항목이나 유형의 신고 적정 여부 등 신고내용을 검토하여 오류 또는 누락 혐의가 있는 법인을 신고내용 확인 대상으로 선정할 수 있다.

 

② 제1항에 따른 확인 대상자는 지방국세청장(성실납세지원국장)이선정함을 원칙으로 한다. 다만, 세무서장이 세원의 지역 특성 등을 감안하여 신고내용 확인이 필요하다고 판단하는 경우 지방국세청장(성실납세지원국장)의 승인을 받아 선정할 수 있다.

 

③ 세무서장(법인납세과장)은 지방국세청 신고내용 확인 대상으로 선정되어 지방국세청장(성실납세지원국장)으로부터 법인세ㆍ부가가치세 등 과세표준 신고서와 결산서, 기타 서류의 송부를 요청받은 경우 지체 없이 이를 송부하여야 한다. 다만, 전자신고를 하여 수동서류가 없는 경우에는 그러하지 아니한다.

 

제76조(확인 관할) ① 신고내용 확인은 납세지 관할 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)이 수행하는 것을 원칙으로 한다.

 

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 신고내용 확인 미결법인(진행 중인 법인을 포함한다)의 납세지 관할 지방국세청 또는 세무서가 변경되는 경우 즉시 해당 법인의 선정사유, 검토 내용 등을 납세지 변경 후 관할 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)에게 통보하여야 한다.

 

제77조(확인 범위) 신고내용 확인 범위는 최근 1개 사업연도의 오류 또는 누락 혐의가 있는 특정 항목이나 유형으로 한정함을 원칙으로 한다. 다만, 대상 사업연도와 동일한 항목이나 유형의 오류 또는 누락 혐의가 명백하게 확인되어 추가 해명요구 없이 업무처리가 가능한 경우에는 국세청장(법인세과장) 또는 지방국세청장(성실납세지원국장) 승인을 받은 후 대상 사업연도를 확대할 수 있다.

 

제78조(확인 기간) 신고내용 확인 담당자는 제75조에 따른 대상자 선정일로부터 2개월 이내에 확인업무를 종결하여야 한다. 다만, 납세자의 해명자료 제출이 지연되거나, 사실관계 확인 지연 등으로 처리기간 연장이 필요한 경우에는 1회(1개월 이내)에 한하여 연장할 수 있으며, 이 경우 납세자에게 『신고내용 확인 처리기한 연장 통지(별지 제16호 서식)』를 발송하여야 한다.

 

제79조(확인 방법) 신고내용 확인은 납세자와의 직접적인 접촉 없이 간접확인의 방법으로 수행함을 원칙으로 한다. 다만, 해명자료에 대한 단순 사실관계 확인 등 현장확인이 필요한 경우에는 제4조 및 제5조의 규정에 따라 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다.

 

제80조(해명 안내) ① 법인세 신고내용 확인 담당자는 제75조에 따른 대상자의 신고내용 오류 또는 누락 여부를 확인하기 위해 『법인세 신고 관련 해명자료 제출 안내(별지 제8호 서식)』로 납세자에게 해명자료 제출을 안내하여야 한다. 이 경우 해명자료 제출은 15일 이내의 기간을 정하여 안내하고 구체적인 혐의 내용을 기재하여 포괄적인 서류 제출을 요구하지 않도록 하여야 한다.

 

② 신고내용 확인 대상자에 대한 해명안내 전 명백한 오류 또는 누락 여부가 확인되는 경우에는 제1항에 따른 해명안내 없이 수정신고를 안내할 수 있다.

 

③ 제1항에 따라 납세자에게 해명자료를 서면으로 요구하는 경우 『권리보호 요청제도에 대한 안내(별지 제18호 서식)』에 관한 사항을 함께 안내하여야 한다.

 

제81조(신고내용 확인 결과 안내 등) ① 신고내용 확인 담당자는 해명자료 검토 결과 소득금액이나 세액의 오류 또는 누락이 확인되는 경우 『법인세 신고관련 해명자료 검토 결과 안내(별지 제12호 서식)』로 납세자에게 수정신고를 안내하여야 한다.

 

② 신고내용 확인 담당자는 납세자의 수정신고 이행 여부를 확인하고, 제1항에 따라 안내한 내용이 수정신고에 적정하게 반영되었는지를 검토하여야 한다.

 

③ 제2항에 따른 수정신고 검토 결과, 안내한 내용이 적정하게 반영된 경우에는 『법인세 해명자료에 대한 수정신고 검토 결과 안내(별지 제13호 서식)』로 납세자에게 결과를 발송하여야 한다.

 

④ 해명자료 검토 결과 오류 또는 누락된 내용이 발견되지 않은 경우에는 『법인세 해명자료 검토 결과 안내(별지 제10호 서식)』로 납세자에게 결과를 발송하여야 한다.

 

제82조(경정 등) ① 법인세 신고내용 확인 담당자는 납세자가 제80조제1항, 제2항, 제81조제1항에 따른 안내를 받고 정당한 사유없이 해명자료를 제출하지 않거나 수정신고를 이행하지 않은 경우로서 신고내용에 오류 또는 누락 혐의가 객관적인 자료에 의해 확인되는 경우에는 「과세전적부심사사무처리규정」에 따른 과세예고통지서를 발송하고 과세전적부심사 청구기한 종료 후 법인세 과세표준 및 세액을 경정 결정하여야 한다.

 

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(법인납세과장)은 사업자가 제1항에 해당하는 경우로서 탈루 혐의가 명백하고 중대하여 세무조사가 필요하다고 판단되는 경우 조사대상 선정 등에 활용하도록 조사국(세무서는 조사과)에 통보할 수 있다.

 

제83조(집행관리 등) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 선정내용, 대상 사업연도 등 제74조부터 제82조까지의 신고내용 확인 전 과정을 전산에 입력하여 관리하여야 한다.

 

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 신고내용 확인 진행상황을 관리하여야 하며, 납세자 권익 침해 사례가 발생하지 않도록 제73조부터 제83조까지의 규정 준수 여부를 점검․관리하여야 한다.

 

 

제5절 세원관리

 

제84조(기본원칙) 법인사업자 세원관리는 취약분야ㆍ호황업종 등의 문제점을 항상 분석하여 사전 신고안내에 활용하고 신고 후에는 불성실 신고법인에 대해 서면분석대상 또는 조사대상 선정에 반영하는 등 철저한 관리를 통하여 납세자의 성실신고를 유도하는데 목적이 있다.

 

제85조(세원관리대상) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(법인납세과장)은 경제지표, 지역특성, 신고성실도 등을 고려하여 세원관리 취약분야 및 문제점 있는 법인 등을 연중 발굴하여 분석하여야 한다.

 

제86조(세원관리) ① 지방국세청장(법인납세과장)은 평소 세원관리과정에서 문제점이 있는 법인 및 취약분야 등에 대해 자체 추진계획을 수립하여 연중 세원관리를 하여야 한다. 세무서장(법인납세과장)은 관할 지방국세청장(법인납세과장)과 협의하여 취약분야 등에 대한 계획을 수립하여 연중 세원관리를 할 수 있다.

 

② 지방국세청장(법인납세과장) 및 세무서장(법인납세과장)은 세원관리과정에서 나타난 문제점 및 특이사항 등을 전산입력 관리하여야 한다.

 

③ 지방국세청장(법인납세과장) 및 세무서장(법인납세과장)은 제1항에 따른 세원관리 결과를 신고안내, 서면분석 및 조사대상 선정 등에 활용한다.

 

④ 세원관리에 관한 세부적인 추진사항은 국세청장이 별도로 정하는 바에 따른다.

 

제87조(세원관리 전담반) ① 지방국세청장(법인납세과장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 효율적인 세원관리를 위해 종사직원 수 및 업무량 등을 고려하여 세원관리 전담반을 편성ㆍ운영할 수 있다.

 

② 세원관리전담반은 제86조제1항에 따른 세원관리 과정에서 현장확인이 필요한 경우에는 지방청 성실납세지원국장 및 세무서장의 결재를 받아 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다.

 

 

제6절 주식등변동상황명세서 자료 수집

 

제88조(주식등변동상황명세서의 수집 및 보완) ① 법인납세과장은 사업연도 중에 주식변동이 있는 법인에게 법인세 과세표준 신고기한까지 주식등변동상황명세서를 제출하도록 안내하여야 한다.

 

② 법인납세과장이 제1항에 따라 주식등변동상황명세서 제출을 안내할 때에는 전자신고로 제출하거나 전산조직에 의하여 처리된 전산매체로 제출하도록 적극 권장하여야 한다. 이 경우 주식등변동상황명세서를 전자신고 및 전산매체로 정상적으로 제출한 경우에는 그 전자신고 및 전산매체로 접수된 주식등변동상황명세서를 「법인세법」 제119조에 따라 제출한 것으로 본다.

 

③ 법인납세과장은 주식등변동상황명세서를 제출하여야 할 법인이 법인세 과세표준 신고기한까지 제출하지 아니하였거나, 제출대상인 주주의 주식 등 변동상황을 누락한 경우에는 즉시 주식등변동상황명세서를 추가로 수집하고, 「법인세법」 제76조제6항에 따른 가산세를 법인세로 징수하여야 한다.

 

④ 법인납세과장은 수동으로 접수하거나 수집한 주식등변동상황명세서를 제89조에 따라 지방국세청장(전산관리팀장)에게 전산으로 이송하기 전에 기재누락 항목과 다음 기재사항을 중점적으로 확인ㆍ보완하여 전산오류가 발생하지 않도록 하여야 한다.

 

1. 사업자등록번호, 사업연도, 총발행 주식수, 액면가액

 

2. 다음 계수 상호간의 일치 여부

 

가. 당기말 총발행 주식수와 기말주식수

 

나. 당기초 총발행 주식수와 기초주식수

 

다. 기초주식수에서 당기 변동상황을 가감한 기말주식수 적정여부

 

3. 주주란의 주민등록번호(사업자등록번호), 주주구분

 

4. 지배주주와의 관계 코드

 

5. 주식등변동상황명세서 변동상황란에 양도가 있는 법인으로서 양도소득세 과세대상 주식인 경우 주식ㆍ출자지분 양도명세서 기재여부 등

 

제89조(주식등변동상황명세서 보관 및 인계) ① 법인납세과장은 접수하거나 수집한 수동작성분 주식등변동상황명세서를 법인세 신고서와 함께 보관ㆍ관리하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 1년간 수집한 수동작성분 주식등변동상황명세서를 취합하여 전산시스템에 스캔 등록한 후 지방국세청장(전산관리과장)에게 전산으로 이송하여야 한다.

