세법저장소

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사건번호	제목	요지
대법2016두62726	원고는 이 사건 사업장에 대하여 직원들 명의로 사업자등록을 하였을 뿐 이를 직접 운영하면서 부가가치세를 신고ㆍ납부하였으므로, 이 사건 사업장의 매입과 관련하여 발급받은 이 사건 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자’의 등록번호는 원고의 등록번호로 보아야 할 것인바, 이 사건에서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니함
대전고법2016누12170	세금계산서에 기재된 매입세액을 공제하도록 규정한 취지는 거래당사자 사이에서 특정 과세기간에 상호 거래가 있었다는 사실이 노출되도록 함에도 중요한 의의가 있으므로, 공급받는 자의 등록번호를 사실과 다르게 기재한 세금계산서의 매입세액은 불공제 대상임
대전지법2015구합105222	세금계산서에 기재된 매입세액을 공제하도록 규정한 취지는 거래당사자 사이에서 특정 과세기간에 상호 거래가 있었다는 사실이 노출되도록 함에도 중요한 의의가 있으므로, 공급받는 자의 등록번호를 사실과 다르게 기재한 세금계산서의 매입세액은 불공제 대상임. 실질적으로 원고가 자신 소유의 사업장에서 사업을 하면서 단지 사업자등록의 명의만을 직원들의 명의로 해 놓은 것에 불과하기 때문에 사업자등록의 주체는 원고이고, 이는 ‘타인의 명의로 사업자등록을 한 행위’에 해당함이 명백하므로 명의위장등록가산세 부과처분은 정당함
조심-2015-전-1512	청구법인의 직원 중 성과가 우수한 직원을 직영가맹점의 지점장으로 발령한 후 그 직원 명의로 사업자등록을 하고 개인사업장으로 부가가치세 신고 등을 한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 명의위장등록가산세를 과세한 처분은 잘못이 없음	청구법인의 직원 중 성과가 우수한 직원을 직영가맹점의 지점장으로 발령한 후 그 직원 명의로 사업자등록을 하고 개인사업장으로 부가가치세 신고 등을 한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 명의위장등록가산세를 과세한 처분은 잘못이 없음
조심-2015-전-0229	청구법인의 직원명의 사업장을 명의위장 사업자로 보아 매입세액을 불공제하고 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부	「부가가치세법」상 사업자가 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 점, 청구법인은 쟁점사업장을 청구법인의 직원명의로 등록을 하여 사업을 영위하였으므로 미등록상태로 볼 수 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

 

 

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1. 조심-2015-전-0229

 

주 문

심판청구를 기각한다.

 

이 유

 

1. 처분개요

 

가. 청구법인은 2002.10.2.부터 소규모사업자의 OOO를 대행하는 법인사업자로 전국의 32개 직영사업장을 지점법인으로 등록하지 아니하고 직원명의의 개인사업자로 등록을 하여 동 사업장(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 세금계산서를 수수하고 관련 부가가치세를 각 신고·납부하였다.

 

나. 처분청은 2012.11.29.부터 2013.4.6.까지 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인을 쟁점사업장의 실사업자로 하여 쟁점사업장에서 교부받은 세금계산서의 매입세액을 청구법인의 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 경정하였다.

 

다. OOO은 2013년 12월 처분청에 대한 정기종합감사를 실시하여 쟁점사업장에서 수취한 세금계산서 사실과 다른 세금계산서로 보아 2008년 제1기분부터 2013년 제1기분까지 공급가액 OOO원의 세금계산서에 대한 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제하고 부당과소신고가산세 및 신고·납부불성실가산세를 적용하여 2014.8.22. 청구법인에게 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

 

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.18. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점사업장의 부가가치세 신고시 각 사업장별로 수취한 매입세금계산서에 의거 매입처별세금계산서합계표를 제출하였고, 필요적 기재사항을 부실기재한 사실이 없음에도 실사업자인 청구법인의 부가가치세를 경정하면서 각 사업장별 매출세액에서 쟁점매입세액을 불공제하는 것은 각 사업장별 용역의 공급과정에서 발생된 부가가치가 아니라 매출액 전체를 과세표준으로 삼아 부가가치세를 과세하는 결과가 되어 부가가치세 과세원리에 반하는 부당한 처분이다.

(2) 청구법인이 쟁점사업장에 대하여 명의위장하였더라도 ➀ 청구법인이 매입세액을 부담하면서 매입세금계산서를 수취하였고 그에 따라 매입처별세금계산서합계표를 제출하면서 거래처별 등록번호·공급가액·작성연월일 등 필요적 기재사항에 관하여 부실기재한 사실이 없으며, ② 비록 쟁점사업장의 매입세금계산서의 ‘공급받는 자의 성명’란에 청구법인이 아닌 명의대여자가 기재되어 있으나 이는 필요적 기재사항에 해당되지 않으므로 쟁점매입세액의 불공제는 법률적 근거가 없으며, ➂ 청구법인이 쟁점사업장의 실제 사업자임에도 실제 부담한 매입세액을 공제하지 않는 것은 부가가치가 아닌 매출액을 과세표준으로 삼아 부가가치세를 과세하는 결과가 되어 부가가치세 제도의 기본원리에도 명백하게 반하는 것이다.

 

나. 처분청 의견

(1) 사업자가 타인명의를 이용하여 일반과세자로 등록한 후 실제 사업을 영위하면서 명의를 대여한 타인명의로 교부받은 세금계산서의 매입세액은 실질사업자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이고(기획재정부 부가가치세제과-616, 2010.10.1.),「부가가치세법 기본통칙」 22-0-1은 명의위장사업자가 미등록상태에서 타인명의로 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고·납부를 한 경우에 적용하라고 되어 있는 등 사업자가 실제 사업을 영위하면서 타인명의로 교부받은 세금계산서의 매입세액을 실질사업자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 부가가치세법령에 부합한다.

(2) 처분청이 국세청 과세기준자문을 신청한 결과,「부가가치세법」제2조에 따라 사업자등록을 한 법인사업자가 직원명의를 이용하여 개인사업자로 등록 후 실제 사업을 영위하면서 개인사업자 명의로 발급받은 세금계산서의 매입세액은 실사업자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이라고 한바, 이 건 과세는 부가가치세제도의 기본원리에 어긋나지 아니하는 정당한 처분이다.

 

3. 심리 및 판단

 

가. 쟁점

청구법인의 직원명의 사업장을 명의위장 사업자로 보아 매입세액을 불공제하고 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부

 

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

(3) 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

(4) 부가가치세법 제4조 【신고·납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

(5) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

(6) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 김액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(7) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

 

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2010.10.2.부터 충청남도 OOO를 대행하는 법인사업자로, 전국의 지역별로 38개의 가맹점(직영 32개, 비직영 6개)을 두고 업종·상호별 전화번호부를 발행·배포하는 사업을 영위하면서, 가맹점별로 법인의 지점이 아닌 개인사업자로 등록을 하고 각 가맹점별로 매출·매입세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

(2) 처분청은 2012.11.29.부터 2013.4.6.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점사업장을 명의대여사업자로 청구법인을 실사업자로 하여 부가가치세를 경정하면서 쟁점매입세액은 공제를 인정하되, 쟁점사업장의 공급가액에 대하여 명의위장등록가산세를 적용하여 2014.3.12. 청구법인에게 2008년 제1기～2013년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세(가산세) OOO원을 각 경정․고지하였다.

(3) OOO은 2013년 12월 처분청에 대한 업무감사를 실시하여 청구법인의 쟁점사업장에서 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세를 적용하도록 처분청에 시정요구를 하였고, 처분청은 이에 따라 2014.8.22. 청구법인에게 아래〈표〉와 같이 이 건 부가가치세 OOO원(부당과소신고 및 납부불성실가산세 포함)을 재경정․고지하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」상 사업자가 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 이 경우 필요적 기재사항에는 ‘공급받는 자의 등록번호’가 포함되는 것으로 되어 있는 점, 쟁점사업장을 청구법인의 직원명의로 등록을 하여 사업을 영위하여 미등록상태로 볼 수 없는 점, 명의위장사업자의 사업자등록번호가 기재된 세금계산서는 세금계산서의 필요적 기재사항인 ‘공급받는 자의 등록번호’를 사실과 다르게 기재한 세금계산서라고 할 것인 점 등에 비추어 청구법인을 실질사업자로 보아 부가가치세를 경정하면서 쟁점사업장의 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

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2. 조심-2015-전-1512

 

주 문

심판청구를 기각한다.

 

이 유

 

1. 처분개요

 

가. 청구법인은 2010.10.2.부터 OOO을 영위하는 법인사업자로, 전국의 지역별로 38개의 가맹점(직영 32개, 비직영 6개)을 두고 OOO하는 사업을 하면서 직영가맹점별로 법인의 지점이 아닌 직원명의의 개인사업자로 등록을 하고 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

 

나. 처분청은 2012.11.29.부터 2013.4.6.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 직영가맹점은 명의위장 사업장에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 법인세 및 부가가치세(명의위장등록가산세 제외)를 경정·고지하였다.

 

다. OOO은 2013년 12월중 처분청에 대한 정기종합감사를 실시하여 청구법인에게「부가가치세법」제22조 제1항 제2호에 규정한 가산세(이하 “명의위장등록가산세”라 한다)를 적용할 것을 지적하였고, 처분청은 이에 따라 2014.3.14. 청구법인에게 2008년 제1기～2013년 제1기 부가가치세(가산세) 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

 

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.3. 이의신청을 거쳐 2014.9.29. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

가. 청구법인 주장

청구법인의 직영가맹점들은 청구법인과 업무위탁계약 및 프랜차이즈사업 계약을 체결하고, 계약체결과 동시에 청구법인과 종속적인 고용관계가 아닌 계약상 대등한 관계가 형성되며, 점주는 청구법인의 전산시스템 및 관리지침을 따르고 있으나 이는 프랜차이즈 가맹점의 일반적인 사항이며, 청구법인에게 교육, 전산시스템의 이용, 대금결제대행 등에 대한 로열티를 지급하고 발생된 수익은 사업용계좌를 통하여 별도로 관리를 하는 등 직영가맹점의 책임하에 사업장을 운용하고 있는 것이므로 위 거래의 형태는「부가가치세법」제6조 제5항에 규정하고 있는 ‘위탁매매 및 대리’에 해당된다고 할 것으로 처분청이 적용한 명의위장등록가산세는 부당하므로 취소되어야 한다.

 

나. 처분청 의견

청구법인의 세무조사시 확보된 전산자료에 의해서도 확인된 것으로 청구법인이 지점사업장을 소속직원 개인명의로 위장등록하고 청구법인이 실제로 운영하였으므로 직영점은 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니한 타인의 범위에 해당한다 할 것으로「부가가치세법」제22조 제1항 제2호에 의거 명의위장등록가산세를 부과한 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

 

가. 쟁점

청구법인의 직원명의로 등록한 직영가맹점을 명의위장사업장으로 보아 명의위장등록가산세를 부과한 처분의 당부

 

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정된 것)

⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 부가가치세법 제22조 【가산세】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

2. 사업자가 대통령령이 정하는 타인의 명의로 제5조의 규정에 따른 등록을 하고 실제 사업을 영위하는 것으로 확인되는 경우 사업개시일부터 실제 사업을 영위하는 것으로 확인되는 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 지난 경우에는 그 과세기간을 말한다)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액

(3) 부가가치세법 시행령 제58조 【위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 발급】(2007.12.28. 대통령령 제20478호로 개정된 것)

① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 세금계산서를 교부하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의등록번호를 부기하여야 한다.

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

(4) 부가가치세법 시행령 제70조의3 【가산세】

① 법 제22조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 타인"이라 함은 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 자를 말한다. 다만, 사업자의 배우자 및 재정경제부령으로 정하는 자를 제외한다.

 

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO의 처분청에 대한 정기종합감사의 주요내용은 다음과 같다.

처분청이 청구법인의 2008～2011사업연도의 법인세 조세범칙 조사를 실시하면서 32개 지점사업장을 실제 운영해 왔음에도 사업자등록은 소속직원 개인 명의로 등록하여 명의위장사업을 운영한 사실이 확인되어 조세범칙행위에 대하여 통고 처분한 사실이 있으며, 실제 사업자에게 부가가치세 경정결의시 사업개시일부터 폐업일까지 공급가액에 가산세율(1%)을 곱하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 함에도 이에 대한 법령검토를 소홀히 하여 타인명의등록가산세 OOO원을 과소 부과한 사실이 있다고 되어 있고, 처분청의 이 건 부가가치세 경정결의서 등에 따르면 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지의 과세기간에 대해 명의위장등록가산세를 아래와 같이 과세한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 직영가맹점들이 업무위탁계약체결과 함께 자기의 책임하에 사업장을 운영하는 등 사실상의 위탁매매 및 대리에 해당하므로 명의위장등록가산세 적용대상이 아니라고 주장하고, 처분청은 세무조사과정에서 예산집행, 주요의사결정 및 지점장의 급여수령 사실 등이 확인되므로 실질적인 지점형태로 운영되었다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 직원 중 성과가 우수한 직원을 직영가맹점의 지점장으로 발령한 후 그 직원 명의로 사업자등록을 하고 개인사업장으로 부가가치세 신고 등을 한 점, 직영가맹점의 OOO이 작성한 확인서를 보면 청구법인의 지점장으로 근무하게 되면서 청구법인의 요청에 따라 본인 명의로 사업자등록을 한 후 근무해 왔을 뿐 본인의 사업을 위해 사업자등록을 한 것은 아니라고 확인한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 직원명의로 사업자등록한 직영가맹점을 명의위장사업장으로 보아 이 건 명의위장등록가산세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

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3. 대전지법2015구합105222

 

 

【주문】 

1. 원고의 청구를 기각한다. 

 

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

 

 

【청구취지】 

피고가 원고에 대하여 한 별지 부과처분내역 기재 2,305,671,640원의 부가가치세부과처분(가산세포함)을 모두 취소한다. 

 

 

【이유】 

1. 처분의 경위 

 

가. 원고는 2002. 10. 2.부터 소규모사업자의 생활형 광고대행업을 영위하는 법인사업자로서 전국에 지역별로 38개(직영 32개, 비직영 6개)의 가맹점을 두고 업종ㆍ상호별 전화번호부를 발행하여 배포하는 방식으로 사업을 영위하여 오고 있다. 

 

 

나. 원고의 가맹점은 ‘직영 가맹점’과 ‘비직영 가맹점’으로 구분되는데, 직영 가맹점은 원고가 직원을 파견하여 직원 명의로 개인 사업자등록을 하여 운영하는 가맹점(이하‘이 사건 사업장’이라 한다)이고, 비직영가맹점은 원고가 해당 가맹점 운영자에게 독자적인 운영권을 주고 사업을 영위하도록 하는 대신 원고가 그 가맹점 운영자로부터 수수료를 지급받는 방식으로 운영되는 가맹점이다. 이 사건 사업장의 등록현황은 다음과 같다. 

 

 

위와 같이 이 사건 사업장에 대하여 원고는 직영가맹점별로 직원 명의의 개인 사업자로 등록을 하고 그 사업자등록에 따라 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 

 

 

다. 피고는 2012. 11. 29.부터 2013. 4. 6.에 이르기까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 이 사건 사업장의 실제 사업자가 원고임을 전제로 이 사건 사업장의 각 매출ㆍ매입을 원고의 거래로 인정한 후 원고에 대하여 법인세 및 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘당초처분’이라 한다). 다만 이 사건 사업장의 매입거래에 대해서는 원고의 매입세액으로 공제를 인정하였다. 

 

 

라. 대전지방국세청장은 2013년 12월경 피고에 대한 업무감사를 실시하여 이 사건 사업장에 대하여 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제22조 제1항 제2호 소정의 명의위장등록가산세를 부과하고, 이 사건 사업장에서 2008년 1기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 다른 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)상 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하고, 나아가 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제47조의3 제2항 소정의 부당과소신고가산세와 국세기본법 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하도록 피고에게 시정요구를 하였다. 

 

 

마. 피고는 위 시정요구에 따라 원고에 대하여 [별지 1] 기재와 같이 2014. 3. 10. 당초 처분에 추가하여 명의위장등록가산세 411,880,610원을 부과(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)하였고, 2014. 8. 19. 당초처분 및 이 사건 제1처분에 추가하여 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 본세와 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세 합계 1,893,737,030원을 부과(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분을 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)하였다. 

 

 

바. 원고는 2014. 9. 29. 이 사건 제1처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2014. 11. 18. 이 사건 제2처분에 불복하여 2014. 11. 18. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015. 8. 12. 이 사건 제2처분에 대한 심판청구를, 2015. 8. 26. 이 사건 제1처분에 대한 심판청구를 각 기각하는 결정을 하였다. 

 

 

[인정근거] 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 

 

 

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부 

 

가. 원고의 주장 

 

1) 피고가 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액의 공제를 부인한 것은 타인 명의의 사업자등록의 효력에 관한 법리에 반할 뿐만 아니라, ‘공급받는 자의 등록번호’만을 필요적 기재사항으로 규정하고, ‘공급받는 자의 명칭’을 필요적 기재사항으로 규정하지 않은 구 부가가치세법 제16조 제1항 제2호의 입법취지에도 반하여 위법하다. 

 

 

2) 피고의 명의위장등록가산세 부과처분과 관련하여, 원고가 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지 본점에 대해서는 원고의 명의로 사업자등록을 하고, 이 사건 사업장에 대하여만 원고 명의가 아닌 소속 종업원 명의로 사업자등록을 한 행위는 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호 소정의 ‘대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 한 행위’가 아닌, 2014. 1. 1.자로 개정되어 시행된 개정 부가가치세법에 신설된 제60조 제1항 제2호 소정의 ‘타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하는 행위’에 해당하므로, 피고의 이 부분 부과처분은 조세법령 불소급원칙을 위반하여 이루어진 위법한 처분이다. 

 

 

3) 이 사건 세금계산서상 매입세액을 피고가 공제대상에서 제외한 것 자체가 위법하므로 이를 전제로 이루어진 과소신고가산세 및 납부불성실가산세 부과처분은 위법하지만, 가사 피고가 이 사건 세금계산서상 매입세액을 불공제한 것이 정당하다고 하더라도 원고가 이 사건 사업장을 종업원 명의로 등록한 행위가 부가가치세 과소신고에 관한 부당과소신고가산세의 적용요건인 ‘부당한 방법’ 또는 ‘부정행위‘에 해당한다고 볼 수 없으므로 피고가 부당신고가산세를 부과한 것은 위법하다. 

 

 

4) 피고가 원고에게 명의위장등록가산세를 부과한 것과 관련하여, 2008년 제1기분 부가가치세 20,910,510원, 2008년 제2기분 부가가치세 29,251,990원은 부과제척기간이 경과하여 위법한 처분이고, 매입세액 불공제를 전제로 한 부가가치세 부과처분과 관련하여 2008년 제1기분 부가가치세 106,627,500원, 2008년 제2기분 부가가치세 137,155,920원, 2009년 제1기분 부가가치세 182,810,290원은 부과제척기간이 경과하여 위법한 처분이다. 

 

 

나. 관계법령 

 

[별지 2] 기재와 같다. 

