세법저장소

부천시는 수도권정비계획법상 과밀억제권역에 속하고 있으며, 이 지역에서 법인이 건물을 취득할 때 본점의 위치와 설립 경과 시간에 따라 취득세가 중과세될 수 있습니다. 사용자께서 언급하신 상황(본점이 과밀억제권역 밖에 있어서 중과세가 적용되지 않은 경우)과 관련하여 실제로 이러한 문제로 관할 구청이나 시청과 분쟁을 겪은 사례들이 있으며, 이는 주로 "실질적 본점"과 "형식적 본점"의 판단 문제로 귀결됩니다.

과밀억제권역과 취득세 중과세 제도의 이해 

부천시가 과밀억제권역에 포함되는 이유 

부천시는 수도권정비계획법 제6조에 따라 지정된 과밀억제권역에 완전히 포함되어 있습니다. 과밀억제권역은 인구와 산업이 지나치게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 이전하거나 정비할 필요가 있는 지역으로, 수도권정비계획법 시행령에 따라 서울특별시, 인천광역시, 의정부시, 구리시, 남양주시(일부), 하남시, 고양시, 수원시, 성남시, 안양시, 부천시, 광명시, 과천시, 의왕시, 군포시, 시흥시(일부) 등이 지정되어 있습니다.

지방세법 제13조 제2항 제1호의 취득세 중과세 규정 

가장 중요한 법적 근거는 지방세법 제13조 제2항 제1호입니다. 이 조항에 따르면, "대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우"의 취득세는 표준세율의 300분의 1에서 중과기준세율의 200분의 1을 뺀 세율을 적용합니다. 매매를 기준으로 하면 일반 취득세율 4%에서 중과세율 8%로 2배 상향됩니다

5년 경과 요건과 시행령 제27조 제3항 

지방세법 시행령 제27조 제3항은 이 중과세 규정을 더욱 구체화합니다. 핵심은 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 대도시에서 취득하는 모든 부동산(업무용·비업무용, 사업용·비사업용 구분 없음)이 중과세 대상이라는 것입니다. 예를 들어, 어떤 법인이 대도시 내에서 설립된 지 3년이 되었다면, 그 법인이 대도시 내에서 취득하는 임대용 건물, 사업용 부동산 등 거의 모든 부동산이 중과세 대상이 될 수 있습니다

실질적 본점 판정과 분쟁의 핵심

법인등기부상 본점과 실질적 본점의 구분 

현재 한국의 조세 실무에서 가장 큰 분쟁 사항은 법인등기부상 본점 위치와 실질적 본점 위치가 다른 경우입니다. 대법원과 조세심판원은 일관되게 "본점은 법인등기부의 기재와 관계없이 실질적으로 본점의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 판단하여야 한다"고 판시하고 있습니다. 즉, 형식적으로는 본점을 과밀억제권역 밖에 둔다고 해도, 실제로는 대도시에서 법인의 중추적 기능을 수행한다면 취득세 중과세의 대상이 될 수 있다는 의미입니다

실질적 본점 판정의 기준과 요소 

대법원 2017. 12. 21. 선고 2017두63795 판결과 조세심판원의 수많은 사건에서 확인된 실질적 본점의 판정 기준은 다음과 같습니다

중추적 의사결정 기능: 주요한 의사결정, 이사회 개최 여부, 중요한 안건 처리 장소 

인적 설비: 대표이사, 임원, 직원의 상시적 근무 여부 및 근무 규모 

물적 설비: 사무실 규모, 시설 현황(팩스, 전화 등), 회의실 등의 존재 

관리 행위: 재무, 회계, 인사, 기획, 경영전략 등 중요 업무 수행 장소 

공과금 납부 내역: 전기료, 수도료, 가스료 등의 납부 현황

국세 및 지방세 납부: 주민세, 지방소득세 특별징수 납부 지역 

사업자등록: 사업자등록증상 주소 기재 위치 

법인카드 사용 내역: 사용처와 사용 규모 

임차료 및 운영 비용: 임차차계약서, 관리비 납부 내역

실제 분쟁 사례: 조세심판원 결정례

조심2020지1759: 본점을 대도시 밖으로 주장했으나 중과세 적용

조심2018지0654: 임대용 부동산과 5년 경과 예외

조심2016지0370: 실질적 본점 기능 분석

실질적 본점 전입의 시간적 기준 

매우 중요한 법적 원칙은 사실상의 본점 전입일부터 5년 이내라는 시간 개념입니다. 즉, 법인이 형식적으로 본점을 이전한 시점이 아니라, 실질적으로 본점 기능을 대도시로 옮긴 시점부터 5년이 계산된다는 의미입니다. 이 때문에 법인등기부상 본점 이전등기가 없었다고 하더라도, 실질적으로 대도시 내에서 본점 기능을 수행한 시점부터 5년 이내의 부동산 취득은 모두 중과세 대상이 될 수 있습니다

부천시에서 부동산 취득 시 주의사항 및 실무적 조언 

본점 위치가 명확하지 않을 때의 위험성 

즉 "본점이 과밀억제권역 밖에 있어서 취득세가 중과세되지 않았던 것 같다"는 것이 향후 부천시나 관할 구청의 지적 대상이 될 가능성은 충분합니다. 특히 다음과 같은 경우 재검토 가능성이 높습니다

부동산 취득 후 부천시 일원에서 실제 사업이 수행되는 경우: 예를 들어, 취득한 건물에서 실제로 회사의 중요한 사업이 이루어지고 있다면, 과세관청은 이곳이 실질적 본점이라고 주장할 수 있습니다. 

임직원들의 근무 위치: 취득한 건물에 대표이사나 직원들이 상시적으로 근무하고 있다면, 실질적 본점으로 인정될 가능성이 높습니다. 

법인카드나 공과금 납부 지역: 부천시 건물 주소로 전기료, 수도료, 법인카드 결제 등이 이루어지고 있다면, 과세관청의 지적 대상이 됩니다. 

형식적 본점 이전의 위험성 

매우 중요한 주의사항은 취득세 중과세를 피하기 위해 형식적으로 본점을 과밀억제권역 밖으로 이전하는 행위는 사실상 합법적이지 않다는 것입니다. 부천시에서 건물을 취득하면서 동시에 또는 그 직후에 본점을 다른 지역으로 이전했다면, 과세관청은 이를 형식적 이전으로 의심하고 다양한 증거들을 수집하여 재조사할 가능성이 높습니다. 특히 조심2020지1759 사건에서처럼 법인카드 사용 내역, 임직원의 근무지, 이사회 개최 장소 등을 종합적으로 검토하게 됩니다

결론 및 권고사항 

부천시에서 건물을 취득한 법인의 본점이 과밀억제권역 밖에 있다고 하더라도, 향후 과세관청의 재검토 대상이 될 가능성은 충분합니다. 특히 다음을 권고합니다: 

사전 검토의 중요성: 건물 취득 전에 과세관청과 협의하거나 세무 전문가의 의견을 구하는 것이 바람직합니다. 