 

③ 세무서장(법인납세과장)은 전산매체로 제출된 주식등변동상황명세서를 지방국세청장(전산관리과장)에게 인계하고 지방국세청 정보화센터에서는 인계받은 전산매체자료를 변환처리한 후 매분기말의 다음달 20일까지 국세청 자산과세국장에게 파일 변환ㆍ입력 목록을 보고하여야 한다.

 

제90조(주식등변동상황명세서의 전산입력 및 오류목록 처리) ① 국세청 자산과세국장은 전자신고제출분, 전산매체 제출분, 수동 제출분을 합하여 전년도 귀속 주식등변동상황명세서를 구축하고, 구축한 자료의 오류목록을 출력하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 출력된 오류목록의 내용을 확인・정정하여 주식등변동상황명세서 자료를 보완하여야 한다.

 

제91조(주식등변동상황명세서의 추가수집・입력 및 업무처리일정 조정) ① 세무서의 주식등변동상황명세서 오류정정 후 국세청장(자산과세국장)은 주식등변동상황명세서 미입력 법인 명세서를 해당 법인의 본점 소재지 관할 세무서장(법인납세과장)에게 전산출력 하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 주식등변동상황명세서의 전산 미입력 법인 명세서가 전산 출력되는 즉시 미입력 사유를 규명하여 추가입력 대상자료를 수집하여야 한다.

 

③ 법인납세과장은 추가 수집한 주식등변동상황명세서를 제89조에 따라 지방국세청장(전산관리과장)에게 전산으로 이송하여 전산에 입력하게 하여야 한다. 다만, 당해 신고대상 사업연도 정기분 이외의 과거 자료인 경우 법인납세과장이 직접 보유주식DB를 보완하여야 한다.

 

④ 주식등변동상황명세서의 수집, 전산입력, 오류정정, 추가수집 등의 처리일정에 대하여 국세청 법인납세국장과 자산과세국장이 협의하여 별도로 정하는 경우에는 그에 따른다.

 

제92조(전산매체에 의한 자료제출) ① 주식등변동상황명세서를 전산매체로 제출하고자 하는 법인은 이를 법인세 과세표준 및 세액계산서 신고기한까지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 법인이 제출하는 전산매체가 국세청 전산조직에 부적합한 때에는 그 사실을 해당 법인에게 통지하고, 국세청 전산조직에 적합한 전산매체로 제출하도록 안내하여야 한다.

 

제93조(전산매체 제출자료의 보완) 지방국세청장(전산관리팀장)은 전산매체로 제출된 주식등변동상황명세서 자료를 확인하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법인납세과장에게 즉시 통보하고 이를 수보 받은 법인납세과장은 해당 법인에게 보완하여 제출하도록 하여야 한다.

 

1. 제출한 전산매체가 국세청 전산조직에 적합하지 아니한 경우.

 

2. 전산매체로 제출할 때 임의로 그 수록방법을 변경한 경우.

 

3. 전산조직에 의해 처리한 주식등변동상황명세서가 법정서식에 따르지 아니한 경우.

 

4. 제출한 전산매체에 오류사항이 발견된 경우.

 

제94조(주식ㆍ출자지분 양도명세서의 보완) ① 국세청 자산과세국장은 입력된 자료를 기초로 '주식・출자지분 양도명세서 자료보완 명세'를 해당 법인의 본점 소재지 관할 세무서로 출력한다.

 

② 제1항에 따라 '주식・출자지분 양도명세서 자료보완 명세'를 출력 받은 법인납세과장은 주식구분, 주식수, 양도일 등 과세에 필요한 항목을 보완하여 전산 입력하여야 한다.

 

 

 

제4장 분석관리

 

 

제1절 서면분석

 

제95조(기본원칙) ① 법인세 서면분석은 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)이 동일 또는 특정한 업종ㆍ항목ㆍ신고유형의 법인사업자에 대한 법인세 과세표준 및 세액 신고내용의 적정여부를 전산분석ㆍ기획분석 또는 서면검토 방법으로 확인하여 소득금액 또는 세액계산의 공통적인 오류ㆍ탈루사항 등을 시정함으로써 법인의 성실신고를 유도하고, 실지조사의 한계를 보완하는 한편 신고관리의 미비점을 제도적으로 개선하는 데 그 목적이 있다.

 

② 지방국세청 및 세무서 법인납세과에 종사하는 직원은 서면분석 또는 각종 사후관리 등 그 밖의 세원관리과정에서 나타난 탈루혐의 등 활용가치가 있는 세원정보내용이 있는 경우 이 규정에서 처리절차를 규정하고 있는 경우를 제외하고는 이를 조사국 또는 조사과에 통보하여 조사대상 선정 등에 활용하도록 하여야 한다.

 

제96조(서면분석 대상) 법인세 서면분석은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 대상으로 하되, 국세청장 또는 지방국세청장이 별도의 서면분석지침 등을 시행하는 경우에는 해당 지침 등에서 정하는 바에 따른다.

 

1. 전산에 구축된 각종 전산자료, 수집된 과세자료 등을 활용하여 업종별ㆍ수입금액 규모별로 신고소득률, 특정의 자산ㆍ부채항목 또는 손익항목 등을 검토한 결과 소득금액 또는 세액계산의 오류 또는 탈루혐의가 있다고 판단되는 법인

 

2. 각종 세액공제ㆍ감면, 소득공제, 과세이연ㆍ이월과세, 결손금 소급공제, 특수관계인간 거래, 합병ㆍ분할법인의 자본거래 등 특정 유형의 신고내용에 대하여 일괄 전산검색 또는 수동 검토한 결과 소득금액 또는 세액계산의 오류 또는 탈루혐의가 있다고 판단되는 법인

 

3. 그 밖의 법인세 신고관리 등 세원관리 과정에서 소득금액 또는 세액계산의 오류ㆍ탈루혐의가 있거나 회계처리상 문제점이 발견되어 특정 또는 여러 사업연도의 신고내용 전체를 분석할 필요가 있다고 판단되는 법인

 

제97조(서면분석 대상선정) ① 서면분석대상은 국세청장(법인세과장) 또는 지방국세청장(성실납세지원국장)이 선정함을 원칙으로 하되, 세무서장이 관내세원의 특수성을 감안하여 서면분석(오류・탈루혐의가 있는 특정 항목에 대한 부분서면분석에 한한다. 이하 이 절에서 같다)이 필요하다고 판단하는 경우 지방국세청 성실납세지원국장의 승인을 받아 선정할 수 있다.

 

② 서면분석 대상 및 범위는 다음 각 호의 요령에 따라 선정한다. 다만, 「모범납세자관리규정」에 따라 모범납세자로 우대관리중인 법인은 선정대상에서 제외하되, ｢모범납세자관리규정｣ 제6조에 해당하거나, 신고내용에 명백한 오류 또는 누락이 있는 경우 등은 서면분석을 실시할 수 있다.

 

1. 제96조제1호ㆍ제2호의 경우 : 전산분석 또는 수동으로 검토한 결과 문제점이 있다고 인정되는 법인의 해당 항목ㆍ신고내용 등에 한하여 부분서면분석대상으로 선정한다.

 

2. 제96조제3호의 경우 : 원칙적으로 오류ㆍ탈루혐의 항목을 특정하여 선정하되, 선정과정(제1호의 경우를 포함한다) 또는 서면분석과정에서 탈루혐의 금액이 크거나 탈루유형이 광범위한 경우에는 예외적으로 신고내용 전체를 분석대상으로 할 수 있다.

 

③ 서면분석 대상자 선정이 확정된 경우에는 선정법인, 대상사업연도 등 선정내용을 즉시 전산 입력 관리하여야 한다.

 

④ 서면분석 과정에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대상사업연도를 확대할 수 있으며, 제3항과 같이 그 확대내용을 즉시 전산 입력 관리하여야 한다.

 

1. 다른 과세기간에 대한 구체적인 법인세 탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간에 대한 확인이 필요한 경우

 

2. 명백한 법인세 탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 서면분석 대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 확인이 필요한 경우

 

3. 그 밖의 구체적인 법인세 탈루 혐의가 있어 대상사업연도를 확대할 필요가 있는 경우

 

⑤ 「조사사무처리규정」에 따라 세무조사통지를 한 법인의 경우, 서면분석대상으로 선정하였거나 선정하고자 하는 사업연도(연관된 사업연도를 포함한다)중 1개의 사업연도라도 조사대상 사업연도로 선정된 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 불구하고 서면분석대상 또는 서면분석대상 선정에서 제외하여야 한다. 다만, 이미 서면분석에 착수하여 과세표준 신고 오류・탈루내용이 사실상 확정된 경우에는 그러하지 아니하다.

 

⑥ 제5항에 따라 서면분석 대상에서 제외하는 경우 서면분석에 관련된 자료 사본을 지방국세청 조사국장 또는 세무서 조사과장에게 통보하여 추후 세무조사 등에 활용하도록 하여야 한다.

 

제98조(서면분석 관할) ① 법인세 서면분석은 납세지 관할 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 납세지관할 세무서장(법인납세과장)이 집행하는 것을 원칙으로 한다.

 

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 서면분석 미결법인(진행 중인 법인을 포함한다)의 납세지 관할 지방국세청 또는 관할 세무서가 변경되는 경우 즉시 해당 법인의 선정사유, 분석 중인 내용 등을 납세지 변경 후 관할 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)에게 통보하여야 한다.

 

③ 외국인투자법인의 서면분석 관할에 대해서는 다른 규정이나 지침에서 별도로 정하는 경우를 제외하고는 이 규정에 따른다.

 

제99조(서면분석 계획) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 분석업무 종사인력, 분석대상 업무의 중요도, 분석대상 법인의 탈루혐의 등을 감안하여 서면분석 계획을 수립하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 지방국세청 서면분석대상으로 선정되어 지방국세청장(성실납세지원국장)으로부터 법인세ㆍ부가가치세 등 과세표준 신고서와 결산서, 기타 서류의 송부를 요청받은 때에는 지체 없이 이를 송부하여야 한다. 다만, 전자신고를 하여 수동서류가 없는 경우에는 그러하지 아니한다.

 

제100조(서면분석 방법) ① 제87조제2항제1호에 따라 탈루혐의 항목 등을 특정하여 부분 서면분석대상으로 선정한 경우 해당 항목 등에 대하여만 서면검토 또는 해명 요구함을 원칙으로 한다. 다만, 지방국세청의 분석과정에서 탈루혐의 항목이 많아 신고내용 전체에 대한 분석이 필요하다고 판단되는 경우 지방국세청장의 결재를 받아 분석범위를 확대하여 실시할 수 있다.