 

 

다. 판단 

 

1) 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 부과처분의 위법성 여부 

 

가) 구 부가가치세법 제17조 제1항은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하도록 규정하는 한편, 같은 조 제2항은 매입세액 중 납부세액 계산시 공제대상에서 제외되는 항목을 각 호로 열거하면서 제2호에 ‘발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ’필요적 기재사항‘이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다른 경우의 매입세액’을 규정하고 있고 위 필요적 기재사항과 관련하여 부가가치세법 제16조 제1항 제1호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’, 제2호는 ‘공급받는 자의 등록번호’ 제3호는 공급가액과 부가가치세액, 제4호는 ‘작성연월일’을 규정하고 있다. 

 

 

나) 구 부가가치세법 제17조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계사업자가 거래징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문은 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우에 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있고, 이는 실질과세의 원칙과는 별도로 부가가치세제 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위해 일종의 제재장치를 마련한 데 입법취지가 있다(＜대법원 2016. 2. 18. 선고, 2014두35706 판결 ; 대법원 2003. 12. 11. 선고, 2002두4761 판결＞ 등 참조). 따라서 실질적으로 세금계산서 기재와 같은 재화나 용역의 공급이 있었거나 그러한 세금계산서 발급의무가 없다고 하더라도 매입세액을 매출세액에서 공제할 것은 아니다. 한편 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에서 규정한 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ계산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의와 달리 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다. 

 

 

다) 원고는, 이 사건 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’가 실제 공급받는 자인 원고가 아닌 타인명의로 등록된 사업자등록상 등록번호라는 이유로 피고가 이 사건 세금계산서를 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 소정의 필요적 기재사항인 ‘공급받는 자의 등록번호’가 사실과 다르게 기재된 세금계산서라고 보아 매입세액을 불공제한 것에 대하여, 피고의 부가가치세 부과처분이 적법하려면 타인명의 사업자등록이 실제 사업자의 사업자등록으로서의 효력이 없어 그 사업자등록상 등록번호를 실제 사업자의 사업자등록번호로 볼 수 없음이 전제되어야 하는데, 사업자가 그 사업자등록과 관련하여 타인명의를 이용하였다고 하더라도 그것이 명의자가 아닌 실제 사업자의 사업장을 구성하는 효력을 갖는다는 점에서는 차이가 없고, 타인 명의의 사업자등록 역시 실제 사업자등록으로써 효력을 갖기 때문에 미등록가산세를 부과할 수 없는 이상, 실제 사업자가 타인명의로 사업자등록을 한 사업장에 관하여 거래상대방으로부터 세금계산서를 교부받고 법정기한 내에 부가가치세를 신고, 납부한다면 이와 관련한 매입세액은 공제받을 수 있다고 봄이 상당하다고 주장한다. 

 

 

이에 따라 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 실제 사업자인 원고의 매입세액으로서 공제하여야 하는지의 여부에 관하여 살피건대, 앞서 살펴본 바와 같이 부가가치세법 제17조 제2항 제1호는 사업자가 교부받은 세금계산서의 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 제16조 제1항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있다. 다만 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다)제60조 제2항 제2호에서는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 예외적으로 매입세액을 공제할 수 있도록 규정하고 있는바, 이와 같은 규정은 부가가치세가 내국세 수입의 막대한 부분을 차지하고 있을 정도로 국가재정수입의 기초를 이루고 있는 상황에서 이른바 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계상 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 담보할 목적 아래 마련된 일종의 제재규정이라 할 것이다. 

 

 

한편 갑 제1 내지 4호증, 을 제4 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 사업장에 대하여 의도적으로 지점장으로 발령한 직원 명의를 차용하여 그 직원들 명의로 형식적인 개인사업자 등록을 마친 뒤, 실제로는 원고가 공급받는 것임에도 형식상으로는 원고와 전혀 별개의 사업자인 위 직원들 명의의 개인사업자를 공급받는 자로 한 매입세금계산서를 교부받은 사실을 인정할 수 있으므로, 위 매입세금계산서는 구 부가가치세법 제16조 제1항 제2호 및 제17조 제2항 제2호 소정의 필요적 기재사항 중 하나인 ‘공급받는 자의 등록번호’를 사실과 다르게 기재한 세금계산서에 해당하고, 그와 같이 사실과 다르게 기재한 것이 동법 시행령 제60조 제2항 제2호 소정의 착오에 의한 것이라고 볼 수도 없다. 

 

 

라) 나아가 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 부가가치세법이 거래당사자 사이에 서로 세금계산서를 주고받고 위 세금계산서에 기재된 매입세액을 공제하도록 규정한 것은, 공급받는 자가 매입세액의 지출사실을 세금계산서로 증명하여 거래징수를 당한 매입세액을 환급하여 준다는 의미도 있지만, 거래당사자 사이에서 특정 과세기간에 상호 거래가 있었다는 사실이 노출되도록 함에도 중요한 의의가 있는바, 원고 스스로의 선택에 의하여 ‘원고를 공급받는 자’로 하는 적법한 세금계산서를 발급받지 못한 것이므로, 그러한 원고가 매입세액을 공제받지 못한다고 하여 이것이 실질과세 원칙에 반한다고 할 수 없다. 

 

 

마) 또한 ① 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호에 의하면, 사업자가 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 경우, 즉 타인의 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 영위하는 경우에는 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 함으로써 행정상 제재를 가하고 있는 점, ② 구조세범처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세범처벌법’이라 한다) 제11조 제1항은 조세의 회피 또는 강제집행의 면탈을 목적으로 타인의 성명을 사용하여 사업자등록을 한 자를 2년 이하의 징역 또는 2천만 원 이하의 벌금에 처하도록 함으로써 형사처벌의 대상으로 삼고 있는 점, ③ 실질적 사업자가 타인 명의로 사업자등록을 하고 재화 또는 용역을 공급받아 세금계산서상 공급받는 자의 등록번호를 그 등록명의자의 것으로 기재하여 세금계산서를 발급받는 것은 실제 거래의 주체가 거래단계를 증명하는 세금계산서에 드러나지 아니하여 객관적 거래질서를 해하고 전단계 세액공제방식을 취하여 과세자료를 양성화시키려는 부가가치세법의 취지에 배치되는 점 등을 종합하면, 피고가 이 사건 매입세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하여 부가가치세 부가처분을 한 것을 위법하다고 보기 어렵다. 

 

 

바) 또한 원고가 원용하는 사업자가 타인명의의 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 경우에 그 사업장도 실제 사업자의 사업장으로 볼 수 있다는 판례는 타인명의의 사업자등록이 이루어진 사업장에 대하여도 사업장의 관할세무서장이 실제사업자에 대한 부가가치세의 과세권한을 가지고, 사업자가 거래 상대방으로부터 세금계산서를 교부받고 법정기한 내에 이를 정부에 제출하지 아니하였다면 이에 관한 매입세액은 공제받을 수 없다는 것으로서(＜대법원 1988. 2. 23. 선고, 87누131 판결＞), 사업자가 타인 명의의 사업자등록번호를 기재하여 세금계산서를 발급받은 경우 매입세액을 공제할지 여부에 관한 이 사건의 쟁점과는 그 논의의 차원을 달리하는 것이다. 한편 원고가 원용하고 있는 ＜대법원 2016. 2. 18. 선고, 2014두35706 판결＞은, 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’이더라도 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 한다는 취지이다. 즉 위 판례는 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 거래사실과 다르더라도 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 한다는 것으로서(따라서 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다고 하더라도 ‘필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다, ＜대법원 2004. 11. 18. 선고, 2002두5771 전원합의체 판결＞), 이는 원고가 수입분산 등 탈세목적으로 의도적으로 직영점의 사업자등록을 자신이 아닌 소속직원들 명의로 등록한 후 세금계산서를 발급받은 이 사건과는 사안을 달리하는 것이다. 따라서 위 판시가 원고 주장과 같이 ‘부가가치세 포탈이 발생하지 아니하고 거래의 진정성이 확인되는 이상 세금계산서상의 사실과 다른 기재가 의도적인 것인지를 불문하고 매입세액의 공제가 허용된다는 일반적인 법리를 확립한 것’이라고 볼 수 없다. 

 

 

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 

 

 

2) 명의위장등록가산세 부과처분의 위법 여부 

 

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 반면 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(＜대법원 2011. 4. 28. 선고, 2010두16622 판결＞ 등 참조). 

 

 

나) 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호는 다음과 같이 규정하고 있다. 원고는 이에 대하여, 2014. 1. 1.자로 개정된 부가가치세법(2014. 1. 1. 법률 제12167호로 개정된 것, 이하 ‘개정 부가가치세법’이라 한다) 제60조 제1항 제2호의 규정은 ‘대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 하거나 그 타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트를 곱한 금액’을 규정하여 구 부가가치세법상 규제의 대상에 ‘타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 한 행위’와 더불어 ‘타인명의의 제8조에 따른 사업자등록의 이용행위’를 새로이 포함시켰고, 원고가 2008년 1기부터 2013년 1기까지 본점에 대하여는 원고 명의로 사업자등록을 하고 이 사건 사업장에 대하여만 원고 명의가 아닌 소속 종업원 명의로 사업자등록을 한 행위는 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호 소정의 ‘대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 한 행위’가 아닌, 개정 부가가치세법 신설된 제60조 제1항 제2호 후단 소정의 ‘타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하는 행위’에 해당하므로 피고의 명의위장등록가산세 부과처분은 조세법령 불소급원칙을 위반하여 이루어진 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 주장한다. 

 

 

다) 살피건대, 을 제 3 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 성과가 우수한 직원을 직영점의 지점장으로 발령한 후 지점장 명의로 사업자등록을 개설하고 개인사업장으로 부가가치세 신고를 해 온 사실, 직영점의 승진대상자 추천이나 예산안 집행 등 주요사안에 대한 의사결정은 원고회사의 경영진의 최종승인을 받아 집행되어 온 사실, 원고의 대표이사로 근무하였던 bbb은 이 사건 사업장에 대하여 수입금액관리, 예산안(지출)관리, 인사관리 등 사업전반에 대하여 본점인 원고회사의 통제를 받는 사실상의 지점(위장계열사)이고, 원고가 이 사건 사업장을 개인사업자 명의로 사업자등록을 한 이유는 매출액이 일정금액을 상회하면 외부감사 대상으로 회계처리상 일정한 통제를 받게 되기 때문에 여러 사업자 명의로 수입금액, 소득금액 등을 분산하려는 목적이었으며 부가가치세 신고에 있어서 직영점의 수입금액은 70% 전후를 신고하고 나머지는 누락한 것으로 알고 있다고 진술한 사실, 원고의 인사발령에 의해 지점장으로 근무하였던 ccc, ddd는 본사의 요청에 따라 본인 명의로 사업자 등록을 한 후 지점장으로 근무해 왔을 뿐 본인의 사업을 위하여 사업자등록을 한 것은 아니었고, 본인의 급여는 본사의 지급규정에 의거하여 책정된 금액을 본인 명의의 사업장에서 발생한 수입금액에서 지급받아 왔으나 본인 명의로 사업자등록이 되어 있어 비용으로 처리해 오지 못하였다는 내용의 확인서를 작성한 사실, 원고의 실질적인 대표자인 eee은 원고가 관리상의 편의를 위하여 관행적으로 지점장으로 임명된 직원의 개인 명의로 사업자등록을 하고 세무신고를 해 왔으며 각 지점장들은 실제 본사로부터 급여를 받았고 각 지점장들이 개인사업자 명의로 소득세 신고시 비용처리하지 못한 내역은 2008년부터 2011년에 이르기까지 합계 1,781,713,388원이라는 취지의 확인서를 작성한 사실, 원고는 원고의 부장 겸 천안지점장의 지위를 대행하고 있는 fff의 사업자등록을 위하여 fff과 사이에 2007. 10. 1.자로 ggg(주) 보령지점 계약서를 작성한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 사업장에 대하여 수입금액, 소득금액을 분산시키고 이 사건 사업장의 수입금액 일부를 누락하여 과소신고할 의도로 원고의 직원 명의로 사업자등록을 하여 운영하여 왔던 점을 알 수 있다. 

 

 

라) 또한 원고는 ‘타인 명의로 사업자등록을 한 행위’는 실제 사업자가 개설한 사업장마다 타인 명의로 사업자등록을 한 경우를 의미하고, ‘타인 명의의 사업자등록을 이용하는 행위’는 사업자가 일부 사업장에 대하여 단일 또는 다수의 명의를 이용하여 사업자등록을 한 경우를 의미하므로 이 사안의 경우 원고의 행위는 ‘타인 명의의 사업자등록을 이용하는 행위’에 해당한다고 주장하지만, ‘타인명의의 사업자 등록을 이용하는 행위’는 이미 등록되어 있는 타인명의의 사업자등록을 그대로 이용하여 사업을 하는 경우를 의미한다고 봄이 상당하고, 특히 이 사안과 같이 원고가 본점에 대하여는 원고 명의로 사업자등록을 하였으면서도 이 사건 사업장에 대하여는 직원들의 명의로 사업자등록을 하여 사업을 영위하는 경우, 실질적으로 원고가 자신 소유의 사업장에서 사업을 하면서 단지 사업자등록의 명의만을 직원들의 명의로 해 놓은 것에 불과하기 때문에 사업자등록의 주체는 원고이고, 이는 ‘타인의 명의로 사업자등록을 한 행위’에 해당함이 명백하므로, 피고의 원고에 대한 명의위장등록가산세 부과처분은 정당하다. 

 

 

3) 부당가산과소신고세 부과처분의 위법성 여부 

 

가) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항은 부당한 방법에 따른 과소신고가 있는 경우 그 과소신고된 부분의 세액에 대하여 40%의 부당과소신고가산세를 부과하도록 규정하고 있다. 구 국세기본법 제47조의3 제2항의 위임에 따라 구 국세기본법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것) 제27조 제2항은 ‘부당한 방법’을 ‘납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 시설의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액신고의무를 위반하는 것으로서 ① 이중장부의 작성 등 장부의 거짓기록, ② 거짓 증명 또는 거짓 문서의 작성, ③ 거짓 증명 등의 수취, ④ 장부와 기록의 파기, ⑤ 재산의 은닉이나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐, ⑥ 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기 그 밖의 부정한 행위로 정의하고 있다. 

 

 

이러한 구 국세기본법 제47조의3의 규정 체계, 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항 각 호의 문언 내용, 과소신고가산세의 법적 성질 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제47조의3 제2항이 부당과소신고의 경우에 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부당한 방법’에 의하지 아니한 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것이다. 그리고 ‘부당한 방법’으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정하고 있는 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항은 그 일반조항이라고 할 수 있는 제6호에서 ‘부당한 방법’에 해당하기 위하여는 국세포탈 등의 목적이 필요하다는 취지로 규정하고 있다. 따라서 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호가 규정하는 부당과소신고가산세의 요건인 ‘부당한 방법으로 한 과세표준의 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 누진세율의 회피, 이월결손금 규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다고 보아야 할 것이다(＜대법원 2013. 11. 28. 선고, 2013두12362 판결＞ 참조). 

 

 

나) 구 조세범 처벌법 제3조가 규정하는 조세포탈죄에서 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는데, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 하는 데에 그치는 것은 이에 해당하지 않으나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환반복 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다. 그리고 부가가치세를 포탈할 의도로 세금계산서를 교부하지 않은 다음 부가가치세 확정신고를 하면서 고의로 매출액을 신고에서 누락하거나 다른 사람들의 명의를 빌려 위장 사업체를 설립하여 매출을 분산하는 것도 적극적 은닉의도가 나타나는 사정으로 볼 수 있다(＜대법원 2011. 3. 24. 선고, 2010도13345 판결＞ 참조). 

 

 

다) 원고는, 종업원 명의로 등록한 사업자등록번호가 공급받는 자의 등록번호로 기재된 이 사건 세금계산서를 발급받은 것은 원고가 이 사건 사업장 중 직영점을 종업원 명의로 사업자등록함에 따라 이루어진 소극적 행위로서 그 자체로 부당한 방법에 의한 과소신고라고 할 수 없고, 원고가 이 사건 사업장을 기준으로 부가가치세를 적법하게 신고ㆍ납부한 이상 이 사건 사업장의 과세거래로 성립한 부가가치세에 관한 과세관청의 부과징수권 행사에 지장을 초래한 바 없다고 주장한다. 그러나 앞서 2).가)항에서 살펴본 바와 같이 원고가 성과가 우수한 직원을 직영점의 지점장으로 발령한 후 직원 개인명의로 사업자등록을 하고 명의를 위장하여 등록한 사업자와 사이에 마치 정상적인 계약거래가 있는 것처럼 계약서를 작성하였던 점, 위와 같이 명의위장된 개인사업자 명의로 세무신고를 하였던 점, 부가가치세 신고시 필수서식으로 제출되는 세금계산서 합계표에 원고의 거래를 개인사업자의 거래인 것처럼 기재하여 세금계산서 합계표를 제출하였던 점, 부가가치세를 비롯한 기타 법인세, 종합소득세 등 각종 세무신고시 원고의 거래가 개인사업자의 거래인 것처럼 장부를 작성하여 위 세무서 신고용 장부와 별도로 이 사건 사업장의 수입이 원고의 수입으로 계상된 장부를 보관하는 등 이중장부를 작성하여 관리하였던 점을 종합하면 원고가 적극적인 은닉의도를 가지고 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만들었다고 봄이 상당하다. 

 

 

라) 나아가 을 제10, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 2013. 5. 2. 대전지방국세청 조세범칙 조사심의위원회는 심의결과 “원고의 실질적인 대표 ddd이 지점사업장에 대하여 소속직원 명의의 개인사업자로 등록한 후 본점의 회계프로그램에 의해 월별, 지점별 손익계산서를 작성하여 실제 수입금액을 파악해 왔음에도 4,704만원의 수입금액을 누락하여 부가가치세를 포탈하였고, 이는 조세범처벌법상의 사기나 그 밖의 부정한 행위에 의한 조세포탈에 해당한다”는 이유로 통고처분을 할 것을 피고에게 통보하였고, 이에 따라 이루어진 통고처분에 대하여 원고는 별다른 이의를 제기함이 없이 벌과금 235,113,000원을 2013. 5. 22. 납부한 사실이 인정된다. 이와 같이 원고가 실제로는 스스로 이 사건 사업장을 운영하면서 수입금액을 분산시키고 직영점수입금액의 일부를 누락하여 신고할 의도로 직원 명의로 위장하여 사업자등록을 하면서 이중장부를 작성하고 매출을 분산하여 소득, 수익, 거래 등을 조작하거나 은폐한 행위는 세금계산서상의 부가가치세 등 조세납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식 하에 이루어진 부당한 방법에 의한 과소신고라고 봄이 상당하다. 따라서 이 부분을 다투는 원고의 주장도 이유 없다. 

 

 

4) 부과제척기간 도과 여부 

 

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우 부과제척기간을 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 규정하는 한편(제1호), 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(제2호), 위 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년을 각 부과제척기간으로 규정하고 있다. 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있으므로, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말한다. 따라서 명의를 위장하여 소득을 얻더라도 그것이 조세포탈과 관련이 없는 행위인 때에는 명의위장 사실만으로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 할 수 없으나, 그것이 누진세율 회피, 수입의 분산, 감면특례의 적용, 세금 납부를 하지 아니할 무자력자의 명의사용 등과 같이 명의위장이 조세회피의 목적에서 비롯되고, 나아가 여기에 허위 매매계약서의 작성과 대금의 허위지급, 허위의 양도소득세 신고, 허위의 등기ㆍ등록, 허위의 회계장부 작성ㆍ비치 등과 같은 적극적인 행위까지 부가된다면 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 할 것이다(＜대법원 2013. 12. 12. 선고, 2013두7667 판결＞ 등 참조). 