증거 자료 관리: 본점이 실제로 과밀억제권역 밖에 있다면, 그 근거를 명확히 할 수 있는 자료(임차료 납부, 직원 근무 현황, 공과금 납부 내역 등)를 체계적으로 관리해야 합니다. 

불복 절차의 준비: 부천시나 관할 구청으로부터 중과세 처분을 받을 경우, 조세심판원에 청구할 때는 실질적 본점의 위치에 대한 충분한 증거를 제시해야 합니다. 

실무 상담: 세무사나 변호사와 함께 구체적인 사실관계를 바탕으로 전략을 수립하는 것을 강력히 권고합니다.

주요 참고 법령:

• 지방세법 제13조 제2항 제1호
• 지방세법 시행령 제27조 제3항
• 수도권정비계획법 제6조, 동 시행령 제9조
• 대법원 2017. 12. 21. 선고 2017두63795 판결
• 조세심판원 2020. 10. 29. 조심2020지1759 결정
• 조세심판원 2019. 1. 29. 조심2018지0654 결정

주 문

처분청세무서장이 2020.3.3. 청구법인에게 한 2014 사업연도 법인세 2,185,281,367원의 부과처분과 대표자 인정상여 6,679,480,000원의 소득금액 변동통지는 홍길동 관련 폐유 매입액 6,679,480,000원의 구체적인 실거래 금액과 매입처를 재조사하여 그 결과에 따라 매출원가로 인정하여 해당 과세연도 과세표준과 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.11.22. 설립된 석유류 정제 제조업 영위 법인으로, ** **군 **읍 **로 394에서 유창업체(선박청소)로부터 수집한 폐유를 정제하여 상장법인인 매출처(주) 등에 판매하고 있으며, 2014년 중 미등록사업자 홍길동 등으로부터 폐유 원재료 총 9,669백만원(공급대가)을 매입하여 손금산입하는 등 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 2016.8.22.부터 2016.12.21.까지 청구법인의 2014 사업연도에 대하여 법인세 통합조사(이하 “당초 조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인에게 법인세 등 총 479백만원(인정상여 포함)을 고지하고, 위 폐유 매입분 중 홍길동으로부터 무자료 매입한 폐유 6,679백만원(공급대가, 이하 “쟁점금액”, 해당 거래를 “쟁점거래”라 한다)을 청구법인의 해명 내용대로 매출원가로 인정한 후, 홍길동의 매출누락 과세자료를 홍길동의 관할세무서인 거래처세무서에 통보하였다.

다. 거래처세무서는 2017.9.13.부터 2017.11.27.까지 홍길동의 2014 과세연도에 대하여 개인통합조사(이하 “홍길동에 대한 조사”라 한다)를 실시한 결과, 홍길동이 청구법인과 쟁점거래를 한 사실이 없다고 조사하고, 2017.12.4. 위 조사내용을 처분청에 다시 통보하였다.

라. 처분청은 위 파생 과세자료에 따라 쟁점금액을 손금불산입하여 2019.12.19. 청구법인에게 2014 사업연도 법인세 2,185백만원과 대표자 상여 6,679백만원을 소득처분할 예정으로 과세예고 통지하였고, 청구법인은 2020.1.14. 국세청에 과세전적부심사청구를 제기한 결과, 2020.2.19. 불채택 결정되었다.

마. 처분청은 2020.3.3. 청구법인에게 2014 사업연도 법인세 2,185,281,367원을 경정․고지하였고, 대표자 인정상여 6,679,480,000원을 소득금액 변동통지하였다(이하 “본 건 처분”이라 한다).

바. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.14.이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

<쟁점① 관련>

가. 쟁점금액은 원재료비로 실제 지출되었음에도 원가를 부인한 본 건 처분은 위법․부당하다.

1) 쟁점금액은 원재료비로 실제 투입됨

가) 청구법인은 166억원 매출을 위하여 쟁점금액(6,679백만원)을 포함한 원재료비 134억원을 투입하였다.

나) 청구주장의 핵심요지는, 그럼에도 처분청이 쟁점금액을 원가부인한다면 ① 원재료 투입 없이 매출액을 실현할 수 있다는 점에 대하여 처분청이 입증할 책임이 있으며, ② 홍길동이 아닌 제3자로부터 쟁점금액을 매입했다거나, ③ 타인으로부터 공짜로 얻은 원재료를 투입했다는 점이라도 처분청이 입증 후 과세했어야 함에도, 이에 대한 입증 없이 과세한 본 건 처분은 국세기본법 제16조【근거과세】원칙에 비추어 위법․부당하므로 취소하라는 것이다.

2) 적부심 후 본 건 청구 시 추가 제출한 입증자료 등

가) 청구법인은 청구주장 입증증거로 과세전적부심 때 제출하지 않았던 ‘청구법인 직원(배우자, 대표자의 배우자)과 홍길동 간 대화 녹취록’ 및 ‘43억원의 어음을 받아 은행에 지급제시한 어음배서사본’, ‘은행거래 일자별 명세서’를 추가로 제출하였다.

나) 또한 과세전적부심에서 2016년 당초 조사 때 조사반장이 녹취록대화 중 “물건대금 전액 지급되었지 않았느냐?”는 부분에 대한 진술 도중 “그 거래사실 세무조사 당시 확인하고 원가로 인정하였다”라는 취지로 진술한 사실이 있는데 이는 매우 중요한 증거이다.

다) 청구법인은 또한 거래처세무서장이 핵심문서로 판단한 확인서는 ‘자유로운 의사로 작성된 것이 아니고, 문답서 작성 때 이점 항변했으나 반영되지 않았다’는 요지의 청구법인 대표이사의 사실확인서를 이 건 청구서에 첨부하였다.

<쟁점② 관련>

나. 본 건 처분은 납세자의 권리를 침해하여 취소되어야 한다.

「국세기본법」제81조의 3은【납세자의 성실성 추정】규정을 두고 있고, 청구법인은 법인세법 및 복식부기원리에 따라 제반거래사실을 기장하고 이에 근거하여 법인세를 성실히 신고하였고 각종 증빙을 보관하고 있다.

이러한 사실은 당초 조사 시 처분청도 쟁점금액을 전액 손금인정하여 조사종결한바, 청구법인은 성실납세자로 추정되고 불이익받지 않을 권리가 있음이 분명하다. 처분청이 이를 번복하려면, 그것이 가능한 정도의 직접증거 없이는 뒤집을 수 없다.

그러나, 처분청은 거래처세무서의 주관적 판단자료만을 근거로 직접적 증거나 합리적인 이유 없이 본 건 처분함으로써 법률에 따라 성실납세자로 추정되는 납세자의 권리를 짓밟은바, 이는「국세기본법」제81조의2에 권리헌장으로 고시한 납세자의 권리를 침해한 것이고,「국세기본법」제19조에 정한 세무공무원의 재량의 한계를 일탈한 경우에 해당하여 본 건 처분은 취소되어야 한다.