 

② 제97조제2항제2호에 따라 신고내용 전체를 서면분석대상으로 선정한 경우에는 신고내용 전체에 대하여 서면분석을 실시한다. 이 경우 공제 및 감면신고 내용의 적정여부에 관한 분석을 포함하여야 한다.

 

③ 법인세 서면분석은 법인이 자진 신고한 법인세ㆍ부가가치세 등의 과세표준 신고서와 이에 첨부된 재무제표와 부속서류 및 수집된 과세자료에 의하여 서면 검토함을 원칙으로 한다.

 

제101조(해명요구) ① 법인세 서면분석담당자는 법인의 신고서류 검토결과 소득금액 또는 세액계산의 오류ㆍ탈루혐의가 있어 별도의 해명자료를 받고자 할 때에는『법인세 신고관련 해명자료 제출 안내(별지 제8호 서식)』로 서면 요구하여야 한다. 이 경우 15일 이내의 기간을 정하여 안내하되 막연히 포괄적인 서류제출을 요구하지 않도록 유의하여야 한다.

 

② 서면분석 과정에서 법적용이 명백히 잘못된 사항이 나타나는 경우 해명요구 없이 수정신고를 권장할 수 있다.

 

제102조(서면분석 결과 안내 등) ① 서면분석 담당자는 제101조에 따라 납세자가 해명자료를 제출하면 그 내용을 면밀히 검토하여 처리하여야 한다.

 

② 서면분석결과 소득금액이나 세액의 오류 또는 탈루가 있는 경우『법인세(서면분석・공제감면 사후관리) 검토결과 안내(별지 제9호 서식)』로 수정신고를 안내하여야 한다.

 

③ 지방국세청 서면분석 담당자는 제2항에 따라 서면분석 검토결과를 납세자에게 안내한 때에는 해당 법인의 납세지 관할 세무서장(법인납세과장)에게 그 내용을 통보하고 안내한 내용에 대한 수정신고 이행 여부 등을 전산 등으로 확인하여야 한다.

 

④ 지방국세청 서면분석 담당자는 제3항에 따라 안내한 내용이 적정하게 이행되었는지 면밀히 검토하여 경정결정 등 필요한 조치를 취하여야 한다.

 

⑤ 해명자료 검토 결과 탈루사실이 발견되지 않는 경우에도 『법인세 해명자료 검토결과 안내(별지 제10호 서식)』로 납세자에게 통지하여야 한다.

 

제103조(수정신고 불이행시 조치) 제102조제2항에 따른 『법인세 서면분석・공제감면 사후관리 검토결과 안내』를 받고 정당한 사유 없이 법인세 과세표준 및 세액을 수정하여 신고 납부하지 아니한 경우 「과세전적부심사사무처리규정」에 따른 과세예고통지서를 발송하고, 과세전 적부심사 청구기한 종료 후 법인세 과세표준 및 세액을 경정 결정하여 납세지 관할 세무서장이 고지 결정할 수 있도록 결의서(안)을 통보하여야 한다.

 

제104조(불성실해명에 대한 조치 등) ① 지방국세청 및 세무서 서면분석 담당자는 제91조에 따른 해명요구에 대하여 납세자가 해명자료를 제출하지 아니하거나 제출된 해명자료가 불성실하여 간접확인에 의해 서면분석을 종결할 수 없는 경우에는 제4조 및 제5조에 따라 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다. 다만，현장확인 결과 또는 해명요구 결과 실지조사를 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 경우에는 관련내용을 조사대상 선정 등에 활용하도록 조사국(세무서는 조사과)에 통보하여야 한다.

 

② 이 규정에서 정하지 않은 서면분석업무에 관한 보고, 서식 및 기타 세부기준 등에 대해서는 국세청장이 따로 정하는 지침 등에 따른다.

 

제105조(경정ㆍ결정결의서 전산입력) 법인세 서면분석ㆍ과세자료 처리ㆍ세무조사 등에 따라 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정 결정하는 경우 법인세 결의서 시스템에 입력하여 경정ㆍ결정하여야 한다.

 

 

제2절 감면법인관리

 

제106조(정의) 이 절에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

 

1. '사후관리'란 「조세특례제한법」(또는 구 「조세감면규제법」. 이하 같다)에서 정한 감면요건의 일치 또는 중복공제・감면여부 및 사후 법적의무의 이행여부를 서면 또는 현장확인 방법으로 확인하는 것을 말한다.

 

2. '전산사후관리'란 「조세특례제한법」에 따라 소득공제ㆍ세액공제ㆍ세액감면ㆍ이월과세ㆍ과세이연ㆍ손금산입 등 과세특례를 적용받은 법인에 대해 감면요건의 일치 여부 및 감면 후 법령의무의 이행 여부를 전산으로 분석하여 부당 감면받은 혐의 법인을 추출하여 사후관리하는 것을 말한다.

 

제107조(관리대상) 감면법인에 대한 관리는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여 실시한다. 다만, 국세청장이 사후관리의 실익을 감안하여 생략할 필요가 있다고 인정하는 감면을 적용받은 법인에 대해서는 관리대상에서 제외할 수 있다.

 

1.「조세특례제한법」에 따라 소득공제ㆍ세액공제ㆍ세액감면ㆍ이월과세ㆍ과세이연ㆍ손금산입 등 과세특례를 적용받은 법인

 

2. 제1호에 열거하는 법률에 따른 감면을 직접 받지 않았으나 거래상대방의 조세특례와 관련하여 법령에 따른 의무를 이행하여야 하는 법인

 

제108조(전산관리사항 등의 확정) 국세청장(법인세과장)은 감면요건 검토로 관리가 종결되는 감면과 사후관리가 필요한 감면으로 분류하고, 부당감면 혐의법인에 대한 전산검색이 필요한 사항 등 전산으로 관리할 사항을 정기적으로 확정하여 사후관리를 실시하여야 한다.

 

제109조(감면신청내용 등의 전산처리) 국세청장(법인세과장)은 세무서장이 입력한 감면내역을 분석하고, 사후관리대상을 전산 출력하여 납세지 관할 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)에게 통보한다.

 

제110조(업무주관) ① 감면법인에 대한 관리업무는 납세지 관할 세무서장(법인납세과장)이 하는 것을 원칙으로 한다.

 

② 국세청장(법인세과장)이 감면법인의 규모, 감면유형의 중요도 등을 고려하여 선정한 감면법인은 지방국세청장(성실납세지원국장)이 사후관리업무를 실시할 수 있다.

 

③ 감면사후관리에 착수하여 사후관리에 의해 정확한 공제・감면세액이 사실상 확정되지 아니한 법인으로서 「조사사무처리규정」에 따라 세무조사통지를 받은 법인에 대하여는 사후관리 진행내용을 지방국세청장(조사국장) 또는 세무서장(조사과장)에 통보하여 세무조사에 활용하도록 하여야 한다.

 

④ 법인세 조사 시(부분조사를 포함한다)에는 그 조사대상 사업연도의 감면요건 검토 및 사후관리 할 사항에 대하여 조사담당기관(세무서 조사과장, 지방청 조사국장)이 실시한다.

 

⑤ 지방국세청의 조사담당기관의 장은 조사대상법인의 납세지 관할세무서장에게 감면사후관리 등에 필요한 서류의 제출을 요구할 수 있다.

 

제111조(관리시기) ① 제109조 및 제110조제2항의 감면법인에 대한 관리는 법인세 신고기한으로부터 1년 이내에 실시함을 원칙으로 하되, 별도로 정한 경우에는 그에 따른다.

 

② 세무서장은 감면법인에 대한 수시감면요건 검토 및 사후관리를 다음과 같이 실시한다.

 

1. 휴ㆍ폐업 등의 사유발생으로 수시 관리할 필요가 있을 때

 

2. 조세채권확보를 위하여 필요할 때

 

3. 기타 특정감면유형에 대한 일괄관리 등이 필요할 때

 

제112조(감면법인 사후관리) ① 세무서장은 국세청장(법인세과장)으로부터 통보받은 사후관리대상자를 파악하여 사후관리 계획수립 등에 활용한다.

 

② 세무서장은 전산으로 통보받은 사후관리대상 중에서 감면 혐의항목이 전산 출력된 법인 및 감면요건 검토로 관리 종결되는 법인에 대하여 우선적으로 관리를 실시한다.

 

제113조(관리방법) ① 감면법인에 대한 요건검토 및 사후관리는 제109조에 따라 전산으로 통보받은 내용과 법인세 과세표준 및 세액신고서 등에 의하여 서면으로 검토함을 원칙으로 한다.

 

② 제1항의 규정에 불구하고 국세청장이 별도의 사후관리계획을 수립하여 시행하는 경우에는 해당 계획 등에서 정하는 바에 따른다.

 

③ 사후관리담당자는 제114조제2항에 따른 현장확인 결과 실지조사에 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 경우에는 성실납세지원국장(또는 세무서장)의 결재를 득한 후 관련내용을 조사국(또는 조사과)에 통보하여 조사대상 선정 등에 활용하도록 한다.

 

제114조(해명요구) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 법인세 과세표준신고서 및 첨부서류 등에 의하여 서면 검토한 결과 감면요건 적합여부 등을 정확하게 판단할 수 없는 경우 또는 부당감면혐의 등 문제점에 대하여 별도의 해명자료를 받고자 할 때에는 『법인세 신고관련 해명자료 제출 안내(별지 제8호 서식)』로 15일 이내의 기간을 정하여 서면으로 요구할 수 있다.

 

② 해명자료를 제출하지 않거나 제출한 해명자료로 사후관리를 종결할 수 없는 때에는 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다.

 

③ 해명요구는 구체적인 사항에 대하여 요구하여야 하며, 막연하거나 포괄적인 자료제출을 요구하지 않도록 유의하여야 한다.

 

제115조(사후관리요령) ① 감면법인에 대한 사후관리는 국세청장(법인세과장)이 제109조에 따라 전산 출력하여 세무서장에게 통보한 관리대상자를 감면의 성격에 따라 아래의 감면유형으로 구분하여 검토한다.

 

1. 감면요건의 검토만으로 관리가 종결되는 감면

 

2. 감면요건의 검토와 사후관리가 필요한 감면

 

3. 사후관리만 실시하여야 할 감면

 

② 제1항제1호의 감면에 대해서는 「조세특례제한법」의 해당규정에서 정한 감면요건의 일치 여부만 검토하고 관리를 종결한다. 이 경우 다음 각 호의 사항을 정밀하게 검토하여야 한다.