 

 

나) 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되는 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 각 사정, 즉 원고가 이 사건 사업장에 대한 사업자등록을 지점장으로 발령한 직원들 명의로 한 것은 앞서 본 바와 같이 조세를 회피하기 위한 목적에서 이루어진 것이고, 나아가 그 사실이 발각되지 않도록 허위 프랜차이즈사업 계약서 등 작성, 이중장부에 의한 부가가치세, 소득세, 법인세 신고와 같은 적극적인 행위를 하였던 점에 비추어 보면, 이는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 할 것이므로, 부가가치세의 부과제척기간은 10년이 된다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 

 

 

3. 결론 

 

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

 

 

 

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4. 대전고법2016누12170

 

【주문】 

1. 원고의 항소를 기각한다. 

 

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

 

 

【청구취지 및 항소취지】 

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한 별지 부과처분내역 기재 2,305,671,640원의 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다. 

 

 

【이유】 

1. 제1심판결의 인용 

 

이 법원의 판결 이유는 제1심판결 중 일부를 아래 제2항 기재와 같이 수정하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 및 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다(원고가 항소하면서 당심에서 주장하는 바는 제1심에서 이미 주장한 내용과 크게 다르지 아니하고, 제1심에서 제출된 증거와 변론 전체의 취지를 종합하면 제1심 법원의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다). 

 

 

2. 수정하는 부분 

 

○ 제7면 제7행의 “따라서” 다음에 “세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우에는”을 추가한다. 

 

 

○ 제7면 제9행의 “구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호”를 “구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호”로 고친다. 

 

 

○ 제8면 제9, 10행의 “부가가치세법 제17조 제2항 제1호”를 “구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호”로 고친다. 

 

 

○ 제8면 제13행의 “있다.”를 “있으며,”로 고친다. 

 

 

○ 제10면 제12행의 “부가가치세 부가처분”을 “부가가치세 부과처분”으로 고친다. 

 

 

○ 제13면 제5행의 “부가가치세법”을 “부가가치세법에서”로 고친다. 

 

 

○ 제15면 제5행의 “부당가산과소신고세”를 “부당과소신고가산세”로 고친다. 

 

 

○ 제15면 제11행의 “시설”을 “사실”로 고친다. 

 

 

○ 제17면 제15, 16행의 “이중장부를 작성하여 관리하였던 점” 다음에 “ 원고는 이 사건 사업장에 관한 세무서 신고용 장부와 별도로 이 사건 사업장의 수입이 원고의 수입으로 계상된 장부를 작성하여 관리한 것은 아니라고 주장하나, 원고도 이 사건 사업장을 포함한 전체 영업망을 관리하는 전산시스템을 통해 이 사건 사업장의 수입을 따로 파악하였음을 인정하고 있는 점, 원고는 위 전산시스템을 통해 실질적으로 지점에 해당하는 이 사건 사업장의 수입을 원고의 수입으로 파악하면서도 형식적으로 프랜차이즈 가맹점으로 위장한 이 사건 사업장에 관한 세무서 신고용 장부는 따로 관리한 것으로 보이는 점, 이중장부의 작성을 부당(부정)과소신고가산세 부과 요건인 부당한 방법 또는 부정행위의 하나로 규정한 국세기본법령의 취지상 이중장부를 반드시 ‘서류로서 존재하는 장부’에 한정할 것은 아닌 점, 원고는 2012. 11. 29. 피고의 법인세 통합조사가 시작될 무렵에 위 전산시스템에 기록된 자료를 삭제하였는데, 이는 원고 스스로 위 전산시스템을 통한 이 사건 사업장의 수입을 따로 관리한 행위가 위 법령 소정의 부당한 방법이나 부정행위에 해당할 수 있음을 인식한 데서 비롯된 것으로 봄이 상당한 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다 ”를 추가한다. 

 

 

3. 결론 

 

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

 

 

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【주문】 

원심판결 중 2014. 3. 10.자 가산세 부과처분 가운데 2008년 제1기분 및 제2기분 명의위장등록가산세 부분 및 2014. 8. 19.자 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 대전고등법원에 환송한다. 

 

나머지 상고를 기각한다. 

 

 

【이유】 

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 

 

 

1. 사안의 개요 

 

가. 원고는 2002. 10. 2.부터 소규모사업자의 생활형 광고대행업을 영위하는 법인사업자로서 전국에 직영 가맹점 32개, 비직영 가맹점 6개를 두고 있었는데, 그중 직영가맹점(이하 ‘이 사건 사업장’이라고 한다)은 원고가 직원을 파견하여 직원 명의로 개인 사업자등록을 하여 운영한 가맹점이다. 이 사건 사업장에 대하여 원고는 각 가맹점별로 직원 명의의 개인 사업자등록을 하고 그 사업자등록에 따라 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 

 

 

나. 피고는 2012. 11. 29.부터 2013. 4. 6.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 이 사건 사업장의 실제 사업자가 원고임을 전제로 이 사건 사업장의 각 매출ㆍ매입을 원고의 거래로 인정한 후 이 사건 사업장의 매입거래에 대해서는 원고의 매입세액으로 공제를 인정하여 원고에게 각 법인세 및 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘당초처분’이라고 한다). 

 

 

다. 대전지방국세청장은 2013. 12.경 피고에 대한 업무감사를 실시한 후 피고에게 당초처분에 추가하여, ① 이 사건 사업장에 대하여 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제1항 제2호에 따른 명의위장등록가산세를 부과하고, ② 이 사건 사업장에서 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 다른 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)상 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하는 한편, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항에 따른 부당과소신고가산세와 같은 법 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하도록 시정요구를 하였다. 

 

 

라. 이에 따라 피고는 원고에게, 2014. 3. 10. 당초처분에 추가하여 이 사건 사업장에 대한 2008년 제1기분부터 2013년 제1기분까지 명의위장등록가산세 합계 411,880,610원을 부과(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다)하였고, 2014. 8. 19. 당초처분 및 이 사건 제1처분에 추가하여 2008년 제1기분부터 2013년 제1기분까지 이 사건 세금계산서의 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 본세와 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세 합계 1,893,737,030원을 부과(이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 한다)하였다. 

 

 

2. 이 사건 제1처분 중 2008년 제1기분 및 제2기분의 부과제척기간 도과 여부에 관한 직권 판단 

 

구 국세기본법 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 10년(제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년(제2호)이 경과한 후에는 부과할 수 없다. 또한 구 국세기본법 제26조의2 제5항 및 같은 법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 제19조 제1항은 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 

 

 

이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다(＜대법원 2004. 6. 10. 선고, 2003두1752 판결 ; 대법원 2018. 12. 13. 선고, 2018두128 판결＞ 등 참조). 

 

 

한편 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호는 ‘사업자가 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 하고 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’고 규정하고 있다(이하 위 규정에 의한 가산세를 ‘명의위장등록가산세’라고 한다). 

 

 

이러한 명의위장등록가산세는 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 타인 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 한 것에 대한 제재로서 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호에 따라 납세자의 부정행위로 부과대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으며, 이에 대한 신고의무에 대하여도 별도의 규정이 없으므로, 그 부과제척기간은 5년으로 봄이 타당하다. 

 

 

앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 볼 때, 이 사건 제1처분 중 2008년 제1기분 및 제2기분 각 명의위장등록가산세 부과처분은 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2014. 3. 10. 이루어졌으므로, 그 부과제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효이다. 

 

 

그럼에도 원심은 이 점을 간과한 채 그 판시와 같은 이유로 이 사건 제1처분 중 2008년 제1기분 및 제2기분 각 명의위장등록가산세 부과처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 명의위장등록가산세의 부과제척기간에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 

 

 

3. 이 사건 제1처분 중 2009년 제1기분 내지 2013년 제1기분의 위법 여부에 관한 판단(상고이유 제3점 관련) 

 

원심은 원고가 본점에 대하여는 원고 명의로 사업자등록을 하였으면서도 이 사건 사업장에 대하여는 직원들 명의로 사업자등록을 하여 사업을 영위해 왔다는 사실을 인정한 다음, 이러한 경우는 구 부가가치세법 제22조 제1항 본문 제2호의 ‘타인 명의로 사업자등록을 한 행위’에 해당함이 명백하다는 이유로 피고의 원고에 대한 명의위장등록가산세 부과처분은 적법하다고 판단하였다. 

 

 

앞서 본 규정과 관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 이 사건 제1처분 중 부과제척기간이 도과하지 않은 2009년 제1기분 내지 2013년 제1기분 명의위장등록가산세 부과처분에 관한 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 명의위장등록가산세 과세요건에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 

 

 

4. 이 사건 제2처분의 위법 여부에 관한 판단(상고이유 제1, 2, 4점 관련) 

 

가. 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문은 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 그와 같은 기재사항을 ‘필요적 기재사항’으로 약칭하고 있다. 매입세액 공제 여부 판단의 기준이 되는 필요적 기재사항은 ‘공급하는 사업자’와 관련하여서는 ‘등록번호와 성명 또는 명칭’(구 부가가치세법 제16조 제1항 제1호)인 반면, ‘공급받는 자’와 관련하여서는 ‘등록번호’에 한정된다(같은 항 제2호). 한편 ‘공급받는 자’의 ‘상호ㆍ성명’ 등은 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제53조 제1항 제2호에서 세금계산서 기재사항으로 규정되어 있으나, 이는 구 부가가치세법 제16조 제1항 제5호의 위임에 따른 것으로서 구 부가가치세법 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 매입세액공제의 필요적 기재사항에 해당하지 아니한다. 그리고 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문에서 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액공제를 제한하는 취지는 같은 조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래 징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것이다(＜대법원 2016. 2. 18. 선고, 2014두35706 판결＞ 등 참조). 

 

 

위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 같은 조항에서 ‘공급받는 자’의 경우 ‘성명 또는 명칭‘까지 기재하도록 규정한 ’공급하는 자‘와는 달리 그 ’등록번호‘만을 기재하도록 정한 취지 등의 사정에 비추어 보면, 세금계산서에 기재된 ’공급받는 자의 등록번호‘를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ’공급받는 자의 성명 또는 명칭‘이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액 공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 그 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고ㆍ납부하는 경우와 같이 그 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우 그 명의인의 등록번호는 곧 실제 사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로, 그와 같은 등록번호가 ‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다. 

 

 

나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 사업장에 대하여 직원들 명의로 사업자등록을 하였을 뿐 이를 자신의 계산과 책임으로 직접 운영하면서 부가가치세를 신고ㆍ납부하였으므로, 이 사건 사업장의 매입과 관련하여 발급받은 이 사건 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자’의 등록번호는 원고의 등록번호로 보아야 할 것이고, 다른 필요적 기재사항이 사실과 다르다는 주장과 증명이 없는 이 사건에서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 있다고 보아야 한다. 따라서 이와 달리 이 사건 세금계산서의 매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없음을 전제로 한 이 사건 제2처분은 위법하다. 

 

 

그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 제2처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 사실과 다른 세금계산서에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다. 

 

 

 

1. 정리

 

사건번호	제목	요지
대법원-2019-두-37929(2019.07.11)	부당행위계산부인의 시가 산정의 적법여부 및 부분추계의 위법성	생산원가를 입고단가의 50% 금액으로 보아 매출액을 산정한 것은 생산원가를 알 수 없는 상품들의 실제 생산원가가 모두 해당 입고단가의 50% 미만일 가능성도 배제하기 어려운 점에 비추어 위법하고, 단일한 과세 목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 산정한 것은 위법함
서울고등법원-2018-누-54578(2019.01.31)	부당행위계산부인을 하며 시가를 업종별 평균 부가가치율에 의해 산정한 것은 위법함	원고 회사가 대표자인 원고 개인에게 공급한 거래와 관련해 부당행위계산부인을 하고 시가를 의류제조업 평균 부가가치율을 이용하여 산정하였으나, 의류제조업 평균 부가가치율은 특정 의류의 처분가액을 산정함에 한계가 있음
서울행정법원-2016-구합-73764(2018.06.15)	부당행위계산부인을 하며 시가를 업종별 평균 부가가치율에 의해 산정한 것은 위법함	원고 회사가 대표자인 원고 개인에게 공급한 거래와 관련해 부당행위계산부인을 하고 시가를 의류제조업 평균 부가가치율을 이용하여 산정하였으나, 의류제조업 평균 부가가치율은 특정 의류의 처분가액을 산정함에 한계가 있음
조심-2016-서-1530(2016.06.02)	청구법인의 추계매출액을 청구인의 사업소득에 대한 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움	처분청이 산출한 청구법인의 매출액은 부당행위계산 부인규정을 적용하기 위하여 산출한 것으로 동 매출액을 각 개인사업장의 매입원가로 인정하기는 어렵고, 각 개인사업장의 필요경비를 인정할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

 

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2. 조심2016서1530(2016.06.02)

 

 

[세 목]	소득	[결정유형]	기각
[문서번호]	조심-2016-서-1530(2016.06.02)
[전심번호]
[제 목]
청구법인의 추계매출액을 청구인의 사업소득에 대한 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움
[요 지]
처분청이 산출한 청구법인의 매출액은 부당행위계산 부인규정을 적용하기 위하여 산출한 것으로 동 매출액을 각 개인사업장의 매입원가로 인정하기는 어렵고, 각 개인사업장의 필요경비를 인정할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[결정내용]
결정 내용은 붙임과 같습니다.
[관련법령]	법인세법 제52조 / 법인세법 시행령제88조