<쟁점③ 관련>

다. 본 건 처분은 중복조사금지원칙을 위반하여 취소되어야 한다.

1) ‘다른 목적을 위하여 세무조사권을 남용한 경우’에 해당함

녹취록에 의하면, 홍길동의 세금면탈을 위하여 다른 사람들이 개입한 정황이 명백하게 드러나므로 본 건 처분은 ‘다른 목적을 위하여 세무조사권을 남용한 경우’에 해당하여 취소되어야 한다.

2) 중복조사로서 세무조사권남용에 해당하므로 취소되어야 함

청구법인은「국세기본법」제81조의4【세무조사권 남용 금지】제2항 각 호의 사유 어디에도 해당하지 않으므로 재조사를 할 수 없는바, 이는 명백한 중복조사로서 세무조사권남용에 해당함이 명백하므로 취소되어야 한다.

<쟁점④ 관련>

라. 과세요건사실이 입증되지 않아 근거과세원칙을 위반하였으므로 취소되어야 한다.

‘원재료 투입 없는 매출’에 대하여 처분청이 입증책임 있는바, ① 원재료 없이 제품생산이 가능하다거나, ② 홍길동이 아닌 제3자로부터 쟁점금액을 매입했다거나, ③ 타인으로부터 공짜로 얻은 원재료를 투입했다는 점이라도 증명되어야 할 것이므로, 이에 대한 입증 없이 과세한 본 건 처분은 증거 없는 과세처분이므로 근거과세원칙을 위반하였으므로 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

<쟁점① 관련>

가. 청구법인 대표자 대표자가 쟁점거래를 부인한 거래처세무서 조사내용 등을 근거로 쟁점금액을 원가부인한 본 건 처분은 정당하다.

1) 청구법인 대표자 대표자가 쟁점거래를 부인함

가) 처분청은 당초 조사 시 쟁점금액을 원가를 인정하여 거래처세무서에 통보하였으나, 거래처세무서에서 홍길동에 대한 조사 시 청구법인 대표자 대표자가 2017.9.21.자 확인서에서 “2014.1.1.부터 2014.12.31.까지 홍길동과 쟁점거래를 한 사실이 없으며, 어음과 당좌수표를 **은행 **동지점에서 현금으로 바꿀 때 홍길동의 명의를 빌려 이서하게 하고 현금을 처남인 배처남(당시 청구법인의 부장)이 사용한 것으로 알고 있다”라고 확인하여, 쟁점거래에 대한 처분청의 당초 원가 인정을 청구법인의 대표자가 직접 부인하였다.

나) 대표자는 또한 2017.10.27.자 문답서에서도 “법인업무를 총괄 관리·지배 ·운영하는 대표자로서 쟁점거래에 대하여 매입처 홍길동을 알지 못하고, 금융거래에 대한 구체적인 내용을 알지 못하며, 처남인 (고)배처남이 전반적인 업무를 했다”라고 답변하였다.

다) 거래처세무서 조사내용 중 “홍길동이 폐유를 매출한 사실이 없다고 강력 주장하고, 기름저장탱크 및 운송차량 등 폐유 매출관련 부대 장비가 전혀 없고, 매출대금 입금이 확인되지 않으며, 매출을 위한 매입도 확인할 수 없을 뿐만 아니라 금융거래 또한 수수료를 받고 돌려주었다.” 등 거래한 사실이 없다는 구체적인 진술이 있다.

2) 녹취록만으로는 쟁점거래의 근거가 될 수 없음

상기와 같이 쟁점거래 사실이 없다는 구체적인 진술이 있음에도, 청구법인이 정황증거라고 제출한 홍길동과 배우자 간 녹취록 통화내용만으로 쟁점거래가 실제 있었다는 근거가 될 수 없고, 쟁점거래를 하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

<쟁점② 관련>

나. 본 건 처분은 납세자의 권리를 침해한 사실이 없는 정상적인 업무처리로 정당하다

처분청의 당초 조사 시 청구법인이 홍길동으로부터 쟁점금액을 매입했다는 금융거래내역, 입고증 사본 등을 근거로 조사사무처리규정 제7조에 따라 납세자의 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여 매출원가로 손금 인정하였다.

그러나 거래처세무서의 거래처(홍길동) 조사 시 쟁점거래를 부인한 청구법인 대표자 대표자의 확인서, 문답서 및 조사내용 등 청구법인의 진실성에 반하는 입증자료가 제시됨에 따라 본 건 과세하였다.

따라서 세무공무원의 재량의 한계를 일탈한 것이 전혀 없으며 납세자의 권리 또한 침해한 사실이 없는 정상적인 업무처리로, 본 건 처분은 정당하다.

<쟁점③ 관련>

다. 처분청이 다시 세무조사를 실시하지 않고 통보받은 과세자료 내용에 따라 법인세를 재경정한 본 건 처분은 중복조사에 해당하지 않는다.

1) 절차를 거쳐 과세한 것으로 세무조사권을 남용하지 않았음

2016년 당초 조사 시 최소한의 범위 내에서 세무조사를 실시하였고, 2020년 본 건 처분 시 거래처세무서의 홍길동에 대한 조사를 통해 쟁점거래가 없었음이 확인되어 파생된 과세자료를 근거로 절차를 거쳐 과세한 것으로 세무조사권을 남용한 사실이 없다.

2) 통보받은 과세자료에 따라 경정하여 중복조사에 해당하지 않음

처분청이 청구법인의 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 다시 세무조사를 실시한 이력이 없으며, 통보받은 과세자료 내용에 따라 청구법인의 법인세를 재경정한 본 건 처분은 중복세무조사에 해당하지 않는다.

<쟁점④ 관련>

라. 처분청은 청구법인 대표자 대표자의 확인서 및 문답서, 거래처세무서 조사내용 등을 근거로 과세하였으므로 근거과세원칙을 위반하지 않았다.

처분청은 ‘가’항과 같이 홍길동에 대한 조사 시 청구법인 대표자 대표자가 직접 거래를 부인한 확인서, 문답서, 거래한 사실이 없다는 구체적인 진술 등 거래처세무서 조사내용을 근거로「국세기본법」제16조【근거과세】에 의하여 과세한 것으로 본 건 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부

2) (① 기각시) 납세자의 권리를 침해하였다는 청구주장의 당부

3) (① 기각시) 중복조사금지원칙을 위반하였다는 주장의 당부

4) (① 기각시) 근거과세원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

<쟁점① 관련>

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

2) 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

2-1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2-2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

3)법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

<쟁점② 관련>

4)국세기본법 제81조의16【국세청장의 납세자 권리보호】

① 국세청장은 직무를 수행함에 있어 납세자의 권리가 보호되고 실현될 수 있도록 성실하게 노력하여야 한다.

5)국세기본법 제19조【세무공무원의 재량의 한계】

세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다.