 

1. 부당감면 혐의에 대한 전산검색사항

 

2. 최저한세 및 농특세 계산의 적정 여부

 

3. 추계결정시 감면배제대상 여부

 

4. 기타 법정 감면요건의 일치 여부

 

③ 제1항제2호의 감면에 대해서는 감면요건의 일치여부와 사후 법적의무 이행 여부를 함께 검토한 후 관리종결 또는 계속 사후관리 대상 여부를 확정한다.

 

④ 제1항제3호의 감면에 대해서는 사후 법적 의무 이행 여부만을 검토한 후 관리종결 또는 계속 사후관리 대상 여부를 확정한다.

 

⑤ 사후관리 대상법인은 「조세특례제한법」 제146조 등 법령에서 정한 추징사유에 해당하는 경우 이자상당액을 가산하여 법인세를 징수하거나 납부하도록 하여야 한다.

 

제116조(사후관리결과 처리) ① 감면 사후관리 담당자는 사후관리 실시결과를 전산에 입력하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 사후관리 대상법인에 대하여 사후관리가 누락되지 않도록 관리하여야 한다.

 

③ 사후관리 실시결과 감면요건 미비 등으로 부당 감면받은 법인은 『법인세(서면분석・공제감면 사후관리) 검토결과 안내(별지 제9호 서식)』로 수정신고 안내하고 기한까지 수정신고하지 않은 법인은 경정․결정한다.

 

④ 감면법인이 제출한 해명자료 검토결과 추징사유가 발생하지 않은 경우에도 『해명자료 검토결과 안내(별지 제10호 서식)』로 그 결과를 통지한다.

 

제117조(토지 등 매입법인의 사후관리) ① 법인납세국장은 자산과세국장으로부터 「조세특례제한법」에 의한 이월과세를 적용받은 토지 등 매입법인에 대한 사후관리 자료를 전산출력하고 토지 등 매입법인 관할 세무서장(법인납세과장)에게 통보하여야 한다.

 

② 법인납세과장은 토지 등 양도자 관할 세무서장(재산세과장)으로부터 수동으로 통보받은 자료 중 전산 출력되지 않은 자료는 사후관리 대상자로 전산에 입력하여 사후 관리하여야 한다.

 

제118조(기타사항) ① 제114조에 따라 해명요구를 한 경우 해명요구 처리 진행상황 및 문제점 등을 관리하여야 한다.

 

② 감면요건 검토를 종결하고 사후 관리할 사항이 있는 경우와 타서 관할 세무서장으로부터 감면사실을 전산 또는 수동으로 통보받은 감면자료는 계속 관리하여야 한다.

 

③ 사후관리가 종결되지 아니한 법인과 사후관리 결과 계속 관리대상으로 분류한 법인은 법인별로 관리하여 법인세조사 및 다음의 정기 또는 수시 사후관리 시 활용할 수 있도록 하여야 한다.

 

 

 

제5장 자료관리

 

제1절 과세자료의 관리 및 처리

 

제119조(입력 및 통보대상 자료) ① 지방국세청장(조사분야 과장 또는 세원관리 분야 과장) 및 세무서장(세원관리 분야 과장)은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세자료는 전산에 입력하여야 한다.

 

1. 각종 세무조사 시 파생된 과세자료

 

2. 각종 자료처리 시 파생된 과세자료

 

3. 기타 행정기관 등으로부터 국세의 부과에 활용할 수 있는 자료를 수집하거나 제출받는 경우. 다만 사업자등록, 휴・폐업 등 단순한 세적관련 자료는 입력하지 아니하고 즉시 처리한다.

 

4. 업무처리 시 또는 각종 감면 및 세액공제 등의 사후관리에 따라 파생된 과세자료 등

 

② 제1항에도 불구하고 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따라 제출받은 과세자료는 ｢정보화센터 사무처리규정｣에 따라 입력되도록 필요한 조치를 취하여야 한다.

 

제120조(전산입력) ① 지방국세청장(조사분야 과장 또는 세원관리 분야 과장) 및 세무서장(세원관리 분야 과장)은 제119조에 따른 과세자료를 과세자료 종류별로 정확하게 구분하여 납세자별, 과세기간별로 자료금액 등을 입력하여야 한다.

 

② 전산자료를 처리하고 과세자료를 파생할 경우에는 자료종류는 해당 전산자료 종류를 선택하되 파생자료로 입력한다.

 

③ 자료입력 시 참고할 사항 등이 있는 경우 첨부문서를 전자서고에 등록하여야 한다.

 

④ 조사파생자료 입력 시 자료량이 많은 경우에는 전송시스템을 이용하여 일괄 입력할 수 있다.

 

제121조(과세자료의 전산 통・수보 절차) ① 지방국세청장(조사분야 과장 또는 세원관리 분야 과장) 및 세무서장(세원관리 분야 과장)은 제119조 및 제120조에 따라 입력한 과세자료(전자서고에 등록한 첨부문서를 포함한다.)를 인계관리화면을 통해 수보 받을 관서별로 전산통보 하며, 해당 관서 또는 해당 과 내에서 통・수보하는 과세자료도 전산입력 후 통보절차를 거쳐 처리한다. 다만, 통보할 수동서류가 없는 경우에는 과세자료명세서(통보용) 출력을 생략하고 전산통보로 갈음할 수 있다.

 

② 제1항에 따라 과세자료를 통․수보한 과세자료처리 담당과장은 인계․인수현황을 수시로 확인․관리하여야 한다.

 

제122조(과세자료 총괄담당자 지정) ① 세무서장(법인납세과장 및 조사과장)은 과세자료의 전산 통ㆍ수보, 과세자료의 편철 및 보관, 과세자료 관리 등을 담당할 자료업무 총괄담당반(자)을 지정하여야 한다.

 

② 제1항에 따라 과세자료 총괄담당반(자)으로 지정 받은 자는 각종 자료를 구분하여 접수순서, 과세자료 일련번호순서로 보관하거나 법인별로 파일화 하는 등 각 관서별 실정에 맞게 보관하고 처리담당자가 지정된 경우 처리담당자에게 배부한다.

 

제123조(과세자료의 일련번호 부여) ① 수동자료는 제120조에 따른 전산입력시 일자별, 자료종류별 연번을 전산으로 자동 부여한다.

 

② 전산자료의 일련번호는 국세청장(정보개발1담당관 또는 정보개발2담당관)이 해당 전산자료 생성시 일괄로 부여한다.

 

제124조(과세자료의 보관) ① 각종 자료는 경정조사 등 수시 처리시에 대비하여 접수순서, 과세자료 일련번호순서로 보관하거나 법인별로 보관하는 등 각 관서의 실정에 맞게 보관하여야 한다.

 

② 즉시 처리할 자료는 자료처리담당자가 보관한다. 다만, 즉시처리자료대상이나 별도의 자료처리계획에 따라 일괄처리하는 경우 자료처리담당자가 지정되기 전까지는 관리자(팀장) 또는 과세자료 총괄담당반(자)이 통합 보관할 수 있다.

 

제125조(과세자료의 인계 등) ① 세무조사(법인세 통합조사, 조세범칙조사, 긴급조사, 가짜세금계산서 판매상조사 등)를 실시하는 경우 조사담당과장은 조사대상자의 조사대상 사업연도 과세자료를 인수 받아 세무조사 종결일까지 처리하여야 한다. 다만, 누적관리 중인 전산자료는 조사관서에서 직접 출력하여 처리한다.

 

② 제1항에 따라 조사담당과장이 과세자료를 처리하는 경우, 법인납세과장은 관련 수동자료를 조사담당과장에게 즉시 인계하여야 하며, 과세자료 인계인수 후 조사종료 3일 전까지 발생하는 즉시처리대상 자료는 발생 즉시 조사담당과장에게 인계하여야 한다. 다만, 세목별 조사 또는 부분조사의 경우에는 해당 세목 관련 과세자료 또는 부분조사와 관련된 자료만을 인계한다.

 

③ 세적관할이 변경된 경우 세적 변경 전 관할 세무서장은 모든 자료를 세적 변경 후 관할 세무서장에게 통보하여야 한다.

 

④ 조사담당과장은 제1항에 따라 인수 및 출력된 과세자료가 조사종결일까지 모두 처리될 수 있도록 진행상황을 관리하여야 한다.

 

제126조(과세자료의 처리 등) ① 과세자료를 수보한 세무서장(법인납세과장)은 수보자료별로 처리담당자를 지정하여 전산에 입력하고 과세자료 처리담당자에게 배부하여야 하며 담당자 부재 시 재지정할 수 있다.

 

② 국세청장(정보개발담당관)은 담당자가 미지정된 세수일실의 우려가 있는 자료 등의 명세를 매월 세무서별로 출력하여 자료처리에 도움이 되도록 협조하여야 한다.

 

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세자의 모든 자료를 일괄 처리하여야 한다.

 

1. 해당 사업자에 대한 세무조사를 실시할 때

 

2. 수시부과사유가 발생하여 수시부과할 때

 

3. 부도ㆍ폐업 또는 법원 경매개시 등으로 세수일실의 우려가 있는 자로서 조세채권 확보가 필요한 때

 

④ 과세자료는 사전검토 후 과세가 예상되거나 납세자의 해명이 반드시 필요한 경우 『법인세 해명자료 제출 안내(별지 제11호 서식)』와 『권리보호 요청제도에 대한 안내(별지 제17호 서식)』를 납세자에게 발송하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 하나에 해당하는 경우 『법인세 해명자료 제출안내』 발송을 생략할 수 있다.

1. 「국세징수법」 제14조에 규정하는 납기전 징수 사유가 있거나 세법이 정하는 수시부과 사유가 있는 경우

2. 고지예정일로부터 국세부과제척기간의 만료일 또는 국세징수권 소멸시효의 완성일이 3개월 이하인 경우

3. 과세자료의 내용이 명확하여 납세자의 해명이 필요 없다고 인정되는 경우

 

⑤ 과세자료 처리담당자는 제4항에 따른 과세자료 해명안내에 따라 납세자가 해명자료를 제출하는 경우『납세자 해명자료(별지 제14호 서식)』에 의해 제출하도록 안내하고 납세자해명자료를 접수하여 스캔 후 전자서고에 수록하여야 한다.

 

⑥ 납세자가 해명자료를 제출한 경우에는 이를 성실하게 검토한 후, 해명자료 제출(접수)일로부터 2개월 이내에 『법인세 해명자료 검토결과 안내(별지 제10호 서식)』를 발송하여야 한다. 다만, 『현장확인 안내(별지 제1호의2 서식)』, 해명자료 검토결과에 대해 「과세전적부심사 사무처리규정」에 따라 『과세예고통지서』를 발송, 「조사사무처리규정」에 따른 세무조사 사전통지하는 경우에는 『법인세 해명자료 검토결과 안내』발송을 생략할 수 있다.