주 문 심판청구를 기각한다.   이 유   1. 처분개요   가. 청구법인은 2007.10.1. 설립되어 의류․잡화 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 2011년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)에 청구법인의 대표이사인 청구인 김OOO이 운영하는 OOO 등 2개의 개인사업장(이하 “각 개인사업장”이라 한다)에 합계 OOO원의 재화를, 동 기간에 OOO, 강남지점 등 청구법인의 5개 지점(이하 “각 지점사업장”이라 한다)에 합계 OOO원의 재화를 각 공급한 것으로 하여 부가가치세, 법인세를 신고하였다.   나. OOO세무서장(이하 “조사관청”이라 한다)은 2015.5.13.부터 2015.7.16.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점과세기간에 각 개인 및 지점사업장에 대하여 OOO원 및 OOO원의 매출을 각 누락한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 청구인들에게 <별지1> 기재와 같이 부가가치세 등을 각 경정·고지하고, 소득금액변동통지를 하였다.   다. 청구인들은 이에 불복하여 2015.11.5. 이의신청을 거쳐 2016.4.4. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구인들 주장 및 처분청 의견   가. 청구인들 주장   (1) 조사관청은 「부가가치세법」 제57조 제2항 및 같은 법 시행령 제104조 제1항 제4호 마목의 규정에 의한 추계경정방법 즉, 청구법인 본점의 출고단가 파일의 원가자료에 의류제조업의 전국 평균부가가치율을 적용하여 아래 <표1>과 같이 청구법인 본점의 각 개인사업장에 대한 매출액을 산출하였다.   <표1> 청구법인의 각 개인사업장에 대한 매출액(추계) (단위 : 원)   조사관청은 위와 같이 산출한 청구법인 본점의 매출액을 그대로 청구법인의 수익금액으로 인식하지 않고, 청구법인이 각 개인사업장에 이윤없이 매입원가로 매출하였다고 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인 본점의 매출액과 매입원가의 차액을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분하였다.   그러나, 부당행위계산부인 규정은 조사관청이 임의로 어떠한 거래가 있다고 판단(추측)하여 적용하는 것이 아니라, 법인과 특수관계자 사이에 특정의 거래가 있는데, 이러한 거래가 비록 사적 법률효과는 인정되더라도, 세법의 관점에서 저가양도 등에 해당된다면 그 거래를 부인하고, 법에 열거된 시가로 재계산하겠다는 것으로 특수관계자간 거래가 있고, 그 거래를 부인하기 위한 별도의 시가가 존재한다면 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있지만, 이 건처럼 애초에 청구법인의 매출액을 추계하여 산출한 것이라면 부당행위계산부인 규정이 적용될 여지가 없는 것이다.   위와 같이 부가가치율에 의하여 산출된 매출액은 청구법인 본점의 입장에서는 각 개인사업장에 무자료로 매출한 금액이 되고, 각 개인사업장 입장에서는 무자료 매입액이 되므로 동 무자료 매입금액은 청구인의 종합소득세 필요경비에 산입되어야 하는 금액이므로 그 차액에 해당하는 OOO원(부가가치율로 환산한 매출금액 OOO원-원가금액 OOO원)을 추가로 필요경비에 산입하여야 한다.   (2) 처분청은 청구법인의 전산자료 등을 토대로 청구법인 본점에서 각 지점사업장이나 각 개인사업장에 출고된 것을 모두 합하여 매출액을 산정하였으나, 동 전산자료는 재고관리를 위한 용도로서, 출고된 후 판매되지 않아 각 매장에 재고로 남아 있는 것(이하 “재출고상품”이라 한다)도 재고이고, 이월된 상품 역시 전년도에 이미 출고되었으나 재고로 남아있는 것(이하 “이월상품”이라 한다)이므로 재출고상품 및 이월상품은 청구법인의 전산자료에 입고로 기록하였다가 판매를 위해 다시 출고파일에 기재가 된 것이어서 이 부분은 중복출고에 해당한다고 할 것이다.   전산자료상 ‘상품코드번호’의 의미는 아래 <표2>와 같은바, 상품코드번호의 의미만 알면 해당 상품이 이월상품인지, 재출고상품인지 쉽게 확인할 수 있으며, 제조나 도매업체의 경우 100% 주문판매업이 아니라면 필연적으로 재고가 발생할 것임에도 조사관청은 이러한 재고 발생분을 감안하지 않고 출고분 전부가 판매되는 것으로 가정하는 등 중복출고 부분을 감안하지 않고 매출액을 추계하는 오류를 범하였다.   <표2> 2011.1.18. 출고된 상품코드번호 “01101 JBK 6”(예시)   전산자료에서 청구법인 본점의 중복출고 부분을 정리하면 아래 <표3>과 같다.   <표3> 청구법인 본점 상품의 중복출고 내역 (단위 : 개, 원)   위 <표3>에서 ‘중복출고’는 먼저 출고되어 출고파일에 기록되었다가 재고가 남아 입고파일에 입고처리된 후 판매를 위하여 다시 출고되는 것을 말하며, 여기에는 ① 전년도에 이미 출고되었으나 판매되지 않아 재고로 입고되었다가 다시 출고되는 ‘이월상품’이 있고, ② 당해연도에 출고되었으나 판매되지 않아 재고로 남아 입고되었다가 다시 출고되는 ‘재출고상품’으로 구분된다.   쟁점과세기간에 본점에서 각 지점 및 개인사업장에 중복출고된 금액은 위 <표3>과 같이 총 OOO원이며, 구체적인 내역은 청구인들이 제출한 2011～2013년 신본사출고 내역자료에서 알 수 있다.   따라서, 전산자료에 의하여 계산한 중복출고분 OOO원을 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 하며, 익금산입시 중복계산된 재출고분 OOO원을 법인세 경정시 익금산입에서 제외하여야 하고, 관련 소득금액변동통지액도 재산정하여야 한다.   나. 처분청 의견   (1) 청구법인과 각 개인사업장은 세법상 특수관계자이고, 청구법인과 각 개인사업장간의 금융거래금액, 청구인의 진술(2015.6.5. 작성된 청구인의 문답서) 등으로 볼 때, 청구법인 본사에서 각 개인사업장으로 재화가 이동되면서 별도의 마진 없이 원가금액으로 공급되었다고 봄이 타당하다.   청구법인 본사는 쟁점과세기간에 특수관계자 외 거래분이 전혀 없었으므로 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 ‘해당법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’을 적용할 수 없고, 시가란 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념(대법원 2012.6.14. 선고 2010두28328 판결)이므로 「법인세법 시행령」제89조에서 명시한 시가 산정방식은 일종의 예시적 규정으로 보아야 하는바,   청구법인이 세무조사 당시 이미 2011∼2013년 청구법인 본점, 각 지점사업장 및 개인사업장의 관련 경비자료 일체를 파기한 상황 및 특수관계자간 거래 외에 다른 사례가액이 없어 조사관청이 「부가가치세법 시행령」 제104조 제1항 제4호 마목의 업종별 평균부가가치율을 사용해서 매입원가를 역산한 후 매출액을 계산한 것은 시가를 산정하기 위한 유일한 방법이었으므로 이러한 시가 산정방식은 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 ‘제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’으로 보아야 하며, 이는 객관적인 교환가치를 반영하였고 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것이라고 보기 어려우므로 시가로 사용하기에 부적절하다고는 여겨지지 않는다.   만약, 조사관청이 사용한 시가산정 방식이 「법인세법 시행령」 제89조 제2항의 시가가 불분명한 경우에 해당된다고 할지라도, 2011∼2013년 각 개인사업장의 실제 매출액과 조사관청의 시가산정금액이 유사한 만큼 이러한 시가산정 방식은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제52조의 ‘상품·제품·반제품·재공품·원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액’으로 볼 수 있는 것이다.   청구주장대로 조사관청이 「부가가치세법 시행령」 제104조 제1항 제4호 마목의 방법으로 청구법인 본사에서 각 개인사업장간의 거래가액을 산정한 것은 맞지만, 이는 「법인세법」 제52조 부당행위계산부인 규정에 따른 시가를 산정하기 위한 방식으로 사용한 것일 뿐(청구법인이 전산자료 외에 본점의 실제 매출관련 일체의 자료를 파기하였기 때문에 부득이하게 상기 방법을 적용하였음), 조사관청이 청구법인 본점에서 각 개인사업장 간의 거래에 대해 「부가가치세법 시행령」 제104조 제1항 제4호 마목에 의한 추계결정방식으로 수입금액을 산출하여 과세한 것은 아니다.   결국, 조사관청은 청구법인 본점과 각 개인사업장 간의 거래를 별도의 이윤 없이 원가대로 거래하였다고 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용, 거래금액을 시가로 재산정하여 과세한 것이며(특수관계자간 저가양도), 법인의 행위에 대해 소득금액만 재계산할 뿐, 거래자체는 부인하지 않는 부당행위계산부인의 법리에 따라 청구인은 종전 처분과 같이 필요경비에 매입원가만 반영하는 것이 타당하다.   (2) 청구법인이 제출한 중복출고가 표기된 출력물은 당초 조사관청이 수집한 전산자료(22개 파일) 및 조사기간 중에 전혀 확인되지 않은 사항으로, 특히 세무조사가 진행되는 과정에서 청구법인이 임의로 전산자료 일체를 파기하였기 때문에 청구법인이 중복출고라고 주장하는 근거자료가 없으며, 추후에 이를 확인할 수도 없고 청구법인의 요청에 따라 조사관청이 과세근거로 제공한 출고파일에도 중복출고 내용은 없었고, 청구법인은 조사관청이 제공한 전산자료에 중복출고 부분을 추가 기입한 후 불복청구 시 제출했을 뿐이다.   청구법인의 각 지점사업장 직원 박OOO 및 김OOO의 진술과 같이 각 지점사업장 등에서는 별도로 전산입력하여 재고관리를 하는 것으로 파악되며, 각 지점사업장의 재고를 모두 각 지점사업장에서 본사입고로 처리한다는 주장은 사실이 아니다.   본래 청구법인의 정확한 매출원가 산정을 위해서는 각 지점사업장의 재고분까지 감안하여야 하나, 청구법인이 조사기간 중 전산자료 일체를 파기하였기 때문에 각 지점사업장에 대한 재고내역(전산자료)을 확인할 수 없어 청구법인 본사에서 출고된 자료를 토대로 매출원가를 산정하였던 것이며, 각 지점사업장 면적 및 청구법인 주장처럼 소량을 반복적으로 생산하는 사업체의 특성 등으로 볼 때 청구법인의 재고수준은 미미한 것으로 판단되므로 본사출고분을 통해 청구법인의 매출원가를 산정하더라도 큰 문제는 없다고 보여진다.   청구법인이 중복출고라고 주장하면서 제시한 수치는 당초 조사관청이 처분근거로 삼은 전산자료 상의 숫자와 아래 <표4>와 같이 차이가 발생하고, 중복출고에 대한 입증자료 제출도 전혀 없어 신뢰할 수 없다.   2015.6.17. 작성한 청구인의 문답서에서 확인되는 바와 같이 해당연도 이전으로 상품 생산연도가 부여된 물품의 경우, 각 지점사업장에서 청구법인 본사로 입고된 후 다시 본사에서 판매장으로 출고되는 수도 있지만, 이전에 한번 생산되었다가 당해연도 재생산하는 물량이 혼재되어 있기 때문에 해당연도 이전에 상품생산연도 코드가 부여된 물량 전체를 이월상품으로 보기에는 무리가 있다.   청구법인은 해당연도 본사 출고 전산파일상 해당연도 전에 상품코드 첫째자리(연도)가 부여된 건은 모두 이월상품으로 간주하였는데, 청구주장과 달리 상품코드 첫째자리 숫자는 제작연도가 아닌 최초 생산연도이며(청구법인 소속 이성원 차장의 2013년 OOO에도 2012년 이전 상품번호가 다수 발견됨), 청구법인은 유행의 변화 등에 민감하게 반응하여 다품종·소량 생산하는 업체인 점, 각 지점사업장에서도 소규모 재고보관용 창고가 존재하여 굳이 특수관계자 간에 운반비를 지급하면서까지 본사로 재고물량을 입고시킬 이유가 없는 점, 통상 의류도소매점은 할인판매해서라도 재고를 소진하려고 한다는 점 등으로 볼 때 각 지점사업장에서 물건이 팔리지 않아 다시 본사로 입고되는 경우는 일련의 사유로 볼 때 타당하지 않다.   각 개인사업장은 청구법인과 별개 사업체로 부가가치세는 재화가 이동할 때에 과세되므로 중복출고 문제가 있을 수 없으며, 청구법인은 조사기간에 전산자료 일체를 삭제하였기 때문에 현 시점에서는 청구법인이 주장하는 중복출고 부분을 확인하는 것도 불가능하다.   설령, 청구법인의 주장대로 중복출고가 존재한다고 하더라도 중복출고 금액에 대해서는 청구인의 종합소득세 경정시 필요경비를 불산입하게 되는 등 오히려 청구법인 등에게 추가과세가 발생되는 문제도 생기므로 중복출고로 인해 청구법인 등의 세액이 반드시 절감된다고 볼 수도 없다   따라서, 청구법인의 원본 전산자료에는 중복출고 등에 대한 표시가 없어 청구법인이 어떠한 기준으로 이를 표시하였는지 확인할 수 없는 점, 대표자나 직원들에 대한 대면조사시 중복출고에 대해서 언급된 사실이 없었던 점, 청구법인은 원본 전산자료의 본사출고파일에 이월상품 또는 재출고상품을 표시하여 제출한 것 이외의 별도의 입증자료를 제시하지 못하고 있는 점, 각 지점사업장 직원들의 진술에 따르면 각 지점사업장에서는 재고를 별도로 전산입력하여 관리하고 있어 각 지점사업장의 재고를 모두 본사입고로 처리한 후 재출고한다는 청구주장은 믿기 어려운 점 등으로 보아 본사출고파일에 중복매출분이 포함되어 있어 이를 경정하여야 한다는 청구주장을 인정할 수 없다.     3. 심리 및 판단   가. 쟁점   ① 쟁점과세기간에 대한 청구법인의 매출액을 추계하여 산출한 것이라면 부당행위계산부인 규정이 적용될 여지가 없고, 부당행위계산부인 규정 적용대상으로 본다면, 청구법인의 추계 매출액을 청구인(각 개인사업장)의 사업소득 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부   ② 청구법인이 각 지점 및 개인사업장에 출고한 상품에 중복출고분이 포함되어 있으므로 이를 제외하여 부가가치세 과세표준 등을 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부   나. 관련 법령 : <별지2> 기재   다. 사실관계 및 판단   (1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실관계가 나타난다.   (가) 조사관청은 청구법인이 쟁점과세기간에 아래 <표5> 및 <표6>과 같이 매출을 각 누락한 것으로 조사하였다.   <표5> 각 개인사업장에 대한 매출누락액 (단위:원)     (나) 조사관청이 2015.6.5. 청구인을 상대로 작성한 문답서에는 ‘쟁점과세기간 중 청구법인의 본사입고, 본사출고 파일의 상품번호별로 입고단가 및 출고단가가 동일한 이유는 무엇인지’라는 조사관청 공무원의 질문에 대하여 청구인은 ‘본사에서 수량체크 후 물량이 각 지점사업장으로 이동되는 물량 이동흐름이지만 내부 마진은 없다고 보아 입고단가와 출고단가를 같게 한 것이고, (중략) 그러하기에 재화가 청구법인 본점에서 각 지점 또는 각 개인사업장에게 이동시 어떠한 부가가치를 창출하거나 별도의 이윤을 남기거나 하지 않았다’고 기재되어 있다.   (다) 조사관청이 2015.6.19. 각 개인사업장(OOO) 판매직원 박OOO 및 2015.7.10. 각 지점사업장(OOO) 김OOO을 상대로 작성한 문답서에는 개인사업장인 OOO 및 법인사업장인 동대문지점의 경우, 각 사업장 담당자(매니저)가 ITC 전산시스템(재고 및 물류관리시스템)에 상품판매 및 재고현황을 입력하는 것으로 기재되어 있다.   (2) 청구인들은 쟁점과세기간에 청구법인 본점에서 각 지점 및 개인사업장에 중복출고된 금액이 총 OOO원이라고 주장하며, 2011～2013년 신본사출고 출력물을 제출하였다.   (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점과세기간에 대한 청구법인의 매출액을 추계하여 산출한 것이라면 부당행위계산부인 규정이 적용될 여지가 없다고 주장하나, 부당행위계산부인 규정은 법인 또는 개인사업자 등의 행위 또는 회계처리가 법률상으로나 기업회계기준상 그 내용이 보편타당성이 있다 할지라도 세무계산상 그 내용과 성질이 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 행하였다고 인정되는 경우에는 그 행위나 계산에 불구하고 이를 부인하여 조세부담의 공평을 실현하기 위한 제도인바, 이 건의 경우 청구법인이 특수관계에 있는 각 개인 및 지점사업장에 이윤 없이 재화를 공급(저가양도)한 것으로 조사된 것으로 보아 부당행위계산부인 규정 적용대상에 해당하는 것으로 보인다.   이때, 부당행위계산부인 규정을 적용할 시가 산정 규정을 보면, 「법인세법」제52조 제2항에서 부당행위계산부인 규정을 적용할 때 건전한 사회통념 및 상거래 관행을 기준으로 시가를 산정토록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제89조 제2항에서 시가가 불분명한 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제61조부터 제66조까지의 규정 등을 준용하여 평가한 가액을 시가로 보도록 하고 있고, 같은 법 제62조 제2항에서 상품 등의 시가에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제52조 제2항 제1호에서는 상품 등의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액으로 하도록 규정되어 있다.   청구인들은 쟁점과세기간 중 거래된 상품의 시가를 확인할 수 있는 원시장부 등을 제시하지 아니하였으며, 특수관계자간 거래 외에 다른 사례가액이 없으므로 이 건의 경우 상품의 시가가 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 있으며, 이에 따라 처분청이 「부가가치세법 시행령」 제104조 제1항 제4호 마목의 부가가치율에 따라 청구법인의 매출액을 산출하였는데, 동 매출액은 건전한 사회통념 및 상거래 관행을 기준으로 산출한 것으로 보이고, 상품을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액으로 볼 수 있음이 상당하다 하겠다.   따라서, 위 법령에 따라 산출한 매출액을 기준으로 쟁점과세기간 중 청구법인이 각 개인사업장에 재화를 저가양도하여 조세를 부당히 감소시킬 목적이 있었다고 보아 「법인세법상」 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.   또한, 청구인들은 청구법인의 추계 매출액을 청구인(각 개인사업장)의 사업소득 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 처분청이 산출한 매출액은 추계에 의한 매출액이 아닌 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위하여 산출한 매출액으로서, 동 매출액을 각 개인사업장의 매입원가로 인정하기 어렵고, 각 개인사업장의 실제 매입원가를 확인할 수 있는 관련 원시자료에 의하여 청구인의 필요경비를 인정할 수 있을 것이나 이에 대한 자료의 제시가 없으며, 청구인이 청구법인 본사에서 각 개인사업장으로 재화가 이동되면서 별도의 마진 없이 원가금액으로 공급되었다는 취지로 진술(2015.6.5. 작성된 청구인의 문답서 참조)한 점 등에 비추어 청구법인의 부가가치율로 환산한 매출금액 OOO원과 매입원가 OOO원의 차액 OOO원을 청구인의 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.   다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 심판청구시 제출한 2011～2013년 신본사출고 출력물에서 알 수 있듯이 재출고상품 및 이월상품은 청구법인의 전산자료에 입고로 기록하였다가 판매를 위해 다시 출고파일에 기재가 된 것이어서 이 부분이 중복출고에 해당하므로 이를 제외하여 부가가치세 과세표준 등을 재계산하여야 한다고 주장하나, 동 주장과 관련된 원시장부 등의 제출이 없어 청구인들이 주장하는 중복출고 여부를 확인하기 어려운 점, 각 개인 및 지점사업장별로 별도로 재고관리를 한다고 직원들이 진술한 점 등에 비추어 처분청이 청구인들에게 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.     4. 결론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.   <별지2> 관련 법령   (1) 법인세법   제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   (2) 법인세법 시행령   제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우.(단서 생략)   제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.(단서 생략)   (3) 상속세 및 증여세법   제62조(선박 등 그 밖의 유형재산의 평가) ② 상품, 제품, 서화, 골동품, 소유권의 대상이 되는 동물, 그 밖의 유형재산에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.   (4) 상속세 및 증여세법 시행령   제52조(그 밖의 유형재산의 평가) ② 법 제62조 제2항의 규정에 의한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. 1. 상품·제품·반제품·재공품·원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액. 다만, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 한다.   (5) 소득세법   제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.   (6) 소득세법 시행령   제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다. 1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.   (7) 부가가치세법   제57조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우 2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우 3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우   (8) 부가가치세법 시행령   제104조(추계 결정ㆍ경정 방법) ① 법 제57조 제2항 단서에 따른 추계는 다음 각 호의 방법에 따른다. 4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 기준에 따라 계산하는 방법 마. 일정기간 동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

 

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3. 서울행정법원2016구합73764(2018.06.15)

 

[세 목]	소득		[판결유형]	일부국패
[사건번호]	서울행정법원-2016-구합-73764(2018.06.15)
[직전소송사건번호]
[심판청구 사건번호]		조심-2016-서-1530(2016.04.04)
[제 목]
부당행위계산부인을 하며 시가를 업종별 평균 부가가치율에 의해 산정한 것은 위법함
[요 지]
원고 회사가 대표자인 원고 개인에게 공급한 거래와 관련해 부당행위계산부인을 하고 시가를 의류제조업 평균 부가가치율을 이용하여 산정하였으나, 의류제조업 평균 부가가치율은 특정 의류의 처분가액을 산정함에 한계가 있음
[판결내용]
판결 내용은 붙임과 같습니다.
[관련법령]	법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

주문

1. 피고 ○○세무서장이 원고 주식회사 BB에 대하여 한 별지1 목록 제4, 5항 기재 각 부과처분(가산세 포함)을 각 취소한다.

2. 원고 김AA의 청구 및 원고 주식회사 BB의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 김AA과 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장 사이에 생긴 부분은 원고 김AA이 부담하고, 원고 주식회사 BB와 피고 ○○세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 ○○세무서장이 부담하며, 원고 주식회사 BB와 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장 사이에 생긴 부분은 원고 주식회사 BB가 부담한다.

 

청구취지

주문 제1항 및 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장이 원고들에 대하여 한 별지1 목록 기재 해당 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다. 피고 ○○세무서장이 2015. 8. 17. 원고 주식회사 BB에 대하여 한 별지3 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

 

이유

 

1. 처분의 경위

가. 원고 김AA은 2007. 10. 1. 의류, 잡화 제조업을 사업목적으로 하는 원고 주식회사 BB(이하 “원고 회사”라고 한다)를 설립하여 그 대표자인 사내이사의 지위에 있는 자이다. 원고 회사의 의류판매 사업장 현황은 아래 표 기재와 같다(이하 아래 각 사업장을 통틀어 ‘법인사업장’이라 한다).

상호	운영기간	소재지
동대문점	2008. 3. 27. ~ 현재	서울 중구 신당동
압구정점	2008. 8. 1. ~ 2011. 8.경(폐업)	서울 강남구 신사동
럭00점	2012. 3. 8. ~ 2015. 7.경(폐업)	서울 중구 신당동
유00점	2013. 9. 6. ~ 2015. 12.경(폐업)	서울 중구 신당동

 

 

상호	운영기간	소재지
코00	1997. 1. 1. ~ 현재	서울 중구 신당동
타00	2006. 3. 20. ~ 2015. 6.경(폐업)	서울 강남구 대치동

나. 한편 원고는 아래 표 기재와 같은 개인사업장(이하 ‘개인사업장’이라 하고, 법인사업장과 함께 칭할 때는 ‘이 사건 각 사업장’이라 한다)을 운영하면서 의류판매업을 영위하였다.

 

다. 원고들은 각자 의류 원단, 부자재 등을 구입하여 임가공업체를 통해 생산한 의류를 국내 일반소비자 또는 도매업체, 해외 도매업체 등에 판매하는 거래를 하였음을 전제로 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지의 과세기간(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다)에, ① 원고 회사는 법인사업장에서 발생한 매출과 관련한 부가가치세 및 그 매출을 사업소득으로 삼은 법인세를 각 신고․납부하였고, ② 원고 김AA은 개인사업장의 매출과 관련한 부가가치세 및 그 매출을 사업소득으로 삼은 종합소득세를 각 신고․납부하였다.

라. 피고 00세무서장은 2015. 5. 13.부터 2015. 7. 16.까지 원고들을 상대로 이 사건 과세기간에 대한 세무조사를 실시하였다. 피고 00세무서장은 위 세무조사 당시 원고 회사가 사용하던 물류관리프로그램인 ITC 전산프로그램에 저장되어 있는 전산자료(이하 ‘이 사건 전산자료’라 한다)와 생산작업지시서, 원가계산서 등을 확보하였다. 이 사건 전산자료는 22개의 엑셀파일로 구성되어 있는데, 그 파일내역은 아래와 같다. 이 사건 전산자료 중 사업연도별 본사출고 파일에는 출고매장, 출고일자, 출고구분, 상품코드, 수량, 입고단가, 입고금액, 출고금액, 출고단가, 입고매장, 상품명, 바코드, 입고확인, 확인일자 등이 기재되어 있다.