6)국세기본법 제81조의3【납세자의 성실성 추정】

세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

7)국세기본법 제81조2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】

① 국세청장은 제81조의3부터 제81조의16까지, 제81조의18 및 제81조의19에 규정된 사항과 그 밖에 납세자의 권리보호에 관한 사항을 포함하는 납세자권리헌장을 제정하여 고시하여야 한다. <개정 2017.12.19>

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부・서류 또는 그 밖의 물건을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 경우(｢조세범 처벌절차법｣에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 장에서 "세무조사"라 한다)

8)조사사무처리규정 제7조 (납세자의 성실성 추정)

조사공무원은 세무조사와 관련하여 「국세기본법」 제81조의3(납세자의 성실성 추정)에 따라 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

8-1)조사사무처리규정 제32조(부실과세의 방지)

① 조사공무원은 세무조사를 수행함에 있어 객관적인 사실에 근거하여 적법ㆍ공정하게 과세하여야 한다.

<쟁점③ 관련>

9)국세기본법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

10)국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조제1항제3호(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

<쟁점④ 관련>

11)국세기본법 제16조【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사・결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

다. 사실관계

1) 일자별 진행 내역 증빙 요약

본 건 일자별 주요 진행내역 및 증빙을 요약하면 다음 표와 같다.

2) 청구법인 법인세 신고내용

국세청 전산시스템(NTIS)에 따른 청구법인의 법인세 신고내용 중, 연도별 매출액, 재료비, 신고소득률 현황은 다음과 같고, 쟁점금액을 부인하는 경우 2014 사업연도 소득률은 39.2%이다.

* 매출액 16,630백만원 중 15,893백만원(95.5%)이 전기발전사업자인 상장법인 매출처㈜와의 거래임

3) 처분청의 청구법인에 대한 조사 내용(당초 조사, 2016.12.)

가) 처분청의 2016년 청구법인에 대한 조사종결보고서(조세범칙조사)에 따르면, 수입금액 누락 혐의는 없으며, 청구법인은 2014년에 홍길동 및 성명미상인으로부터 원재료(공급대가 9,669백만원)를 매입한 것에 대하여 당좌어음 4,300백만원을 지급하고 잔액 5,369백만원은 현금을 인출하여 매입대금을 지급한 것으로 소명하였고,

- 처분청은 매입대금 현금 인출액이 9,668백만원이며 현금흐름을 확인할 수 없으나, 청구법인의 소명내용대로 원재료 매입대금으로 판단하여 인적사항이 확인된 홍길동에게 6,072백만원 과세자료를 파생한 것으로 확인된다.

4) 거래처세무서의 홍길동 조사 내용(2017.11.)

가) 거래처세무서의 2017년 홍길동에 대한 세무조사 종결보고서에 따르면, 거래처세무서는 홍길동이 청구법인에게 쟁점금액을 매출한 사실이 없음을 확정하고, 2017.12.4. 쟁점거래 부인 자료를 처분청에 다시 파생하였으며,

- 위 조사보고서에는 홍길동은 청구법인(당시 상호명은 **산업주식회사, 2016.11.11. 현재의 상호로 변경됨)의 부장이던 배처남(대표자의 처남, 2015.9.17. 사망)의 부탁으로 약간의 수수료를 받고 청구법인이 발행한 어음(19장 4,300백만원)을 현금으로 교환한 후 현금을 배처남에게 되돌려 주었다는 내용 등이 기재되어 있다.

나) 위 조사보고서에는 “청구법인은 홍길동과 쟁점거래를 한 사실이 없다”는 내용의 대표자의 2017.9.21.자 확인서가 첨부되어 있다.

다) 한편 위 거래처세무서 조사 시, 대표자는 “위 2017.9.21.자 대표자 확인서는 잘못 써준 것이고, 쟁점거래가 없었다는 것은 사실이 아니다”는 취지로 문답을 하였다.

<2014년 입고증 사본 >

- 위 문답 내용 중 2014년 입고증 사본은 총 258매이며 아래와 같이, 입고일시, 회사명 홍길동, 입고수량, 인수자는 배처남(청구법인 부장)으로 기재되어 있다.

5) 본 건 처분 경위

가) 처분청이 제출한 법인세 해명자료 제출안내문 및 등기우편물 수령증원부에 따르면, 처분청은 거래처세무서의 홍길동에 대한 조사 내용 자료를 통보받고 2018.12.6. 청구법인에게 2014 사업연도 법인세 2,185,281,367원 과세 관련 해명자료 제출안내문을 등기우편 발송한 것으로 확인되며

- 처분청은 당시 청구법인이 거래사실을 입증하는 증빙자료를 제출하지 않아 과세자료 내용에 따라 본 건 처분하였다는 의견이다.

나) 국세청 전산시스템(NTIS)에 따르면, 처분청 등 과세관청이 청구법인에 대하여 실시한 세무조사의 종결 이력은 다음과 같으며, 본 건 처분과 관련하여 현장확인이나 세무조사가 실시된 이력은 조회되지 않는다. 6) 본 건 청구 시 청구인이 제출한 증빙

가) (녹취록) 청구법인은 직원 배우자와 홍길동 간 전화통화 녹취록(2020.2.14. 오전 10:39., **녹취사무소에서 정리함)을 제출하였으며, “홍길동 측의 요구로 대표자가 확인서를 써주었고, 청구법인이 쟁점금액 관련 당좌수표를 발행하고 홍길동이 가져갔다”는 취지의 내용 등이 기재되어 있다.

나) (대표자의 2020.2.7.자 사실확인서) 청구법인은 대표자의 2020.2.7.자 사실확인서를 제출하였으며, “청구법인은 홍길동과 거래를 하였고, 물품대금 입증으로 어음을 발행하였고, 홍길동 대리인의 조언에 따라 (고)배처남의 지시로 홍길동이 현금을 찾아 주었다는 확인서를 써준바, 사실관계를 재조사하여 달라”는 내용들이 기재되어 있다.

다) (금융거래명세) 청구법인은 2014년 원재료 매입액에 대한 금융거래내역 2매(총 21건 4,500백만원)를 제출하였으며, ‘NB현출’로 기재된 금액은 19건 4,100백만원이다.

라) (어음배서 사본) 청구법인은 관련 당좌수표 사본 19건을 제출하였으며, 뒷면에는 홍길동의 운전면허증 사본 또는 홍길동의 싸인이 기재되어 있다.

7) **지방국세청의 (유)거래처 조사 내용(2019.11.)

가) 청구법인이 제출한 위 2020.2.7.자 사실확인서 중 “6. 홍길동 2014년 이후 행위, 홍길동이 2019년 **지방국세청 세무조사에서 원료를 청구법인에게 납품하고 현금으로 찾아 갔다고 시인하여 현재 조사가 마무리 단계에 있는 것으로 알고 있다” 부분과 관련하여 심리부서에서 **지방국세청 조사1국에 확인한 내용은 다음과 같다.