 

⑦ 제6항에 따른 해명자료 검토시 사실관계 확인 지연 등으로 처리 기한연장이 필요한 경우 1회(1개월 이내)에 한하여 연장할 수 있으며, 이 경우 납세자에게 『해명자료 처리기한 연장 통지(별지 제15호 서식)』를 발송하여야 한다.

 

⑧ 자료처리담당자는 법인이 해명요구를 받고도 해명자료를 제출하지 아니하거나, 해명자료만으로는 자료처리를 종결할 수 없는 경우로서 현장확인이 필요하다고 판단되는 경우 제4조 및 제5조에 따라 현장확인을 실시할 수 있다.

 

⑨ 법인납세과장은 과세자료, 해명자료 및 신고내용 등의 분석결과 광범위한 확인이 필요하여 실지조사를 갈음하는 현장확인이 요구되는 등 세무조사 대상으로 선정할 필요가 있다고 판단되는 경우 관서장의 결재를 받아 조사과에 조사의뢰하여 처리할 수 있다.

 

⑩ 조사대상선정 담당과장은 전산으로 과세자료 발생현황을 조회하여 과세자료 과다발생자, 고액자료발생자 등을 조사대상자로 선정할 수 있다.

 

⑪ 다른 규정에서 구체적으로 처리요령을 명시한 자료, 이 규정에서 구체적인 처리요령을 정하지 아니한 업무지시에 따른 자료는 해당규정이나 지침에서 정하는 바에 따른다.

 

⑫ 이 규정에서 정한 과세자료의 관리 및 처리요령 중 과세자료누적관리시스템의 개발 및 변경으로 이 규정과 다른 방법에 따라 처리되는 경우 그 요령에 따라 처리하고, 부가가치세 과세자료의 입력・통수보・처리・관리는 「부가가치세 사무처리규정」에 따라 처리한다.

 

제127조(지도ㆍ점검 등) ① 지방국세청장은 세무서별로 과세자료 처리ㆍ활용 사항을 지도ㆍ점검할 수 있다.

 

② 법인납세과장은 과세자료 처리담당자별로 과세자료 처리 진행사항 등을 전산으로 점검하고 관리하여야 한다.

 

③ 과세자료 처리담당자는 전산으로 과세자료 해명 안내 및 검토를 관리하여야 한다

 

 

제2절 기타자료

 

제128조(계산서 관리) 「법인세법」 제121조에 따른 계산서의 관리는 「소득세 사무처리규정」의 관련 규정을 준용한다.

 

제129조(세금계산서 관리) 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서의 관리에 관하여는 「부가가치세 사무처리규정」의 관련 규정을 준용한다.

 

제130조(「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따른 과세자료 등의 관리) ① 세무서장(법인납세과장)은「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따른 제출대상 과세자료의 처리에 관하여는 「과세자료관리규정」에 따른다.

 

② 세무서장(법인납세과장)은 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따른 제출대상과세자료 이외에도 업무에 필요한 경우에는 해당 기관에 과세자료를 제출하도록 협조요청하거나 출장하여 직접 수집할 수 있다.

 

제131조(재산제세 자료관리) 재산제세 자료의 수집ㆍ통보와 처리에 관하여는 「양도소득세 사무처리규정」 및 「상속세 및 증여세 사무처리규정」을 준용한다.

 

 

 

제6장 공익법인 관리

 

 

제1절 통 칙

 

제132조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

 

1. '공익법인'이란 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 말한다.

 

2. '세적관리'란 세적자료의 수집, 설립신고서의 접수, 제보고서 및 외부전문가 세무확인서의 접수 및 보관, 전용계좌의 등록・변경 등 공익법인의 세적과 관련되는 일련의 절차를 말한다.

 

3. '사후관리'란 공익법인이 출연 받은 재산의 사용의무 등 공익법인이 지켜야 할 각종 의무의 이행여부를 서면 또는 조사(현장확인을 포함한다)에 의해 확인하는 절차를 말한다.

 

4. '제보고서'란 공익법인이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제41조제1항에 따라 세무서장에게 제출하여야 하는 서류(결산에 관한 서류 포함)를 말한다.

 

5. '외부전문가 세무확인서'란 「상속세 및 증여세법」 제50조에 따라 2명 이상의 변호사ㆍ공인회계사ㆍ세무사가 세무확인대상 공익법인에 대하여 출연재산의 공익사업 사용여부 등을 세무확인하여 세무서장에게 제출하는 보고서를 말한다.

 

6. '서면심리'란 공익법인이 제출한 서류에 의해 공익법인이 출연 받은 재산에 대한 사후관리를 서면으로 검토하는 것을 말한다.

 

7. '전용계좌'란 공익법인( 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조제1호의 사업을 영위하는 공인법인 제외)이 직접 공익목적사업과 관련하여 「상속세 및 증여세법」 제50조의2제1항 각 호에 해당하는 경우 사용해야 할 계좌(「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조의2제2항에 따른 계좌)를 말한다.

 

8. '결산서류 등 공시'란 공익법인(사업연도별로 총자산가액 5억 원 미만이면서 수익사업 수입금액과 출연재산 가액의 합계액이 3억 원 미만인 법인 및 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인 제외)이 「상속세 및 증여세법」 제50조의3제1항 각 호의 서류를 해당 공익법인의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청 홈택스에 게재하는 것을 말한다.

 

9. ‘기부금단체 의무이행 여부 등 점검관리’란「법인세법」제24조제3항제4호자목 및 같은 법 제24조제3항제6호에 따른 법정기부금단체와 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호각목(마목은 제외한다)의 지정기부금단체(이하 ‘기부금단체’라 한다)가 지정기간동안 공익목적 사업 수행 등 기부금단체가 지켜야 할 각종 의무의 이행 여부와「법인세법 시행령」제38조제3항 내지 제4항의 요건 충족 여부(이하 ‘의무이행 여부 등’)를 검토하여 기부금단체의 지정을 관리하는 것을 말한다.

 

10. ‘기부금단체가 지켜야 할 각종 의무’란「법인세법 시행령」제38조제8항 및 같은 법 시행령 제39조제5항에 따른 의무를 말한다.

 

제133조(공익법인 관리의 범위) 공익법인에 대하여 관리하여야 할 사항은 다음 각 호에 열거하는 것으로 한다.

 

1. 세적관리

 

2. 외부전문가 세무확인

 

3. 전용계좌 개설 및 사용

 

4. 결산서류 등 공시

 

5. 사후관리

 

가. 서면심리

 

나. 미공시 및 오류공시 검증

 

6. 제보고서의 수집 및 관리

 

7. 기부금단체 의무이행 여부 등 점검관리

 

 

제2절 주무관청과의 협조체제 유지

 

제134조(주무관청으로부터 통보받은 자료의 활용) ① 세무서장(법인납세과장)은 「상속세 및 증여세법」 제48조제7항에 따라 주무관청 등으로부터 통보받은 인・허가 자료 등을 세적관리 및 서면심리 등에 활용하여야 한다.

 

② 세무서장(법인납세과장)은 제1항에 따라 통보받은 자료와 다음 각 호에 열거하는 자료에 의하여 공익법인의 세적을 정비하여야 한다.

 

1. 법인(①본점, ②지점) 설립신고서 및 사업자등록신청서

 

2. 「법인세법」 제110조에 따른 비영리법인의 수익사업개시신고서

 

제135조(주무관청 자료통보) 세무서장(법인납세과장)은 공익법인이 세법상 의무를 위반하여 상속세 또는 증여세를 부과하는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제48조제6항 및 「상속세 및 증여세법 시행령」 제41조제2항에 따라 공익법인의 관리․감독기관인 주무관청에 그 사실을 통보하여야 한다.

 

 

제3절 세적관리

 

제136조(세적정리) ① 세무서장(법인납세과장)은 비영리법인의 세적자료를 수집하여 정관ㆍ주무관청의 설립허가서 등에 따라 공익사업 해당여부를 확인한 후 전산에 입력하여 관리한다.

 

② 공익법인은 출연재산이 있는 법인과 없는 법인으로 구분하고 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 유형중 해당 유형을 명확히 구분하여 출연재산 유무와 공익사업의 유형, 주무부처의 코드 등을 전산에 입력하여 관리한다.

 

제137조(납세지 변경) 공익법인의 납세지가 변경된 경우에는 제25조부터 제27조까지의 규정을 준용하여 처리하되, 변경 전 납세지 관할세무서장은 공익법인 제보고서 등 서류를 정리하여 변경 후 납세지 관할 세무서장에게 수동으로 통보하여야 한다.

 

 

제4절 외부전문가 세무확인

 

제138조(외부전문가 세무확인서 제출대상 관리) 세무서장(법인납세과장)은 공익법인이 과세기간별 또는 사업연도별로 「상속세 및 증여세법」 제50조의 규정에 따라 2명 이상의 외부전문가(변호사ㆍ공인회계사ㆍ세무사)의 세무확인을 받아야 하는 세무확인서 제출대상을 파악ㆍ관리하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무확인 대상에서 제외한다.

 

1. 세무확인을 받아야 하는 최종 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산의 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액과 대차대조표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액)이 5억 원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연 받은 재산가액의 합계액이 3억 원 미만인 공익법인

 

2. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조제2항제2호에 규정된 불특정다수인으로부터 재산을 출연 받은 공익법인(출연자 1인과 그와 「상속세 및 증여세법 시행령」 제26조제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 출연재산가액의 합계액이 공익법인이 출연 받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우에 한함).

 

3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인으로서 감사원법 또는 관련법령에 따라 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 (회계검사를 받는 연도분에 한함).

 

제139조(세무확인결과에 대한 조치) ① 세무서장(법인납세과장)은 제출받은 『공익법인의 외부전문가 세무확인서』에 나타난 사후관리 위반금액에 대하여 해당 공익법인에게 증여세를 고지하고, 출연자인 피상속인에게 상속세 고지요인이 발생한 경우 피상속인 주소지 관할 세무서장(재산세과장)에게 자료통보를 한다.

 

② 세무확인 대상법인이 세무확인을 이행하지 아니한 경우 세무서장(법인납세과장)은 해당 법인에 대한 서면심리를 제8절의 규정에 따라 실시하고 사후관리요건 위반금액에 대한 증여세 및 세무확인 미이행에 대한 가산세를 고지한다. 이 경우 상속세 자료의 통보에 관하여는 제1항을 준용한다.