① 2011매출, ② 2012매출, ③ 2013매출, ④ A00 판매내역(2011-2013), ⑤ 거래처조회(외상잔액내역), ⑥ 대치점 판매내역(2011-2013), ⑦ 00몰 판매내역(2011-2013), ⑧ 매장별 비용내역(2011-2013), ⑨ 본사입고(2011), ⑩ 본사입고(2012), ⑪ 본사입고(2013), ⑫ 본사출고(2011), ⑬ 본사출고(2012), ⑭ 본사출고(2013), ⑮ 본사 판매내역(2011-2013), ⑯ 압구정점 판매내역(2011-2013), ⑰ 유00 판매내역(2011-2013), ⑱ 인005 야간판매내역(2011-2013), ⑲ 인005 주간판매내역(2011-2013), ⑳ 일일판매내역, ㉑ 코00 야간판매내역(2011-2013), ㉒ 코00 주간판매내역(2011-2013)

 

마. 피고 00세무서장은 이 사건 전산자료, 생산작업지시서, 원가계산서 등을 토대로 원고들이 별지2 목록 제1 내지 4항 기재와 같이 매출을 과소신고한 것으로 판단하고, 나머지 피고들에게 이를 통보하였다.

바. 피고들은 “① 원고 회사는 원단과 부자재 등을 구입하고 임가공업체에 가공을 의뢰하여 완성된 의류를 공급받은 다음(이하 위 공급거래를 ’A거래‘라 한다) 이를 그 생산원가에 원고 회사의 법인사업장 및 원고 김AA의 개인사업장에 각 공급하였고(이하 위 공급거래를 ’B거래‘라 한다), 그와 같이 공급된 의류는 법인사업장 및 개인사업장에서 일반소비자 등에게 판매되었다(이하 위 판매거래를 ’C거래‘라 한다). ② 원고 회사는, ㉠ 개인사업장에 대한 매출 및 법인사업장에서 발생한 매출에 따른 사업소득에 관한 법인세 신고․납부를 누락하였고, ㉡ 개인사업장에 대한 의류공급거래, 법인사업장에 대한 의류공급거래, 법인사업장에서의 의류공급거래와 관련한 부가가치세 신고‧납부를 누락하였다. ③ 원고 김AA은, ㉠ 개인사업장에서 발생한 매출에 따른 사업소득에 관한 종합소득세 신고․납부를 누락하였고, ㉡ 개인사업장에서의 의류공급거래에 관한 부가가치세 신고‧납부를 누락하였다. ④ 그 중 특히 원고 회사와 원고 김AA은 특수관계에 있으므로 원고 회사가 원고 김AA에게 의류를 원가에 공급한 것은 부당행위로서 부인되어야 하고 공급한 의류의 가액을 적정한 시가에 따라 다시 산출한 후 증액된 과세표준에 따라 법인세 및 부가가치세가 과세되어야 한다.”는 전제에서, 원고들에게 별지1 목록 기재와 같이 부가가치세, 법인세, 종합소득세(각 부당과소신고가산세 등 포함)를 각 경정‧고지하고(이하 위 각 처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 하고, 별지1 목록 기재 각 순번에 따라 ‘제○부과처분’이라 한다), 원고 회사에 별지3 목록 기재와 같이 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 부과처분과 함께 칭할 때에는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)를 하였다. 피고들이 파악한 원고들의 의류공급 거래의 흐름과 그에 따른 피고들의 과세내역은 별지4 그림(다만 그림 속 ‘지점판매장’은 법인사업장을 지칭한다)과 같고, 거래 단계에 따른 과세 대상 세목은 아래 표 기재와 같다(이하 그 순번에 따라 ‘○거래’라 한다).

순번	거래단계	과세 대상 세목(각 세목별 가산세 포함)
B-1	원고 회사 ➞ 원고 김AA(개인사업장)	원고 회사에 대한 법인세(제4부과처분 중 일부), 부가가치세(제5부과처분 중 일부) ※ 부당행위계산부인 적용
B-2	원고 회사 ➞ 원고 회사의 법인사업장	원고 회사에 대한 부가가치세 (제5부과처분 중 나머지 일부) ※ 부당행위계산부인 미적용
C-1	원고 김AA(개인사업장) ➞ 국내 도매업체 등 매출처	원고 김AA에 대한 종합소득세(제1부과처분), 부가가치세(제2, 3부과처분)
C-2	원고 회사(원고 회사의 법인사업장) ➞ 국내 도매업체 등 매출처	원고 회사에 대한 법인세(제4부과처분 중 나머지 일부), 부가가치세(제6 내지 9부과처분)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 10호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

 

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) A, B거래의 부존재

이 사건 각 사업장은 의류임가공업체로부터 직접 의류를 공급받는 거래를 하였던 것이므로, 원고 회사는 임가공업체로부터 의류를 공급받아 이를 다시 개인사업장과 법인사업장으로 공급하는 A, B거래를 하지 않았다. 피고들이 A, B거래가 존재한다는 근거로 삼은 이 사건 전산자료는 단순히 의류의 입출고를 관리하기 위한 목적에서 작성된 것에 불과하므로 그것이 곧 부가가치세법상 재화의 공급이나 법인세법상 사업소득에 가산되는 익금을 인정할 직접적인 자료라고 볼 수 없다. 실제로 의류가공을 마친 임가공업체는 의류를 개인사업장 및 법인사업장으로 직접 배송하거나 원고들이 원고 회사의 본점 소재지에서 의류를 인수하여 이를 곧바로 개인사업장과 법인사업장으로 운송하였다. 다만 개인사업장과 법인사업장의 의류 보관 장소가 협소하였기 때문에 일부 의류의 경우에는 원고 회사의 본점 창고에 임시 보관하였다가 추후에 이 사건 각 사업장으로 배송하는 경우도 있었다. 이를 두고 의류의 공급거래에 해당한다거나 부가가치세법상의 직매장반출에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고 회사가 그 본점 소재지에 법인사업장과는 별도의 사업장을 두고 A, B거래를 하였다고 볼 수 없으므로, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 B거래와 관련하여 원고 회사 본점에 대하여 이루어진 부가가치세 부과처분(제5부과처분)은 모두 취소되어야 한다(이하 ‘이 사건 ①주장’이라 한다).

2) B거래 관련 매출누락액 산정의 위법

가) 매출누락액 중복 산정

피고들이 B거래와 관련하여 매출누락액 산정의 근거로 삼은 이 사건 전산자료에는 전년도에 출고되었으나 재고로 입고된 이월상품과, 당해 연도에 출고되었으나 판매되지 않아 재고로 입고처리 되었다가 다시 출고되는 재출고상품 등이 포함되어 있다. 피고들이 위와 같은 이월상품과 재출고상품 등 중복 출고된 상품 부분(2011년부터 2013년까지 총 1,066,748,258원 상당)까지 포함하여 매출누락액을 산정한 것은 위법하다. 따라서 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분(제5부과처분)은 모두 취소되어야 한다(이하 ‘이 사건 ②주장’이라 한다).

나) 부분추계

피고들은 원고 회사가 관리하던 생산작업지시서, 원가계산서 등에서 개당생산비용이 확인되는 거래에 관하여는 개당생산비용을 매출원가로 삼고, 개당생산비용이 확인되지 않는 일부 거래에 관하여는 해당 거래의 입고단가에 0.5를 곱한 금액을 매출원가로 간주하고 이를 근거로 산출한 과세표준에 따라 원고 회사에 대하여 부가가치세 및 법인세 부과처분을 하였다. 이는 단일한 과세목적물 중 일부에 대하여는 실지조사의 방법에 따라 과세표준을 정하고, 다른 일부에 대하여는 추계과세의 방법에 따라 과세표준을 정하여 과세를 한 것으로서 위법하다. 따라서 법인세의 과세표준인 사업소득과 부가가치세의 과세표준인 공급가액을 각 산정하는 기초가 되는 매출원가의 산정이 위법하므로, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분(제5부과처분)은 각 취소되어야 한다(이하 ‘이 사건 ③주장’이라 한다).

다) 부당행위계산부인 규정에 따른 시가 산정(B-1거래 관련)

피고들은 30%를 상회하는 의류제조업의 업종별 부가가치율을 적용하여 B-1거래를 통해 개인사업장에 공급된 의류의 시가를 산정한 후 이를 토대로 원고 회사에 대한 법인세의 과세표준을 산출하였으나, 이와 같은 추계결정의 방법은 경제적 실질에 반하는 합리성이 결여된 것일 뿐만 아니라 관계 법령에도 반하므로 위법하다. 국내 의류 OEM 업체 13개의 평균 영업이익율은 5.7%에 불과하므로 30%를 상회하는 의류제조업의 업종별 부가가치율을 적용하여 시가를 산정한 것은 합리성과 타당성이 결여되어 위법하다. 또한, 부당행위계산부인에 따른 시가 계산에 관한 법인세법 제52조 제4항, 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호, 상속세 및 증여세법 제62조 제2항, 같은 법 시행령 제52조 제2항 제1호에 의하면 상품 등 동산의 평가는 그것을 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 따르되, 그 가액이 확인되지 아니할 때에는 장부가액으로 평가하여야 한다. 위와 같이 의류제조업의 업종별 부가가치율을 적용하여 산정된 시가는 위법하므로 이를 의류의 예상처분가액이라고 볼 수 없고, 달리 그 가액이 확인되지 않음에도 피고들은 장부가액으로 그 시가를 인정하지 아니하고 부가가치세법상 추계결정․경정의 방법에 따라 의류의 시가를 산정하였으므로 이는 위법하다. 따라서 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)은 취소되어야 한다(이하 ‘이 사건 ④주장’이라 한다).

3) C거래 관련 매출누락액 산정의 위법

피고들은 ITC 전산프로그램에서 확인되는 매출액과 실제 신고 매출액을 비교하여 그 차액만큼을 매출누락액으로 삼았다고 주장할 뿐, 과세처분의 과세표준 및 세액의 객관적 존부가 다투어지는 이 사건에서 그 세액의 산정근거 및 그 적법성에 관하여 충분히 입증하지 못하고 있으므로, C거래 관련 종합소득세, 법인세, 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지(제1 내지 3부과처분, 제4부과처분 중 일부, 제6 내지 9부과처분, 이 사건 소득금액변동통지)는 모두 위법하므로 취소되어야 한다(이하 ‘이 사건 ⑤주장’이라 한다).

4) 이 사건 부과처분 중 부당무신고 또는 부당과소신고가산세 부분의 위법

이 사건 전산자료는 세법상 장부에 해당하지 않으므로, 이 사건 전산자료를 기준으로 원고가 법인세 및 소득세와 부가가치세를 각 신고할 것을 기대할 수 없었다. 원고들의 과소신고행위에 적극적인 부정행위가 개입되었다고 볼 만한 사정이 존재하지 아니한다. 따라서 이 사건 부과처분 중 부당무신고 또는 부당과소신고가산세 부분은 모두 위법하므로 취소되어야 한다(이하 ‘이 사건 ⑥주장’이라 한다).

나. 피고들의 주장

1) 원고 회사는 A거래를 통해 임가공업체로부터 가공된 의류를 공급받아 이를 법인사업장 및 개인사업장에 공급하는 B거래를 하였다.

2) 이 사건 전산자료는 실제 매출을 정확하게 반영하고 있고, 여기에 중복 출고분이 포함되어 있다고 볼 수 없으므로 매출누락분 산정에는 아무런 오류가 없다.

3) 피고들은 B거래와 관련한 법인세 및 부가가치세의 과세표준을 산정함에 있어 원고 회사가 관리하던 생산작업지시서, 원가계산서 등에서 개당생산비용이 확인되는 상품에 관하여는 개당생산비용을 매출원가로 삼았고, 개당생산비용이 확인되지 않는 일부 상품에 관하여는 해당 상품의 이 사건 전산자료에 기재된 입고단가(원가계산서에 기재된 판매가와 같은 금액이다)에 0.5를 곱한 금액을 매출원가로 간주하였다. 매출액을 산정함에 있어서는 원칙적으로 입고단가를 기준으로 하여야 하나, 원고 회사에 유리하게 입고단가보다 낮은 금액의 개당생산비용으로 매출액을 산정한 것이고, 설령 이와 달리 보더라도 개당생산비용이 대체로 입고단가에 0.5를 곱한 금액보다 크므로 피고들이 산정한 매출원가는 개당생산비용보다 소액이고 이에 따라 산출된 세액은 정당세액의 범위 내에 있으므로 이를 위법하다고 볼 수 없다.

4) 부당행위계산부인에 따른 시가 계산에 관한 법인세법 제52조 제4항, 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호, 상속세 및 증여세법 제62조 제2항, 같은 법 시행령 제52조 제2항 제1호에 의하면, 상품 등 동산의 평가는 그것을 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액이므로, 의류제조업의 부가가치율을 적용하여 원고 회사가 공급한 의류의 시가를 산정한 것은 의류를 처분할 때 취득할 수 있는 예상가액을 합리적으로 산출한 것이므로 적법하다.

5) 원고들은 실제 매출내역을 담고 있는 이 사건 전산자료가 있음에도 불구하고 허위장부(을 제15호증)에 근거하여 법인세, 소득세 및 부가가치세 신고를 하였고, 실제 매출내역이 기재된 판매일보 등 원시장부를 파기하였으므로, 이러한 행위는 사기 그 밖의 부정한 행위에 해당한다. 따라서 부당무신고 또는 부당과소신고가산세 부과는 적법하다.

다. 관계 법령

별지5 기재와 같다.

라. 판단

1) A, B거래가 존재하였는지 여부

갑 제18호증, 을 제11, 18 내지 23호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 원고 회사가 원단과 부자재 등을 구입하고 임가공업체에 가공을 의뢰하여 완성된 의류를 공급받는 A거래와 위 의류를 생산원가에 법인사업장 및 개인사업장에 각 공급하는 B거래가 존재하였다고 보는 것이 맞고, 이에 어긋나는 갑 제15, 19호증의 각 기재는 믿기 어려우며, 원고들이 제출한 나머지 증거들만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 이 사건 ①주장은 이유 없다.

■ 원고 김AA의 진술   ○ 원고 회사 본점에서 제조한 의류는 제품판매를 위해 법인사업장 및 개인사업장에 공급되고, 법인 사업장 및 개인사업장에서는 100% 원고 회사 본점에서 제조한 의류를 매입한 후 도매업자 및 일반소비자에게 판매한다. 원고 회사 본점에서 생산업자로부터 물건을 매입하는 것이 대부분이고 법인사업장에서 간혹 매입하기도 한다. ○ 원고 김AA과 원고 회사 본점 디자인실이 협의를 해서 어떤 상품을 준비할 것인지 회의를 한다. 샘플작업 후 상품을 판매하기로 결정되면, 생산작업지시서를 작성해서 임가공업체에 제공한다. 임가공업체를 선정하는 것도 원고 김AA과 디자인실이 협의한다. 원단 및 자재를 임가공공장에 제공하고 물건을 생산한다. 공장에서 생산한 물품은 수량을 체크하기 위해 원고 회사 본점에 입고되고, 본점에서 수량을 체크한 후 자체 운송 차량을 이용하여 법인사업장 및 개인사업장으로 운송된다. ○ 원고 김AA과 디자이너가 회의를 한 후 디자이너가 작성한 생산작업지시서를 원고 김AA이 승인하면, 디자이너가 원부자재업체에 발주서를 팩스로 송부한다. 디자이너가 발주서를 송부하고 지출결의서를 작성하여 원고 김AA에 제출하면 원고 김AA이 정리 후 전체 지출결의서 금액을 현금으로 디자이너실장 또는 이CC 차장에게 지급한다. 디자이너들이 원단 및 부자재업체에 방문해서 대금을 선 지급하면, 원부자재업체가 당일 물건을 본점으로 가져다준다. ○ 법인사업장, 개인사업장별로 판매일보, 거래명세표를 작성한다. 매일 본점으로 제출되는데, 며칠간 보관하다가 파기한다.   ■ 이CC의 진술   ○ 원고 회사 본점 디자인실에서 원부자재업체에 원단과 부자재를 발주하면 원부자재가 본점으로 도착한다. 담당디자이너가 발주한 대로 제대로 도착했는지 검수를 한다. 원부자재가 도착해서 검수가 되면 이CC 차장이 임가공업체 사장에게 전화를 해서 원단 등을 가져가 달라고 연락한다. 이CC 차장이 임가공업체에서 상품이 언제 생산되는지 수시로 체크하고 빨리 제작되도록 독려하 기도 한다. 임가공 공장에서 상품이 완성되면 본점으로 상품이 도착한다. 그런 다음에 상품을 법인사업장 및 개인사업장 등으로 운송한다. ○ 원고 회사 본점 디자인실에서 처음 여성의류를 제작할 경우 임가공업체에 생산작업지시서를 작성, 제공한다. 임가공업체에서는 원부자재를 원고 회사 본점에서 찾으러 오면서 생산작업지시서를 받아보고, 디자인실에서 생산작업지시서 내용을 임가공업체에게 구체적으로 설명해 준다. 이후 물건이 잘 팔리면 재차 임가공을 요청하는데, 종전에 생산작업지시서를 이미 제공하였으므로, 새로이 생산작업지시서를 작성하지는 않고 이CC 차장이 노트에 기재해서 임가공공장의 생산현 황을 관리한다.   ■ 박DD의 진술   ○ 원고 회사 본점에서 이CC 차장이 본점 차량으로 상품을 공급하는데, 박DD이 상품과 함께 출고장을 교부받아 출고장대로 상품이 코00에 입고되었는지 수량을 확인한다. 소비자 및 도매업 자로부터 판매대금을 현금, 카드 또는 계좌로 수령하고 일일 판매대금을 ITC 전산프로그램 및 판매일보에 기재한다. 매일 결산한 판매대금을 판매 익일 원고 김AA 또는 이CC 차장에게 지급한다. 매일 판매대금을 정산해서 줄 때 판매매출일보 및 거래명세표, 코00에서 지출한 식대, 운송비 등에 대한 영수증도 함께 준다. ○ 박DD은 매일 판매기록을 결산한 후 매출일보를 작성하고, 동일한 내용을 ITC 전산프로그램에 입력한다.   ■ 김EE의 진술   ○ 원고 회사 본점에서 이CC 차장이 본점 차량으로 상품을 가지고 온다. 이CC 차장이 물건을 가지고 오면서 출고장도 함께 가지고 온다. 김EE은 출고장을 받아 상품이 제대로 입고되었는지 수량을 체크한다. 김EE은 대부분 도매업자로부터 현금 또는 계좌로 판매대금을 수령하고 일일판매대금을 ITC 전산프로그램 및 판매일보에 기재한다. 김EE은 매일 결산한 판매대금을 모아서 판매 익일 원고 김AA 또는 이CC 차장에게 지급한다. 매일 판매대금을 정산해서 줄 때 판매매출일보 및 거래명세표, 지출한 식대, 운송비 등에 대한 영수증도 함께 준다. ○ 김EE은 매일 판매기록을 결산한 후 일일 매출일보를 작성하고, 동일한 내용을 ITC 전산프로그 램에 입력한다. ○ 판매일보에 일일매출액을 집계하여 작성한 후 이를 ITC 전산프로그램에 입력하였다. 두 개는 동 일한 내용이다.

가) 원고 김AA과 원고 회사 본점에서 의류생산을 담담하고 있는 이CC 차장 및 개인사업장 중 코00의 의류판매직원인 박DD, 법인사업장 중 동대문점의 의류판매직원인 김EE은 피고 00세무서장으로부터 세무조사를 받으면서 아래와 같은 취지로 진술하였다.