나) **지방국세청 조사1국은 2019.9.3.부터 2019.11.27.까지 홍길동이 실사업자라고 판단한 (유)거래처(대표자 홍길동의 처, 2012.8.27. 개업, 운수업/화물, 홍길동의 처는 홍길동의 배우자)에 대한 세무조사 결과, (유)거래처가 2016년부터 2017년까지 청구법인에게 페유 등 4,168백만원 무자료매출하고 수입금액 신고누락한 사실을 확인하고,「조세범처벌법」제10조 제1항 세금계산서의 발급의무 위반으로 범칙심의 결과 홍길동과 위 법인을 고발하였고, **지방검찰청 거래처징청이 2020.2.18. 기소유예 처분하였다.
다) 위 조사 시 대표자의 주요 문답 내용에 따르면, 2016～ 2017년 거래분에 대한 증빙으로 유류매출입장부와 대금지급 수첩 사본을 제출하였다고 기재되어 있다.
라) 위 조사 시 청구법인의 생산팀장 ***은 2016년까지는 입고증을 만들었으나 분실되었고 2017년부터는 받지 않은 것으로 기재되어 있다.

마) 위 조사 시 홍길동의 문답내용에 따르면, 홍길동은 2014년부터 배처남을 통해 청구법인과 거래를 하였다는 취지로 진술하였다.

바) 위 문답내용에 나오는 2016～ 2017년 거래분에 대한 ‘유류매출입 장부, 대금지급내역 등이 적힌 수첩, 차량번호가 적힌 수첩’ 등에 대하여 청구법인의 요청으로 심리부서에서 **지방국세청에 요청하여 제출받은 증빙들은 다음과 같다.(생략)

8) 사전열람 후 청구법인이 추가 제출한 2014년 수첩 사진

청구법인은 이 건 사전열람(5차) 후 2020.5.26. 청구법인의 ‘2014년, 2015년 폐유 입출입 장부 사본’ 제목으로 ***의 업무수첩 사진 총 34매를 제출하였다.

라. 판단

1) 쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부

가) 관련 규정

(1)「법인세법」제19조 및 같은 법 시행령 제19조에 따르면, 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용은 법인의 손금으로 인정하는 것으로 규정되어 있다.

(2) 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 일차적으로 과세관청에 있다고 할 것(서울고등법원2009누5284, 2009.9.25.)이다.

나) 쟁점금액이 원재료비로 실제 지출되어 매출원가 인정 여부에 대한 판단

(1) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 쟁점금액 중 원재료비로 실제 지출된 금액은 매출원가로 인정하는 것이 타당하다.

① 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 일차적으로 과세관청에 있다고 할 것(서울고등법원2009누5284, 2009.9.25.)인데, 처분청은 쟁점거래를 부인하면서 청구법인이 쟁점금액의 원재료 투입 없이 매출을 발생시킨 점에 대한 명확한 설명이 부족하다.

② 처분청이 쟁점금액을 전액 부인하는 경우 청구법인의 2014년 신고소득률은 2.7%에서 39.2%로 증가되고 이는 다른 사업연도와 비교할 때 차이가 커, 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서 납세의무자의 입증이 없거나 불충분하다 하여 해당 필요경비를 영으로 보는 것은 경험칙에 반한다고 할 수 있다(대법원91누10909, 1992.7.28. 같은 뜻).

③ 비록 청구법인 대표자 대표자가 홍길동과 쟁점거래를 한 사실이 없다는 취지로 2017.9.21.자 확인서를 써 준 사실은 인정되나, 이후 이는 “홍길동 측의 요구로 써주었을 뿐, 실제 거래가 있었고 어음 등을 발행하였다”는 취지의 내용이 대표자의 2017.10.27.자 문답 내용, 홍길동과의 전화통화 녹취록 및 대표자의 2020.2.7.자 사실확인서에서 나타나고 있고, 과세전적부심사 이후 금융거래명세 및 어음배서 사본 등 증빙이 추가 제출되어 위 확인서만으로 쟁점금액을 부인하기는 어려워 보인다.

④ 한편, **지방국세청의 최근 조사에서 홍길동이 실사업자로 조사된 거래처(주)와 청구법인의 2016, 2017년 거래분에 대하여 실거래로 인정된 사실이 있고 그 근거증빙과 유사한 2014년 해당 유류매출입 관련 업무수첩 등 증빙이 추가로 제출되었다.

⑤ 상기의 점들을 종합하여 볼 때, 쟁점거래는 실거래 정황이 높아 청구법인의 원재료비로 실제 지출된 금액은 청구법인의 매출원가로 인정하는 것이 타당하나 심리부서에 제출된 증빙만으로는 구체적인 실거래 금액과 매입처를 특정하기 어려워 보인다.

(2) 따라서 홍길동 관련 폐유 매입액 6,679,480,000원의 구체적인 실거래 금액과 매입처를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 매출원가로 인정함이 타당하다고 판단된다.

2) 납세자의 권리를 침해하였다는 청구주장의 당부

앞서 쟁점①에서 재조사 결정이 되었으므로 본 쟁점은 심의제외한다.

3) 중복조사금지원칙을 위반하였다는 주장의 당부

앞서 쟁점①에서 재조사 결정이 되었으므로 본 쟁점은 심의제외한다.

4) 근거과세원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부

앞서 쟁점①에서 재조사 결정이 되었으므로 본 쟁점은 심의제외한다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

갑은 2000.3.31 ○○리조트의 이사로 선임 같은해 4.8일 등기되었으며, 2003.3. 27일 감사로 선임되어(같은달 31일 이사에서 퇴임) 2003.4.8. 등기됨.

○○리조트의 모기업 주식회사□□□□은 보유하고 있던 ○○리조트 주식 매각계획을 수립 ․ 입찰하였으며, 주식회사△△ 및 을이 ☆☆컨소시엄을 구성하여 입찰에 참가하고 이후 양해각서 및 고용안전협정을 체결한 후 주식매매계약체결함.

주식회사△△ 및 을은 양해각서 등에 의하여 주식매매계약일 현재 상근등기임원인 갑을 2010년도 정기주주총회일까지 상근등기임원으로서의 지위를 보장해주어야 할 의무가 있으나 이를 위반하여 비등기임원인 이사, 그것도 명목만 이사일 뿐 실제로는 그에 따른 권한과 책임이 부여되지 아니하게 발령하였으며, 갑이 그 직무수행을 정상적으로 하지 않는다는 등의 이유로 해임함

법원의 1심 판결 후 2심 조정에 갈음하는 결정조서에서 주식회사△△ 및 을은 위의 사유로 인하여 갑이 입은 손해를 배상할 책임이 있다고 판단. 재직당시 연봉 및 임원퇴직금 등을 고려하여 000백만원과 이에 대하여 2006.3.1.부터 이 사건 소장부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라고 결정하여,

주식회사 △△ 및 을이 2심 조정에 갈음하는 결정조서의 결정사항에 따라 갑에게 손해배상금 000백만원을 지급함에 있어 위 금액을 소득세법 제21조 기타소득으로 구분하고 원천징수한 후 지급함.