 

③ 공익법인이 제출한 세무확인서는 공익법인에 대한 서면심리 등 사후관리자료로 활용한다.

 

 

제5절 전용계좌 개설 및 사용

 

제140조(전용계좌 개설ㆍ변경・추가 신고서 제출대상 관리 등) 세무서장(법인납세과장)은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조제1호의 사업을 영위하는 공인법인을 제외한 공익법인이 직접 공익목적사업과 관련하여 「상속세 및 증여세법」 제50조의2제1항 각 호에 해당하는 경우에는 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조의2제2항에 규정된 전용계좌를 다음 각 호의 기한까지 개설신고하고 사용하고 있는지 파악ㆍ관리하여야 한다.

 

1. 최초로 공익법인에 해당된 날부터 3개월 이내

 

2.「상속세 및 증여세법」 제50조의2 시행(’08.1.1)당시 공익법인에 해당되거나 ’08.3.31 이전에 공익법인에 해당하는 경우에는 제50조의2제3항의 개정규정에 불구하고 시행일(’08.1.1)부터 ’08.6.30까지의 기간

 

3. 전용계좌를 변경․추가하는 때에는 사유 발생일 부터 1개월 이내

 

제141조(전용계좌외 거래명세서 작성ㆍ보관 관리) 세무서장(법인세과장)은 공익법인이 직접 공익목적사업과 관련하여 ｢상속세 및 증여세법｣ 제50조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 경우에는 『전용계좌외 거래명세서』(｢상속세 및 증여세법 시행규칙｣ 별지 29호 서식)를 별도로 작성․보관하도록 관리하여야 한다. 이 경우 전산처리 된 테이프 또는 디스크 등에 수록․보관하여 즉시 출력할 수 있는 상태인 때에는 『전용계좌외 거래명세서』를 작성하여 보관한 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입과 지출에 대해서는 공익법인이 『전용계좌외 거래명세서』를 작성하지 아니한다.

 

1. ｢여신전문금융업법｣에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 ｢소득세법 시행령｣ 제208조의2제2항의 지급수단을 사용하여 거래하는 경우 그 증빙서류를 포함한다) 및 현금영수증을 증거서류로 받은 지출

 

2. 거래건당 금액(부가가치세를 포함)이 1만 원(’08.12.31까지는 3만 원) 이하인 수입과 지출

 

제142조(전용계좌 개설・변경ㆍ추가 신고서의 접수 및 전산입력) ① 납세자보호담당관은 공익법인이 제출한 '전용계좌 개설변경추가 신고서'를 접수하여 운영지원과장에게 인계하고 운영지원과장은 전산입력한 후 법인납세과장에게 신고서를 인계하여야 한다.

 

② 제1항에 따라 전산에 입력된 '전용계좌 개설・변경・추가 신고서'는 별도 편철・보관하여 공익법인에 대한 세원관리, 서면심리 등의 자료로 활용하여야 한다.

 

제143조(전용계좌 개설ㆍ변경ㆍ추가 신고 및 사용 여부에 대한 사후관리) ① 세무서장(법인납세과장)은 전용계좌 개설・변경・추가 신고 및 사용여부에 대하여 신고누락을 확인하고 제7절에 따라 사후관리를 실시하여야 한다.

 

② 세무서장(법인납세과장)은 공익법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 금액을 납부할 세액에 가산하여 부과한다.(단, ’09.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용)

 

1.「상속세 및 증여세법」 제50조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우 : 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5에 해당하는 금액

 

2.「상속세 및 증여세법」 제50조의2제3항에 따른 전용계좌의 개설・신고를 하지 아니한 경우 : 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

 

가. 개설・신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액의 총액의 1천분의 5에 상당하는 금액

 

나.「상속세 및 증여세법」 제50조의2제1항 각 호에 따른 거래금액의 합계액의 1천분의 5에 상당하는 금액

 

 

제6절 결산서류 등 공시

 

제144조(결산서류 등 공시대상 관리) 세무서장(법인납세과장)은 공익법인(사업연도별로 총자산가액 5억 원 미만이면서 수익사업 수입금액과 출연재산 가액의 합계액이 3억 원 미만인 법인 및 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인 제외)이 「상속세 및 증여세법」 제50조의3에 따라 다음 각 호의 서류 등(이하 '결산서류 등'이라 함)을 해당 공익법인의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청 홈택스에 공시하도록 공시대상법인을 파악하고 제153조에 따라 공시 안내를 하여야 한다.

 

1. 재무상태표

 

2. 운영성과표

 

3. 기부금 모집 및 지출 내용

 

4. 해당 공익법인등의 대표자, 이사, 출연자, 소재지 및 목적사업에 관한 사항

 

5. 출연재산의 운용소득 사용명세

 

6.「상속세 및 증여세법」 제50조제3항에 따라 회계감사를 받을 의무가 있는 공익법인등에 해당하는 경우에는 감사보고서와 그 감사보고서에 첨부된 재무제표

 

7. 주식보유 현황 등 대통령령으로 정하는 사항

 

제145조(결산서류 등 공시 이행 및 적정여부 검토) 세무서장(법인납세과장)은 공익법인이 결산서류 등 공시의무를 이행하였는지 확인하고 공시한 결산서류 등의 내용의 적정여부를 제8절에 따라 검토하여야 한다.

 

제146조(공시의무 이행여부 확인 등) ① 세무서장(법인납세과장)은 결산서류 등 공시자료의 전부 또는 일부를 제출하지 아니하였거나 공시내용에 오류가 있는 것으로 확인되는 경우에는 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록 하거나 오류를 시정하도록 요구하여야 한다. 다만, 단순합계 오류 등 경미한 사항은 납세자의 권익을 해치지 않는 범위에서 유선으로 요구할 수 있다.

 

② 세무서장(법인납세과장)은 공익법인이 지정된 기한이 경과하여 공시요구하였음에도 시정하지 아니한 경우 공시하여야할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 해당 공익법인의 자산총액의 1천분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 하여 「과세전적부심사 사무처리규정」에 따라 『과세예고통지서』를 발송하고, 과세전적부심사 청구기한 종료 후 해당 증여세액을 경정・결정하여 고지한 후 주무관청에 관련 사실을 통지하여야 한다.

 

제7절 성실공익법인 확인

 

제147조(성실공익법인 확인 신청서류 접수) ① 지방국세청장(성실납세지원국장)은 매 반기 종료일 30일 이내(5월, 11월)까지 주무관청으로부터 「상속세 및 증여세법 시행령」제13조제5항에 따라 성실공익법인에 해당하는지 여부를 확인받으려는 공익법인의 ‘성실공익법인 확인 신청서류’를 통보받아 접수하는 경우 「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제4조제1항 각 호에 따른 서류의 송부여부를 검토하여야 한다.

 

② 주무관청이 없는 경우에는 공익법인의 관할세무서장(법인납세과장)이 해당 서류를 공익법인으로부터 제출받아 지방국세청장(성실납세지원국장)에게 송부하여야 한다.

 

③ 지방국세청장(성실납세지원국장) 성실공익법인이 「상속세 및 증여세법 시행령」제13조제5항에 따라 5년마다 재확인 받으려는 경우에는 5년간의「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제4조제1항 각 호에 따른 서류를 모두 제출받아야 한다.

 

④ 지방국세청장(성실납세지원국장)은 성실공익법인 확인신청 접수현황을 매 반기 종료월 10일까지 국세청장(법인세과장)에게 보고하여야 한다.

 

제148조(성실공익법인 요건 충족여부 검토) ① 지방국세청장(성실납세지원국장)은 성실공익법인 해당여부를 확인 신청한 공익법인이 「상속세 및 증여세법」 제16조제2항제2호 및 「상속세 및 증여세법 시행령」 제13조제3항 각 호에 규정된 성실공익법인 요건을 모두 충족하였는지 면밀히 검토하여 성실공익법인 해당여부를 매 반기 종료 월의 다음달 말일(1월, 7월)까지 국세청장(법인세과장)에게 보고하여야 한다.

 

② 제1항에 따른 성실공익법인이 해당 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 대상 사업연도 전체를 기준으로 판단한다. 다만,「의료법」에 따른 의료법인의 요건 충족여부를 판단하는 경우로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제13조제3항제2호의 요건의 경우에는 해당 사업연도(성실공익법인으로 처음 확인받으려는 경우로 한정한다)의 제2분기부터 제4분기까지를 기준으로 판단한다.

 

③ 지방국세청장(성실납세지원국장)은 요건 충족여부 확인을 위하여 주무관청 또는 해당 공익법인에게 추가 자료제출을 요구할 수 있다.

 

제149조(성실공익법인 확인 결과 통보) 국세청장(법인세과장)은 지방국세청장(성실납세지원국장)이 성실공익법인 해당여부에 대하여 확인한 결과를 매 반기 종료일부터 60일 이내에 해당 공익법인과 주무관청에 통보하여야 한다.

 

제150조(사후관리) 지방국세청장(성실납세지원국장)은 성실공익법인 요건 확인 결과 성실공익법인 요건 위반으로 증여세 등 추징사유가 발생하는 경우 즉시 증여세 등을 추징하여야 한다.

 

제8절 사후관리

 

제151조(공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 등의 관리) ① 세무서장(법인납세과장)은 출연재산의 적정한 사용 여부 등을 파악하기 위하여 「상속세 및 증여세법 시행령」 제41조제1항 각 호에 따른 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 등과 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조의 외부전문가의 세무확인서, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조의2 전용계좌 개설(변경・추가)신고서를 제출받아 그 내용을 관리하여야 한다.

 

② 출연재산이 있는 공익법인이 법정기일 내에 제보고서 등을 제출하지 아니한 경우에는 제157조에 따라 사후 관리하여야 한다.

 

③ 「상속세 및 증여세법」 제16조제1항에 따라 상속세 과세가액에서 제외된 재산이 있는 경우 상속세를 결정하는 세무서장은 그 재산을 출연 받은 공익법인의 납세지 관할 세무서장(법인납세과장)에게 출연재산명세를 통보하여야 하고 통보받은 세무서장은 해당 공익법인의 출연 받은 재산명세서에 누락여부를 확인하고 사후 관리하여야 한다.

 

제152조(공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 등 전산입력) ① 납세자보호담당관은 공익법인으로부터 제출받은 제보고서와 외부전문가의 세무확인서, 전용계좌 개설(변경・추가)신고서를 접수한 후 운영지원과장에게 인계하여 전산에 입력하고, 운영지원과장은 전산에 입력한 관련서류를 법인납세과장에게 인계하여야 한다.