 

원고 김AA 등의 위 진술에 의하면, 원고 회사 본점에서 원고 김AA이 디자이너들과 협의를 거쳐 의류생산과 판매에 대한 최종 의사결정을 한 것으로 보이고, 원고 회사 본점과 원부자재업체 사이에서는 원고 회사 본점 디자인실에서 원부자재업체에 발주를 한 후 원고 김AA으로부터 지출을 승인받아 대금을 지급하고 원부자재를 공급받아 이를 검수한 것으로 보이며, 원고 회사 본점과 임가공업체 사이에서는 임가공업체가 원고 회사 본점으로 원부자재를 가지러 올 때 원고 회사 본점 디자인실에서 의류에 대한 생산작업지시서를 교부하면서 구체적인 작업지시를 하고, 그 이후의 제작 및 납품 단계에서는 원고 회사 본점 직원인 이CC 차장이 관리를 한 것으로 보이고, 임가공업체가 의류제작을 완료하여 원고 회사 본점으로 납품하면 원고 회사 본점 차량으로 각 법인사업장과 개인사업장에 이를 공급한 것으로 보인다. 또한 이 사건 각 사업장에서는 원고 회사 본점으로부터 의류를 공급받을 때 출고장을 교부받아 공급수량 및 상태 등을 검수한 것으로 보이고, 이 사건 각 사업장별로 판매일보를 작성하여 매출관리를 한 것으로 보인다. 그렇다면 원고 회사 본점이 단지 물류창고의 역할만 한 것이라고 보기는 어렵다.

나) 이 사건 전산자료 중 ‘2011매출’ 파일에는 출고매장 란에 ‘본사’라고 기재되어 있고, 출고구분 란에 ‘본사출고’라고 기재되어 있으며, 원고 회사 본점으로부터 일자별로 이 사건 각 사업장에 출고된 상품내역이 상세하게 기재되어 있다.

다) 법인사업장 중 동대문점은 2012년 1기 부가가치세 예정신고를 하면서 공급가액 81,345,453원, 세액 8,134,547원으로 하여 원고 회사 본점과의 매입거래를 신고하였는바, 원고 회사 본점과 이 사건 각 사업장 사이에 의류공급거래가 존재하지 않았다는 원고들의 주장은 믿기 어렵다.

라) 이 사건 과세기간 중 이 사건 각 사업장이 임가공업체로부터 세금계산서를 발급받아 이를 신고한 내역이 없으므로, 이 사건 각 사업장이 원고 회사 본점을 거치지 않고 임가공업체와 직거래를 하였다는 원고들의 주장은 믿기 어렵다.

2) B거래 관련 매출누락액 산정의 위법 여부

가) 이 사건 ②주장에 관하여

갑 제11, 18호증, 을 제22, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들에 비추어 볼 때, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 파일에 이월상품과 재출고상품 등 중복 출고된 상품이 포함되어 있다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고들의 이 사건 ②주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 파일에는 이월상품 또는 재출고상품에 관한 기재가 전혀 없다.

(2) 개인사업장 중 코00의 의류판매직원인 박DD은 세무조사 당시 ‘일부 손님에게 판매되지 않은 물건은 코00 사업장 뒤 창고에 보관하고 있으며, 가급적 재고상품은 할인을 많이 해서라도 판매하려고 한다.’라고 진술하였고, 법인사업장 중 동대문점의 의류판매직원인 김EE은 세무조사 당시 ‘매일 입고되는 물량을 ITC 전산프로그램에 입력하고 있고, 재고현황도 ITC 전산프로그램을 통해 입력, 관리하고 있다.’라고 진술하였다. 이에 의하면 이 사건 각 사업장별로 재고상품을 각자의 창고에 보관하면서 전산으로 관리하고 있었던 것으로 보이는바, 이 사건 각 사업장의 재고상품을 모두 본점으로 입고한 후 다시 출고하였다는 원고들의 주장은 선뜻 믿기 어렵다.

(3) 원고들은 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 파일에 이월상품과 재출고상품 등 중복 출고된 상품 부분(2011년부터 2013년까지 총 1,066,748,258원 상당)이 포함되어 있음을 증빙할 만한 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다.

나) 이 사건 ③주장에 관하여

피고들은, 원칙적으로 이 사건 전산자료 중 사업연도별 본사출고 파일에 기재된 입고단가(출고단가와 같은 금액이다)를 원고 회사 본점의 이 사건 각 사업장에 대한 매출액으로 삼아야 하지만, 원고 회사에 유리하게 위 입고단가보다 낮은 금액인 원가계산서에 기재된 단가(공장도가) 즉, 개당생산비용을 매출액으로 삼았고, 원가계산서가 없는 상품(전체 상품코드 중 11%)의 경우 나머지 상품의 개당생산비용이 평균적으로 본사출고 파일에 기재된 입고단가의 55%에 해당하는 금액인 점에 착안하여 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 개당생산비용으로 보아 이를 매출액으로 삼았으므로, 이는 합리적인 계산 방법이고 정당세액의 범위 내에 있다는 취지로 주장하고, 이에 대하여 원고들은 위와 같은 방법으로 법인세의 과세표준인 사업소득과 부가가치세의 과세표준인 공급가액을 각 산정하는 기초가 되는 매출액을 산정한 것은 부분추계에 해당하여 위법하다는 취지로 주장함은 앞서 본 바와 같다.

피고들이 B거래와 관련한 매출액을 산정함에 있어 본사출고 파일에 기재된 상품의 매출액을 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액으로 산정한 것은 실지조사방법이 아니라 추계조사방법에 의한 것임은 명백하다. 따라서 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 원고 회사 본점에 대한 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분(제5부과처분)은 추계과세임을 전제로 하여 그 적법 여부에 관하여 살펴보기로 한다.

(1) 추계과세로서의 합리성과 타당성을 갖추었는지 여부

실지조사결정에 의한 과세표준과 세액의 결정이 불가능하여 추계조사결정을 할 사유가 있는 경우라 하더라도 합리적이고 타당성 있는 방법에 의하여야 하며, 그와 같은 추계방법의 합리성과 타당성에 관하여는 처분의 적법성을 인정받고자 하는 과세관청이 이를 주장·증명할 책임이 있다(대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두11576 판결). 과세관청이 소송에서 추계과세의 요건에 관하여 입증하지 못하였다면 특별한 사정이 없는 한 과세관청이 한 추계과세가 위법하므로 이를 전부 취소할 수밖에 없다(대법원 1999. 10. 8. 선고 98두915 판결 참조).

을 제11, 16, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 회사 본점에서 임가공업체에 상품제작을 의뢰하여 이를 납품받는 과정에서 작성된 원가계산서에는 판매가가 기재되어 있는데, 이는 이 사건 각 사업장에서 해당 상품을 판매할 때 적용되는 예상 판매가인 사실, 원고 김AA이 상품별로 위 예상 판매가를 정하여 온 사실, 위 예상 판매가가 본사출고 파일에 기재된 해당 상품의 입고단가와 같은 금액인 사실, 원고 회사 본점은 이 사건 각 사업장에 이윤을 남기지 않고 생산원가로 상품을 공급한 사실을 각 인정할 수 있다. 그렇다면 이 사건 각 사업장에서 판매할 때의 예상 판매가인 위 입고단가를 원고 회사 본점의 이 사건 각 사업장에 대한 매출액의 산정기준으로 삼을 수는 없고, 생산원가를 토대로 매출액을 산정해야 함을 알 수 있다. 따라서 피고들이 원고 회사 본점의 이 사건 각 사업장에 대한 매출액을 산정함에 있어 위 입고단가보다 낮은 금액을 기준으로 삼은 것만으로 정당세액의 범위 안에서 원고 회사에 더 유리하게 매출액을 산정한 것이라고 볼 수는 없다.

나아가 피고들은 원가계산서가 존재하지 않아 실제 생산원가를 알 수 없는 상품(전체 상품코드 중 11%)의 경우에는, 원가계산서가 존재하는 상품의 생산원가가 평균적으로 입고단가의 55%인 점에 착안하여, 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 그 생산원가로 보아 이를 매출액으로 삼았으나, ① 앞서 본 바와 같이 입고단가는 원고 김AA이 이 사건 각 사업장에서 판매할 때의 예상 판매가를 정한 것인데 이를 정하기 위한 일관되고 합리적인 기준은 없어 보이는 점, ② 피고들의 주장에 의하더라도 상품별로 그 생산원가가 입고단가의 50% 미만인 경우도 있고, 그 반대인 경우도 있다는 것이고, 상품별 특성에 따라 그 생산원가와 입고단가의 상관관계가 다양하게 나타날 수도 있을 것으로 보이는 점, ③ 원가계산서가 존재하지 않아 실제 생산원가를 알 수 없는 상품들의 실제 생산원가가 모두 해당 입고단가의 50% 미만일 가능성도 배제하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들이 추계의 방법으로 산정한 생산원가가 실제 생산원가의 범위 안에 있다고 단정하기 어렵다. 그렇다면 피고들이 사용한 추계의 방법과 내용이 합리성과 타당성을 갖춘 것이라고 할 수 없다.

(2) 부분추계의 위법성

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방식이 아니므로 위법하다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 피고들이 B거래와 관련하여 법인세의 과세표준인 사업소득과 부가가치세의 과세표준인 공급가액을 각 산정함에 있어 일부 상품에 대하여는 원가계산서상의 생산원가를 기준으로 한 실지조사의 방법을, 나머지 상품에 대하여는 본사출고 파일에 기재된 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 그 생산원가로 보는 추계조사의 방법을 각 사용하였음은 앞서 본 바와 같은바, 이는 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정한 것으로 위법하다.

(3) 소결론

따라서 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 원고 회사 본점에 대한 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분(제5부과처분)은 그 추계조사의 방법이 합리성과 타당성을 갖추지 못하였을 뿐만 아니라, 단일한 과세목적물에 대하여 부분추계가 이루어진 경우에 해당하여 위법하고, 이를 지적하는 원고들의 이 사건 ③주장은 이유 있다.

다) 이 사건 ④주장에 관하여

법인세법 제52조 제1항은, 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은, 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은, 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호는, 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 의한다고 규정하고 있고, 상속세 및 증여세법 제62조 제2항은, 상품, 제품, 서화, 골동품, 소유권의 대상이 되는 동물, 그 밖의 유형재산에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다고 규정하고 있으며, 상속세 및 증여세법 시행령 제52조 제2항 제1호는, 법 제62조 제2항의 규정에 의한 평가를 함에 있어, 상품·제품·반제품·재공품·원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액에 의하고, 다만, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 한다고 규정하고 있다.

위 각 규정에 의하면, B-1 거래와 관련하여 원고 회사의 대표자로서 원고 회사와 특수관계에 있는 원고 김AA이 운영하는 개인사업장이 원고 회사 본점으로부터 의류를 생산원가에 공급받음으로써 원고 회사의 소득을 부당하게 감소시킨 행위를 부인하고 원고 회사가 위 거래로 얻은 정당한 소득금액을 계산함에 있어, 먼저 개인사업장이 원고 회사 본점으로부터 공급받은 의류의 시가를 기준으로 계산하여야 하고, 그 시가가 불분명한 경우에는 위 의류를 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 기준으로 계산하여야 하며, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 계산하여야 함을 알 수 있다.

피고들은 법인세법 제52조에 따라 원고 회사 본점이 개인사업장에 의류를 생산원가로 공급한 B-1거래를 부인한 다음, 위 의류의 시가가 불분명하다고 보아 위 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 기준으로 원고 회사의 정당한 소득금액을 산정하기로 하고, 위 생산원가에 의류제조업 업종평균부가가치율(2011년 33.1%, 2012년 35.27%, 2013년 35.49%)을 적용하여 산출한 값을 위 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액으로 보아 원고 회사에 대하여 법인세 부과처분(제4부과처분 중 일부)을 하였다.

갑 제13호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들을 종합하여 볼 때, 피고들이 B-1거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 정당한 소득금액을 산정함에 있어 의류제조업 업종평균부가가치율을 적용한 것은 합리성과 타당성을 벗어난 것으로 위법하다고 봄이 타당하다. 따라서 원고들의 이 사건 ④주장은 이유 있다.

(1) 법인세법 제52조 등 부당행위계산부인 규정에 의하여 원고 회사 본점과 개인사업장 사이의 B-1거래를 부인하고 원고 회사가 B-1거래를 통해 의류를 공급하고 얻었을 정당한 소득금액을 계산함에 있어 위 의류의 시가가 불분명한 경우에 적용되는 ‘위 의류를 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액’은 위 의류 또는 이와 상표, 디자인, 재질 등이 유사한 의류를 기준으로 한 처분가액을 의미한다고 보아야 한다. 그런데 피고들은 부가가치세의 과세표준인 매출금액의 추계를 위해 마련된 규정인 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제21조 제2항 제1호 및 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제4호 마목을 적용하여 B-1거래를 통해 공급된 의류의 생산원가에 의류제조업의 업종평균부가가치율을 곱한 액수를 더한 금액을 ‘위 의류를 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액’으로 보아 이를 과세표준으로 하여 법인세를 부과하였다. 그러나 의류제조업의 규모와 영업방식은 매우 다양하므로 의류제조업의 업종평균부가가치율이 외주가공을 통해 의류를 생산하는 원고 회사의 부가가치율을 정확하게 반영한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 의류제조업의 평균적인 부가가치율을 이용하여 매출금액 상당을 계산해 내는 방법은 그 자체로 부당행위계산이 문제된 특정 의류 또는 이와 상표, 디자인, 재질 등이 유사한 의류를 기준으로 한 처분가액을 산정하는 방법으로는 적정하다고 보기 어렵다.

(2) 더구나 국내 주요 의류 OEM 업체 중 병행사업 보유업체를 제외한 8개 업체의 2011년 평균 영업이익률은 7.28%에 불과한 점에 비추어 볼 때, 연 30%를 초과하는 의류제조업 업종평균부가가치율(2011년 33.1%, 2012년 35.27%, 2013년 35.49%)을 적용하여 원고 회사 본점과 개인사업장 사이의 B-1거래를 통해 공급된 의류의 시가 내지 처분가액을 산정한 것은 상당성을 결여하였다고 보인다.

라) 소결론

그렇다면, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분{제4부과처분 중 일부(가산세 포함)}과 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분{제5부과처분(가산세 포함)}은 모두 취소되어야 한다. 그런데 피고들은 원고 회사에 대하여 부과한 법인세인 제4부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분을 제외한 나머지 C-2거래에 관련된 부분의 세액을 산출하지 못하고 있으므로, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분{제4부과처분(가산세 포함)}은 그 전체가 취소될 수밖에 없다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 참조).

5) C거래 관련 매출누락액 산정의 위법 여부

피고들이 C거래와 관련하여 이 사건 전산자료상 확인되는 이 사건 각 사업장의 매출액과 신고 매출액을 비교하여 매출누락액을 산출해 낸 다음 원고 김AA에게 종합소득세 및 부가가치세를, 원고 회사에 법인세를 각 부과한 사실은 앞서 처분의 경위에서 보았다.

갑 제18호증, 을 제12, 22, 23, 25호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 전산자료는 업무과정에서 계속적, 반복적으로 작성되어 온 것으로 그 정확성 및 신뢰성이 담보된다고 할 것이므로, 과세자료로서의 적격성이 인정된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 이 사건 ⑤주장은 이유 없다.

가) 이 사건 전산자료에는 원고 회사의 매출액 및 입·출고 현황, 이 사건 각 사업장의 판매내역, 일일판매내역 등이 구체적으로 수록되어 있다.

나) 이 사건 각 사업장의 판매내역에는 신용카드매출과 현금매출이 구분되어 있는데, 신용카드매출내역은 국세청 자료와도 그 내용이 일치한다.

다) 개인사업장 중 코00의 의류판매직원인 박DD과 법인사업장 중 동대문점의 의류판매직원인 김EE은 세무조사 당시 ‘매일 판매기록을 결산한 후 일일 매출일보에 기재하고, 같은 내용을 ITC 전산프로그램에 입력한다.’라고 진술하였다.

라) 원고 김AA은 물류관리프로그램 운용업체인 ITC에 2015. 5. 26. 및 2015. 6. 3. 두 차례에 걸쳐 연락을 하여 ITC 전산프로그램 서버에 저장된 원고 회사의 판매데이터, 입출고 데이터, 재고현황 등 전산자료 일체의 삭제를 요청하였고, 이에 ITC는 위 전산자료를 삭제하였다. 이 사건 전산자료에 실제 매출액 등이 기재되어 있지 않았다면 원고 김AA이 세무조사기간 중에 위와 같이 이 사건 전산자료의 삭제를 요청하지는 않았을 것으로 보인다.

6) 이 사건 부과처분 중 부당무신고 및 부당과소신고가산세 부분의 위법 여부

가) 제4, 5부과처분에 포함된 가산세 부분

제4, 5부과처분(가산세 포함)은 모두 취소되어야 함은 앞서 살펴본 바와 같으므로, 제4, 5부과처분 중 부당무신고 및 부당과소신고가산세에 대한 원고들의 이 부분 주장에 관하여는 별도로 판단하지 아니한다.

나) 제1 내지 3, 6 내지 9부과처분에 포함된 가산세 부분

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는, 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은, 법 제26조의2 제1항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다고 규정하고 있으며, 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것) 제3조 제6항은, 사기나 그 밖의 부정한 행위란 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(제1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호), 장부와 기록의 파기(제3호), 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐(제4호), 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작(제5호), 조세특례제한법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작(제6호), 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)’로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다고 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제1호는, ‘부정행위’로 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세 및 종합부동산세의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우에는 가산세를 부과한다고 규정하고 있다.

갑 제31호증, 을 제11, 15, 25, 30호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 김AA이 세무조사 당시 ‘이 사건 각 사업장에서 작성한 판매일보, 거래명세표를 며칠간만 보관하다가 모두 파기하였다.’라고 진술한 사실, 원고들이 이 사건 전산자료와 별도로 이중장부(을 제15호증)를 작성하고 여기에 위 전산자료상의 실제 매출액보다 과소한 금액을 기재하여 이를 근거로 과세신고를 한 사실, 원고 김AA이 물류관리프로그램 운용업체인 ITC에 2015. 5. 26. 및 2015. 6. 3. 두 차례에 걸쳐 연락을 하여 ITC 전산프로그램 서버에 저장된 원고 회사의 판매데이터, 입출고 데이터, 재고현황 등 전산자료 일체의 삭제를 요청하였고, 이에 ITC가 위 전산자료를 삭제하기도 한 사실, 원고 김AA이 C거래와 관련하여 이 사건 과세기간 중 매출액을 과소신고하여 원고 김AA의 종합소득세, 이 사건 각 사업장의 부가가치세 및 원고 회사의 법인세를 포탈하였다는 내용의 조세범처벌법위반죄, 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄로 기소되어 제1심(△△△△지방법원 2016고합174) 및 그 항소심(△△고등법원 2017노303)에서 유죄판결을 선고받은 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면 원고들은 C거래와 관련하여 부정행위로 원고 김AA의 종합소득세와 이 사건 각 사업장의 부가가치세의 각 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고하였다고 할 것이므로, 이에 대하여 피고들이 부당무신고 및 부당과소신고가산세를 부과한 것은 적법하다.

따라서 C거래와 관련한 제1내지 3, 6 내지 9부과처분에 포함된 부당무신고 및 부당과소신고가산세가 위법하다는 원고들의 이 사건 ⑥주장은 이유 없다.