○ 질의내용

법원의 결정사항에 따라 을에게 지급한 손해배상금의 소득구분에 있어 기타소득으로 보아 원천징수함이 타당한지와 그 법적근거

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제21조 【기타소득】

① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ부동산임대소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ일시재산소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득ㆍ양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (2000. 12. 29 개정)

10. 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금

○ 소득세법 시행령 제41조 【저작권사용료 등의 범위】

③ 법 제21조 제1항 제10호에서 "위약금 또는 배상금"이라 함은 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 손해배상으로서 그 명목 여하에 불구하고 본래의 계약의 내용이 되는 지급 자체에 대한 손해를 넘는 손해에 대하여 배상하는 금전 또는 기타 물품의 가액을 말한다. 이 경우 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 반환받은 금전 등의 가액이 계약에 의하여 당초 지급한 총금액을 넘지 아니하는 경우에는 지급 자체에 대한 손해를 넘는 금전 등의 가액으로 보지 아니한다. (2000.12.29. 개정)

○ 소득세법 기본통칙 21-1 【기타소득의 범위】

④ 법 제21조 제1항 제10호에 규정하는 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금에는 다른 소득에 속하지 아니하는 것으로서 다음 각호의 것을 포함한다. (97.4.8. 개정)

2. 채권자가 채무자의 금전채무 불이행에 대하여 손해배상금청구의 소를 제기하고 그 손해를 배상받게 되는 경우의 지연배상금

3. 부동산 매매계약 후 계약 불이행으로 인하여 일방 당사자가 받은 위약금 또는 해약금

4. 퇴직금 지급청구소송을 제기하여 퇴직금과 지급지연 손해배상금을 받는 경우에 있어서 당해 지급지연 손해배상금

5. 임기가 정하여진 법인의 임원이 임기만료 전에 정당한 이유 없이 해임됨으로써 상법 제385조 제1항의 규정에 의하여 손해배상을 청구하여 퇴직금과 별도로 손해배상을 지급받는 경우 동 손해배상금. 다만, 신분 및 인격에 대한 손해배상금은 제외한다.

○ 소득세법 기본통칙 16-2【손해배상금에 대한 법정이자의 소득구분】

법원의 판결 및 화해에 의하여 지급받는 손해배상금에 대한 법정이자는 법 제16조에 규정하는 이자소득으로 보지 아니한다. 다만, 위약 또는 해약을 원인으로 법원의 판결에 의하여 지급받는 손해배상금에 대한 법정이자는 법 제21조 제1항 제10호에 규정하는 기타소득으로 본다. (97.4.8. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

○ 서면1팀-801, 2007.06.13

【질의】

Ｏ 당사의 전 대표이사 임기는 2003년 3월말까지였으나 재임기간 중인 2001년 3월 임시 주총에서 대표이사 및 이사직에서 해임되었으며, 이에 동 대표이사는 정당한 사유 없이 해임되었다는 이유로 법원에 소송을 제기하여 법원에서 다음과 같이 판결함.

- 당사와 대표이사 사이에 체결된 계약상 “회사가 대표이사의 직무를 중지시키는 경우” 동 대표이사가 지급 받을 수 있는 ① 잔여임기에 대한 보수(○○○백만원) 및 대표이사 해임으로 인한 보수 상당액에 대해 ② 사건 소장 송달 다음날부터 회사가 이행 의무의 존부와 범위에 관하여 항쟁함이 상당한 판결 선고일까지는 연 5％, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20％의 비율에 의한 지연손해연금을 지급함.

- 또한 당사는 임원 퇴직급여지급규정에 의하여 계속 근무연수 8년으로 계산한 퇴직금 ○○○백만원을 동 대표이사에게 이미 지급하였음.

Ｏ 이 경우 법원의 판결에 의해 대표이사에게 지급하는 해임시점부터 원래 임기 만료일까지의 보수와 지연손해금의 소득구분(근로소득, 기타소득, 퇴직소득 여부)

【회신】

귀 질의의 경우 임기가 정하여진 법인의 임원이 임기만료 전에 정당한 이유 없이 해임됨으로써 상법 제385조 제1항의 규정에 의하여 손해배상을 청구하여 퇴직금과 별도로 지급받는 손해배상금과 위약 또는 해약을 원인으로 법원의 판결에 의하여 지급받는 손해배상금에 대한 법정이자 및 지연손해금은 「소득세법」 제21조 제1항 제10호에 규정하는 기타소득에 해당하는 것임.

다만, 신분 및 인격에 대한 손해배상금은 과세대상에서 제외되는 것임.

○ 서면1팀-1034, 2006.07.24.

【질의】

(사실관계)

ｏ 다국적기업(A)의 국내투자법인인 대표이사(갑)의 임기는 2007.12.29.까지였으나 재임기간 중인 2005.8.1. 임시주주총회에서 이사직에서 해임되었으며, 동 대표이사는 정당한 사유 없이 해임하였다는 이유로 법원에 소송을 제기하여 대표이사가 임기 만료시까지 재직하였다면 수령할 수 있었던 급여 상당액과 임원 퇴직금지급규정에 따라 임기 만료로 퇴직하는 경우 수령할 수 있었던 퇴직금 상당액을 지급하라는 판결을 받음.

ｏ 또한 대표이사 해임으로 인한 급여 및 퇴직금 상당액에 대해 사건 소장 송달 다음날로부터 회사가 이행 의무의 존부와 범위에 관하여 항쟁함이 상당한 판결 선고일까지는 민법에서 정한 연 5％와 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에 정한 연 20％의 지연손해금을 지급할 의무가 있음.

(질의요지)

ｏ 위의 경우 해임시점(2005년 8월)부터 원래 임기만료일(2007년 12월)까지 지급한 급여가 근로소득 또는 퇴직소득인지 아니면 판결일을 기준으로 판결일 이후 지급받은 급여는 기타소득인지 여부 및 귀속시기가 도래하지 않은 2006년∼2007년 급여를 미리 지급받는데 이것도 근로소득인지 여부

ｏ 만약 지급된 급여가 근로소득이라면 귀속자(갑)의 근로소득 귀속시기는 언제인지 여부(해고기간인 2005년부터 2007년까지를 말하는 것인지 여부)와 연말정산을 귀속시기인 2005년, 2006년, 2007년에 귀속시기 도래시 각각 해야하는지 여부

ｏ 퇴직시기에 따라서 퇴직금을 퇴직소득과 기타소득으로 구분할 수 있을 것으로 판단되는데 이 경우 퇴직일을 언제로 볼 것인지 여부

【회신】

귀 질의의 경우 임기만료전 해임된 임원이 지급받는 손해배상금 등의 소득구분은 「소득세법」 기본통칙 21-2 ［기타소득의 범위］ 제4항 제5호의 규정을 참고하기 바라며, 법인의 이사가 「상법」 제385조 제1항의 규정에 의하여 주주총회의 결의에 의해 해임된 경우 당해 이사의 현실적인 퇴직일은 동 규정에 의한 주주총회 결의일이 되는 것임.

○ 서면1팀-543, 2006.04.28.