 

② 제1항에 따른 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 등의 접수 및 입력에 관하여 이 규정에서 정하지 아니하는 내용은 「민원사무처리규정」에서 정하는 바에 따른다.

 

제153조(신고 및 공시안내) ① 세무서장(법인납세과장)은 공익법인에게 다음 각 호의 사항 등을 반영한 신고 및 공시 안내를 하여야 한다.

 

1. 공익법인이 제출하여야 할 「상속세 및 증여세법」상 제보고서 및 외부전문가 세무확인서의 작성 및 제출요령

 

2.「상속세 및 증여세법」상 전용계좌개설(변경・추가) 신고서 및 결산서류 등 공시서류 작성 및 제출요령

 

3. 해당 사업연도 결산서에 의한 사용의무기준 등 계산방법

 

4. 공익법인 관계법령의 개정사항 등

 

② 지방국세청장이 특별히 중요하다고 인정하는 공익법인에 대한 신고 및 공시안내는 지방국세청장(법인납세과장)이 실시할 수 있다.

 

제154조(서면심리 방법) 공익법인의 출연 받은 재산에 대한 사후관리, 전용계좌 개설・사용의무 및 결산서류 등 공시의무 이행여부 등은 공익법인이 제출하는 제보고서ㆍ외부전문가세무확인서ㆍ전용계좌개설(변경・추가)신고서・공시서류・법인세신고서 등을 서면으로 분석ㆍ검토하는 것을 원칙으로 한다.

 

제155조(서면심리 대상법인) 서면심리 대상은 출연 받은 재산이 있는 공익법인 중 세무서장(법인납세과장)이 별도계획에 따라 선정하되, 지방국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 공익법인은 지방국세청장(성실납세지원국장)이 선정할 수 있다. 다만, 국세청장(법인세과장)이 사후관리의 실익을 감안하여 생략할 필요가 있다고 인정되는 경우 관리대상에서 제외할 수 있다.

 

제156조(업무의 주관) 서면심리업무는 납세지 관할 세무서장(법인납세과장)이 주관하되, 지방국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 공익법인은 지방국세청장(성실납세지원국장)이 주관할 수 있다.

 

제157조(서면심리 계획의 수립 및 시행) ① 서면심리는 결산서 및 제보고서, 외부전문가 세무확인서, 공시서류 등 제출기한 종료일 이후 국세청장이 정하는 바에 따라 시행함을 원칙으로 하되, 별도의 지시가 있는 경우 그에 따른다.

 

② 다음 각 호의 사유가 발생한 공익법인에 대해서는 해당 사실을 알게 된 때에 관할 지방국세청장(성실납세지원국장)에게 보고하고 필요한 경우 서면심리를 할 수 있다. 다만, 출연재산이 없거나 심리실익이 없다고 인정되는 공익법인에 대해서는 그러하지 아니하다.

 

1. 주무관청으로부터 등록, 인ㆍ허가가 취소된 사실을 통보받은 때

 

2. 공익사업을 종료하고 폐업신고 등을 하거나 주무관청 등으로부터 그 사실을 통보받은 때

 

③ 제1항에 따른 서면심리를 함에 있어 수익사업이 있는 공익법인은 법인세신고사항도 함께 심리함을 원칙으로 한다.

 

제158조(해명요구) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 공익법인에 대하여 별도의 해명자료를 받고자 하는 때에는 15일 이내의 기간을 정하여 『법인세 신고관련 해명자료 제출 안내(별지 제8호 서식)』로 요구하되 막연히 포괄적인 자료를 요구하지 않도록 유의하여야 한다. 다만, 단순오류 등 경미한 사항은 납세자의 권익을 해치지 않는 범위에서 유선으로 요구할 수 있다.

 

② 제1항에 따라 납세자에게 해명자료를 서면으로 요구하는 경우 『권리보호 요청제도에 대한 안내(별지 제18호 서식)』에 관한 사항을 함께 안내하여야 한다.

 

③ 해명자료를 제출하지 않거나 제출한 해명자료로 서면심리를 종결할 수 없는 때에는 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다.

 

④ 서면심리담당자는 제1항에 따른 해명안내에 따라 공익법인이 해명자료를 제출하는 경우『납세자 해명자료(별지 제14호 서식)』를 함께 제출하도록 안내하고 납세자 해명자료를 접수하여 스캔 후 전자서고에 수록하여야 한다.

 

⑤ 서면심리담당자는 해명안내통지일로부터 2개월 이내에 확인업무를 종결하여야 한다. 다만, 납세자의 해명자료 제출이 지연되거나, 사실관계 확인 지연 등으로 처리기간 연장이 필요한 경우에는 1회(1개월 이내)에 한하여 연장할 수 있으며, 이 경우 납세자에게 『신고내용 확인 처리기한 연장 통지(별지 제16호 서식)』를 발송하여야 한다.

 

⑥ 서면심리담당자는 납세자가 해명자료 등을 제출하면 그 내용을 면밀히 검토하고, 해명자료 검토 결과에 대하여 『법인세 해명자료 검토결과 안내(별지 제10호 서식)』로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 해명자료 검토결과 「과세전적부심사 사무처리규정」에 따라 「과세예고통지서」를 발송하는 경우에는 『해명자료 검토결과 통지서』발송을 생략할 수 있다.

 

제159조(검토할 사항) 서면심리를 실시하는 경우 공익법인의 「상속세 및 증여세법」상 의무에 대하여 전반적으로 검토하여야 한다. 다만, 특정유형의 혐의에 대하여 일괄관리 등이 필요한 경우 검토할 사항을 특정할 수 있다.

 

제160조(서면심리 결과에 대한 조치) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 서면심리 결과 「상속세 및 증여세법」 및 「법인세법」 등의 규정을 위반한 사실이 확인된 경우에는 「과세전적부심사 사무처리규정」에 따른 『과세예고통지서』발송 등 적법절차를 준용하여 상속세 또는 증여세 및 법인세 등을 고지한다.

 

② 제158조제3항의 경우에 있어 실지조사를 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 때에는 관련내용을 조사국(또는 조사과)에 통보하여 조사대상 선정 등에 활용하도록 한다.

 

③ 상속세 또는 증여세를 결정하는 경우에는 다음과 같이 처리한 후 그 결과를 관리한다.

 

1. 상속세 과세요인이 발생한 때에는 공익법인에 출연한 피상속인의 주소지 관할 세무서장(재산세과장)에게 자료를 통보하여 결정 고지토록 한다.

 

2. 공익법인에 대한 증여세 과세요인이 발생한 때에는 공익법인 납세지 관할 세무서장(법인납세과장)이 결정 고지한다.

 

④ 이 규정에서 정하지 않은 서면심리업무에 관한 보고, 서식 및 기타 세부기준 등에 대해서는 국세청장이 따로 정하는 바에 따른다.

 

 

제9절 현황관리 및 보고

 

제161조(공익법인 현황 관리) ① 세무서장(법인납세과장)은 효과적인 사후관리를 위하여 매 연도별 현황 등을 계속 관리하여야 한다.

 

② 공익법인 현황 관리 시 다음 사항을 유의하여야 한다.

 

1. 기본사항은 정관 및 설립 인ㆍ허가서 내용을 확인하여 설립목적, 설립근거법률 및 주무부처를 파악・관리한다.

 

2. 주요자산 보유현황 및 공익사업 실적은 법인이 제출한 제보고서에 따라 파악한다.

 

3. 사후관리현황은 서면심리 또는 실지조사 결과에 따라 파악・관리한다.

 

제162조(신고서 등 제출 서류의 보관 및 관리) 세무서장(법인납세과장)은 공익법인이 제출하는 다음의 서류 및 과세자료를 해당 공익법인별로 보관ㆍ관리하여야 한다.

 

1. 수익사업에 대한 법인세 과세표준 신고서

 

2. 외부전문가의 공익법인 세무확인서

 

3. 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 등 제보고서

 

4. 주무관청 통보 자료 등 각종 과세자료

 

 

제10절 기부금단체 의무이행 여부 등 점검관리

 

제163조(점검관리 관할) 기부금단체 의무이행 여부 등 점검은 납세지 관할 세무서장 (법인납세과장)이 수행하는 것을 원칙으로 한다.

 

제164조(점검관리 대상) 세무서장(법인납세과장)은「법인세법 시행령」제39조제6항 또는 제38조제9항에 따라 주무관청에 의무이행 여부 등을 보고해야 하는 기부금단체를 점검관리하여야 한다.

 

제165조(점검결과보고서 접수 및 전산입력) 세무서장(법인납세과장)은 주무관청이 통보한 다음 각 호의 ‘점검결과 보고서’를 접수하는 즉시 전산에 입력하여야 한다. 다만, 주무관청이 점검결과보고서를 홈택스로 전자제출하는 경우에는 전산입력을 생략한다.

 

1. 지정기부금단체 의무이행 여부 점검결과 보고서(「법인세법 시행규칙」별지 제63호의10 서식)

 

2. 법정기부금단체 요건충족 여부등 점검결과 보고서(「법인세법 시행규칙」별지 제63호의11 또는 제63호의제12 서식)

 

제166조(점검관리 내용) ① 세무서장(법인납세과장)은 기부금단체가 다음 각 호의 기부금단체 지정취소 대상에 해당하는지를 검토하여야 한다.

 

1. 법인이 「상속세 및 증여세법」 제48조제2항, 제3항 및 제8항부터 제11항까지에 따라 사업연도별로 1천만원 이상의 상속세(그 가산세를 포함) 또는 증여세(그 가산세를 포함)를 추징당한 경우

 

2. 기부금단체가 목적 외의 사업을 하거나 설립허가의 조건을 위반하는 등 공익목적을 위반한 사실, 기부금단체 지정 요건 및 의무를 위반한 사실 또는 주무관청의 요구에도 불구하고 의무이행 여부등을 보고하지 아니한 사실이 있는 경우

 

3.「국세기본법」 제85조의5에 따라 불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우

 

4. 법인의 대표자, 대리인, 사용인 또는 그 밖의 종업원이 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」을 위반하여 같은 법 제16조에 따라 법인 또는 개인에게 징역 또는 벌금형이 확정된 경우

 

5. 기부금단체등이 해산한 경우

 

② 세무서장(법인납세과장)은 기부금단체의 지정기간이 끝난 후에 그 지정기간 중 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실이 있어 그 단체에 대하여 재지정하지 아니하거나 이미 재지정된 경우에는 그 지정을 취소할 대상에 해당하는지를 검토하여야 한다.