 

3. 결론

그렇다면 원고 김AA의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하고, 원고 회사의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

 

 

 

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4. 서울고등법원2018누54578(2019.01.31)

 

[세 목]	소득		[판결유형]	일부국패
[사건번호]	서울고등법원-2018-누-54578(2019.01.31)
[직전소송사건번호]		서울행정법원-2016-구합-73764(2018.06.15)
[심판청구 사건번호]		조심-2016-서-1530(2016.04.04)
[제 목]
부당행위계산부인을 하며 시가를 업종별 평균 부가가치율에 의해 산정한 것은 위법함
[요 지]
원고 회사가 대표자인 원고 개인에게 공급한 거래와 관련해 부당행위계산부인을 하고 시가를 의류제조업 평균 부가가치율을 이용하여 산정하였으나, 의류제조업 평균 부가가치율은 특정 의류의 처분가액을 산정함에 한계가 있음
[판결내용]
판결 내용은 붙임과 같습니다.
[관련법령]	법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

주 문

 

1. 원고들과 피고 ○○세무서장의 항소를 모두 기각한다.

2. 원고 김AA과 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장 사이의 항소비용은 위 원고가 부담하고, 원고 주식회사 BBBB와 피고 ○○세무서장 사이의 항소비용은 위 피고가 부담하며, 원고 주식회사 BBBB와 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장 사이의 항소비용은 위 원고가 부담한다.

 

청구취지 및 항소취지

 

1. 청구취지

가. 원고 김AA

피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장이 원고 김AA에 대하여 한 별지1 목록 순번 1 내지 3 기재 각 종합소득세 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

나. 원고 주식회사 BBBB

피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장이 원고 주식회사 BBBB(이하 ‘원고 BBBB’라 한다)에 대하여 한 별지1 목록 순번 4 내지 9 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다. 피고 ○○세무서장이 2015. 8. 17. 원고 BBBB에 대하여 한 별지3 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

 

2. 항소취지

가. 원고 김AA

제1심판결 중 위 원고에 관한 부분을 취소한다. 위 원고의 청구취지 기재와 같은 판결

나. 원고 BBBB

제1심판결 중 위 원고와 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장에 관한 부분을 취소한다. 위 원고의 위 피고들에 대한 청구취지 기재와 같은 판결

다. 피고 ○○세무서장

제1심판결 중 피고 ○○세무서장에 관한 부분을 취소한다. 원고 BBBB의 위 피고에 대한 청구를 기각한다.

 

이 유

 

1. 처분의 경위

 

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심 판결서 이유 중 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

· 제1심판결서 이유 5쪽 8, 9쪽의 “부인되어야 하고 공급한 의류의 가액을 적정한 시가에 따라 다시 산출한 후” 부분을 아래와 같이 고친다.

『부인되어야 하고 공급한 의류의 가액을 ‘원부자재 비용, 임가공 비용 및 기타 가공비용을 합산한 금액에 개발비(위 합계액의 10%)’를 더한 금액을 매입액으로 보아 ‘매입액 ÷ (1 - 업종별 평균 부가가치율)’의 공식을 적용하여 다시 산출한 후』

 

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

 

가. 원고들의 주장, 피고들의 주장, 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결서 이유 중 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

 

· 6쪽 표 아래 6줄부터 7쪽 5줄까지를 아래와 같이 고친다.

『이 사건 각 사업장은 원부자재업체로부터 원부자재를 공급받은 다음, 의류 임가공업체에 작업을 의뢰하여, 의류 임가공업체로부터 직접 의류를 공급받는 거래를 한 것일 뿐, 원고 회사가 임가공업체로부터 의류를 공급받아 이를 다시 이 사건 각 사업장으로 공급하는 형태의 A, B거래는 존재하지 아니하였다. 원고 회사의 본점 소재지로 되어 있는 건물(서울 동대문구 CCC 00, 이하 ‘K 빌딩’이라고 한다)은 원고 김AA이 원고 회사의 설립 이전부터 운영해온 개인사업장 ‘DD’의 물류창고이자 ‘본사’사무실로 사용해오던 곳으로서, 피고들이 A, B거래가 존재한다는 근거로 삼은 이 사건 전산자료 상의 ‘본사’나 문답서에 기재된 이 사건 각 사업장이나 원고 회사의 직원들이 진술하고 있는 ‘본사’는 원고 회사(본점)가 아니라 위 ‘DD’의 ‘본사’(K 빌딩 사무실)를 의미하는 것이다. 의류 임가공업체들은 이 사건 각 사업장으로 의류를 직접 배송하였으나, 일부 의류의 경우 위 각 사업장의 의류 보관장소가 협소한 관계로 K 빌딩 지하1층에 위치한 ‘DD’의 물류창고에 의류를 임시로 보관하였다가 이 사건 각 사업장으로 배송하는 경우가 있었을 뿐, 원고 회사(본점)가 개인사업장에 의류를 실제로 공급하였거나 법인사업장에 의류를 ‘직매장반출’하였다고 볼 수는 없다. 따라서 원고 회사(본점)가 주체가 되어 이루어진 A, B거래는 존재하지 않았다고 할 것이므로, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 B거래와 관련하여 원고 회사에 대하여 이루어진 부가가치세 부과처분(제5부과처분)은 모두 취소되어야 한다(이하 ‘이 사건 ①주장’이라 한다).』

 

· 10쪽 11줄 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『나아가 ‘장부 또는 그 밖의 증명서류’에 해당되는 과세자료인 이 사건 전산자료를 근거로 이루어진 위와 같은 방식의 매출원가 산정은 ‘추계조사’ 방식에 의한 것으로 볼 수 없으므로 원고들이 주장하는 것과 같은 ‘부분추계’ 내지 혼합과세의 위법은 존재하지 아니한다.』

 

나. A, B거래가 존재하였는지 여부(이 사건 ①주장에 관한 판단)

갑 제15, 18 내지 24, 38 내지 43, 49, 54, 63 내지 65호증, 을 제11, 18 내지 23, 31호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 원고들의 주장과 같이 원고 회사(본점)와 구별되는 개인사업장 중 DD의 ‘본사’가 존재하였다고 인정하기 어렵고, 원고 회사(본점)가 원부자재 업체로부터 원단과 부자재를 구입하여 임가공업체에 가공을 의뢰하여 완성된 의류를 공급받는 A거래와, 공급받은 위 의류를 생산원가에 이 사건 각 사업장에 공급하는 B거래가 존재하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고들의 이 사건 ①주장은 이유 없다.

1) 원고들은 이 법원에 이르러 원고 회사(본점)와 구별되는 원고 김AA의 개인사업장 중 DD의 ‘본사’가 존재한다고 주장하고 있다. 그러나 원고들이 제출한 각 증거들에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 의하면 원고 회사 본점과 구별되는 ‘DD 본사’가 별도로 존재한다고 볼 수 없다.

① 원고들이 원고 회사(본점)가 아닌 ‘DD 본사’의 직원이라고 주장하고 있는 직원들도 원고 회사(본점)의 직원들과 같은 서식으로 동일한 근로조건과 소속 등이 기재된 근로계약서를 작성하였다(특히 근로계약서의 명칭이 ‘DD, ㈜BBBB 연봉계약서’로 되어 있고, 원고 회사(본점)의 직원들의 경우와 마찬가지로 소속이 “본사”라고만 기재되어 있다). 위 직원들의 금융거래내역을 보더라도 원고 김AA 개인으로부터 뿐만 아니라 원고 회사(본점)로부터 급여나 퇴직금을 지급받은 것으로 되어 있다. 또한 위 직원들은 원고 회사의 본점 사무실과 같은 빌딩(K 빌딩)에 소재한 사무실이나 원고 회사의 본점 사무실에서 근무하였던 것으로 보인다. 이러한 사정들에 비추어 보면, 원고 회사의 본점과 별도로 ‘DD 본사’의 직원이 존재하거나 별도의 사무실이 존재하였다고 보기는 어렵다.

② 원고들과 거래하였던 것으로 보이는 임가공업체와 원부자재업체의 각 대표자들은 ‘DD’과 거래하였을 뿐, 원고 회사와 거래한 적이 없다는 취지의 확인서를 작성하여 제출한 바 있다. 그러나 위 확인서들의 기재만으로 위 업체들이 원고 김AA이 사내이사로서 대표로 근무하고 있는 원고 회사와 거래한 적이 없다고 단정할 것은 아니다. 또한 일부 확인서(갑 제19호증의 3, 4)의 경우, 위 각 업체들의 대표가 아닌 원고 김AA이 작성한 것에 불과하다.

나아가 원부자재업체들의 대표들은 그 확인서(갑 제65호증의 1 내지 4)에서 ‘DD’과 거래하였다고 하면서도 원부자재의 대금을 거래의 당사자인 ‘DD’이 아니라 원고 회사의 법인 통장에서 지급받았고, 세금계산서 역시 원고 회사를 수취인으로 하여 발행하였다고 밝히고 있기도 하다.

③ 원고들이 사용한 ITC 전산프로그램에 의하면 “본사”의 매장코드(00000)가 “DD”의 매장코드(001)와 별도로 부여되어 있는데, 위 “본사” 이외에 원고 회사(본점)를 지칭할 만한 매장코드는 별도로 존재하지 않고, 위 “본사”의 주소는 K 빌딩(지하 1층)으로 되어 있다. 또한 이 사건 과세기간 동안 위 ITC 전산프로그램의 월 사용료를 원고 회사 본점이 납부하여 온 것으로 보인다. 따라서 위 ITC 전산프로그램에서의 “본사”는 원고 회사의 본점을 의미하는 것으로 보인다.

④ 나아가 아래에서 보는 것과 같이, 원고 김AA과 원고 회사 본점이나 이 사건 각 사업장에서 근무하였던 직원들도 피고 ○○세무서장으로부터 세무조사를 받으면서 원고 회사 본점의 역할과 그에 따른 거래 방식과 관련하여 진술하고 있을 뿐, 개인사업장 DD과 별도로 ‘DD’의 ‘본사’가 존재함을 전제로 진술하지는 않고 있다.

2) 원고 김AA과 원고 회사 본점에 근무한 것으로 보이는 이CC 차장 및 개인사업장 DD의 의류판매직원 박DD, 법인사업장 동대문점의 의류판매직원인 김UU은 피고 ○○세무서장으로부터 세무조사를 받으면서 아래와 같은 취지로 진술하였다.

■ 원고 김UU의 진술   ○ ㈜BBBB에서 제조한 의류는 전부 제품판매를 위해 ㈜BBBB 지점사업장 및 제가 운영하는 개인사업장 DD, WWWW에 공급되고, ㈜BBBB 지점사업장 및 DD, WWWW에서는 100% ㈜BBBB 본사에서 제조한 의류를 매입한 후 도매업자 및 일반소비자에게 판매한다. 본점에서 사입하는 것이 대부분이고 지점사업장에서 사입하는 경우도 간혹 있다. ○ ㈜BBBB에서 제조한 의류는 전부 제품판매를 위해 ㈜BBBB 지점사업장 및 제가 운영하는 개인사업장 DD, WWWW에 공급되고, ㈜BBBB 지점사업장 및 DD, WWWW에서는 100% ㈜BBBB 본사에서 제조한 의류를 매입한 후 도매업자 및 일반소비자에게 판매한다. 본점에서 사입하는 것이 대부분이고 지점사업장에서 사입하는 경우도 간혹 있다. ○ 제가 디자이너와 회의를 할 때 디자이너가 작성한 생산작업지시서를 보고받는다. 이를 승인하면, 디자이너가 원부자재업체에 발주서를 팩스로 송부한다. 디자이너가 발주서를 송부하고 지출결의서를 작성하여 저에게 갖다주면 제가 정리해서 전체 지출결의서 금액을 현금으로 디자이너실장 또는 이CC 차장에게 지급한다. 디자이너들이 원단 및 부자재업체에 방문해서 대금을 선지급하면, 원부자재업체가 당일 물건을 본사로 가져다준다. ○ 이 사건 전산자료 중 본사입고 파일은 이CC 차장이 입력, 관리하여 왔고, ITC 프로그램은 2008 년경부터 사용하여 왔다. 그 외에 법인사업장, 개인사업장별로 판매일보, 거래명세표를 작성한다. 매일 원고 회사 본점으로 제출되는데, 며칠간 보관하다가 파기한다. ○ 임가공공장에서 ㈜BBBB 본사로 물량이 이동된 후 각 지점 등에 판매되기까지의 과정에서, 2011~2013년에는 매출이 100이라면 생산원가는 65~70, 인건비 및 판매관리비 등 제경비 25 정도여서 실제 마진은 5% 정도이다.   ■ 이CC의 진술   ○ 임가공공장에서 본사로 입고되는 물품 수령 후 지점판매장에 출고하는 업무를 주로 담당하였다. ○ 원단과 부자재를 디자인실에서 원부자재업체에 발주하면 원부자재가 본사로 도착한다. 담당디자 이너가 발주한 대로 제대로 도착했는지 검수를 한다. 원부자재가 도착해서 검수가 되면 제가 임가공업체 사장에게 전화를 해서 원단 등을 가져가 달라고 연락한다. 제가 임가공업체에서 상품이 언제 생산되는지 수시로 체크하고 빨리 제작되도록 독려하기도 한다. 임가공 공장에서 상품이 완성되면 본사로 상품이 도착한다. 그런 다음에 상품을 ㈜BBBB 지점사업장 및 DD 등 판매장으로 운송한다. ○ ㈜BBBB 디자인실에서 처음 여성의류를 제작할 경우 임가공업체에 생산작업지시서를 작성, 제공한다. 임가공업체에서는 원부자재를 ㈜BBBB 본사에서 찾으러 오면서 생산작업지시서를 받아보고, 디자인실에서 생산작업지시서 내용을 임가공업체에게 구체적으로 설명해 준다. 이후 물건이 잘 팔리면 재차 임가공을 요청하는데, 종전에 생산작업지시서를 이미 제공하였으므로, 새로이 생산작업지시서를 작성하지는 않고 제가 노트에 기재해서 임가공공장의 생산현황을 관리한다. ○ 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 전산파일은 위 기간 동안 BBBB 본사로 입고된 의류가 BBBB 지점 및 DD, WWWW 등에 출고한 내역을 보여주는 자료이고, 그 세부내용으로 출고일자, 입고된 판매장, 개별상품별 출고수량, 입고단가 등이 기재되어 있다. ○ 전산자료에 따르면, 2013년에는 본사에 보관되어 있는 107,464개의 의류 중 DD 매장으로 42,878개, 동대문 매장으로 30,586개, QQQ 매장으로 7,437개, ZZZ 매장으로 20,325개, 대치점 매장으로 2,558개, PPP 매장으로 3,679개가 출고되었다.   ■ 박DD의 진술   ○ 2009. 4.부터 DD 매장에서 손님들에게 의류를 판매하는 업무(매니저)를 담당하고 있다. ○ 상품은 본사에서 본사 차량으로 물류담당자인 이CC 차장이 공급하는데, 상품과 함께 출고장을 교부받아 출고장대로 상품이 DD 판매장에 입고되었는지 수량을 확인한다. 소비자 및 도매업 자로부터 판매대금을 현금, 카드 또는 계좌로 수령하고 일일 판매대금을 ITC 전산프로그램 및 판매일보에 기재한다. 매일 결산한 판매대금을 판매 익일 사장님 또는 이CC 차장에게 지급한다. 매일 판매대금을 정산해서 줄 때 판매매출일보 및 거래명세표, DD에서 지출한 식대, 운송비 등에 대한 영수증도 함께 준다. ○ 저는 매일 판매기록을 결산한 후 매출일보를 작성하고, 동일한 내용을 ITC 전산프로그램에 입력 한다. DD 같은 지점판매장의 경우 매일 판매기록을 지점담당자(매니저)가 ITC 전산프로그램에 입력한다. 저는 재고기록은 열람만 할 수 있고, 지점판매장의 매일 판매기록은 제가 입력권한이 있어 입력했다. 식대, 운송료, 수선비 등 매장 운영에 소요되는 비용은 하루에 10만 원이 약간 넘는 정도인데, 이것도 전산에 입력한다.   ■ 김EE의 진술   ○ 2010년부터 2014. 8.까지 ㈜BBBB 동대문지점 매니저로 근무하였다. ○ 상품은 본사에서 본사 차량으로 물류담당자인 이CC 차장이 가지고 온다. 이CC 차장이 물건 을 가지고 오면서 출고장도 함께 가지고 온다. 김UU은 출고장을 받아 상품이 제대로 입고되었는지 수량을 체크한다. 저는 대부분 도매업자로부터 현금 또는 계좌로 판매대금을 수령하고 일일판매대금을 ITC 전산프로그램 및 판매일보에 기재한다. 김UU은 매일 결산한 판매대금을 모아서 판매 익일 사장님 또는 이CC 차장에게 지급한다. 매일 판매대금을 정산해서 줄 때 판매매출일보 및 거래명세표, 지출한 식대, 운송비 등에 대한 영수증도 함께 준다. ○ 저는 매일 판매기록을 결산한 후 일일 매출일보를 작성하고, 동일한 내용을 ITC 전산프로그램에 입력하였고, 재고현황 역시 위 ITC 전산프로그램에 모두 입력하였다. ○ 판매일보에 일일매출액을 집계하여 작성한 후 이를 ITC 전산프로그램에 입력하였다. 두 개는 동 일한 내용이다.

 

원고 김AA 등의 위 각 진술에서 “본사”는 “DD” 또는 “DD 판매장”과 명백히 구별되는 개념으로 사용되고 있고, 위 각 진술의 취지에 따르면 이는 원고 회사 본점을 가리키는 것으로 볼 수밖에 없다. 한편 위 각 진술에 따르면, 원고 회사 본점 디자인실에서 원부자재업체에 발주를 한 후 원고 김AA으로부터 지출을 승인받아 대금을 지급하고 원부자재를 공급받아 이를 검수하였으며, 그 후 임가공업체가 원고 회사 본점으로 원부자재를 가지러 올 때 원고 회사 본점 디자인실에서 의류에 대한 생산작업지시서를 교부하면서 구체적인 작업지시를 하였고, 임가공업체가 의류제작을 완료하여 원고 회사 본점으로 납품하면 원고 회사 본점 차량으로 각 법인사업장과 개인사업장에 이를 공급한 것으로 보인다. 또한 이 사건 각 사업장에서는 원고 회사 본점으로부터 의류를 공급받을 때 출고장을 교부받아 공급수량 및 상태 등을 검수한 것으로 보이고, 이 사건 각 사업장별로 판매일보를 작성하여 매출관리를 한 것으로 보인다. 그렇다면 원고 회사의 본점은 임가공업체로부터 완성된 의류를 공급받아 이를 이 사건 각 사업장으로 공급하는데 있어 핵심적인 역할을 했던 것으로 보이고, 단지 K 빌딩에 소재한 물류창고에서 완성된 의류를 보관하다가 이 사건 각 사업장으로 의류를 배송하는 역할에 그친 것이 아니다.

3) ITC 전산프로그램에 저장되어 있던 이 사건 전산자료 중 사업연도별 본사출고파일에는 출고매장 란에 “본사”라고 기재되어 있고, 출고구분 란에 ‘본사출고’라고 기재되어 있으며, 일자별로 이 사건 각 사업장에 출고된 상품내역이 상세하게 기재되어 있다. 원고들은 ITC 전산프로그램을 DD이 ‘본사’로서 운영하였다고 주장하나, DD 사업장의 매니저였던 박DD은 ITC 전산프로그램 중 DD 판매장과 관련된 내용만을 입력할 수 있을 뿐이었다.