재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약을 원인으로 지급받는 위약금과 배상금은 소득세법 제21조 제1항 제10호의 규정에 의하여 기타소득에 해당하는 것으로,

귀 질의의 경우 해고기간 동안의 임금상당액과는 별도로 법원의 판결에 의하여 지급받는 손해배상금과 동 손해배상금을 본래의 지급기일을 초과하여 지급받음으로써 추가로 지급받는 지연이자상당액은 소득세법 제21조 제1항 제10호의 규정에 의한 기타소득에 해당하며, 다만 부당해고 등에 따른 명예훼손이나 정신적인 고통에 대한 배상 또는 위자료와 같이 신분 및 인격에 대한 손해배상금은 과세대상에서 제외되는 것임.

○ 서면1팀-498, 2005.05.11.

귀 질의의 “가산보상금”은 회사와 노동자간의 단체협약에 의하여 지급 되는 것이므로 해당 부당해고자에 대한 명예훼손이나 정신적인 고통에 대한 배상 또는 위자료로서 지급받는 것이라는 특단의 사정이 없는 이상 기타소득에 해당하고, 동 “가산보상금”에 대한 지연이자 상당액으로서 판결에 의하여 지급받는 법정이자도 기타소득에 해당하는 것임.

○ 서일-1, 2005.01.03.

퇴직금의 지급지연에 대한 손해배상금을 부당이득반환청구에 의하여 지급받는 경우 동 손해배상금은 계약의 위약으로 인하여 받는 배상금으로서 소득세법 제21조 제1항 제10호의 기타소득에 해당하는 것이며, 거주자에게 기타소득금액을 지급하는 자는 같은 법 제129조의 규정에 의하여 기타소득금액의 100분의 20을 소득세로 원천징수하여야 하는 것임.

○ 서일46011-11490, 2003.10.22.

거주자가 급여 또는 퇴직금의 지급청구소송을 제기하여 일부 또는 전부 승소함에 따라 법원의 판결에 의하여 지급받는 금액은 판결이유 등 구체적인 사실을 확인하여 각각 퇴직소득과 근로소득으로 보아 원천징수를 하는 것이고, 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금․손해배상금 및 법정이자에 해당하는 금액은 기타소득으로 보아 원천징수를 하는 것임.

○ 재소득46073-34, 2002.01.24.

법원의 판결에 의하여 보험회사로부터 지급받는 지급지연손해금은 재산권에 관한 계약의 위약으로 인하여 받는 손해배상인 것이므로 소득세법 제21조 제1항 제10호의 기타소득의 해당하여 소득세가 과세되는 것임.

○ 서면1팀-1, 2005.01.03.

퇴직금의 지급지연에 대한 손해배상금을 부당이득반환청구에 의하여 지급받는 경우 동 손해배상금은 계약의 위약으로 인하여 받는 배상금으로서 소득세법 제21조 제1항 제10호의 기타소득에 해당하는 것이며,

거주자에게 기타소득금액을 지급하는 자는 같은법 제129조의 규정에 의하여 기타소득금액의 100분의 20을 소득세로 원천징수하여야 하는 것임.

○ 서면1팀-1419, 2005.11.23.

귀 질의의 경우 법원의 판결에 의하여 추가로 지급받는 공공용지 토지보상대금에 대한 법정이자 및 지연손해금은 소득세법 제21조 제1항 제10호의 기타소득의 해당하는 것이며, 공공용지 토지보상대금을 추가 회수하기 위하여 지급한 변호사 선임료ㆍ성공사례금 및 소송수행비용 등은 기타소득(법정이자 및 지연손해금)의 총수입금액에 대응하는 필요경비에 해당하지 아니하는 것임.

○ 대법2004두3984, 2006.01.12.

소득세법 시행령 제41조 제3항이 법 제21조 제1항 제10호 소정의 “위약금 또는 배상금”을 ‘재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 손해배상’으로 제한하고 있는 취지는, 생명ㆍ신체 등의 인격적 이익이나 가족권 등 비재산적 이익의 침해로 인한 손해배상 또는 위자료 등과 같이 금전채권 자체가 소득세의 과세대상이 되지 않는 경우에는 이에 대한 지연손해금도 과세대상으로 삼지 아니하려는데 있다고 봄이 상당하다.

1. 사실관계 및 질의내용

O 사실관계

- 개인병원을 20년 이상 운영해온 아버지(의사)로부터 아들(의사 아님)이 병원을 가업승계 받고자 함

- 현재 병원의 직원은 약 170여명이며, 연간 매출액은 150억 가량으로 상속이 개시되는 시점에도 유사한 규모가 유지될 것으로 예상

O 질의내용

- 며느리(아들의 배우자)가 의사로 근무하는 경우로서 상증법에서 정하는 요건(상속인의 배우자가 가업종사, 임원 등 취임요건 충족)과 기타 사후관리 요건을 모두 충족하는 경우에 의사가 아닌 아들에게 가업상속공제 혜택이 가능한지

2. 질의 내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

○ 상속세 및 증여세법 제18조 【기초공제】

① (생략)

② 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1>

1. 가업[대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 항 및 제5항에서 "중소기업"이라 한다) 또는 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업(상속이 개시되는 사업연도의 직전 사업연도의 매출액이 3천억원 이상인 기업 및 상호출자제한기업집단 내 기업은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 피상속인이 10년 이상 계속하여 경영한 기업을 말한다. 이하 같다]의 상속(이하 "가업상속"이라 한다): 가업상속 재산가액에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 200억원을 초과하는 경우에는 200억원을 한도로 하되, 피상속인이 15년 이상 계속하여 경영한 경우에는 300억원, 피상속인이 20년 이상 계속하여 경영한 경우에는 500억원을 한도로 한다.

(이하 생략)

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제15조 【가업상속】

(중간 생략)

④ 법 제18조제2항제1호에 따른 가업상속은 피상속인 및 상속인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에만 적용한다. <개정 2009.2.4, 2010.2.18, 2013.2.15, 2014.2.21>

1. 피상속인이 가업의 영위기간 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기간을 대표이사(개인사업자인 경우 대표자를 말한다. 이하 이 조 및 제16조에서 "대표이사등"이라 한다)로 재직한 경우

가. 100분의 50 이상의 기간

나. 10년 이상의 기간(상속인이 피상속인의 대표이사등의 직을 승계하여 승계한 날부터 상속개시일까지 계속 재직한 경우로 한정한다)

다. 상속개시일부터 소급하여 10년 중 5년 이상의 기간

2. 상속인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 경우(상속인의 배우자가 가목ㆍ나목 및 라목의 요건을 모두 갖춘 경우에는 상속인이 그 요건을 갖춘 것으로 본다)