 

제167조(기부금단체 지정취소 등 대상 여부 통지) 국세청장(법인세과장)은 지정취소등 대상 단체에 대하여 기획재정부장관에게 지정취소등을 요청하기 전에 주무관청에 해당 기부금단체 등이 지정취소등 대상에 해당한다는 사실, 그 사유 및 법적 근거를 통보하여야한다.

 

제168조(기부금단체 의견서 등 검토) ① 세무서장(법인납세과장)은 지정취소등 대상에 해당한다는 사실을 통지 받은 기부금단체가 그 통지 내용에 이의가 있어 주무관청을 통해 의견서 등을 제출한 경우에는 그 자료를 성실하게 검토하여야 한다.

 

②세무서장(법인납세과장)이 기부금단체가 제출한 의견서 등을 검토한 결과, 해당 기부금단체가 의무이행 여부를 보완하거나 의무를 위반하지 않은 것으로 확인되는 경우 기획재정부장관에게 기부금단체의 지정취소등을 요청하는 대상에서 제외한다.

 

③ 세무서장(법인납세과장)은 제1항 또는 제2항에 따라 기획재정부장관에게 지정취소등을 요청하는 대상을 확정하여 전산에 입력하여야 한다.

 

제169조(기부금단체 지정취소등 요청) 국세청장은 세무서장(법인납세과장)이 제165조에 따라 확정한 기부금 단체의 지정 취소등 요청 대상에 대하여 다음 각 호의 사항을 기재하여 기획재정부장관에게 기부금단체 지정취소등을 요청하여야 한다.

 

1. 지정 취소 또는 재지정 거부 대상 기부금단체명

 

2. 주무관청

 

3. 지정 취소 또는 재지정 거부 사유

 

4. 그 밖에 지정 취소나 재지정 거부에 필요한 사항

 

 

제7장 금융ㆍ보험업자의 교육세 관리

 

제170조(신고대상자의 파악) 세무서장(법인납세과장)은 제171조 및 「국세청 민원사무처리규정」또는 전자신고에 의하여 전산에 입력된 금융ㆍ보험업자의 종류별 코드에 따라 교육세 신고대상자를 파악하여 관리하여야 한다.

 

제171조(신고서의 접수 및 전산입력) ① 납세자보호담당관(민원봉사실장)은 금융ㆍ보험업자가 직접 또는 우편으로 제출한 『교육세 과세표준신고서(금융업 등)』(중간예납계산서를 포함한다. 이하 같다.)를 접수하여 ｢정보화센터 사무처리규정｣에 따라 처리한다.

 

② 정보화센터에서 제1항에 따라 『교육세 과세표준신고서(금융업 등)』를 전산에 입력하는 경우에는 금융회사 등의 종류에 따라 다음의 해당코드를 입력하고 이를 확인하여야 한다.

금융‧보험업자의 종류	코드
․ 은행(상호저축은행 제외)	01
․ 종합금융‧단기금융(투자금융회사 포함)회사	02
․ 상호저축은행	03
․ 보험회사	04
․ 농·수협중앙회	05
․ 전당포	06
․ 환전영업자	07
․ 신탁회사(자산운용회사 포함)집합투자업자 및 신탁업자	08
․ 금전대부업자	09
․ 투자매매업자 및 투자중개업자	10
․ 여신전문금융회사	11
․ 한국수출입은행	12

 

제172조(신고납부 결정결의 등) 교육세 과세표준신고서의 접수 및 입력, 타서분 신고서의 처리, 오류정정, 신고ㆍ납부자료 비교, 신고납부 결정 또는 경정결의, 무납부 또는 납부 부족시 고지와 환급 등에 대해서는 법인세에 준하여 처리한다.

 

제173조(결정 및 경정) 세무서장(법인납세과장)은 교육세 납세의무가 있는 금융ㆍ보험업자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 누락ㆍ오류가 있는 경우에는 즉시 결정 또는 경정하여야 하며, 결정 또는 경정내용에 누락이나 오류를 발견한 때에는 즉시 재경정하여야 한다.

 

 

 

제8장 정기조사 대상 선정

 

제1절 법인 신고성실도 평가

 

제174조(신고성실도 평가) ① 신고성실도는 법인세・부가가치세 및 원천제세 등의 신고상황과 각종 세원정보 등을 반영하여 전산시스템에 따라 평가함을 원칙으로 하고, 세무조사 또는 평소 세원관리 결과에 따라 보완할 수 있다.

 

② 법인의 신고성실도는 「법인 신고성실도 전산분석」에 의해 사업연도별로 평가한다.

 

제175조(법인 신고성실도 분석표 통보) 국세청장은 「법인 신고성실도 전산분석」에 따라 평가한 신고성실도 전산평가 자료를 정기 조사대상 선정전에 지방국세청장(성실납세지원국장)에게 통보한다.

 

제176조(법인 신고성실도 분석표 관리) 제175조에 따라 통보받은 각종 신고성실도 평가자료는 개별기업의 과세정보이므로 대외보안 등에 유의하여야 하며, 정기조사대상 선정업무를 담당하는 과장이 관리하여야 한다.

 

 

제2절 조사대상 선정

 

제177조(기본원칙) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 법인의 자율적인 성실신고를 담보하기 위하여 「국세기본법」 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)제1항에 따라 정기적으로 조사대상법인을 선정하여야 한다.

 

② 법인 정기조사대상은 전산에 의한 신고성실도 평가결과와 미조사연도수 등 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 공정하고 객관적으로 선정하여야 하며, 종사직원의 자의성을 배제하여야 한다.

 

③ 지방국세청장 또는 세무서장은「국세기본법」,「법인세법」,「조세특례제한법」 등 세법에서 별도로 규정하는 경우에는 조사대상으로 선정하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증빙자료 등에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.

 

④ 지방국세청장 또는 세무서장은 법인 조사대상선정에 있어서 「국세기본법」 제81조의3 및 제81조의4에 따라 납세자의 권리에 관한 세무공무원의 의무를 준수하여야 한다.

 

⑤ 기타 이 규정에서 따로 정하지 않는 사항은 「조사사무처리규정」 및 관련 지침에서 정하는 바에 따른다.

 

제178조(선정기준) ① 「국세기본법」 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)에 따라 법인 정기조사 대상 선정 시 연간 수입금액 1,500억 원 이상의 법인은 「국세기본법」 제81조의6제2항제2호에 따라 5년 주기 순환조사를 원칙으로 선정한다. 다만, 경제력 집중 등 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 경우에는 수입금액 500억 원 이상의 법인을 5년 주기 순환조사로 선정한다.

 

1. ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 상호출자제한기업집단 소속 법인

 

2. 자산 2천억 원 이상

 

3. 전문인적용역 제공 법인

 

② 제1항에서 규정하는 법인 외의 법인은 「국세기본법」 제81조의6제2항제1호에 따라 신고성실도 평가에 의한 선정을 원칙으로 하되,「국세기본법」 제81조의6제2항제3호에 따라 무작위추출방식에 의한 선정을 병행할 수 있다.

 

③장기간 세무조사를 받지 아니하여 성실신고 여부 검증이 필요한 일정 규모이상의 법인은 신고성실도 평가결과와 관계없이 「국세기본법 시행령」 제63조의4(장기 미조사자에 대한 세무조사기준)에 따라 정기조사 대상으로 선정할 수 있다.

 

제179조(선정관할) ① 법인 정기조사 대상 선정은 법인의 성격, 사업규모 및 업무량 등을 감안하여 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 지방국세청장 또는 세무서장이 담당한다.

 

② 지방국세청장은 세금탈루 규모, 조사의 난이도 등을 고려하여 제1항에 따른 선정관할을 변경한 경우에는 선정관할 변경내역을 관할 지방국세청장 또는 관할 세무서장에게 조속히 통지하여야 한다.

 

제180조(선정할 법인 수) ① 법인의 성실신고를 담보하기 위하여 매년 적정수준의 법인수를 정기조사 대상으로 선정하여야 한다.

 

② 조사대상 선정 법인은 지방청별・세무서별로 각 관할지역에 소재하는 법인의 전체 수입금액 규모, 법인 수, 조사인력 등을 감안하여 합리적이고 균형 있게 배분하여야 한다.

 

제181조(정기조사 선정법인 전산입력 및 인계) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(법인납세과장)은 정기조사대상 법인을 확정한 경우에는 지체 없이 전산에 조사세목, 조사유형, 조사종류, 선정사유, 조사대상 기간 등을 입력하여야 한다.

 

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(법인납세과장)은 제1항에 따라 전산에 입력한 정기조사 대상법인에 대한 담당자를 세원관리부서에서 조사 집행부서로 변경처리 하여야 한다.

 

제182조(정기조사 대상 선정결과 보고) 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 조사대상 선정 통계 등을 국세청장이 별도로 정한 보고서식에 따라 정기조사 대상 선정 확정일 부터 7일 이내에 국세청장 또는 지방국세청장에게 보고하여야 한다.

 

제183조(재검토기한) 이 규정은 「훈령・예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제394호)에 따라 이 규정을 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여야 하는 2022년 5월 9일까지 재검토한다.

 

 

부 칙(2010. 3. 2. 국세청훈령 제1816호)

 

제1조(시행일) 이 훈령은 2010년 3월 2일부터 시행한다.

 

제2조(경과조치) ① 이 규정 시행 전의 훈령・업무지침 규정중 이 규정과 다른 것은 이 규정에 따른다.

 

② 이 규정 시행 전에 구 「자산재평가법」따라 재평가한 법인에 대한 사무에 관하여는 종전의 제147조부터 제164조까지의 규정에 따른다.

 

 

부칙(2010. 12. 27. 국세청훈령 제1875호)

 

제1조(시행일) 이 규정은 발령한 날부터 시행한다

 

 

부칙(2012. 3. 12. 국세청훈령 제1929호)

 

제1조(시행일) 이 훈령은 2012년 3월 12일부터 시행한다.

 

 

부칙(2013. 12. 27. 국세청훈령 제2026호)

 

제1조(시행일) 이 훈령은 2013년 12월 27일부터 시행한다.

 

 

부칙(2016. 12. 27. 국세청훈령 제2173호)

 

제1조(시행일) 이 훈령은 2016년 12월 27일부터 시행한다.

 

 

부칙(2018. 7. 2. 국세청훈령 제2264호)

 

제1조(시행일) 이 훈령은 2018년 7월 2일부터 시행한다.

 

 

부칙(2019. 2. 1. 국세청훈령 제2285호)

 

제1조(시행일) 이 훈령은 2019년 2월 1일부터 시행한다.

 

 

부칙(2019. 5. 10. 국세청훈령 제2309호)

 

제1조(시행일) 이 훈령은 2019년 5월 10일부터 시행한다.