4) 원고 회사(본점)가 2011년 제1기~2013년 제2기 귀속 부가가치세 예정신고를 하면서 제출한 매입, 매출세금계산서 합계표를 살펴보면, 원고 회사는 위 과세기간 동안 원부자재업체들로부터 원단과 부자재를, 임가공업체들로부터 완성된 의류를 각 공급(매입)받았고, 이 사건 각 사업장에 상당한 액수의 의류 등 재화를 공급(매출)하였던 것으로 보인다. 또한 법인사업장 중 동대문점은 2012년 1기 부가가치세 예정신고를 하면서 공급가액 00,000,000원, 세액 0,000,000원으로 하여 원고 회사 본점과의 매입거래를 신고하였다. 따라서 원고 회사 본점과 이 사건 각 사업장 사이에 의류공급거래가 존재하지 않았다는 원고들의 주장은 납득하기 어렵다.

5) 또한 원고들은 이 사건 각 사업장이 직접 임가공업체와 거래를 한 것이라고 하면서도, 이 사건 각 사업장이 임가공업체로부터 세금계산서를 발급받아 이를 신고한 내역 등 이를 증명할 만한 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다. 한편 원고들이 제출하고 있는 각 금융거래내역 등에는 원고 김AA은 물론 각 직원들의 개인계좌 등에서 입출금된 임금, 퇴직금 등의 내역이 혼재되어 있어 임가공업체와 이 사건 각 사업장 사이의 직접 거래가 있었음을 인정하기에 부족하다.

 

다. B거래 관련 매출누락액 산정의 적법 여부(이 사건 ②, ③, ④주장에 관한 판단)

1) 매출누락액 산정에 있어서 중복 출고된 상품이 있는지(이 사건 ②주장 관련)

갑 제11, 18, 50호증, 을 제10, 17, 22, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들에 비추어 볼 때, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 파일에 이월상품과 재출고상품 등 중복 출고된 상품이 포함되어 있다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고들의 이 사건 ②주장은 이유 없다.

가) 피고들이 B거래 관련 매출누락액 산정의 증거자료로 활용한 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 각 사업연도별 본사출고 파일에는 이월상품 또는 재출고상품이 있음을 알 수 있는 기재가 전혀 없다.

나) 개인사업장 중 DD의 의류판매직원인 박DD은 세무조사 당시 ‘일부 손님에게 판매되지 않은 물건은 DD 사업장 뒤 창고에 보관하고 있으며, 가급적 재고상품은 할인을 많이 해서라도 판매하려고 한다.’라고 진술하였고, 법인사업장 중 동대문점의 의류판매직원인 김UU은 세무조사 당시 ‘매일 입고되는 물량을 ITC 전산프로그램에 입력하고 있고, 재고현황도 ITC 전산프로그램을 통해 입력, 관리하고 있다.’라고 진술하였다. 이에 의하면 이 사건 각 사업장별로 재고상품을 각자의 창고에 보관하면서 전산으로 관리하고 있었던 것으로 보이는바, 이 사건 각 사업장의 재고상품을 모두 본점으로 입고한 후 다시 출고하였다는 원고들의 주장은 선뜻 믿기 어렵다.

다) 나아가 원고들은 이 법원에 이르러 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 파일에는 원고들이 보유하고 있는 자료와는 달리 ‘입고 구분’이 되어 있지 않은데, 실제로 출고되는 상품들은 ‘입고 구분’에 따라 ‘매장 입고’와 ‘거래처 입고’로 구별할 수 있으며, ‘매장 입고’의 경우 이 사건 각 사업장에서 판매되지 않은 이월상품과 재출고상품 등 중복 출고된 상품을 의미한다고 주장한다. 그러나 이는 이월상품이나 재출고상품 등은 각 사업장 창고에서 보관하고 가급적 할인을 하여서라도 이를 소진하려 하였다고 하고 있고, 전산상으로 각 사업장 재고현황을 별도로 입력, 관리하였다는 위 김UU, 박DD의 진술과 배치될 뿐만 아니라, 위와 같은 주장이 사실이라고 하더라도 정확히 이 사건 전산자료 중 본사출고 파일 중에 어떠한 상품이 중복 출고된 상품에 해당하는지를 증명할만한 객관적인 자료가 제출되지 아니하여 중복 출고된 상품과 아닌 상품을 정확히 구별하는 것도 불가능하다.

2) 부분추계의 위법 등이 있는지 여부(이 사건 ③주장 관련)

가) 관련 법리

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방식이 아니다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결 참조). 법인세나 부가가치세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서는 장부 기타 증명서류를 기초로 하여 실지조사의 방법에 의하는 것이 원칙이고, 추계조사의 방법은 납세자가 제출한 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 그 밖에 다른 방법으로도 실지조사를 위한 과세자료를 얻을 수 없는 경우에 예외적으로 허용된다고 할 것이다. 한편, 추계과세는 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증명서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로, 실지조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한하여 추계과세를 할 수 있고, 설령 납세자가 비치, 기장한 장부나 증명서류 중 일부에 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누6809 판결 참조).

나) 부분 추계인지 여부

앞서 본 처분의 경위에 갑 제32호증, 을 제16, 20호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고들이 세무조사 당시 확보한 이 사건 전산자료에는 원고 회사의 매출액 및 입․출고 현황, 이 사건 각 사업장의 판매내역 등이 구체적으로 기재되어 있는 사실, 피고들은 이 사건 전산자료 중 사업연도별 본사출고 파일에 기재된 상품 중 원가계산서가 존재하는 상품(전체 상품코드 중 89%)의 경우 원가계산서(을 제16호증)에 기재된 ‘단가[공장도가 O= ① 원부자재 비용 + ② 임가공 비용 + ③ 기타 가공비용 + ④ 개발비(①+②+③ 금액의 10%) M]’를 개당 생산비용으로 보아 매출액을 산정하였고, 나머지 원가계산서가 존재하지 않는 상품(전체 상품코드 중 11%)의 경우 나머지 상품의 개당 생산비용이 평균적으로 본사출고 파일에 기재된 입고단가의 55%에 해당하는 금액인 점에 착안하여 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 개당 생산비용으로 보아 매출액을 산정한 사실, 원가계산서가 존재하는 상품의 경우 개당 생산비용의 입고단가 대비 비율로 최소 값은 30%인 사실을 인정할 수 있다. 이 사건 전산자료와 원가계산서는 업무과정에서 계속적, 반복적으로 작성되어 온 것으로 그 정확성 및 신뢰성이 담보된다고 할 것이므로 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 장부나 증명서류 등에 해당한다. 한편 피고가 일부 상품은 원가계산서를 기초로 하여, 원가계산서가 없는 일부 상품은 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 기초로 하여 각 매출액을 산정하였다. 그렇다면 피고는 실지조사에 의한 기초 자료를 토대로 하여 매출액을 추인한 것이라 할 것인바, 이는 모두 실지조사 방식에 따른 매출액의 산정에 해당한다. 따라서 위 매출액 산정 중 원가계산서를 기초로 매출액을 산정한 것은 실지조사에, 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 기초로 매출액을 산정한 것은 추계조사에 해당함을 전제로 하여 그와 같은 매출액 산정이 실지조사와 추계조사를 혼합하여 위법하다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다[또한 일반적인 부분추계의 경우 매출액 실지조사로 산정한 매출액과 추계조사로 산정한 매출액이 서로 중복 가산될 위험이 있어 위법하다 할 것이나, 이 사건의 경우 매출액이 중복될 위험이 없다. 나아가 전체 상품코드 중 11%에 해당하는 상품의 원가계산서가 누락되었다는 사정만으로 곧바로 장부나 증명서류 등의 중요부분이 미비되거나 허위로 기재되어 있는 관계로 신뢰성이 없어 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증명서류가 없는 경우에 해당하여 추계조사를 할 수 있는 경우에 해당한다고 단정할 수도 없다].

다) 매출액 산정이 적법한 것인지 여부

피고들은, 원가계산서가 없는 상품(전체 상품코드 중 11%)의 경우 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 개당 생산비용으로 보아 매출액을 산정한 것은 합리적인 계산 방법이고, 그렇지 않다고 하더라도 원가계산서상 드러난 “생산비용÷입고단가×100”의 최소 값인 30%에 해당하는 금액을 개당 생산비용으로 보아 산정된 매출액을 토대로 산출되는 세액이 정당한 세액의 범위 내에 있을 것이므로, 위 산출세액을 초과하는 과세처분만을 취소하여야 할 것이라는 취지로 주장하고 있다. 먼저, 생산원가를 입고단가의 50% 금액으로 보아 매출액을 산정한 것이 타당한지에 관하여 살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 입고단가는 원고 김AA이 이 사건 각 사업장에서 판매할 때의 예상 판매가를 정한 것인데, 이를 정하기 위한 일관되고 합리적인 기준은 없어 보이는 점, ② 상품별로 그 생산원가가 입고단가의 50% 미만인 경우도 있고, 그 반대인 경우도 있다는 것이고, 상품별 특성에 따라 그 생산원가와 입고단가의 상관관계가 다양하게 나타날 수도 있는 점, ③ 원가계산서가 존재하지 않아 실제 생산원가를 알 수 없는 상품들의 실제 생산원가가 모두 해당 입고단가의 50% 미만일 가능성도 배제하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들의 위 매출액 산정이 실제 생산원가에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가, 피고들은 입고단가의 30%를 개당생산비용(생산원가)로 보고, 이를 기준으로 산출한 매출액을 기초로 산정한 세액이 정당한 세액의 범위 내에 있다고 하나, 피고들의 주장에 의하더라도 원가계산서가 존재하는 상품에 한하여 입고단가 대비 생산원가의 최저비율이 30%에 해당한다는 것일 뿐이어서, 원가계산서가 존재하지 않는 상품의 경우에는 그 비율이 30% 미만일 가능성을 배제할 수 없다. 따라서 입고단가 대비 30%의 금액을 이 부분 상품의 생산원가로 삼아 매출액을 산정한다고 하여 그것이 정당세액의 범위 내에 있다고 단정할 수도 없다. 원고 회사의 B거래 관련 매출액 산정은 피고들이 주장하는 어느 방법으로 산출하든 위법을 면할 수 없다.

라) 소결론

원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 원고 회사 본점에 대한 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분(제5부과처분)은 그 매출액 산정에 잘못이 있어 위법하다.

3) 부당행위계산 부인과 관련한 시가 산정의 위법 여부(이 사건 ④주장 관련)

법인세법 제52조 제1항은, 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은, 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은, 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호는, 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 의한다고 규정하고 있고, 상속세 및 증여세법 제62조 제2항은, 상품, 제품, 서화, 골동품, 소유권의 대상이 되는 동물, 그 밖의 유형재산에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다고 규정하고 있으며, 상속세 및 증여세법 시행령 제52조 제2항 제1호는, 법 제62조 제2항의 규정에 의한 평가를 함에 있어, 상품․제품․반제품․재공품․원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액에 의하고, 다만, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 한다고 규정하고 있다. 위 각 규정에 의하면, B-1거래와 관련하여 원고 회사의 대표자로서 원고 회사와 특수관계에 있는 원고 김AA이 운영하는 개인사업장이 원고 회사 본점으로부터 의류를 생산원가에 공급받음으로써 원고 회사의 소득을 부당하게 감소시킨 행위를 부인하고 원고 회사가 위 거래로 얻은 정당한 소득금액을 계산함에 있어, 먼저 개인사업장이 원고 회사 본점으로부터 공급받은 의류의 시가를 기준으로 계산하여야 하고, 그 시가가 불분명한 경우에는 위 의류를 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 기준으로 계산하여야 하며, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 계산하여야 함을 알 수 있다. 피고들은 법인세법 제52조에 따라 원고 회사 본점이 개인사업장에 의류를 생산원가로 공급한 B-1거래를 부인한 다음, 위 의류의 시가가 불분명하다고 보아 위 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 기준으로 원고 회사의 정당한 소득금액을 산정하기로 하고, 이 사건 전산자료와 원가계산서 등에서 확인되는 개당생산비용과 원가계산서가 없는 경우 입고단가를 기준으로 산정한 개당생산비용을 생산원가로 본 후 이에 의류제조업 업종 평균 부가가치율(2011년 33.1%, 2012년 35.27%, 2013년 35.49%)을 적용하여 산출한 값을 위 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액으로 보아 원고 회사에 대하여 법인세 부과처분(제4부과처분 중 일부)을 하였다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 전산자료 중 본사출고자료의 입고단가를 기준으로 한 개당생산비용과 그에 따른 매출액 산정이 위법한 이상, 피고들이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원고 회사의 정당한 소득금액을 산정함에 있어 위와 같이 산정방법에 잘못이 있는 개당 생산비용(매출원가)을 기준으로 업종평균 부가가치율을 적용하여 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 산정한 것은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.

4) 소결론

원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분[제4부과처분 중 일부(가산세 포함)]과 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분[제5부과처분(가산세 포함)]은 모두 취소되어야 한다. 그런데 피고들은 원고 회사에 대하여 부과한 법인세인 제4부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분을 제외한 나머지 C-2거래에 관련된 부분의 세액을 산출하지 못하고 있으므로, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분[제4부과처분(가산세 포함)]은 그 전체가 취소될 수밖에 없다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 참조).

 

라. C거래 관련 매출누락액 산정의 적법 여부(이 사건 ⑤주장에 관한 판단)

피고들이 C거래와 관련하여 이 사건 전산자료상 확인되는 이 사건 각 사업장의 매출액과 신고 매출액을 비교하여 매출누락액을 산출해 낸 다음 원고 김AA에게 종합소득세 및 부가가치세를, 원고 회사에 법인세를 각 부과한 사실은 앞서 본 바와 같다. 갑 제18호증, 을 제12, 22, 23, 25호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 사정, 즉 ① 이 사건 전산자료 중 이 사건 각 사업장의 판매내역에는 신용카드매출과 현금매출이 구분되어 있는데, 신용카드매출내역은 국세청 자료와도 그 내용이 일치하고 있는 점, ② 개인사업장 중 DD의 의류판매직원인 박DD과 법인사업장 중 동대문점의 의류판매직원인 김UU은 세무조사 당시 ‘매일 판매기록을 결산한 후 일일 매출일보에 기재하고, 같은 내용을 ITC 전산프로그램에 입력한다.’라고 진술한 점 등에 비추어, 그 정확성과 신뢰성이 담보되는 장부 또는 증빙서류에 해당하는 과세자료인 이 사건 전산자료에 근거하여 이루어진 원고들의 C거래 관련 매출누락액 산정에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 사건 ⑤주장은 이유 없다.

 

바. 이 사건 부과처분 중 부당무신고 및 부당과소신고가산세 부분의 위법 여부

1) 제4, 5부과처분에 포함된 가산세 부분

제4, 5부과처분(가산세 포함)은 모두 위법하여 취소되어야 함은 앞서 살펴본 바와 같으므로, 제4, 5부과처분 중 부당무신고 및 부당과소신고가산세에 대한 원고들의 이 부분 주장에 관하여는 별도로 판단하지 아니한다.

2) 제1 내지 3, 6 내지 9부과처분에 포함된 가산세 부분

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는, 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급· 공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은, 법 제26조의2 제1항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다고 규정하고 있으며, 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것) 제3조 제6항은, 사기나 그 밖의 부정한 행위란 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(제1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호), 장부와 기록의 파기(제3호), 재산의 은닉, 소득· 수익· 행위· 거래의 조작 또는 은폐(제4호), 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작(제5호), 조세특례제한법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작(제6호), 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)’로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다고 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제1호는, ‘부정행위’로 소득세, 법인세, 상속세· 증여세, 증권거래세 및 종합부동산세의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우에는 가산세를 부과한다고 규정하고 있다. 갑 제31호증, 을 제11, 15, 25, 30호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면

인정되는 아래의 사실에 의하면, 원고들은 C거래와 관련하여 부정행위로 원고 김AA의 종합소득세와 이 사건 각 사업장의 부가가치세의 각 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고하였다고 할 것이므로, 이에 대하여 피고들이 부당무신고 및 부당과소신고가산세를 부과한 것은 적법하다. 따라서 C거래와 관련한 제1 내지 3, 6 내지 9부과처분에 포함된 부당무신고 및 부당과소신고가산세가 위법하다는 원고들의 이 사건 ⑥주장은 이유 없다.

① 원고 김AA은 세무조사 당시 ‘이 사건 각 사업장에서 작성한 판매일보, 거래명세표를 며칠간만 보관하다가 모두 파기하였다.’라고 진술하였다.

② 원고들이 이 사건 전산자료와 별도로 이중장부(을 제15호증)를 작성하고 여기에 위 전산자료상의 실제 매출액보다 과소한 금액을 기재하여 이를 근거로 과세신고를 하였다. 원고 김AA이 물류관리프로그램 운용업체인 ITC에 2015. 5. 26. 및 2015. 6. 3. 두 차례에 걸쳐 연락을 하여 ITC 전산프로그램 서버에 저장된 원고 회사의 판매데이터, 입출고 데이터, 재고현황 등 전산자료 일체의 삭제를 요청하였고, 이에 ITC가 위 전산자료를 삭제하기도 하였다.

③ 원고 김AA이 C거래와 관련하여 이 사건 과세기간 중 매출액을 과소신고하여 원고 김AA의 종합소득세, 이 사건 각 사업장의 부가가치세 및 원고 회사의 법인세를 포탈하였다는 내용의 조세범처벌법 위반의 점, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(조세)의 점으로 기소되었고, 제1심(서울동부지방법원 2016고합000) 및 그 항소심(서울고등법원 2017노000)에서 유죄판결을 선고받았다(현재 대법원 2017도000호로 상고심 계속 중이다).

 

3. 결론

 

원고 김AA의 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장에 대한 청구는 모두 이유 없어 기각하여야 하고, 원고 회사의 피고 ○○세무서장에 대한 청구는 이유 있어 인용하여야 하며, 원고 회사의 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장에 대한 청구는 모두 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들과 피고 ○○세무서장의 항소를 모두 기각한다.

 

 

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5. 대법원2019두37929(2019.07.11)

 

[세 목]	부가		[판결유형]	심리불속행기각(일부국패)
[사건번호]	대법원-2019-두-37929(2019.07.11)
[직전소송사건번호]		서울고등법원-2018-누-54578(2019.1.31)
[심판청구 사건번호]
[제 목]
부당행위계산부인의 시가 산정의 적법여부 및 부분추계의 위법성
[요 지]
생산원가를 입고단가의 50% 금액으로 보아 매출액을 산정한 것은 생산원가를 알 수 없는 상품들의 실제 생산원가가 모두 해당 입고단가의 50% 미만일 가능성도 배제하기 어려운 점에 비추어 위법하고, 단일한 과세 목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 산정한 것은 위법함
[판결내용]
판결 내용은 붙임과 같습니다.
[관련법령]	부가가치세법 제57조 【결정과 경정】
	부가가치세법시행령 제104조 【추계결정․경정 방법】

주 문

상고를 모두 기각한다.

상고비용 중 원고들과 피고 성동세무서장, 중부세무서장, 삼성세무서장, 강남세무서 장, 강서세무서장 사이에 생긴 부분은 원고들이, 원고들과 피고 동대문세무서장 사 이에 생긴 부분은 피고 동대문세무서장이 각 부담한다.

 

이 유

상고이유를 이 사건 기록 및 원심판결과 대조하여 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장은 상고심 절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 않거나 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

그러므로 상고를 모두 기각하기로 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.