가. 상속개시일 현재 18세 이상인 경우

나. 상속개시일 전에 2년 이상 직접 가업에 종사(상속개시일 2년 전부터 가업에 종사한 경우로서 상속개시일부터 소급하여 2년에 해당하는 날부터 상속개시일까지의 기간 중 제6항제2호다목에 따른 사유로 가업에 종사하지 못한 기간이 있는 경우에는 그 기간은 가업에 종사한 기간으로 본다)한 경우. 다만, 피상속인이 60세 이전에 사망하거나 천재지변 및 인재 등 부득이한 사유로 사망한 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 상속인 1명이 해당 가업의 전부[「민법」 제1115조에 따른 유류분 반환청구에 따라 다른 상속인이 받았거나 받을 상속재산(이하 이 조에서 "유류분상속재산"이라 한다)은 제외한다]를 상속받은 경우

라. 상속세과세표준 신고기한까지 임원으로 취임하고, 상속세 신고기한부터 2년 이내에 대표이사등으로 취임한 경우

주 문

심판청구를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 ○○○ 대지 305.9㎡위에 주택(지하 1층, 지상 2층) 연면적 655.23㎡(이하 대지와 주택을 합하여 “쟁점주택”이라 한다)을 1995.8.1. 신축하여 보유하다가 2006.12.29. ○○○에게 양도하고 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인이 양도할 당시 쟁점주택이 건축물대장의 기재와 같이 다세대주택으로, 그 양도 당시 청구인 세대가 2주택 이상을 소유하였다 하여 쟁점주택 가운데 청구인이 거주한 3층 1호(302호)에 대하여는 1세대 1주택으로 비과세하고, 나머지 주택에 대하여는 2009.8.12. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 11,918,240원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.10. 이의신청을 거쳐 2009.11.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건 주택은 1995.8.1. 준공되어 단독주택으로 등기되었고, IMF 외환위기를 맞은 이후 집주인의 재산권 보호를 위해 다가구주택을 다세대주택으로 변경하기 위한 시민운동이 생겨 1999.10.20.자로 다세대주택으로 전환하고 청구인이 2006.12.29. 당해 주택(쟁점주택)을 양도하였을 뿐이다. 따라서, 이 건 주택을 양수한 사람이 이를 다시 다가구주택으로 변경등기하고, 쟁점주택이 한 사람에게 일괄하여 매매가 이루어지는 등, 실질적으로는 다가구주택이었으므로 청구인은 1세대 1주택에 해당하는 바, 1세대 1주택 비과세 규정에 따라 이 건 당초 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점주택의 건축물 형태 등에 관하여 건축물대장 등을 보면 다가구주택에서 다세대주택으로 변경되었고, 전기와 도시가스 공급 등도 세대별로 이루어지는 등, 쟁점주택은 다세대주택임이 분명하다 할 것인 바, 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택을 다가구주택으로 보아 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령 등

(1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

(2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(각호 생략)

제155조 【1세대 1주택의 특례】 ⑮ 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 다가구주택(이하 “다가구주택”이라 한다)을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다.

(3) 소득세법 시행규칙 제74조 【다가구주택】 영 제155조 제15항에서 “재정경제부령이 정하는 다가구주택”이라 함은 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다.

(4) 건축법 시행령 [별표 1] 용도별 건축물의 종류(제3조의4관련)

1. 단독주택(가정보육시설·공동생활가정 및 재가노인복지시설을 포함한다)

다. 다가구주택 : 다음의 요건 모두를 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

(1) 주택으로 쓰이는 층수(지하층을 제외한다)가 3개층 이하일 것. 다만, 1층 전부를 피로티구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 피로티부분을 층수에서 제외한다.

(2) 1개동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(지하주차장 면적을 제외한다)의 합계가 660제곱미터이하일 것

(3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것

2. 공동주택(가정보육시설·공동생활가정 및 재가노인복지시설을 포함한다). 다만, 다음 각 목의 경우 층수를 산정함에 있어서 1층 전부를 피로티 구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 피로티 부분을 층수에서 제외한다.

다. 다세대주택 : 주택으로 쓰이는 1개 동의 연면적(지하주차장 면적을 제외한다)이 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개층 이하인 주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.12.29. 쟁점주택을 ○○○에게 양도하였고 이에 대하여 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 당해 주택이 건축물대장의 기재와 같이 다세대 주택으로서, 청구인 세대가 2주택 이상을 소유하였다 하여 쟁점주택 가운데 청구인이 거주한 3층 1호(302호)에 대하여는 1세대 1주택으로 비과세하고, 나머지 주택에 대하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(2) 쟁점주택의 건축물대장 등에 의하면 1999.10.20. 단독주택에서 다세대주택으로 전환되어 신규작성되고 이러한 상태에서 청구인이 쟁점주택을 양도(2006.12.29.)하였으며, 이후 2008.7.18. 공동주택(다세대주택-13세대)에서 단독주택(다가구주택-13가구)으로 건축물대장이 합병된 것으로 되어 있다.

쟁점주택의 각 호인 제101호, 제102호 등의 집합건물 (폐쇄)등기부등본에 의하면 그 각각의 호가 2006.12.29. 청구인으로부터 ○○○에게 소유권이전된 것으로 기재되어 있다.

(3) 처분청은 쟁점주택의 도시가스와 전기공급이 세대별로 이루어졌다고 확인하면서, 관련 ○○○의 문서 등을 제시하였고, 또한 쟁점주택의 103호, 201호, 202호, 303호 등 각 호에 대하여 임대인이 청구인으로 기재된 월세(전세)계약서를 제시하였다.

(4) 청구인에 대한 이의신청 결정서(○○○)에 의하면, 심리기간 중 쟁점주택에 출장하여 확인한 결과 쟁점주택은 전기계량기, 우편함, 출입문 등이 세대별로 각각 독립적으로 되어 있는 등, 쟁점주택의 경우 각 세대별로 구분하여 독립적으로 거주할 수 있도록 구획되어 있어 각 층별, 각 호별로 별도의 거래가 이루어질 수 있는 구조로 되어 있는 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구인은 쟁점주택을 다가구주택으로 보아 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다고 하면서, ‘임차권, 가압류, 전세권 설정 등이 구분등기에 큰 불이익을 가져오므로 이러한 것들이 설정되기 전에 구분등기를 빨리 하셔야 됩니다’ 등이 기재된 안산시민의 모임 안내문, 건축물 현황도, 쟁점주택 양도에 대한 청구인과 ○○○간의 부동산 매매계약서(2006.11.18.) 등을 제출하였다.

(6) 살피건대, 「소득세법」상 양도소득세 비과세 요건을 충족하는지 여부에 대한 판정은 양도하는 주택의 양도일 현재의 상황을 기준으로 하여야 하는 것으로, 건축물대장을 보면 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택은 세대별로 구분등기가 가능하고 분할양도가 가능한 「건축법」상 공동주택인 다세대주택으로 등재된 사실이 나타나고, 쟁점주택의 각 호인 제101호, 제102호 등의 등기부등본에서도 그 각각의 호가 청구인의 소유로 구분등기된 후 ○○○에게 소유권이전된 것으로 나타나는 점 등을 고려할 때, 쟁점주택을 다가구주택으로 보아 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.